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Enseignements

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m
(Biologie Computationnelle)
(980 intermediate revisions not shown)
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-
= Master 1 - MABS =
+
= Licence 2 et 3 Biologie  =
-
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/TD_transcriptome.html TD n°2 : Introduction à R et analyse de transcriptome]
+
=== Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM) ===
-
= Master Pro Diagnostique =
+
===='''Emploi du temps 2018-19'''====
-
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m2pro-diag/TD1_tutorial.html TD n°1 : Démarche pour identification de régions pour design de sondes]
+
 
 +
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
 +
 
 +
<html>
 +
<iframe src="https://calendar.google.com/calendar/embed?showTitle=0&amp;showCalendars=0&amp;mode=AGENDA&amp;height=400&amp;wkst=2&amp;hl=fr&amp;bgcolor=%23FFFFFF&amp;src=lic.bioinfo%40gmail.com&amp;color=%232952A3&amp;ctz=Europe%2FParis" style="border-width:0" width="550" height="400" frameborder="0" scrolling="no"></iframe>
 +
</html>
 +
 
 +
{| class="wikitable"
 +
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
 +
|-
 +
|                      || CM U4-211                                  || TD        ||  TP
 +
|-
 +
| semaine 03 - 14.01  || 13h30-15h40 R. Barriot  Bioinfo générale            ||
 +
|-
 +
| semaine 04 - 21.01  || 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie                    ||          || 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
 +
|-
 +
| semaine 05 - 28.01  || 13h30-15h40 R. Barriot  Bases de Données            || 15h50-18h00 U2-114 & U2-118 ||
 +
|-
 +
| semaine 06 - 04.02  ||                                                    ||          || 13h30-15h40 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
 +
|-
 +
| semaine 07 - 11.02  || 13h30-15h40 M. Bonhomme                            ||          || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
 +
|-
 +
| semaine 08 - 18.02  || '''13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard'''                                            ||          ||
 +
<!--|-
 +
| semaine 10 - 04.03  ||                                          ||          ||
 +
-->
 +
|- 
 +
| semaine 10 - 04.03  || 13h30-15h40 G. Fichant SysBio                      ||          || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
 +
|-
 +
| semaine 11 - 11.03  ||                                            || 13h30-15h40 GR.TD1 en U2-114 <br/> 15h50-18h00 GR.TD2 en U2-114 ||
 +
|-
 +
| semaine 13 - 25.03  ||                                            ||          || 13h30-15h40 groupe GR.TP1 en 4TP4-P0 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP2 en 4TP4-P0<br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP4-P0
 +
|-
 +
| semaine 15 - 08.04  || '''13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé  en U1-Mathis''' ||          ||
 +
|-
 +
| semaine 26 - 25.06  || '''7h45-9h45 Contrôle terminal session 2 en U3-104''' ||          ||
 +
|}
 +
 
 +
 
 +
<!--
 +
|-
 +
| semaine 20 - 15.05  ||                                            ||          || '''<span style='color: #F00'>12h-13h Consultation des copies en 4TP4-P15</span>'''
 +
 
 +
'''Groupes de TD'''
 +
 
 +
{| style="border-collapse: separate; border-spacing: 0; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: #aabbcc; padding: 3px; width: 100%; background-color: #bbccdd; text-align: center;"
 +
!colspan="3"|Groupes de TD
 +
|- style="background-color: #ddeeff;"
 +
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 1
 +
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 2
 +
|- style="background-color: #ddeeff;"
 +
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |
 +
 
 +
L2 BCP<br/>
 +
et<br/>
 +
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : A jusqu'à G inclus)
 +
 
 +
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |
 +
 
 +
L2/L3 BOPE<br/>
 +
et
 +
<br/>
 +
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : K à Z)
 +
 
 +
|}
 +
-->
 +
 
 +
===='''Supports de cours'''====
 +
* CM1 [[Media:LBioinfo.intro.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
 +
* CM2 [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]]
 +
* CM3 [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|Introduction aux bases de données]]
 +
* CM4 [[Media:LBioinfo_Genetics_bis.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
 +
* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2_2019.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
 +
 
