Atelier Phylogénomique Blast
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m (→Blast All-All) |
m (→make blast database) |
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====make blast database==== | ====make blast database==== | ||
Exemple: | Exemple: | ||
| - | < | + | <source lang='bash'> |
search_module blast | search_module blast | ||
module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+ | module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+ | ||
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot | srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot | ||
| - | </ | + | </source> |
Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à ''sarray'', pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers. | Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à ''sarray'', pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers. | ||
| Line 38: | Line 38: | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
| - | < | + | <source lang='bash'>sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 makeblastdb.sh |
| - | sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 makeblastdb.sh | + | |
squeue -l -u $USER | squeue -l -u $USER | ||
ll /home/yquentin/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa.* | ll /home/yquentin/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa.* | ||
| - | </ | + | </source> |
--> | --> | ||
<!-- | <!-- | ||
====Intra genomes==== | ====Intra genomes==== | ||
Nous vous proposons un script perl pour réaliser les ''blastp'' de l'ensemble des génomes avec '''sbatch''': | Nous vous proposons un script perl pour réaliser les ''blastp'' de l'ensemble des génomes avec '''sbatch''': | ||
| - | < | + | <source lang='bash'>mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP |
| - | mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP | + | |
~/work/scripts/blastp_intra.pl | ~/work/scripts/blastp_intra.pl | ||
| Line 56: | Line 54: | ||
ls BlastP | wc -l | ls BlastP | wc -l | ||
| - | </ | + | </source> |
<pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap"> | <pre style="color:red;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap"> | ||
Question 1.6: | Question 1.6: | ||
Revision as of 15:57, 30 November 2022
Contents |
Liens
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Préliminaires
Question 1.5: Selon vous qu'est-ce qui guide le choix du type de séquences à utiliser dans les comparaisons (peptides ou nucléotidiques)?
Blast All-All
Nous allons utiliser NCBI_Blast+.
Nous allons copier les fichiers peptides dans un répertoire de travail:
mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/peptide cp ~/work/Prochlorococcus/prokka/Aaa*/*.faa ~/work/Prochlorococcus/peptide/. ls -l ~/work/Prochlorococcus/peptide
make blast database
Exemple:
search_module blast module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+ srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot
Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à sarray, pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers.
MSK
Paire de genomes
mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP
Exemple :
module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+ srun -n1 -l blastp -query ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -db ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -seg yes -dbsize 100000000 -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 1 -out ~/work/Prochlorococcus/BlastP/Aaaa_Aaaa.tab
Question 1.6: Explicitez et justifiez les paramètres de blast utilisés dans votre script.
Boucle sur les génomes
Utilisez sarray pour réaliser les blast en toutes les paires de génomes.
MSK vérifiez que les fichiers de sorties de blast sont présents et non vides.
Question 1.7: Combien de fichiers attendez-vous?
