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Atelier Phylogénomique Blast

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*[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique#Pr.C3.A9liminaires Atelier de Phylogénomique Blast All-vs-All]
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==Préliminaires==
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<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
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Question 1.5:
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Selon vous qu'est-ce qui guide le choix du type de séquences à utiliser dans les comparaisons (peptides ou nucléotidiques)?
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</pre>
 +
===Blast All-All===
 +
Nous allons utiliser [http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/how-to-use/?software=How_to_use_SLURM_NCBI_Blast%2B NCBI_Blast+].
 +
 
 +
Nous allons copier les fichiers peptides dans un répertoire de travail:
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/peptide
 +
cp ~/work/Prochlorococcus/prokka/Aaa*/*.faa ~/work/Prochlorococcus/peptide/.
 +
 
 +
ls -l ~/work/Prochlorococcus/peptide
 +
</pre>
 +
====make blast database====
 +
Exemple:
 +
<pre style="color:green;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
search_module blast
 +
 
 +
module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
 +
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot
 +
</pre>
 +
Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à ''sarray'', pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers.
 +
 
 +
MSK
 +
<!--
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa;
 +
do     
 +
  echo "module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+; makeblastdb -in $i  -dbtype prot;"
 +
done > makeblastdb.sh
 +
 
 +
cat makeblastdb.sh
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 makeblastdb.sh
 +
squeue -l -u $USER
 +
 
 +
ll /home/yquentin/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa.*
 +
</pre>
 +
-->
 +
<!--
 +
====Intra genomes====
 +
Nous vous proposons un script perl pour réaliser les ''blastp'' de l'ensemble des génomes avec '''sbatch''':
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP
 +
 
 +
~/work/scripts/blastp_intra.pl
 +
 
 +
squeue -l -u $USER
 +
 
 +
ls BlastP | wc -l
 +
</pre>
 +
<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
Question 1.6:
 +
Explicitez les paramètres de blast utilisés dans le script blastp_intra.pl.
 +
Combien de fichiers attendez-vous?
 +
</pre>
 +
-->
 +
 
 +
====Paire de genomes====
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP
 +
</pre>
 +
Exemple :
 +
<pre style="color:green;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
 +
srun -n1 -l blastp -query ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -db ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -seg yes -dbsize 100000000 -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 1 -out ~/work/Prochlorococcus/BlastP/Aaaa_Aaaa.tab
 +
</pre>
 +
<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
Question 1.6:
 +
Explicitez et justifiez les paramètres de blast utilisés dans votre script.
 +
</pre>
 +
 
 +
====Boucle sur les génomes====
 +
Utilisez ''sarray'' pour réaliser les ''blast'' en toutes les paires de génomes.
 +
 
 +
MSK
 +
<!--
 +
<syntaxhighlight lang="bash">
 +
evalue=1e-5
 +
dbsize=100000000
 +
for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa;
 +
do
 +
  ip=$(basename $i .faa)   
 +
  for j in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa; 
 +
  do
 +
    jp=$(basename $j .faa)   
 +
    outfile="~/work/Prochlorococcus/BlastP/"$ip"_"$jp".tab"
 +
    echo "module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+; blastp -query $i -db $j -seg yes -dbsize $dbsize -evalue $evalue -outfmt 6 -num_threads 1 -out $outfile;"
 +
  done
 +
done > blast_allall.sh
 +
 
 +
cat blast_allall.sh
 +
</syntaxhighlight>
 +
 
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 blast_allall.sh
 +
squeue -l -u $USER
 +
</pre>
 +
-->
 +
<!--
 +
Pour les blastp inter génomes, nous allons utiliser un script similaire au précédent, mais avec une double boucle (sur -query et -db).
 +
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
cd ~/work/Prochlorococcus
 +
~/work/scripts/blastp_inter.pl
 +
 
 +
squeue -l -u $USER
 +
 
 +
ls BlastP | wc -l
 +
</pre>
 +
-->
 +
vérifiez que les fichiers de sorties de blast sont présents et non vides.
 +
<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
 +
Question 1.7:
 +
Combien de fichiers attendez-vous?
 +
</pre>
 +
 
 +
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Revision as of 10:20, 26 November 2021

Contents

Liens

Préliminaires

Question 1.5:
Selon vous qu'est-ce qui guide le choix du type de séquences à utiliser dans les comparaisons (peptides ou nucléotidiques)?

Blast All-All

Nous allons utiliser NCBI_Blast+.

Nous allons copier les fichiers peptides dans un répertoire de travail: 

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/peptide
cp ~/work/Prochlorococcus/prokka/Aaa*/*.faa ~/work/Prochlorococcus/peptide/.

ls -l ~/work/Prochlorococcus/peptide

make blast database

Exemple: 

search_module blast

module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot

Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à sarray, pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers.

MSK

Paire de genomes

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP

Exemple : 

module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l blastp -query ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -db ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -seg yes -dbsize 100000000 -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 1 -out ~/work/Prochlorococcus/BlastP/Aaaa_Aaaa.tab

Question 1.6:
Explicitez et justifiez les paramètres de blast utilisés dans votre script.

Boucle sur les génomes

Utilisez sarray pour réaliser les blast en toutes les paires de génomes.

MSK vérifiez que les fichiers de sorties de blast sont présents et non vides. 

Question 1.7:
Combien de fichiers attendez-vous?
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