 +
===='''Sujets de TD/TP'''====
 +
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Traitement d'images|TP1]] Traitement d'images
 +
* [[L2-L3 Bioinfo - TD Bases de donnees - correction|TD1]] Bases de données
 +
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Bases de donnees|TP2]] Bases de données
 +
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)|TP3]] Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)
 +
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Banques de données et analyse de séquences|TP4]] Banques de données et analyse de séquences
 +
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique
 +
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
 +
** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]]
 +
** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]
 +
** [[Media:TP_regulation_fls2.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
 +
 
 +
===='''Références'''====
 +
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
 +
 
 +
=== BioAnalyse L3 BCP ===
 +
 
 +
 
 +
==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
 +
 
 +
* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
 +
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2019.pdf|Présentation de l'UE]]
 +
<!--
 +
-->
 +
 
 +
===='''Cours'''====
 +
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2018.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
 +
* CM2 : [[Media:banque_2017.pdf|Introduction aux banques de données]]
 +
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
 +
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
 +
* CM5 : [[Media:Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
 +
* CM6 : [[Media:AlignementMultiple_2017.pdf|Alignement multiple]]
 +
* CM6 : [[Media:motif_profil_2017.pdf|Motif et domaine fonctionnels]]
 +
 
 +
===='''TPs'''====
 +
 
 +
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
 +
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
 +
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
 +
* TP4 : [[TD4_Bioanalyse|BLAST, alignement multiple, signature protéique]]
 +
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
 +
 
 +
===='''Exemples de contrôle continu corrigé'''====
 +
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
 +
<!-- * CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2017 : [[Media:sujet_CC_Bioanalyse_L3BCP_2017_correction.pdf|Correction du contrôle continu 2017]] -->
 +
 
 +
=== BioAnalyse L3 2B2M ===
 +
 
 +
===='''TPs'''====
 +
 
 +
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
 +
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
 +
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
 +
* TP4 : [[TD4_Bioanalyse|BLAST, alignement multiple, signature protéique]]
 +
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
 +
 
 +
 
 +
 
 +
= Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)  =
 +
=== Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM) ===
 +
<!--
 +
TP pour une seance unique de 4h
 +
* TP : [[TP Initiation Bioanalyse |Initiation Bioanalyse]]
 +
-->
 +
Initiation à la 'Bioanalyse'
 +
 
 +
* TP1 : [[TD1_Genome Selection Plantes|Interrogation des banques de données et recherche par similarité]]
 +
* TP2 : [[TD2_Genome Selection Plantes|Alignement multiples et signatures proteiques]]
 +
 
 +
<!--
 +
==== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM) ====
 +
* Supports de cours
 +
http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29
 +
* TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
 +
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
 +
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
 +
-->
 +
 
 +
<!--
 +
== Licence 3 ==
 +
 
 +
 
 +
* TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
 +
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
 +
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
 +
 
 +
=== Biologie - 2B2M (ELSVB5FM) et BCP (ELSVA6CM) : Bioanalyse ===
 +
'''Supports de cours :'''
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Introduction_bioinfo_2015.pdf|Introduction]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/banque_2015.pdf|banques et bases de données biologiques]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/AlignementMultiple_2013_RB.pdf|Alignement multiple]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/motif_profil__2014.pdf|Motifs et profils]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Phylogenie_L3_2015.pdf|Introduction évolution moléculaire]]
 +
-->
 +
<!-- * [[silico:enseignement/L3-Biologie/Presentation_Master_Bioinfo.pdf|Présentation du Master Bioinformatique et Biologie des Systèmes]]
 +
-->
 +
<!--
 +
'''Correction du sujet de contrôle continu 2016 :'''
 +
 
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2016.pdf|Correction du contrôle continu mars 2016]]
 +
-->
 +
<!-- * [[silico:enseignement/L3-Biologie/correction-matrice_programmation_dynamique_CC_2015.pdf|Correction matrice de programmation dynamique du contrôle continu mars 2015]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Corrige_sujet_CT_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Correction du contrôle terminal mai 2015]]
 +
-->
 +
<!--
 +
'''Annales :'''
 +
 
