silico.biotoul.fr
 

Enseignements

From silico.biotoul.fr

(Difference between revisions)
Jump to: navigation, search
(Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1))
(Biologie Computationnelle)
(197 intermediate revisions not shown)
Line 2: Line 2:
=== Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM) ===
=== Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM) ===
-
===='''Emploi du temps 2016-17'''====
+
===='''Emploi du temps 2018-19'''====
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
 +
 +
<html>
 +
<iframe src="https://calendar.google.com/calendar/embed?showTitle=0&amp;showCalendars=0&amp;mode=AGENDA&amp;height=400&amp;wkst=2&amp;hl=fr&amp;bgcolor=%23FFFFFF&amp;src=lic.bioinfo%40gmail.com&amp;color=%232952A3&amp;ctz=Europe%2FParis" style="border-width:0" width="550" height="400" frameborder="0" scrolling="no"></iframe>
 +
</html>
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
-
!colspan="4"|EDT L2 AADB
+
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
|-
|-
-
|                      || CM                                         || TD        ||  TP
+
|                      || CM U4-211                                  || TD        ||  TP
|-
|-
-
| semaine 04 - 23.01  || 13h30-15h30 U2-Vandel RB Bioinfo générale ||
+
| semaine 03 - 14.01  || 13h30-15h40 R. Barriot  Bioinfo générale           ||
|-
|-
-
| semaine 05 - 30.01  || 13h30-15h30 U1-Mathis FD Imagerie         ||          || 15h45-17h45 <br/> groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 et M7 <br/> groupes 3 & 4 en U2-209
+
| semaine 04 - 21.01  || 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie                   ||          || 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 06 - 06.02   || 13h30-15h30 U1-Mathis RB BdD              || 15h45-17h45<br/> groupes 1 & 2 en U2-119<br/> groupes 3 & 4 en Algeco 03 ||
+
| semaine 05 - 28.01   || 13h30-15h40 R. Barriot  Bases de Données            || 15h50-18h00 U2-114 & U2-118 ||
|-
|-
-
| semaine 08 - 20.02  ||                                           ||          || 13h30-15h30 groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 <br/> 15h45-17h45 groupes 3 & 4 en 4TP2-M6 4TP2-M7
+
| semaine 06 - 04.02  ||                                                     ||          || 13h30-15h40 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 09 - 27.02  || 13h30-15h30 U1-Mathis MB                  ||          || 15h45-17h45 <br/> groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 <br/> groupe 3 : 4TP4-P1 <br/> groupe 4 : 4TP4-P15
+
| semaine 07 - 11.02  || 13h30-15h40 M. Bonhomme                            ||          || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
 +
|-
 +
| semaine 08 - 18.02  || '''13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard'''                                            ||          ||
 +
<!--|-
 +
| semaine 10 - 04.03  ||                                          ||          ||
 +
-->
 +
|- 
 +
| semaine 10 - 04.03  || 13h30-15h40 G. Fichant SysBio                      ||          || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 10 - 06.03  || '''13h30-15h30 Contrôle continu en U4-Turing'''              ||          ||
+
| semaine 11 - 11.03  ||                                           || 13h30-15h40 GR.TD1 en U2-114 <br/> 15h50-18h00 GR.TD2 en U2-114 ||  
|-
|-
-
| semaine 11 - 13.03  || U2-Vandel GF/RB                            ||          || 15h45-17h45 <br/> groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 <br/> groupe 3 : 4TP4-P1 <br/> groupe 4 : 4TP4-P15
+
| semaine 13 - 25.03  ||                                           ||          || 13h30-15h40 groupe GR.TP1 en 4TP4-P0 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP2 en 4TP4-P0<br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP4-P0
|-
|-
-
| semaine 12 - 20.03   ||                                           || 13h30-15h30 groupes 3 & 4 en U2-118 <br/> 15h45-17h45 groupes 1 & 2 en U2-119 ||  
+
| semaine 15 - 08.04   || '''13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé  en U1-Mathis''' ||          ||  
|-
|-
-
| semaine 13 - 27.03   ||                                            ||          || '''<span style='color: #F00'>13h Consultation des copies en 4TP2-M6</span>''' <br/>13h30-15h30 groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 <br/> 15h45-17h45 groupes 3 & 4 en 4TP2-M6 4TP2-M7
+
| semaine 26 - 25.06   || '''7h45-9h45 Contrôle terminal session 2 en U3-104''' ||          ||  
-
|-
+
|}
-
| semaine 14 - 03.04  || '''13h30-15h30 Amphi Molliard - Contrôle terminal anticipé'''  ||          ||  
+
 
 +
 
 +
<!--
|-
|-
| semaine 20 - 15.05  ||                                            ||          || '''<span style='color: #F00'>12h-13h Consultation des copies en 4TP4-P15</span>'''  
| semaine 20 - 15.05  ||                                            ||          || '''<span style='color: #F00'>12h-13h Consultation des copies en 4TP4-P15</span>'''  
-
|}
 
