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Atelier Phylogénomique Blast

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==Liens==
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*[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique Atelier de Phylogénomique]
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*[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique#Pr.C3.A9liminaires Atelier de Phylogénomique Blast All-vs-All]
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==Préliminaires==
==Préliminaires==
<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
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Exemple:
Exemple:
<pre style="color:green;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
<pre style="color:green;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
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search_module blast
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module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot
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MSK
MSK
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<!--
<syntaxhighlight lang="bash">
<syntaxhighlight lang="bash">
for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa;  
for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa;  
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<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 makeblastdb.sh
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 makeblastdb.sh
-
squeue -l -u <user>
+
squeue -l -u $USER
 +
 
 +
ll /home/yquentin/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa.*
</pre>
</pre>
 +
-->
<!--
<!--
====Intra genomes====
====Intra genomes====
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~/work/scripts/blastp_intra.pl
~/work/scripts/blastp_intra.pl
-
squeue -l -u <user>
+
squeue -l -u $USER
ls BlastP | wc -l
ls BlastP | wc -l
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MSK
MSK
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<!--
<syntaxhighlight lang="bash">
<syntaxhighlight lang="bash">
evalue=1e-5
evalue=1e-5
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<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
<pre style="color:blue;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 blast_allall.sh
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 blast_allall.sh
-
squeue -l -u <user>
+
squeue -l -u $USER
</pre>
</pre>
 +
-->
<!--
<!--
Pour les blastp inter génomes, nous allons utiliser un script similaire au précédent, mais avec une double boucle (sur -query et -db).
Pour les blastp inter génomes, nous allons utiliser un script similaire au précédent, mais avec une double boucle (sur -query et -db).
Line 102: Line 111:
~/work/scripts/blastp_inter.pl
~/work/scripts/blastp_inter.pl
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squeue -l -u <user>
+
squeue -l -u $USER
ls BlastP | wc -l
ls BlastP | wc -l
Line 112: Line 121:
Combien de fichiers attendez-vous?
Combien de fichiers attendez-vous?
</pre>
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*[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique#Pr.C3.A9liminaires Atelier de Phylogénomique Blast All-vs-All]

Revision as of 10:20, 26 November 2021

Contents

Liens

Préliminaires

Question 1.5:
Selon vous qu'est-ce qui guide le choix du type de séquences à utiliser dans les comparaisons (peptides ou nucléotidiques)?

Blast All-All

Nous allons utiliser NCBI_Blast+.

Nous allons copier les fichiers peptides dans un répertoire de travail: 

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/peptide
cp ~/work/Prochlorococcus/prokka/Aaa*/*.faa ~/work/Prochlorococcus/peptide/.

ls -l ~/work/Prochlorococcus/peptide

make blast database

Exemple: 

search_module blast

module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot

Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à sarray, pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers.

MSK

Paire de genomes

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP

Exemple : 

module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l blastp -query ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -db ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -seg yes -dbsize 100000000 -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 1 -out ~/work/Prochlorococcus/BlastP/Aaaa_Aaaa.tab

Question 1.6:
Explicitez et justifiez les paramètres de blast utilisés dans votre script.

Boucle sur les génomes

Utilisez sarray pour réaliser les blast en toutes les paires de génomes.

MSK vérifiez que les fichiers de sorties de blast sont présents et non vides. 

Question 1.7:
Combien de fichiers attendez-vous?
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