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Atelier Phylogénomique Blast

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Préliminaires

Question 1.5:
Selon vous qu'est-ce qui guide le choix du type de séquences à utiliser dans les comparaisons (peptides ou nucléotidiques)?

Blast All-All

Nous allons utiliser NCBI_Blast+.

Nous allons copier les fichiers peptides dans un répertoire de travail:

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/peptide
cp ~/work/Prochlorococcus/prokka/Aaa*/*.faa ~/work/Prochlorococcus/peptide/.
 
ls -l ~/work/Prochlorococcus/peptide

make blast database

Exemple:

search_module blast
 
module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l makeblastdb -in Aaaa.faa -dbtype prot

Vous allez procéder comme précédemment, avec un script donné à sarray, pour réaliser le makeblastdb sur tous les fichiers.

MSK

for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa; 
do      
  echo "module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+; makeblastdb -in $i  -dbtype prot;" 
done > makeblastdb.sh
 
cat makeblastdb.sh
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 makeblastdb.sh
squeue -l -u $USER
 
ll /home/yquentin/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa.*


Paire de genomes

mkdir -p ~/work/Prochlorococcus/BlastP

Exemple :

module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+
srun -n1 -l blastp -query ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -db ~/work/Prochlorococcus/peptide/Aaaa.faa -seg yes -dbsize 100000000 -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 1 -out ~/work/Prochlorococcus/BlastP/Aaaa_Aaaa.tab
Question 1.6:
Explicitez et justifiez les paramètres de blast utilisés dans votre script.

Boucle sur les génomes

Utilisez sarray pour réaliser les blast en toutes les paires de génomes.

MSK

evalue=1e-5
dbsize=100000000
for i in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa; 
do 
  ip=$(basename $i .faa)     
  for j in ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa;   
  do
    jp=$(basename $j .faa)     
    outfile="~/work/Prochlorococcus/BlastP/"$ip"_"$jp".tab"
    echo "module load bioinfo/ncbi-blast-2.7.1+; blastp -query $i -db $j -seg yes -dbsize $dbsize -evalue $evalue -outfmt 6 -num_threads 1 -out $outfile;" 
  done
done > blast_allall.sh
 
cat blast_allall.sh
sarray -J mkdb -o %j.out -e %j.err -t 01:00:00 --cpus-per-task=1 blast_allall.sh
squeue -l -u $USER

vérifiez que les fichiers de sorties de blast sont présents et non vides.

Question 1.7:
Combien de fichiers attendez-vous?