-
'''Groupes de TP'''
+
'''Groupes de TD'''
{| style="border-collapse: separate; border-spacing: 0; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: #aabbcc; padding: 3px; width: 100%; background-color: #bbccdd; text-align: center;"
{| style="border-collapse: separate; border-spacing: 0; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: #aabbcc; padding: 3px; width: 100%; background-color: #bbccdd; text-align: center;"
-
!colspan="5"|Groupes de TP
+
!colspan="3"|Groupes de TD
|- style="background-color: #ddeeff;"
|- style="background-color: #ddeeff;"
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 1  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 1  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 2  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 2  
-
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 3
 
-
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 4
 
|- style="background-color: #ddeeff;"
|- style="background-color: #ddeeff;"
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |  
-
AVERSO JULIEN <br/>
 
-
BERLIN TRISTAN <br/>
 
-
BOULLIAT VINCENT <br/>
 
-
CERRUTI CLOE <br/>
 
-
COLIN ALEXANDRE <br/>
 
-
DAUPHIN BASTIEN <br/>
 
-
DELERIS KILIAN <br/>
 
-
FERNANDEZ MAXIMILIEN <br/>
 
-
FOURCAUD GUSTAVE <br/>
 
-
JMEL BOYER INES <br/>
 
-
LEBRUN TANGUY <br/>
 
-
LEFEVRE PAUL <br/>
 
-
RALAHY MAEVA <br/>
 
-
STUTZ MANON <br/>
 
-
TRUFFET ARTHUR <br/>
 
-
 
-
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |
 
-
BENHAMA LYDIA <br/>
 
-
BISSANE YOUSSEF <br/>
 
-
BOUILLAUD CLEMENTINE <br/>
 
-
CLEDASSOU VALENTIN <br/>
 
-
COPPEAUX ELOISE <br/>
 
-
DUPUYAU ROSELINE <br/>
 
-
FERHAH MANEL <br/>
 
-
FOURCADE MARIE <br/>
 
-
GAYET CEDRIC <br/>
 
-
HMILA IMEN <br/>
 
-
HOORELBECK - BROUQUI MARGAUX <br/>
 
-
MIRANDA-CAPET ROMAIN <br/>
 
-
NGUYEN HAI LINH <br/>
 
-
TARAYRE GABRIEL <br/>
 
-
VELPRAT LOIC <br/>
 
 +
L2 BCP<br/>
 +
et<br/>
 +
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : A jusqu'à G inclus)
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |  
-
AMO TEIHOARII <br/>
 