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/sujet_CC_2012_pdf.pdf|exemple de sujet de contrôle continu 2012]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/correction_sujet_CC_2012.pdf|correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Exam_3L5BC5M_jan_2009.pdf|exemple de sujet de contrôle terminal]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Correction_exam_janvier_2009.pdf|correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009]]
 +
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Annales_probleme.pdf|un autre exemple de problème de contrôle terminal]]
 +
 
 +
 
 +
'''Supports de TD :'''
 +
* TD1 : [[Bioanalyse_TD_Interrogation_des_banques_de_donnees|Interrogation des banques de données]]
 +
* TD2 : [[Bioanalyse_TD_Comparaison_de_deux_sequences|Comparaison de deux séquences]]
 +
* TD3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et Biologie Moléculaire]]
 +
* TD4 : [[silico:enseignement/L3-Biologie/TD4/TD4_beta_CASP_2014.html|Analyse évolutive de la RNase J]]
 +
[http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/TD4/demo_set.fas sequences RNaseJ]
 +
-->
 +
<!--
 +
 
 +
* * TD4 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_d_une_famille_de_proteines|Analyse d'une famille de protéines]]
 +
* TD5 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_evolutive|Analyse évolutive]]
 +
-->
 +
 
 +
= Master =
 +
 
 +
== Master 1 ==
 +
 
 +
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM ===
 +
 
 +
==== Génomique Evolutive et Phylogénie ====
 +
 
 +
 
 +
'''Supports de TD/TP :'''
 +
* [[M1 Genomique Evolutive et Phylogenie - TP 2 Evolution proteine d'oomycete|TP: Evolution proteine d'oomycete]]
 +
<!--
 +
*[[Media:TP2_Evolution_proteine_oomycete.pdf|TP Evolution proteine d'oomycete]]
 +
**''Données pour le TP'':
 +
[[Media:fungal_sequences.txt|Fungal_sequences]]
 +
[[Media:ATPsynthase_ sequences.txt|ATPsynthase_sequences]]
 +
[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011.pdf|Publication de reference]]
 +
[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011_SI.pdf|Publication de reference, supplementary data]]
 +
-->
 +
 
 +
*[[Media:TP4_adaptation_moleculaire.pdf|TP Adaptation Moleculaire]]
 +
**''Données pour le TP'':
 +
[[Media:Medicago_SNPs_sequences.txt|Medicago SNPs sequences]]
 +
[[Media:Drosophila_Adh.phy|Drosophile sequences]]
 +
[[Media:Primates_lysozymes.fasta|Primates lysozymes sequences]]
 +
 
 +
==== Traitement de données biologiques (EMBIA1FM) ====
 +
 
 +
'''Supports de cours :'''
 +
* [[Media:M1 Traitement de Donnees Biologiques - Statistiques et Analyses Multivariees.pdf|Statistiques - M. Bonhomme]]
 +
* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome - R. Barriot]]
 +
 
 +
'''Supports de TD/TP :'''
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP Intro R|TP1 - Introduction à R]]
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 2 R|TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance]]
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 3 R|TP3 - Tests statistiques - 1]]
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 4 R|TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)]]
 +
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - Transcriptome - Oryza sativa|TP5 - Analyse de transcriptome]]
 +
 
 +
* [[procedure_install_Rstudio|procédure d'installation de R/Rstudio sur votre ordinateur]]
 +
<!--
 +
* Les suivants sont en cours de mise à jour
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP tests.zip|Tests]]
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP tests ANOVA.zip|Tests et ANOVA]]
 +
* [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - TP analyses multivariees.zip|Analyses mutivariées]]
 +
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Analyse differentielle|TD]] Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
 +
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
 +
-->
 +
 
 +
 
 +
<big>'''Contrôle continu'''</big>
 +
* Contrôle continu 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2018/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
 
 +
 
 +
<!--
 +
<big>'''Contrôle continu'''</big>
 +
* Contrôle continu 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2017/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
-->
 +
 
 +
<!--
 +
'''Contrôle continu'''
 +
* Contrôle continu 2016 : [[silico:enseignement/m1/tdb/cc2016.html|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
-->
 +
 
