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title: "Compte rendu TP1 - Initiation à R"
author: "Mettre son nom et prénom et son groupe"
date: "Mettre ici la date du jour"
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      toc: TRUE
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# Premiers pas avec R et RMarkdown

Ceci est un document de type R Markdown. Markdown est une mise en forme syntaxique simplifiée pour rédiger des documents HTML, PDF ou encore MsWord. Pour plus de détails sur l'utilisation de R Markdown cf. <http://rmarkdown.rstudio.com>.

Le fichier doit avoir une extension ".Rmd". Quand vous cliquez sur le bouton **Knit**, le document sera généré et inclura le contenu ainsi que la sortie produite par le code R intégré dans le document. Le code R peut être intégré comme ceci :

```{r}
-10 * log10(0.00666)
```

Il existe beaucoup de documents et tutoriels en ligne que vous pouvez explorer par vous-même. Exemples :

- Mise en forme du texte : https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-8.html
- Bouts de code R (chunks) : https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-3.html

# Utilisation et calcul avec du code R 

Cette partie est à compléter avec le sujet de TP en ligne : <http://silico.biotoul.fr/site/index.php/M1_Traitement_de_Donnees_Biologiques_-_TP_Intro_R>

## Utilisation de variables 

Les variables (ou objets) permettent de stocker des données qui peuvent être :

* une valeur simple de type numérique (`numeric`), logique (`logical`), chaîne de caractères (`character`) ou qualitative (`factor`).
* une liste (appelée `vector`).
* un tableau à 2 dimensions, les colonnes pouvant avoir des types différents (`data.frame`). Ce sont les plus utilisés en statistiques.
* un tableau à 2 dimensions, toutes les cases ayant le même type (`matrix`).
* un tableau à plus de 2 dimension (`array`).
* une combinaison des précédents (`list`). 

Une variable a un nom (défini par l'utilisateur) qui permet d'accéder à son contenu.

**Créer une variable appelée x qui stocke le résultat du calcul précédent 1 + 2 + 3.** L'affectation d'une valeur à une variable se fait avec <- ou le signe = comme suit dans la console : 

**A compléter**



## Vecteurs 

A compléter

## Fonctions

A compléter

## Lecture et écriture de fichiers contenant des données

A compléter

## Fonctions graphiques 

A compléter