-
BONOTTO ELISE <br/>
 
-
CANUT BENJAMIN <br/>
 
-
COOKE JULIETTE <br/>
 
-
COSSOU MATTHIAS <br/>
 
-
DASSIEU CECILE <br/>
 
-
DURAND GAETAN <br/>
 
-
KHALED MERIEM <br/>
 
-
KHELIFI FATMA <br/>
 
-
LACOSTE Pierre <br/>
 
-
LAJAT AMANDINE <br/>
 
-
LANDURE BRICE <br/>
 
-
LORVELLEC MARIE <br/>
 
-
PERRIER MARION <br/>
 
-
SUIRE PAUL <br/>
 
-
 
+
L2/L3 BOPE<br/>
-
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |
+
et
-
ALBERT HEVIA FABIO <br/>
+
<br/>
-
BERNES - LASSERRE PASCALE <br/>
+
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : K à Z)
-
CHATELAIS MYLENE <br/>
+
-
DESCOMBE THOMAS <br/>
+
-
FLANER PRISCILLA <br/>
+
-
FOUGERON BAPTISTE <br/>
+
-
GENAIS MATTHIEU <br/>
+
-
INVERNIZZI MARIE <br/>
+
-
MAMODE ANTHONY <br/>
+
-
MARCHARD LAURA <br/>
+
-
PIPPO QUENTIN <br/>
+
-
RANTY SARAH <br/>
+
-
TEULIER MARIELLE <br/>
+
-
VAILLE MELANIE <br/>
+
-
VERA LEANDRO <br/>
+
|}
|}
 +
-->
===='''Supports de cours'''====
===='''Supports de cours'''====
Line 121: Line 75:
* CM3 [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|Introduction aux bases de données]]
* CM3 [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|Introduction aux bases de données]]
* CM4 [[Media:LBioinfo_Genetics_bis.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
* CM4 [[Media:LBioinfo_Genetics_bis.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
-
* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
+
* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2_2019.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
===='''Sujets de TD/TP'''====
===='''Sujets de TD/TP'''====
Line 131: Line 85:
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
-
* [[Media:TP_regulation_fls2.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
+
** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]]
 +
** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]
 +
** [[Media:TP_regulation_fls2.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
-
* [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]]
+
===='''Références'''====
-
<!-- * [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]] -->
+
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
=== BioAnalyse L3 BCP ===
=== BioAnalyse L3 BCP ===
Line 141: Line 97:
==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
-
* [[Media:1718_Planing_L3_Bioanalyse_BCP.pdf|Planning L3 BCP 2017_2018]]
+
* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
 +
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2019.pdf|Présentation de l'UE]]
 +
<!--
 +
-->
===='''Cours'''====
===='''Cours'''====
-
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2017.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
+
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2018.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
* CM2 : [[Media:banque_2017.pdf|Introduction aux banques de données]]
* CM2 : [[Media:banque_2017.pdf|Introduction aux banques de données]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
Line 163: Line 122:
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
-
* CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
+
<!-- * CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
-
* CC 2017 : [[Media:sujet_CC_Bioanalyse_L3BCP_2017_correction.pdf|Correction du contrôle continu 2017]]
+
* CC 2017 : [[Media:sujet_CC_Bioanalyse_L3BCP_2017_correction.pdf|Correction du contrôle continu 2017]] -->
=== BioAnalyse L3 2B2M ===
=== BioAnalyse L3 2B2M ===
Line 279: Line 238:
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
-
* [[Media:M1 Traitement de Donnees Biologiques - Statistiques et Analyses Multivariees.pdf|Statistiques et Analyses Multivariées - M. Bonhomme]]
+
* [[Media:M1 Traitement de Donnees Biologiques - Statistiques et Analyses Multivariees.pdf|Statistiques - M. Bonhomme]]
* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome - R. Barriot]]
* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome - R. Barriot]]
Line 298: Line 257:
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
-->
-->
 +
<big>'''Contrôle continu'''</big>
<big>'''Contrôle continu'''</big>
-
* Contrôle continu 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2017/|Sujet et fichiers à utiliser]]
+
* Contrôle continu 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2018/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
 +
<!--
 +
<big>'''Contrôle continu'''</big>
 +
* Contrôle continu 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2017/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
-->
<!--
<!--
Line 326: Line 291:
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
'''Support de cours:'''
'''Support de cours:'''
-
* [[Media: GEQ_presentation.pdf|présentation de GEQ - M. Bonhomme]]
+
* [[Media: GEQ_presentation1.pdf|présentation de GEQ - M. Bonhomme]]
* [[Media: GEQ_intro.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
* [[Media: GEQ_intro.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
* [[Media: GEQ_pgen.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
* [[Media: GEQ_pgen.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: Genetique-quantitative.pdf|GQ - Génétique-quantitative - C. Robert-Granié]]
+
* [[Media: CM_Genetique_Quantitative_2018.pdf|GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: Genetique-quantitative-Parente.pdf|GQ - Génétique-quantitative-apparentement - C. Robert-Granié]]
+
* [[Media: Carto_Marqueurs.pdf|GQ - Cartographie de marqueurs moléculaires - B. Mangin]]
* [[Media: Carto_Marqueurs.pdf|GQ - Cartographie de marqueurs moléculaires - B. Mangin]]
* [[Media: Carto_QTL.pdf|GQ - Cartographie de Quantitative Tait Loci - B. Mangin]]
* [[Media: Carto_QTL.pdf|GQ - Cartographie de Quantitative Tait Loci - B. Mangin]]
Line 338: Line 302:
* [[Media: TD1_GEQ_pgen.pdf|TD1 génétique des populations]]
* [[Media: TD1_GEQ_pgen.pdf|TD1 génétique des populations]]
* [[Media: TP1_genetic_diversity_drift.zip|TP1 génétique des populations]]
* [[Media: TP1_genetic_diversity_drift.zip|TP1 génétique des populations]]
-
* [[Media: TD-Génétique Statistique-2016.pdf|TD2 génétique quantitative liaison/association]]
+
* [[Media: TD-Génétique_Quantitative_2018.pdf|TD2 génétique quantitative]]
-
* [[Media: TP2-parente-moleculaire.zip|TP2 génétique quantitative parenté moléculaire]]
+
* [[Media: TP_heritability.zip|TP2 génétique quantitative]]
* [[Media: TD-backcross.pdf|TD3 génétique quantitative liaison/association]]
* [[Media: TD-backcross.pdf|TD3 génétique quantitative liaison/association]]
* [[Media: TP2-measureLD.zip|TP3 génétique quantitative mesures DL]]
* [[Media: TP2-measureLD.zip|TP3 génétique quantitative mesures DL]]
Line 348: Line 312:
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
* [[Media:CM1_EM_intro.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
* [[Media:CM1_EM_intro.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
-
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2015.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
+
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2019.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
-
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2015.pdf|Modèles évolutifs]]
+
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2019.pdf|Modèles évolutifs]]
-
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
+
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2019.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
-
* [[Media:CM6_EM_adapt_mol1.pdf|Adaptation moléculaire]]
+
* [[Media:cours_EM_adapt_mol.pdf|Adaptation moléculaire]]
'''Support TP : '''
'''Support TP : '''
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
-
<!--* [[Media:Correction_TP1_TP2_2017_new.pdf|Correction des TP1 et TP2]]
+
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2018.pdf|Correction des TP1 et TP2]]
-
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et COmD]] -->
+
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
 +
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2019.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
Line 392: Line 357:
==== Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM) ====
==== Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM) ====
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
-
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2017.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2018.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:Annotation2_v2_2017.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:annotation2_2019.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:HMM_2017.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
* [[Media:HMM_2017.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
Line 400: Line 365:
'''Tutoriels de TP :'''
'''Tutoriels de TP :'''
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/tutorial_annotation_new_NVU.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2019.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2017.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2017.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
Line 414: Line 379:
'''Contrôle continu :'''  
'''Contrôle continu :'''  
-
*'''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''vendredi 20 octobre'''. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.
+
*'''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''lundi 22 octobre'''. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.
-
* '''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 8 décembre'''  
+
* '''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 7 décembre'''  
-
** '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet_2017.docx|description du projet]]
+
** '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet.docx|description du projet]]
** '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers.docx|description des parsers]]
** '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers.docx|description des parsers]]
** '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
** '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
Line 438: Line 403:
==== Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM) ====
==== Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM) ====
-
<!--* [[Media:M1 MABS BBS Math Memento.pdf|Memento]] de Régine André-Obrecht-->
+
 
