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Atelier Phylogénomique OrthoFinder

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m (Mise en œuvre)
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*[https://github.com/davidemms/OrthoFinder OrthoFinder]
*[https://github.com/davidemms/OrthoFinder OrthoFinder]
==Mise en œuvre==
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Nous allons utiliser le programme ''OrthoFinder'' avec les paramètres par défaut. Nous utilisons le script donné en exemple dans ''/usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster'' comme modèle.
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Nous allons utiliser le programme ''OrthoFinder'' avec les paramètres par défaut (config.json].
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Nous utilisons le script donné en exemple dans ''/usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster'' comme modèle.
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/usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/OrthoFinder-2.5.2/config.json
Créer un répertoire ''~/work/OrthoFinder'' et copier le script ''test_OrthoFinder-2.2.1.sh'' dans ce répertoire.
Créer un répertoire ''~/work/OrthoFinder'' et copier le script ''test_OrthoFinder-2.2.1.sh'' dans ce répertoire.

Revision as of 07:30, 13 October 2021

Liens

Mise en œuvre

Nous allons utiliser le programme OrthoFinder avec les paramètres par défaut (config.json].

Nous utilisons le script donné en exemple dans /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster comme modèle.

/usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/OrthoFinder-2.5.2/config.json

Créer un répertoire ~/work/OrthoFinder et copier le script test_OrthoFinder-2.2.1.sh dans ce répertoire.

 cp /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster/test_OrthoFinder-2.2.1.sh prochlo_OrthoFinder-2.2.1.sh

Créer un sous-répertoire Prochlorococcus et copier les fichiers peptides issues de Prokka dans ce repertoire.

cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/.

Le script copié est édité pour changer le repertoire de travail.

sbatch prochlo_OrthoFinder-2.5.2.sh

squeue -l -u <fleure>

Par défaut, OrthoFinder crée un répertoire OrthoFinder dans le répertoire du protéome d'entrée (Prochlorococcus) et y place les résultats.