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Atelier Phylogénomique Blast

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==Préliminaires==
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<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
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Question 1.5:
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Selon vous qu'est-ce qui guide le choix du type de séquences à utiliser dans les comparaisons (peptides ou nucléotidiques)?
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</pre>
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===Blast All-All===
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Nous allons utiliser [http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/how-to-use/?software=How_to_use_SLURM_NCBI_Blast%2B NCBI_Blast+].
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Nous allons copier les fichiers peptides dans un répertoire de travail:
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<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
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mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/peptide
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cp ~/work/Prochlorococcus/prokka/Aaa*/*.faa ~/work/Prochlorococcus/peptide/.
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ls -l ~/work/Prochlorococcus/peptide
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</pre>
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====make blast database====
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Exemple:
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<pre style="color:green;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
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module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
 +
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot
 +
</pre>
 +
Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à ''sarray'', pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers.
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MSK
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<syntaxhighlight lang="bash">
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for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa;
 +
do     
 +
  echo "module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+; makeblastdb -in $i  -dbtype prot;"
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done > makeblastdb.sh
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 +
cat makeblastdb.sh
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</syntaxhighlight>
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 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
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sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 makeblastdb.sh
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squeue -l -u <user>
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</pre>
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<!--
 +
====Intra genomes====
 +
Nous vous proposons un script perl pour réaliser les ''blastp'' de l'ensemble des génomes avec '''sbatch''':
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP
 +
 +
~/work/scripts/blastp_intra.pl
 +
 +
squeue -l -u <user>
 +
 +
ls BlastP | wc -l
 +
</pre>
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<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
Question 1.6:
 +
Explicitez les paramètres de blast utilisés dans le script blastp_intra.pl.
 +
Combien de fichiers attendez-vous?
 +
</pre>
 +
-->
 +
 +
====Paire de genomes====
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP
 +
</pre>
 +
Exemple :
 +
<pre style="color:green;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
 +
srun -n1 -l blastp -query ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -db ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -seg yes -dbsize 100000000 -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 1 -out ~/work/Prochlorococcus/BlastP/Aaaa_Aaaa.tab
 +
</pre>
 +
<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
Question 1.6:
 +
Explicitez et justifiez les paramètres de blast utilisés dans votre script.
 +
</pre>
 +
 +
====Boucle sur les génomes====
 +
Utilisez ''sarray'' pour réaliser les ''blast'' en toutes les paires de génomes.
 +
 +
MSK
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
evalue=1e-5
 +
dbsize=100000000
 +
for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa;
 +
do
 +
  ip=$(basename $i .faa)   
 +
  for j in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa; 
 +
  do
 +
    jp=$(basename $j .faa)   
 +
    outfile="~/work/Prochlorococcus/BlastP/"$ip"_"$jp".tab"
 +
    echo "module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+; blastp -query $i -db $j -seg yes -dbsize $dbsize -evalue $evalue -outfmt 6 -num_threads 1 -out $outfile;"
 +
  done
 +
done > blast_allall.sh
 +
 +
cat blast_allall.sh
 +
</syntaxhighlight>
 +
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 blast_allall.sh
 +
squeue -l -u <user>
 +
</pre>
 +
<!--
 +
Pour les blastp inter génomes, nous allons utiliser un script similaire au précédent, mais avec une double boucle (sur -query et -db).
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
cd ~/work/Prochlorococcus
 +
~/work/scripts/blastp_inter.pl
 +
 +
squeue -l -u <user>
 +
 +
ls BlastP | wc -l
 +
</pre>
 +
-->
 +
vérifiez que les fichiers de sorties de blast sont présents et non vides.
 +
<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
Question 1.7:
 +
Combien de fichiers attendez-vous?
 +
</pre>

Revision as of 10:20, 14 October 2021

Contents

Liens

Préliminaires

Question 1.5:
Selon vous qu'est-ce qui guide le choix du type de séquences à utiliser dans les comparaisons (peptides ou nucléotidiques)?

Blast All-All

Nous allons utiliser NCBI_Blast+.

Nous allons copier les fichiers peptides dans un répertoire de travail: 

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/peptide
cp ~/work/Prochlorococcus/prokka/Aaa*/*.faa ~/work/Prochlorococcus/peptide/.

ls -l ~/work/Prochlorococcus/peptide

make blast database

Exemple: 

module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot

Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à sarray, pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers.

MSK 

for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa; 
do      
  echo "module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+; makeblastdb -in $i  -dbtype prot;" 
done > makeblastdb.sh
 
cat makeblastdb.sh
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 makeblastdb.sh
squeue -l -u <user>

Paire de genomes

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP

Exemple : 

module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l blastp -query ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -db ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -seg yes -dbsize 100000000 -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 1 -out ~/work/Prochlorococcus/BlastP/Aaaa_Aaaa.tab

Question 1.6:
Explicitez et justifiez les paramètres de blast utilisés dans votre script.

Boucle sur les génomes

Utilisez sarray pour réaliser les blast en toutes les paires de génomes.

MSK 

evalue=1e-5
dbsize=100000000
for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa; 
do 
  ip=$(basename $i .faa)     
  for j in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa;   
  do
    jp=$(basename $j .faa)     
    outfile="~/work/Prochlorococcus/BlastP/"$ip"_"$jp".tab"
    echo "module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+; blastp -query $i -db $j -seg yes -dbsize $dbsize -evalue $evalue -outfmt 6 -num_threads 1 -out $outfile;" 
  done
done > blast_allall.sh
 
cat blast_allall.sh
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 blast_allall.sh
squeue -l -u <user>

vérifiez que les fichiers de sorties de blast sont présents et non vides. 

Question 1.7:
Combien de fichiers attendez-vous?
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