 +
'''Sujets de TP :'''
 +
 
* [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel
* [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel
* [[M1 BBS Math TD ACP|TD]] ACP
* [[M1 BBS Math TD ACP|TD]] ACP
Line 444: Line 411:
* [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités
* [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités
-
<!--
+
<big>'''Exam TP'''</big>
-
'''Contrôl continu décembre 2016'''
+
* Exam TP 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
-
* Sujet au format [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.html|HTML]] et [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.Rmd|Rmd]] et l'image nécessaire pour la compilation au niveau du dernier exercice [[silico:enseignement/m1/math/cc/CC.nfbl.png|CC.nfbl.png]]
+
 
-
-->
+
'''Liens :'''
 +
* http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
 +
 
 +
'''Références'''
 +
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
 +
 
 +
'''Projet 2018-19:'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2018-19.html|Sujet du projet 2018-19]]
 +
* constitution des groupes (2 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/M1BBS-Groupes-Projet-Math
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' les fêtes de fin d'année
 +
* Graphe à analyser pour chaque groupe
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g4.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g5.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g6.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g7.gr|Groupe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g8.gr|Groupe 8]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g9.gr|Groupe 9]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|Groupe 10]]
 +
 
 +
<!-- ARCHIVES
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g11.gr|Groupe 11]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g12.gr|Groupe 12]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g13.gr|Groupe 13]]
 +
 
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_3_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_5_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 8]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 9]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 10]]
 +
 
'''Projet 2017-18:'''
'''Projet 2017-18:'''
Line 461: Line 465:
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 6]]
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 6]]
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_5_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Marie G.]]
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_5_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Marie G.]]
 +
 +
 +
<big>'''Exam TP'''</big>
 +
* Exam TP 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
 +
<!--* [[Media:M1 MABS BBS Math Memento.pdf|Memento]] de Régine André-Obrecht-->
 +
 +
<!--
 +
'''Contrôl continu décembre 2016'''
 +
* Sujet au format [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.html|HTML]] et [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.Rmd|Rmd]] et l'image nécessaire pour la compilation au niveau du dernier exercice [[silico:enseignement/m1/math/cc/CC.nfbl.png|CC.nfbl.png]]
 +
-->
 +
<!-- * [[M1 MABS CC Math 2012-12]] -->
<!-- * [[M1 MABS CC Math 2012-12]] -->
Line 471: Line 487:
-->
-->
-
'''Références'''
 
-
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
 
Line 500: Line 514:
==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM) ====
==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM) ====
-
 
-
<!--
 
-
'''Emploi du temps 2015-16'''
 
-
Les CM ont lieu en salle S20, les TP en salle 4TP4-P1.
 
-
{| class="wikitable"
 
-
!colspan="4"|EDT M1 Traitement de graphes et réseaux biologiques
 
-
|-
 
-
|                    || CM mardi 15h45-17h45 en S20    || TP mercredi 13h30-17h30 en 4TP4-P1
 
-
|-
 
-
| semaine 3 - 18.01    || RB CM1 Intro, notions et définitions ||
 
-
|-
 
-
| semaine 4 - 25.01    || RB CM2 représentation et premiers algo (DFS) ||
 
-
|-
 
-
| semaine 5 - 01.02    || RB CM3 algos (détection de cycles, tri topologique)        || RB TP1 Cytoscape, DFS Python
 
-
|-
 
-
| semaine 6 - 08.02    || RB CM4 algos (BFS, Dijkstra, Floyd-Warshall)        ||
 
-
|-
 
-
| semaine 7 - 15.02    || RB CM5 algos (MST Kruskall et Prim, Marches aléatoires, TribeMCL, Motif / Kavosh)        || RB TP2 BFS, plus courts chemins
 
-
|-
 
-
| semaine 8 - 22.01    || RB CM6 Dessin        ||
 
-
|-
 
-
| semaine 9 - 29.02    ||                      ||  RB TP3 dessin, librairie igraph
 
-
|-
 
-
| semaine 10 - 07.03  || YQ Partitionnement et détection de communautés        || YQ TP4 détection de communautés
 
-
|}
 
-
-->
 
'''Supports de cours'''
'''Supports de cours'''
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes.pdf‎|Support de cours (communautés)]]
<!--
<!--
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
-
-->
 
-
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2015.pdf‎|Support de cours (communautés)]]
 
