Atelier Phylogénomique OrthoFinder
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*[https://github.com/davidemms/OrthoFinder OrthoFinder] | *[https://github.com/davidemms/OrthoFinder OrthoFinder] | ||
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| + | Nous allons utiliser le programme avec les paramètres par défaut. Nous utilisons le script donné en exemple comme modèle. | ||
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| + | Créer un répertoire ''~/work/OrthoFinder'' et copier le script ''test_OrthoFinder-2.2.1.sh'' dans ce répertoire. | ||
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| + | Créer un sous-répertoire ''Prochlorococcus'' et copier les fichiers peptides issues de '''Prokka''' dans ce repertoire. | ||
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| + | cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/. | ||
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Revision as of 16:59, 11 October 2021
Liens
Mise en œuvre
Nous allons utiliser le programme avec les paramètres par défaut. Nous utilisons le script donné en exemple comme modèle.
Créer un répertoire ~/work/OrthoFinder et copier le script test_OrthoFinder-2.2.1.sh dans ce répertoire.
cp /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster/test_OrthoFinder-2.2.1.sh prochlo_OrthoFinder-2.2.1.sh
Créer un sous-répertoire Prochlorococcus et copier les fichiers peptides issues de Prokka dans ce repertoire.
cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/.