 +
* Archives
 +
** Contrôle continu de 2011 avec son corrigé [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - CC 2011 et correction.zip|CC 2011 et correction.zip]]
 +
 
 +
'''Liens'''
 +
* Documentation
 +
** [[Media:R_refcard.pdf|Aide mémoire des commandes R]]
 +
** [[Media:Rmarkdown-cheatsheet-2.0.pdf|Aide mémoire pour RMarkdown]] disponible depuis http://rmarkdown.rstudio.com et http://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
 +
** [[Media:Rmarkdown-reference.pdf|RMarkdown un peu plus détaillé]] disponible aussi sur la page citée à la ligne précédente
 +
** http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
 +
* Sites dédiés
 +
** Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
 +
** RStudio : https://www.rstudio.com
 +
** https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
 +
** http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
 +
** http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
 +
 
 +
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
 +
'''Support de cours:'''
 +
* [[Media: GEQ_presentation1.pdf|présentation de GEQ - M. Bonhomme]]
 +
* [[Media: GEQ_intro.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
 +
* [[Media: GEQ_pgen.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
 +
* [[Media: CM_Genetique_Quantitative_2018.pdf|GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme]]
 +
* [[Media: Carto_Marqueurs.pdf|GQ - Cartographie de marqueurs moléculaires - B. Mangin]]
 +
* [[Media: Carto_QTL.pdf|GQ - Cartographie de Quantitative Tait Loci - B. Mangin]]
 +
* [[Media: Asso-QTL.pdf|GQ - Génétique d'association - B. Mangin]]
 +
 
 +
'''Supports de TD/TP :'''
 +
* [[Media: TD1_GEQ_pgen.pdf|TD1 génétique des populations]]
 +
* [[Media: TP1_genetic_diversity_drift.zip|TP1 génétique des populations]]
 +
* [[Media: TD-Génétique_Quantitative_2018.pdf|TD2 génétique quantitative]]
 +
* [[Media: TP_heritability.zip|TP2 génétique quantitative]]
 +
* [[Media: TD-backcross.pdf|TD3 génétique quantitative liaison/association]]
 +
* [[Media: TP2-measureLD.zip|TP3 génétique quantitative mesures DL]]
 +
 
 +
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies ===
 +
==== Evolution Moléculaire (EMBIA2EM) ====
 +
 
 +
'''Supports de cours :'''
 +
* [[Media:CM1_EM_intro.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2019.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2019.pdf|Modèles évolutifs]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2019.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
 +
* [[Media:cours_EM_adapt_mol.pdf|Adaptation moléculaire]]
 +
 
 +
'''Support TP : '''
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
 +
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
 +
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2018.pdf|Correction des TP1 et TP2]]
 +
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
 +
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2019.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
 +
 
 +
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
 +
 
 +
'''Support TD : '''
 +
 
 +
* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
 +
* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
 +
<!--* [[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire.pdf|Correction du TD2 ]] -->
 +
* [[Media:TD3 Evolution Moléculaire.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]
 +
 
 +
'''Exemple CC corrigé : '''
 +
* [[Media:sujet_CC_complet.pdf|CC de 2011 ]]
 +
* [[Media:correction_CC_oct-2011.pdf|correction du CC de 2011 ]]
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<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/|Ressources pédagogiques]]
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<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/|TD 1]]
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<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD3/index.html|TD 3]]
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<!--
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* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/transcriptome.pdf Cours transcriptome]
 +
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-biosante/transcriptome/TD_transcriptome.html TD Introduction à R et analyse de transcriptome] 
 +
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/transcriptome.pdf Cours transcriptome]
 +
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/TD_transcriptome.html TD n°2 : Introduction à R et analyse de transcriptome] copie de [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/MeV_4_4_1_r1836_win.zip MeV (windows)] Multiple experiment viewer du TIGR.
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-->
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=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
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* [[Linux tips]]
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==== Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM) ====
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'''Supports de cours :'''
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* [[Media:Introduction_bio_annotation_2018.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:annotation2_2019.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:HMM_2017.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:cours-align_genome.pdf|Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
 +
 