 +
-->
'''Supports de TD/TP:'''  
'''Supports de TD/TP:'''  
-
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP]] Visualisation et exploration de graphes
+
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP1]] Visualisation et exploration de graphes
-
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP]] Librairie et parcours de graphes
+
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP1-2-3-4]] Librairie et parcours de graphes
-
* [[M1 BBS Graphes TP Librairies R|TP]] Librairies R
+
* [[M1 BBS Graphes TP Librairies R|TP4]] Librairies R
-
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
+
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes|TP5]] Recherche de communautés dans les graphes
-
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes|TP]] Recherche de communautés dans les graphes
+
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP ancien]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
-
'''Projets 2017-18'''
+
<!--
 +
'''Projets 2018-19'''
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
 +
-->
'''Liens:'''
'''Liens:'''
Line 559: Line 549:
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
 +
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
 +
* [http://rosalind.info rosalind] : apprentissage python en bioinformatique
'''Références'''
'''Références'''
Line 566: Line 558:
* <i>Kavosh: a new algorithm for finding network motifs</i>, Kashani <i>et al.</i>, BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
* <i>Kavosh: a new algorithm for finding network motifs</i>, Kashani <i>et al.</i>, BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
* <i>Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction</i>, Faust <i>et al.</i>, Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
* <i>Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction</i>, Faust <i>et al.</i>, Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
 +
 +
<!--
 +
'''Emploi du temps 2015-16'''
 +
Les CM ont lieu en salle S20, les TP en salle 4TP4-P1.
 +
{| class="wikitable"
 +
!colspan="4"|EDT M1 Traitement de graphes et réseaux biologiques
 +
|-
 +
|                    || CM mardi 15h45-17h45 en S20    || TP mercredi 13h30-17h30 en 4TP4-P1
 +
|-
 +
| semaine 3 - 18.01    || RB CM1 Intro, notions et définitions ||
 +
|-
 +
| semaine 4 - 25.01    || RB CM2 représentation et premiers algo (DFS) ||
 +
|-
 +
| semaine 5 - 01.02    || RB CM3 algos (détection de cycles, tri topologique)        || RB TP1 Cytoscape, DFS Python
 +
|-
 +
| semaine 6 - 08.02    || RB CM4 algos (BFS, Dijkstra, Floyd-Warshall)        ||
 +
|-
 +
| semaine 7 - 15.02    || RB CM5 algos (MST Kruskall et Prim, Marches aléatoires, TribeMCL, Motif / Kavosh)        || RB TP2 BFS, plus courts chemins
 +
|-
 +
| semaine 8 - 22.01    || RB CM6 Dessin        ||
 +
|-
 +
| semaine 9 - 29.02    ||                      ||  RB TP3 dessin, librairie igraph
 +
|-
 +
| semaine 10 - 07.03  || YQ Partitionnement et détection de communautés        || YQ TP4 détection de communautés
 +
|}
 +
-->
==== Fouille de données (EMBIA2DM) ====
==== Fouille de données (EMBIA2DM) ====
Line 620: Line 638:
'''Projet'''
'''Projet'''
<!-- * [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet -->
<!-- * [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet -->
-
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/sujet.html|Sujet]] 2016-17
+
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/sujet.html|Sujet]]
'''Liens'''
'''Liens'''
Line 641: Line 659:
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
 +
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
=== Master 1 - MEEF ===
=== Master 1 - MEEF ===
Line 654: Line 673:
-->
-->
-
'''Supports de Cours :'''
+
 
-
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
+
<!--
<!--
 +
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
 +
-->
-->
== Master 2 ==
== Master 2 ==
 +
=== Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy ===
 +
=====Supports de cours =====
 +
* [[Media:annotation1_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:annotation2_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données (cours de L3 Bioanalyse)]]
 +
 +
=====Tutoriels de TP=====
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/tutorial_annotation_new_NVU.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
 +
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
 +
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
 +
 +
* [[silico:enseignement/m2pro-diag/Bioinfo/TD_16srRNA/16SRNA_Tutorial_de _BioInformatique.htm|Identification des bactéries à l'aide de l'ARNr 16S]]
=== Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
=== Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
Line 675: Line 708:
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
-
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s sauf une qui ne sera prise que par une personne. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
+
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
'''
'''
* '''Atelier Métabolomique'''
* '''Atelier Métabolomique'''
** Article 1 :
** Article 1 :
-
*** [[Media:Christian2009.pdf|An integrative approach towards completing genome-scale metabolic networks]]
+
*** [[Media:Frezza2011.pdf|Haem oxygenase is synthetically lethal with the tumour suppressor fumarate hydratase]]
-
*** Supplementary information à récupérer sur http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2009/mb/b915913b#!divAbstract
+
* '''Atelier ChipSeq'''
* '''Atelier ChipSeq'''
** Article 1 :  
** Article 1 :  
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
-
*** Supplementary information à récupérer sur http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2009/mb/b915913b#!divAbstract
+
*** [[Media:MACS_Sup_data.pdf |Supplementary information]]
** Article 2 :  
** Article 2 :  
-
*** [[Media:MINCEseq.pdf|Transcriptional Regulators Compete with Nucleosomes Post-replication]]
+
*** [[Media:Buenrostro_2018.pdf|Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation]]
-
*** [[Media:MINCEseq_supdata1.pdf| supplementary information for Regulators Compete with Nucleosomes Post-replication]]]
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741830446X?via%3Dihub
* '''Atelier Phylogénomique'''
* '''Atelier Phylogénomique'''
** Article 1 :  
** Article 1 :  
-
*** [[Media:Simon_et_al_2017.pdf|Phylogenomics of Rhodobacteraceae reveals evolutionary adaptation to marine and non-marine habitats]]
+
*** [[Media:Thakur_Guttman_2016.pdf| A De-Novo Genome Analysis Pipeline (DeNoGAP) for large-scale comparative prokaryotic genomics studies]]
-
*** Supplementary information à récupérer sur http://www.nature.com/ismej/journal/v11/n6/full/ismej2016198a.html
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1142-2
** Article 2
** Article 2
-
***[[Media:Bruto_et_al_2014.pdf|Analysis of genes contributing to plant-beneficial functions in plant growth-promoting rhizobacteria andrelated Proteobacteria]]
+
***[[Media:Ali_et_al_2019.pdf|Identifying Clusters of High Confidence Homologies in Multiple Sequence Alignments]]
-
***[[Media:Bruto_et_al_2014_supdata.pdf|supplementary information for Analysis of genes...]]
+
 
