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Enseignements

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m (Sujets de TD/TP)
(Biologie Computationnelle)
(68 intermediate revisions not shown)
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| semaine 05 - 28.01  || 13h30-15h40 R. Barriot  Bases de Données            || 15h50-18h00 U2-114 & U2-118 ||
| semaine 05 - 28.01  || 13h30-15h40 R. Barriot  Bases de Données            || 15h50-18h00 U2-114 & U2-118 ||
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| semaine 06 - 04.02  ||                                                    ||          || 13h30-15h40 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7 <br/> 15h50-18h00 groupe 2B2M en 4TP2-M6
+
| semaine 06 - 04.02  ||                                                    ||          || 13h30-15h40 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 07 - 11.02  || 13h30-15h40 M. Bonhomme                            ||          || 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7 <br/> 15h50-18h00 groupe 2B2M en 4TP2-M6
+
| semaine 07 - 11.02  || 13h30-15h40 M. Bonhomme                            ||          || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
|-  
|-  
| semaine 08 - 18.02  || '''13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard'''                                            ||          ||  
| semaine 08 - 18.02  || '''13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard'''                                            ||          ||  
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| semaine 10 - 04.03  || 13h30-15h40 G. Fichant SysBio                      ||          || 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
+
| semaine 10 - 04.03  || 13h30-15h40 G. Fichant SysBio                      ||          || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 11 - 11.03  ||                                            || 13h30-15h40 BCP en U2-114 <br/> 15h50-18h00 BOPE & 2B2M en U2-114 ||  
+
| semaine 11 - 11.03  ||                                            || 13h30-15h40 GR.TD1 en U2-114 <br/> 15h50-18h00 GR.TD2 en U2-114 ||  
|-
|-
-
| semaine 13 - 25.03  ||                                            ||          || 13h30-15h40 groupe BOPE + 9 ét. BCP en 4TP2-M7 <br/> 15h50-18h00 17 ét. BCP en 4TP2-M7<br/> 18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
+
| semaine 13 - 25.03  ||                                            ||          || 13h30-15h40 groupe GR.TP1 en 4TP4-P0 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP2 en 4TP4-P0<br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP4-P0
|-
|-
-
| semaine 15 - 23.04  || '''13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé  en U2-Frenet''' ||          ||  
+
| semaine 15 - 08.04  || '''13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé  en U1-Mathis''' ||          ||
 +
|-
 +
| semaine 26 - 25.06  || '''7h45-9h45 Contrôle terminal session 2 en U3-104''' ||          ||  
|}
|}
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* CM3 [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|Introduction aux bases de données]]
* CM3 [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|Introduction aux bases de données]]
* CM4 [[Media:LBioinfo_Genetics_bis.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
* CM4 [[Media:LBioinfo_Genetics_bis.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
-
* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
+
* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2_2019.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
===='''Sujets de TD/TP'''====
===='''Sujets de TD/TP'''====
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* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
-
<!--* [[Media:TP_regulation_fls2.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]-->
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** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]]  
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** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]
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<!-- * [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]] -->
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** [[Media:TP_regulation_fls2.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
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<!-- * [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]] -->
+
===='''Références'''====
===='''Références'''====
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==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
-
* [[Media:1819_Planning_TPS et CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
+
* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
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* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2019.pdf|Présentation de l'UE]]
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'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
* [[Media:CM1_EM_intro.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
* [[Media:CM1_EM_intro.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
-
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2015.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
+
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2019.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
-
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2018.pdf|Modèles évolutifs]]
+
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2019.pdf|Modèles évolutifs]]
-
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
+
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2019.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
-
* [[Media:CM6_EM_adapt_mol1.pdf|Adaptation moléculaire]]
+
* [[Media:cours_EM_adapt_mol.pdf|Adaptation moléculaire]]
'''Support TP : '''
'''Support TP : '''
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
-
<!--* [[Media:Correction_TP1_TP2_2018.pdf|Correction des TP1 et TP2]]
+
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2018.pdf|Correction des TP1 et TP2]]
-
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
+
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
-
* [[Media:Quiz_arbres_ComE_ComD_reponses.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]] -->
+
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2019.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
Line 357: Line 359:
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2018.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2018.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:Annotation2_v2_2018.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:annotation2_2019.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:HMM_2017.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
* [[Media:HMM_2017.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
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'''Tutoriels de TP :'''
'''Tutoriels de TP :'''
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/tutorial_annotation_new_NVU.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2019.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2017.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2017.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
Line 528: Line 530:
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP ancien]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP ancien]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
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<!--
'''Projets 2018-19'''
'''Projets 2018-19'''
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
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'''Liens:'''
'''Liens:'''
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'''Projet'''
'''Projet'''
<!-- * [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet -->
<!-- * [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet -->
-
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/sujet.html|Sujet]] 2017-18
+
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/sujet.html|Sujet]]
'''Liens'''
'''Liens'''
Line 655: Line 659:
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
 +
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
=== Master 1 - MEEF ===
=== Master 1 - MEEF ===
Line 668: Line 673:
-->
-->
-
'''Supports de Cours :'''
+
 
