Enseignements
From silico.biotoul.fr
(Difference between revisions)
m (→Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)) |
m (→Fouille de données (EM7BBSCM)) |
||
Line 193: | Line 193: | ||
|- | |- | ||
|Mercredi 17 déc 13h30-17h30 | |Mercredi 17 déc 13h30-17h30 | ||
- | | 4TP4- | + | | 4TP4-P15 TP4 clustering (attention, changement de salle) |
|- | |- | ||
|Jeudi 18 déc 10h-12h | |Jeudi 18 déc 10h-12h |
Revision as of 05:08, 16 October 2014
Licence
Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)
Calendrier 2013-14:
Cours Magistral (CM) à 10h en B19bis et Travaux Pratiques (TP) à 8h en 4TP2-M7 le lundi matin
- CM1 20/01
- CM2 27/01
- CM3 03/02
- CM4 10/02
- CM5 17/02
- TP1 24/02
- CM6 17/03
- TP2 24/03
- CM7 31/03
- TP3 07/04
- TP4 14/04
Supports de cours 2013-14 :
- Introduction
- à venir : support de cours Image numérique
Travaux pratiques 2013-14 :
- TP : Initiation à Image J : Support de TP et Archive contenant les images
- TP : Systèmes d'information Organisation des données et génération de rapports
Annales :
Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)
Supports de cours :
- Introduction
- banques et bases de données biologiques
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Alignement de deux séquences protéiques
- Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast
- Alignement multiple
- Motifs et profils
- Phylogénie
Annales :
- exemple de sujet de contôle continu 2012
- correction du sujet de contôle continu du 6 mars 2012
- exemple de sujet de contôle terminal
- correction du sujet de contôle terminal de janvier 2009
Supports de TD :
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Comparaison de deux séquences
- TD3 : Analyse de séquences et Biologie Moléculaire
- TD4 : Analyse évolutive de la RNase J
Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique
Supports de cours:
- Introduction à la biologie
- Introduction à la bioinformatique
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Introduction méthodes de prédiction en annotation des génomes
- Annotation des gènes codant pour des protéines
- La qualité des séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement de séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement des données RNA-Seq
- Recherche de polymorphisme
- Descriptif du projet à rendre pour le 10 avril 2013 au plus tard
Projets 2014 à rendre le 7 avril au plus tard :
- Répartition des projets : Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 4 sujets vous sont proposés ; 2 d'annotation et 2 de transcriptome. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page Répartition des projets. Attention: pas plus de 5 étudiants sur un même sujet avec comme priorité : premier arrivé, premier servi.
- Annotation d'un fragment génomique bactérien - choix de deux séquences différentes à analyser
- Projets 2014 - L3-Info transrciptome
Supports de TD:
- TD1 : Séquences et banques de données
- TD2 et TD3 : annotation d'un fragment bactérien
- TD4 : Introduction à BioPerl
- TD5 : Analyse de transcriptome
- TD6 : Alignement de séquences
- Exercices sur les données à haut débits
Master
Master 1 - MABS
Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)
Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)
- Memento de Régine André-Obrecht
- TD Calcul matriciel
- TD Modélisation
- Documents relatifs aux ACP
- TD Probabilités
Traitement de données biologiques (EM7BMACM)
Support de cours:
Support de TD:
- Introduction à R
- Tests
- Tests et ANOVA
- Analyses mutivariées
- TD Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
- TD Transcriptome : clustering de profils d'expression
Liens
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
- Aide mémoire des commandes R
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- http://www.datamind.org Apprendre R en ligne
Fouille de données (EM7BBSCM)
Planning 2014-2015 | |
---|---|
date | lieu |
Jeudi 16 oct 10h-12h | U4-A4 CM1 Intro |
Jeudi 13 nov 10h-12h | U4-100 CM2 Classification 1 |
Jeudi 20 nov 10h-12h | U4-100 CM3 Classification 2 |
Mercredi 26 nov 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, Orange, Naive Bayes) |
Jeudi 27 nov 10h-12h | U4-100 CM4 Clustering 1 |
Mercredi 3 déc 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP2 Classification (Naive Bayes, cross validation, Linear discriminant analysis) |
Jeudi 4 déc 10h-12h | U4-100 CM5 Clustering 2 |
Mercredi 10 déc 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP3 k-nearest neighbors |
Jeudi 11 déc 10h-12h | U4-100 CM6 Règles d'associations |
Mercredi 17 déc 13h30-17h30 | 4TP4-P15 TP4 clustering (attention, changement de salle) |
Jeudi 18 déc 10h-12h | U4-100 CM7 Règles d'associations |
Support de cours:
- Introduction et Généralités
- Classification, prédiction et caractérisation
- Clustering
- Règles d'association
Sujets de TD
- TD Classification et validation croisée
- TD Classificateur Bayésien naïf
- TD Classificateur k plus proches voisins
- TD Clustering
Projet
- Enoncé du projet
- A réaliser par groupe de 3. Constitution des groupes à remettre le 28 novembre 2013
Liens
- Data mining map
- The LION book (free download)
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux
- TD3 : Analyse de séquences II: alignements multiples et profils|
Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)
Support de TD/TP:
- TP Visualisation et parcours en profondeur
- TP Parcours en largeur et plus court chemin
- TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
- TP Recherche de communautés dans les graphes
Liens:
- Cytoscape
- Cytoscape Web
- Tulip
- Gephi
- Pathway tools
- igraph
- Radatools
- NeAT
- METACYC
- STRING
- RegulonDb
- MetaNetX
Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)
- Cours et TP
- Projets
- Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
- Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
- Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
- minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
- Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
- Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
- TD Reconstruction de réseaux de régulation
Master 1 - BioSanté
Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)
Support de cours :
Supports de TD :
Master2 - BioVégétales
Documents, partie E. Gaulin
Document, partie C. Mathé
Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes
- Génome de E. coli de 2002 EcolA01.embl
Intégration de données hétérogènes
Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr)
Bioanalyse, Protéomique
TDs
Master 2 Pro - Diagnostique
Autres
INSA
- TD1 : Banque et manipulation de séquences
- TD2 : Recherche par similarité de séquences, alignements multiples et profils
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.