* '''Atelier Modélisation'''
* '''Atelier Modélisation'''
** Article 1 :
** Article 1 :
-
*** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|From qualitative data to quantitative models: analysis of the phage shock protein stress response in Escherichia coli]]
+
*** [[Media:Weyder_et_al_2018.pdf|Dynamic Modeling of Streptococcus pneumoniae Competence Provides Regulatory Mechanistic Insights Into Its Tight Temporal Regulation]]
-
*** [[Media:2011_Toni_supplement.pdf| supplementary information for From qualitative data to quantitative models...]]
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01637/full#supplementary-material
** Article 2 :
** Article 2 :
-
*** [[Media:Haustenne_et_al_2015.pdf|Modeling of the ComRS Signaling Pathway Reveals the Limiting Factors Controlling Competence in Streptococcus thermophilus]]
+
*** [[Media:Li_et_al_2008.pdf|A Quantitative Study of the Division Cycle of Caulobacter crescentus Stalked Cells]]
-
*** [[Media:Haustenne_supdata1.docx| supplementary information 1 for Modeling of the ComRS Signaling...]]
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0040009
-
*** [[Media:Haustenne_supdata2.xlsx| supplementary information f2 or Modeling of the ComRS Signaling...]]
+
 
-
*** [[Media:Haustenne_supdata3.pdf| supplementary information 2 for Modeling of the ComRS Signaling...]]
+
-
** Article 3 :
+
-
*** [[Media:Borenstein_2012.pdf|Computational systems biology and ''in silico'' modeling of the human microbiome]]
+
-
** Article 4 :
+
-
*** [[Media:Self_assembly_sys_biol_2017.pdf|Quantitative computational models of molecular self-assembly in systems biology]]
+
===== Calendrier des présentations =====
===== Calendrier des présentations =====
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
-
!colspan="4"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
+
!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
-
|-
+
-
|lundi 9 octobre 9h30-10h30 :
+
-
|article Atelier Métabolomique (Delphine, Allan)
+
|-
|-
-
|mardi 17 octobre 9h30-11h30 :  
+
|lundi 23 septembre 9h30-11h30 :
-
|articles Atelier Phylogénomique
+
|articles Atelier Métabolomique
-
|article 2 : 9H30-10h30 (Kathy, Guillaume)
+
|article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine)
-
|article 1 : 10h30-11h30 (Ségolène, Anaïs)
+
|
 +
||Commentaires : 11h-11h30
|-
|-
-
|mardi 17 octobre 13h30-15h30 :
+
|lundi 23 septembre 13h30-16h :
-
|articles Atelier Modélisation
+
|articles Atelier Modélisation  
-
|article 1 : 13h30-14h30 (Fanny, Eva)
+
|article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane)
-
|article 3: 14h30-15h30 (Michelle, Caroline)
+
|article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara)
 +
|Commentaires : 15h30-16h
|-
|-
-
|mardi 17 octobre 15h45-18h00 :
+
|mardi 24 septembre 9h30-12h :  
-
|articles Atelier Modélisation
+
|article Atelier Phylogénomique
-
|article 2 : 15h45-16h45 (Anna, Emilien)
+
|article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey)
-
|article 4 : 16h45-17h45 (Fadoua, Hoang)
+
|article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé)
 +
|Commentaires : 11h30-12h
|-
|-
-
|lundi 6 novembre 9h30-11h :
+
|mardi 24 septembre 14h-16h30 :
-
|articles Atelier ChipSeq  
+
|articles Atelier ChipSeq
-
|article 1 : 9h30-10h (Flavien)
+
|article 1 : 14h-15h (Marion, Julien)
-
|article 2 : 10h-11h (Abdel, Robel)
+
|article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn)
 +
|Commentaires : 16h-16h30
|}
|}
Line 761: Line 789:
*[[Media:tp_abc.pdf|TP estimation de paramètres par une approche ABC]] '''
*[[Media:tp_abc.pdf|TP estimation de paramètres par une approche ABC]] '''
*[[https://github.com/willyrv/BioInfoCours]] autres documents
*[[https://github.com/willyrv/BioInfoCours]] autres documents
 +
 +
=====Atelier Phylogénomique=====
 +
Intervenants : Hélène Chiapello, Kathy.De-Sousa, Claire Hoede et Yves Quentin
 +
 +
[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique Atelier de Phylogénomique]
===== Biologie des Systèmes - R. Barriot =====
===== Biologie des Systèmes - R. Barriot =====
Line 766: Line 799:
* [[M2 BBS TP GRNs]]
* [[M2 BBS TP GRNs]]
 +
 +
===== Biologie des Systèmes - G. Czaplicki =====
 +
 +
* [[Media:document_GC.pdf|Support de cours]] '''
 +
 +
Fichiers avec les codes :
 +
* [[Media:banana.m|banana.m]] '''
 +
* [[Media:ftest.m|ftest.m]] '''
 +
* [[Media:Rate.m|Rate.m]] '''
 +
* [[Media:SMarquardt.m|SMarquardt.m]] '''
 +
* [[Media:compet.dat|compet.dat]] '''
===== Biologie des Systèmes - G. Fichant =====
===== Biologie des Systèmes - G. Fichant =====
Line 773: Line 817:
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie partie 2 ]]'''
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie partie 2 ]]'''
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
-
* [[Media:Petri_net_2017.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
+
* [[Media:Petri_net_2018.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
* [[Media:parameter_estimation_2017.pdf|parameter estimation]]'''
* [[Media:parameter_estimation_2017.pdf|parameter estimation]]'''
Line 783: Line 827:
'''TP :'''
'''TP :'''
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
 +
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]
** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]
Line 791: Line 836:
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]
** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]
-
*'''TP2 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
+
 