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A venir...
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<!--
<!--
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
Line 704: Line 708:
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
-
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
+
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
'''
'''
Line 714: Line 718:
** Article 1 :  
** Article 1 :  
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
-
*** Supplementary information à récupérer sur http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2009/mb/b915913b#!divAbstract
+
*** [[Media:MACS_Sup_data.pdf |Supplementary information]]
** Article 2 :  
** Article 2 :  
*** [[Media:Buenrostro_2018.pdf|Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation]]
*** [[Media:Buenrostro_2018.pdf|Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741830446X?via%3Dihub
* '''Atelier Phylogénomique'''
* '''Atelier Phylogénomique'''
** Article 1 :  
** Article 1 :  
-
*** [[Media:Simon_et_al_2017.pdf|Phylogenomics of Rhodobacteraceae reveals evolutionary adaptation to marine and non-marine habitats]]
+
*** [[Media:Thakur_Guttman_2016.pdf| A De-Novo Genome Analysis Pipeline (DeNoGAP) for large-scale comparative prokaryotic genomics studies]]
-
*** Supplementary information à récupérer sur http://www.nature.com/ismej/journal/v11/n6/full/ismej2016198a.html
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1142-2
** Article 2
** Article 2
-
***[[Media:Bruto_et_al_2014.pdf|Analysis of genes contributing to plant-beneficial functions in plant growth-promoting rhizobacteria andrelated Proteobacteria]]
+
***[[Media:Ali_et_al_2019.pdf|Identifying Clusters of High Confidence Homologies in Multiple Sequence Alignments]]
-
***[[Media:Bruto_et_al_2014_supdata.pdf|supplementary information for Analysis of genes...]]
+
 
* '''Atelier Modélisation'''
* '''Atelier Modélisation'''
** Article 1 :
** Article 1 :
-
*** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|From qualitative data to quantitative models: analysis of the phage shock protein stress response in Escherichia coli]]
+
*** [[Media:Weyder_et_al_2018.pdf|Dynamic Modeling of Streptococcus pneumoniae Competence Provides Regulatory Mechanistic Insights Into Its Tight Temporal Regulation]]
-
*** [[Media:2011_Toni_supplement.pdf| supplementary information for From qualitative data to quantitative models...]]
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01637/full#supplementary-material
** Article 2 :
** Article 2 :
-
*** [[Media:Haustenne_et_al_2015.pdf|Modeling of the ComRS Signaling Pathway Reveals the Limiting Factors Controlling Competence in Streptococcus thermophilus]]
+
*** [[Media:Li_et_al_2008.pdf|A Quantitative Study of the Division Cycle of Caulobacter crescentus Stalked Cells]]
-
*** [[Media:Haustenne_supdata1.docx| supplementary information 1 for Modeling of the ComRS Signaling...]]
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0040009
-
*** [[Media:Haustenne_supdata2.xlsx| supplementary information f2 or Modeling of the ComRS Signaling...]]
+
 
