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* Concluez quant à l'intérêt potentiel de ces plantes dans des applications d'Ingénierie Végétale.
* Concluez quant à l'intérêt potentiel de ces plantes dans des applications d'Ingénierie Végétale.
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Revision as of 19:19, 7 December 2022

Les réponses aux exercices seront à fournir sur votre copie papier. Pensez à indiquez vos Nom et Prénom. Merci

Les principaux sites pour répondre aux questions

  • NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
  • EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
  • La suite de logiciel EMBOSS
  • Le programme Primer 3


Exercice 1

Indiquez sur votre copie uniquement les numéros des phrases VRAIES (attention toute réponse inadaptée comptera des points négatifs)

1. NCBI est un centre de ressources de données biologiques Européen
2. Un numéro d'accession est propre et unique à une séquence
3. UniprotKb est constituée de deux sections : SwissProt et TrEMBL
4. TrEMBL est une banque de données de séquences nucléiques
5. Une séquence au format fasta commence par le signe >
6. Des amorces PCR sont toujours complémentaires
7. Trois cadre de lecture sont définis sur une séquence nucléique
8. L'outil BLAST permet d'aligner 2 séquences entre-elles
9. Des méthodes d'alignement partiels sont utilisées pour identifier des régions de similarité entre deux séquences
10. Un alignement global permet d'aligner 2 séquences depuis le premier jusqu'au dernier résidu
11. ORFfinder du NCBI permet d'identifier des cadre de lecture sur une séquence
12. InterPro est une suite de logiciel dédie à l'analyse de séquences biologiques
13. L'alignement entre deux séquences protéiques, permet d'aligner des résidus identiques, similaires ou distincts

Exercice 2

La séquence dont le numéro d'accession Q68KI4 a été identifiée. Des plantes d'Arabidopsis thaliana génétiquement modifiés ont été obtenues à partir des informations obtenues sur cette séquence. Répondez aux différentes questions sur votre copie.


* Question 1

Justifiez chacune de vos réponses :
a) A quel organisme appartient Q68KI4?

b) Dans quelle banque de données cette séquence est-elle référencée ?

c) Quelle est la taille de cette séquence, vous préciserez l'unité (acides amines ou bases)

d) Dans quel compartiment cellulaire pourrait-on trouver cette séquence ?

e) Quelle pourrait-être la fonction de cette séquence ?

f) A quoi correspond le numéro d'accession NM_122597.3 ?


*Question 2

A partir de la séquence NM_122597.3 et en justifiant vos réponses :

a) Proposez un outil qui permettrait d'identifier si il existe des séquences similaires à NM_122597.3 chez les plantes

b) Indiquez le cadre de lecture ouvert sur cette séquence (position du codon start / du codon stop / taille de la protéine / numéro du cadre de lecture)

c) Indiquez si les amorces PCR proposées ci-dessous permettrait de cloner l'ORF dans un vecteur adapté pour la transformation des plantes. Justifiez votre réponse.

amorce sens: CACAGATGTACGCGGGAATG

amorce reverse: ACGTATACTGTCAGGCCGAG


* Question 3

Indiquez en quelques lignes une stratégie qui permettrait d'obtenir les plants d'Arabidopsis thaliana génétiquement modifiées.


* Question 4

Les plantules sauvages (non-tranformées) et génétiquement modifiées ont été cultivées in vitro sur milieu additionné ou non de Nacl (130 mM). Des photos des plantules ont été réalisées et sont présentées ci-dessous.

  • Quelle hypothèse de travail a conduit a mettre en place cette expérience ?
  • Commentez la figure de résultat.
  • Concluez quant à l'intérêt potentiel de ces plantes dans des applications d'Ingénierie Végétale.