-
** [[Media:opron_lactose_2017.pdf|Short biological description of the lactose operon regulation]]
+
*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
-
** [[Media:constantes_2017.txt|stochastic constant file]]
+
** [[Media:tp_repressilator_2018.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
-
*'''TP3 : modeling of the repressilator:'''
+
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
-
** [[Media:tp_repressilator_2017.pdf|Short biological description of the lactose operon regulation]]
+
 
-
** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
+
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
-
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]]
+
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
-
*'''TP4 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
+
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
-
** [[Media:TP_phosphate_new.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
+
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
 +
 
 +
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
 +
** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|Short biological description of the lactose operon regulation]]
 +
** [[Media:operon_lac_2018_last.spn|Modèle stochastique corrigé]]
 +
<!-- ** [[Media:constantes_2017.txt|stochastic constant file]]
 +
** [[Media:Constante_parameter_lactose_stochastique_2017.PNG|screen shot of the constant definition in the model]]-->
=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 ADAM] (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)===
=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 ADAM] (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)===
Line 806: Line 857:
'''Documents, partie E. Gaulin'''
'''Documents, partie E. Gaulin'''
-
* [[M2R_BV|Clonage in silico]]
+
* [[M2R_ADAM|Clonage in silico_BenchLing]]
 +
* [[M2R_BV|Clonage in silico_pDRAW]]
-
'''Examen 2017-2018'''
+
<!--
-
'''Documents, partie E. Gaulin'''
+
-
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
+
-
'''Documents, sujet C Albenne'''
+
'''Examen 2019-2020'''
-
*[[Media:M2R_2017-Albenne.pdf|Sujet C Albenne]]
+
-
'''Documents, partie C. Mathé'''
+
 
 +
'''Partie E. Gaulin'''
 +
 
 +
Veuillez trouver ci-dessous, la séquence fasta de l'ORF du gène X (1 171 bases) que l'on souhaite cloner dans le vecteur pCAMBIA
 +
 
 +
'''>ORF_X'''
 +
 
 +
ACTTCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTT
 +
GTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGGAAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATG
 +
CCATTTTTGGAGCTTTCGAGCTCATAACACAGGTGAGCGCGACGAATGGATCCCTCGCTA
 +
ATAACATCATGGTCGTGGGCGCCGTCCTTGCGGCGCTCGTCGCCGGCGGGTCGTGCGGGC
 +
CCCCGAAGGTGCCACCCGGCCCCAACATCACCACCAACTACAACGGCAAGTGGCTCACCG
 +
CTAGGGCCACCTGGTACGGTCAGCCCAACGGTGCCGGCGCTCCTGACAACGGCGGTGCGT
 +
GCGGGATCAAGAACGTGAACCTGCCACCCTACAGCGGCATGACGGCGTGCGGCAACGTCC
 +
CCATCTTCAAGGACGGCAAGGGCTGCGGCTCATGCTACGAGGTGAGATGCAAGGAAAAAC
 +
CTGAGTGCTCGGGCAATCCAGTCACGGTGTACATCACTGACATGAACTACGAACCTATCG
 +
CTCCCTACCACTTCGACTTGAGCGGCAAGGCCTTCGGCTCCCTGGCAAAGCCCGGGCTCA
 +
ACGACAAGATTCGCCACTGCGGCATCATGGACGTCGAGTTCAGAAGGGTGCGATGCAAGT
 +
ACCCCGCCGGGCAGAAGATCGTGTTCCACATCGAGAAGGGCTGCAACCCCAACTACCTGG
 +
CCGTGCTGGTGAAGTATGTGGCGGACGACGGCGACATCGTGCTGATGGAAATCCAGGACA
 +
AGTTGTCGGCTGAGTGGAAGCCCATGAAGCTCTCTTGGGGCGCCATCTGGAGGATGGACA
 +
CTGCCAAGGCGCTCAAGGGCCCCTTCTCCATCCGCCTCACCAGCGAGTCCGGCAAGAAGG
 +
TCATCGCCAAAGACGTCATCCCGGCGAACTGGAGACCCGATGCCGTCTACACTTCCAACG
 +
TCCAATTTTACGTAACTTTGAATTCCCTTCGATTCATCCGGCACAGCGGGCTATGGACCT
 +
TCAGCAGCAAGCTAATTAAGTTGGCAGCATGCACCGCTAACCTTATATACTACTGAGACT
 +
TCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTTGTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGG
 +
AAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATGCCATTTTTGGAAGCTTGGCTTTCGAGGGTACC
 +
CCTGATAGTT
 +
 