-
*** [[Media:Haustenne_supdata3.pdf| supplementary information 2 for Modeling of the ComRS Signaling...]]
+
-
** Article 3 :
+
-
*** [[Media:Zhao_2018.pdf|Modelling the skip-and-resurgence of Japanese encephalitis epidemics in Hong Kong]]
+
===== Calendrier des présentations =====
===== Calendrier des présentations =====
Line 742: Line 744:
!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
|-
|-
-
|lundi 1 octobre 9h30-11h45 :
+
|lundi 23 septembre 9h30-11h30 :
-
|articles Atelier ChipSeq
+
|articles Atelier Métabolomique
-
|article 1 : 9H30-11h00 (Fulya, Pierre-Louis, Coralie)
+
|article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine)
-
|article 2 : 11h-11h30 (Callum)
+
|
-
|Commentaires : 11h30-11h45
+
||Commentaires : 11h-11h30
|-
|-
-
|lundi 1 octobre 13h30-15h45 :
+
|lundi 23 septembre 13h30-16h :
-
|articles Atelier Phylogénomique
+
|articles Atelier Modélisation
-
|article 1 : 13H30-14h30 (Manon, Sebastian)
+
|article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane)
-
|article 2 : 14h30-15h30 (Justine, Marie)
+
|article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara)
-
|Commentaires : 15h30-15h45
+
|Commentaires : 15h30-16h
|-
|-
-
|mardi 2 octobre 9h30-10h45 :  
+
|mardi 24 septembre 9h30-12h :  
-
|article Atelier Métabolomique
+
|article Atelier Phylogénomique
-
|article 1 : 9H30-10h30 (William, Julien)
+
|article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey)
-
|
+
|article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé)
-
|Commentaires : 10h30-10h45
+
|Commentaires : 11h30-12h
-
|-
+
-
|mardi 2 octobre 10h45-12h00 :
+
-
|article Atelier Modélisation
+
-
|article 3 : 10h45-11h45 (Edi, Chris)
+
-
|
+
-
|Commentaires : 11h45-12h  
+
|-
|-
-
|mardi 2 octobre 13h30-15h35 :
+
|mardi 24 septembre 14h-16h30 :
-
|articles Atelier Modélisation
+
|articles Atelier ChipSeq
-
|article 1 : 13h30-14h30 (Elisabeth, Clément)
+
|article 1 : 14h-15h (Marion, Julien)
-
|article 2 : 14h30-15h30 (Younes, Cyril)
+
|article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn)
-
|Commentaires : 15h30-15h45
+
|Commentaires : 16h-16h30
|}
|}
Line 861: Line 857:
'''Documents, partie E. Gaulin'''
'''Documents, partie E. Gaulin'''
-
* [[M2R_BV|Clonage in silico]]
+
* [[M2R_ADAM|Clonage in silico_BenchLing]]
 +
* [[M2R_BV|Clonage in silico_pDRAW]]
<!--
<!--
 +
 +
'''Examen 2019-2020'''
 +
 +
 +
'''Partie E. Gaulin'''
 +
 +
Veuillez trouver ci-dessous, la séquence fasta de l'ORF du gène X (1 171 bases) que l'on souhaite cloner dans le vecteur pCAMBIA
 +
 +
'''>ORF_X'''
 +
 +
ACTTCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTT
 +
GTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGGAAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATG
 +
CCATTTTTGGAGCTTTCGAGCTCATAACACAGGTGAGCGCGACGAATGGATCCCTCGCTA
 +
ATAACATCATGGTCGTGGGCGCCGTCCTTGCGGCGCTCGTCGCCGGCGGGTCGTGCGGGC
 +
CCCCGAAGGTGCCACCCGGCCCCAACATCACCACCAACTACAACGGCAAGTGGCTCACCG
 +
CTAGGGCCACCTGGTACGGTCAGCCCAACGGTGCCGGCGCTCCTGACAACGGCGGTGCGT
 +
GCGGGATCAAGAACGTGAACCTGCCACCCTACAGCGGCATGACGGCGTGCGGCAACGTCC
 +
CCATCTTCAAGGACGGCAAGGGCTGCGGCTCATGCTACGAGGTGAGATGCAAGGAAAAAC
 +
CTGAGTGCTCGGGCAATCCAGTCACGGTGTACATCACTGACATGAACTACGAACCTATCG
 +
CTCCCTACCACTTCGACTTGAGCGGCAAGGCCTTCGGCTCCCTGGCAAAGCCCGGGCTCA
 +
ACGACAAGATTCGCCACTGCGGCATCATGGACGTCGAGTTCAGAAGGGTGCGATGCAAGT
 +
ACCCCGCCGGGCAGAAGATCGTGTTCCACATCGAGAAGGGCTGCAACCCCAACTACCTGG
 +
CCGTGCTGGTGAAGTATGTGGCGGACGACGGCGACATCGTGCTGATGGAAATCCAGGACA
 +
AGTTGTCGGCTGAGTGGAAGCCCATGAAGCTCTCTTGGGGCGCCATCTGGAGGATGGACA
 +
CTGCCAAGGCGCTCAAGGGCCCCTTCTCCATCCGCCTCACCAGCGAGTCCGGCAAGAAGG
 +
TCATCGCCAAAGACGTCATCCCGGCGAACTGGAGACCCGATGCCGTCTACACTTCCAACG
 +
TCCAATTTTACGTAACTTTGAATTCCCTTCGATTCATCCGGCACAGCGGGCTATGGACCT
 +
TCAGCAGCAAGCTAATTAAGTTGGCAGCATGCACCGCTAACCTTATATACTACTGAGACT
 +
TCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTTGTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGG
 +
AAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATGCCATTTTTGGAAGCTTGGCTTTCGAGGGTACC
 +
CCTGATAGTT
 +
 +
 +
 +
'''Partie C. Mathé'''
 +
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
 +
 +
 +
'''Partie C. Albenne'''
 +
 +
*[[Media:PGIP.pdb|Lien vers le PGIP]]
 +
 +
 +
 +
 +
-------------------------------------------
 +
'''Examen 2018-2019'''
'''Examen 2018-2019'''
Line 911: Line 955:
-->
-->
 +
 +
= Culture =
 +
 +
* Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
 +
* Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
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* Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
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* Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
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* Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.
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Revision as of 15:16, 12 September 2019

Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)

Emploi du temps 2018-19

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris

EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
CM U4-211 TD TP
semaine 03 - 14.01 13h30-15h40 R. Barriot Bioinfo générale
semaine 04 - 21.01 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
semaine 05 - 28.01 13h30-15h40 R. Barriot Bases de Données 15h50-18h00 U2-114 & U2-118
semaine 06 - 04.02 13h30-15h40 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
15h50-18h00 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 07 - 11.02 13h30-15h40 M. Bonhomme 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 08 - 18.02 13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard
semaine 10 - 04.03 13h30-15h40 G. Fichant SysBio 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 11 - 11.03 13h30-15h40 GR.TD1 en U2-114
15h50-18h00 GR.TD2 en U2-114
semaine 13 - 25.03 13h30-15h40 groupe GR.TP1 en 4TP4-P0
15h50-18h00 groupe GR.TP2 en 4TP4-P0
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP4-P0
semaine 15 - 08.04 13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé en U1-Mathis
semaine 26 - 25.06 7h45-9h45 Contrôle terminal session 2 en U3-104


Supports de cours

Sujets de TD/TP

Références

  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

BioAnalyse L3 BCP

Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)

Cours

TPs

Exemples de contrôle continu corrigé

BioAnalyse L3 2B2M

TPs


Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)

Initiation à la 'Bioanalyse'


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Contrôle continu



Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Supports de cours :

Support TP :

Support TD :

Exemple CC corrigé :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalisation du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 22 octobre. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

Sujets de TP :

  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités

Exam TP

Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Projet 2018-19:





Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP1 Visualisation et exploration de graphes
  • TP1-2-3-4 Librairie et parcours de graphes
  • TP4 Librairies R
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes
  • TP ancien Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph


Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD/TP

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet

Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy

Supports de cours
Tutoriels de TP

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
lundi 23 septembre 9h30-11h30 : articles Atelier Métabolomique article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine) Commentaires : 11h-11h30
lundi 23 septembre 13h30-16h : articles Atelier Modélisation article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane) article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara) Commentaires : 15h30-16h
mardi 24 septembre 9h30-12h : article Atelier Phylogénomique article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey) article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé) Commentaires : 11h30-12h
mardi 24 septembre 14h-16h30 : articles Atelier ChipSeq article 1 : 14h-15h (Marion, Julien) article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn) Commentaires : 16h-16h30
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Atelier Génétique Satistique - S. Boitard

Support de cours et TD:

TP :

Atelier Phylogénomique

Intervenants : Hélène Chiapello, Kathy.De-Sousa, Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique

Biologie des Systèmes - R. Barriot


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :

Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Culture

  • Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
  • Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
  • Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
  • Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
  • Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)