 +
'''Tutoriels de TP :'''
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2019.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
 +
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2017.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
 +
**[[Media:SHOW.tar.gz|archive compressée de SHOW à télécharger]]
 +
**[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/seq.tar.gz|archive des séquences compressée]]
 +
<!-- *to download: [[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/show_saba.tar.gz| show_saba.tar.gz]] -->
 +
<!--*[[Media:Complement_TD_HMM.pdf|Complément d'information pour réaliser le TD de design du HMM ]]-->
 +
 
 +
Aide pour la réalisation du projet annotation
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_artemis/Annotation_artemis.html|Introduction à Artemis]]
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/memo_Perl.html|Petit guide de programmation en Perl]]
 +
 
 +
'''Contrôle continu :'''
 +
 
 +
*'''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''lundi 22 octobre'''. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.
 +
 
 +
* '''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 7 décembre'''
 +
** '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet.docx|description du projet]]
 +
** '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers.docx|description des parsers]]
 +
** '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
 +
** [[Media:exemple_annotation_EMBL.txt|Exemple d'annotation au format EMBL]]
 +
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
 +
* [[M1MABS BGPG Projets|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
 +
* [[Media:GRNs.pdf|Support de cours]] sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
 +
** Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
 +
** '''Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles.''' (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., ''PLoS Biol'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17214507 Lien PubMed]
 +
** '''minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information''' (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, ''BMC Bioinformatics'' [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/461 Lien]
 +
** '''Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review.''' (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., ''BioSystems'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19150482 Lien PubMed]
 +
** '''Computational methods for discovering gene networks from expression data''' (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, ''Brief Bioinform'' [http://bib.oxfordjournals.org/content/10/4/408.short Lien]
 +
* [[M1 MABS BBS BGPG TD GRNs|TD]] Reconstruction de réseaux de régulation
 +
* [[M1 MABS BBS BGPG TD GRNs - 2015|TD]] Reconstruction de réseaux de régulation (version 2015)
 +
-->
 +
 
 +
<!--
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/projet|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
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-->
 +
 
 +
==== Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM) ====
 +
 
 +
'''Sujets de TP :'''
 +
 
 +
* [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel
 +
* [[M1 BBS Math TD ACP|TD]] ACP
 +
* [[M1 MABS BBS Math TD Modelisation|TD]] Modélisation
 +
* [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités
 +
 
 +
<big>'''Exam TP'''</big>
 +
* Exam TP 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
 
 +
'''Liens :'''
 +
* http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
 +
 
 +
'''Références'''
 +
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
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 +
'''Projet 2018-19:'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2018-19.html|Sujet du projet 2018-19]]
 +
* constitution des groupes (2 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/M1BBS-Groupes-Projet-Math
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' les fêtes de fin d'année
 +
* Graphe à analyser pour chaque groupe
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g4.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g5.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g6.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g7.gr|Groupe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g8.gr|Groupe 8]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g9.gr|Groupe 9]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|Groupe 10]]
 +
 
 +
<!-- ARCHIVES
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g11.gr|Groupe 11]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g12.gr|Groupe 12]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g13.gr|Groupe 13]]
 +
 
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_3_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_5_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 8]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 9]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 10]]
 +
 
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'''Projet 2017-18:'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2017-18.html|Sujet du projet 2017-18]]
 +
* constitution des groupes (2 ou 3 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/RlOS3KoUKgmRHM5s
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' le 4 Décembre
 +
* Graphe à analyser pour chaque groupe
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_3_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_5_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Marie G.]]
 +
 
 +
 
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<big>'''Exam TP'''</big>
 +
* Exam TP 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
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<!--* [[Media:M1 MABS BBS Math Memento.pdf|Memento]] de Régine André-Obrecht-->
 +
 
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<!--
 +
'''Contrôl continu décembre 2016'''
 +
* Sujet au format [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.html|HTML]] et [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.Rmd|Rmd]] et l'image nécessaire pour la compilation au niveau du dernier exercice [[silico:enseignement/m1/math/cc/CC.nfbl.png|CC.nfbl.png]]
 +
-->
 +
 