 +
 
 +
 
 +
'''Partie C. Mathé'''
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
-
<!--
+
'''Partie C. Albenne'''
 +
 
 +
*[[Media:PGIP.pdb|Lien vers le PGIP]]
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
-------------------------------------------
 +
 
 +
 
 +
'''Examen 2018-2019'''
 +
 
 +
'''Partie E. Gaulin'''
 +
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
 +
 
 +
'''Partie C. Mathé'''
 +
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
 +
 
 +
'''Partie C. Albenne'''
 +
*[[Media:M2R_2018-Albenne.pdf|Sujet C Albenne]]
 +
 
 +
 
 +
*[[Media:EXPB1.doc|EXPB1]]
 +
*[[Media:2hcz.dsv|Structure]]
 +
 
 +
 
 +
 
 +
---------------------------------------------
 +
 
 +
 
 +
'''Examen 2017, partie E. Gaulin''' <br>
 +
 
 +
'''Documents, sujet C Albenne'''
 +
*[[Media:M2R_2017-Albenne.pdf|Sujet C Albenne]]
 +
 
'''Examen 2016, partie E. Gaulin''' <br>
'''Examen 2016, partie E. Gaulin''' <br>
Line 829: Line 943:
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
-
 
-
'''Documents, partie C. Mathé'''
 
-
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
 
'''Documents, partie C. Albenne'''
'''Documents, partie C. Albenne'''
* [[Media:EXP1.doc|Sequence fasta EXPB1]]
* [[Media:EXP1.doc|Sequence fasta EXPB1]]
* [[Media:2HCZ.pdb|Structure PDB]]
* [[Media:2HCZ.pdb|Structure PDB]]
 +
 +
-------------------------------------------------
 +
 +
==== Biologie Computationnelle (2019) ====
 +
 +
* [[M2R_ADAM|In silico cloning]]
 +
-->
-->
 +
 +
= Culture =
 +
 +
* Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
 +
* Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
 +
* Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
 +
* Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
 +
* Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.
= F.A.Q. =
= F.A.Q. =

Revision as of 15:16, 12 September 2019

Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)

Emploi du temps 2018-19

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris

EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
CM U4-211 TD TP
semaine 03 - 14.01 13h30-15h40 R. Barriot Bioinfo générale
semaine 04 - 21.01 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
semaine 05 - 28.01 13h30-15h40 R. Barriot Bases de Données 15h50-18h00 U2-114 & U2-118
semaine 06 - 04.02 13h30-15h40 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
15h50-18h00 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 07 - 11.02 13h30-15h40 M. Bonhomme 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 08 - 18.02 13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard
semaine 10 - 04.03 13h30-15h40 G. Fichant SysBio 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 11 - 11.03 13h30-15h40 GR.TD1 en U2-114
15h50-18h00 GR.TD2 en U2-114
semaine 13 - 25.03 13h30-15h40 groupe GR.TP1 en 4TP4-P0
15h50-18h00 groupe GR.TP2 en 4TP4-P0
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP4-P0
semaine 15 - 08.04 13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé en U1-Mathis
semaine 26 - 25.06 7h45-9h45 Contrôle terminal session 2 en U3-104


Supports de cours

Sujets de TD/TP

Références

  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

BioAnalyse L3 BCP

Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)

Cours

TPs

Exemples de contrôle continu corrigé

BioAnalyse L3 2B2M

TPs


Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)

Initiation à la 'Bioanalyse'


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Contrôle continu



Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Supports de cours :

Support TP :

Support TD :

Exemple CC corrigé :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalisation du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 22 octobre. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

Sujets de TP :

  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités

Exam TP

Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Projet 2018-19:





Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP1 Visualisation et exploration de graphes
  • TP1-2-3-4 Librairie et parcours de graphes
  • TP4 Librairies R
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes
  • TP ancien Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph


Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD/TP

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet

Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy

Supports de cours
Tutoriels de TP

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
lundi 23 septembre 9h30-11h30 : articles Atelier Métabolomique article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine) Commentaires : 11h-11h30
lundi 23 septembre 13h30-16h : articles Atelier Modélisation article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane) article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara) Commentaires : 15h30-16h
mardi 24 septembre 9h30-12h : article Atelier Phylogénomique article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey) article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé) Commentaires : 11h30-12h
mardi 24 septembre 14h-16h30 : articles Atelier ChipSeq article 1 : 14h-15h (Marion, Julien) article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn) Commentaires : 16h-16h30
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Atelier Génétique Satistique - S. Boitard

Support de cours et TD:

TP :

Atelier Phylogénomique

Intervenants : Hélène Chiapello, Kathy.De-Sousa, Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique

Biologie des Systèmes - R. Barriot


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :

Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Culture

  • Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
  • Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
  • Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
  • Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
  • Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)