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Atelier Phylogénomique OrthoFinder

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m (Mise en œuvre)
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Nous utilisons le script donné en exemple dans ''/usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster'' comme modèle.
Nous utilisons le script donné en exemple dans ''/usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster'' comme modèle.
-
Créer un répertoire ''~/work/OrthoFinder'' et copier le script ''test_OrthoFinder-2.2.1.sh'' dans ce répertoire.
+
Créer un répertoire ''~/work/OrthoFinder'' et copier le script ''test_OrthoFinder-2.5.2.sh'' dans ce répertoire.
<pre style="color:purple;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
<pre style="color:purple;white-space: pre-wrap;white-space: -moz-pre-wrap;white-space: -pre-wrap;white-space: -o-pre-wrap">
-
  cp /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster/test_OrthoFinder-2.2.1.sh prochlo_OrthoFinder-2.2.1.sh
+
  cp /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster/test_OrthoFinder-2.5.2.sh prochlo_OrthoFinder-2.5.2.sh
</pre>
</pre>
Créer un sous-répertoire ''Prochlorococcus'' et copier les fichiers peptides issues de '''Prokka''' dans ce repertoire.
Créer un sous-répertoire ''Prochlorococcus'' et copier les fichiers peptides issues de '''Prokka''' dans ce repertoire.

Revision as of 07:50, 13 October 2021

Liens

Paramètres

Nous allons utiliser le programme OrthoFinder avec les paramètres par défaut (config.json].

  • diamond: sequence search program
  • DendroBLAST: gene tree inference

Mais vous pouvez utiliser n'importe quel programme d'alignement, de reconstruction d'arbre ou de comparaison de séquences que vous préférez. Pour utiliser un autre programme, il suffit de modifier le fichier de configuration appelé config.json dans le répertoire orthofinder. Le mieux est de créer un fichier au même format appelé config_orthofinder_user.json dans votre répertoire utilisateur.

/usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/OrthoFinder-2.5.2/config.json

Mise en œuvre

Nous utilisons le script donné en exemple dans /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster comme modèle.

Créer un répertoire ~/work/OrthoFinder et copier le script test_OrthoFinder-2.5.2.sh dans ce répertoire.

 cp /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster/test_OrthoFinder-2.5.2.sh prochlo_OrthoFinder-2.5.2.sh

Créer un sous-répertoire Prochlorococcus et copier les fichiers peptides issues de Prokka dans ce repertoire.

cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/.

Le script copié est édité pour changer le repertoire de travail.

sbatch prochlo_OrthoFinder-2.5.2.sh

squeue -l -u <fleure>

Par défaut, OrthoFinder crée un répertoire OrthoFinder dans le répertoire du protéome d'entrée (Prochlorococcus) et y place les résultats.