Atelier Phylogénomique OrthoFinder
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- | Nous allons utiliser le programme avec les paramètres par défaut. Nous utilisons le script donné en exemple comme modèle. | + | Nous allons utiliser le programme ''OrthoFinder'' avec les paramètres par défaut. Nous utilisons le script donné en exemple dans ''/usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster'' comme modèle. |
Créer un répertoire ''~/work/OrthoFinder'' et copier le script ''test_OrthoFinder-2.2.1.sh'' dans ce répertoire. | Créer un répertoire ''~/work/OrthoFinder'' et copier le script ''test_OrthoFinder-2.2.1.sh'' dans ce répertoire. | ||
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cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/. | cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/. | ||
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+ | Le script copié est édité pour changer le repertoire de travail. | ||
+ | <pre style="color:purple;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap"> | ||
+ | sbatch prochlo_OrthoFinder-2.5.2.sh | ||
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+ | squeue -l -u <fleure> | ||
+ | </pre> | ||
+ | Par défaut, ''OrthoFinder'' crée un répertoire ''OrthoFinder'' dans le répertoire du protéome d'entrée (Prochlorococcus) et y place les résultats. |
Revision as of 07:20, 13 October 2021
Liens
Mise en œuvre
Nous allons utiliser le programme OrthoFinder avec les paramètres par défaut. Nous utilisons le script donné en exemple dans /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster comme modèle.
Créer un répertoire ~/work/OrthoFinder et copier le script test_OrthoFinder-2.2.1.sh dans ce répertoire.
cp /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster/test_OrthoFinder-2.2.1.sh prochlo_OrthoFinder-2.2.1.sh
Créer un sous-répertoire Prochlorococcus et copier les fichiers peptides issues de Prokka dans ce repertoire.
cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/.
Le script copié est édité pour changer le repertoire de travail.
sbatch prochlo_OrthoFinder-2.5.2.sh squeue -l -u <fleure>
Par défaut, OrthoFinder crée un répertoire OrthoFinder dans le répertoire du protéome d'entrée (Prochlorococcus) et y place les résultats.