 +
 
 +
<!-- * [[M1 MABS CC Math 2012-12]] -->
 +
<!--
 +
* M1 MABS CC Math 2013-14 [ [[silico:enseignement/m1-mabs/math/Controle_continu_Math_2013.odt|ODT]] ] - [ [[silico:enseignement/m1-mabs/math/Controle_continu_Math_2013.doc|DOC]] ]
 +
 
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'''Projet 2014-15:'''
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/math/projet-2014/M1MABS_Math_Sujet_Projet_2014-15.html|Sujet du projet 2014]]
 +
 
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-->
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<!--
 +
==== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM) ====
 +
* Supports de cours
 +
http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29
 +
 
 +
* TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
 +
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
 +
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
 +
 
 +
* Contrôle Continu Décembre 2015
 +
[[Controle Continu 2015_2016]]
 +
 
 +
*[[Media:1314_CC_M1Harmonisation_Inter_F.pdf|Controle Continu Decembre 2013_French Version]]
 +
*[[Media:1314_CC_M1Harmonisation_Inter_A.pdf|Controle Continu Decembre 2013_English Version]]
 +
 
 +
*[[Media:1213_CC_BioanalyseM1.pdf|Controle Continu Decembre 2013]]
 +
*Exam terminal-Janvier 2012: [[Examen terminal]]
 +
*Exam intermédiaire-Décembre 2011 : [[Examen intermédiaire]]
 +
 
 +
 
 +
* Exemples d'examen terminal
 +
2014-2015: Janvier 2015, [[Media:1415_CT_examen.pdf|Controle Terminal, session 1]]
 +
-->
 +
 
 +
==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM) ====
 +
 
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 +
'''Supports de cours'''
 +
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes.pdf‎|Support de cours (communautés)]]
 +
<!--
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
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 +
-->
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'''Supports de TD/TP:'''
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP1]] Visualisation et exploration de graphes
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP1-2-3-4]] Librairie et parcours de graphes
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Librairies R|TP4]] Librairies R
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes|TP5]] Recherche de communautés dans les graphes
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP ancien]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
 +
 
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<!--
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'''Projets 2018-19'''
 +
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
 +
-->
 +
 
 +
'''Liens:'''
 +
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ Cytoscape Web] mais un peu dépassé maintenant)
 +
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip] librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
 +
* [https://gephi.org/ Gephi]
 +
* [http://igraph.org/ igraph]
 +
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
 +
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
 +
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
 +
* [http://string-db.org/ STRING]
 +
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
 +
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
 +
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
 +
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
 +
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
 +
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
 +
* [http://rosalind.info rosalind] : apprentissage python en bioinformatique
 +
 
 +
'''Références'''
 +
* <i>Introduction to Algorithms</i>, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
 +
* <i>Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks</i>, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
 +
* <i>An efficient algorithm for large-scale detection of protein families</i>, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 [[PMID:11917018]]
 +
* <i>Kavosh: a new algorithm for finding network motifs</i>, Kashani <i>et al.</i>, BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
 +
* <i>Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction</i>, Faust <i>et al.</i>, Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
 +
 
 +
<!--
 +
'''Emploi du temps 2015-16'''
 +
Les CM ont lieu en salle S20, les TP en salle 4TP4-P1.
 +
{| class="wikitable"
 +
!colspan="4"|EDT M1 Traitement de graphes et réseaux biologiques
 +
|-
 +
|                    || CM mardi 15h45-17h45 en S20    || TP mercredi 13h30-17h30 en 4TP4-P1
 +
|-
 +
| semaine 3 - 18.01    || RB CM1 Intro, notions et définitions ||
 +
|-
 +
| semaine 4 - 25.01    || RB CM2 représentation et premiers algo (DFS) ||
 +
|-
 +
| semaine 5 - 01.02    || RB CM3 algos (détection de cycles, tri topologique)        || RB TP1 Cytoscape, DFS Python
 +
|-
 +
| semaine 6 - 08.02    || RB CM4 algos (BFS, Dijkstra, Floyd-Warshall)        ||
 +
|-
 +
| semaine 7 - 15.02    || RB CM5 algos (MST Kruskall et Prim, Marches aléatoires, TribeMCL, Motif / Kavosh)        || RB TP2 BFS, plus courts chemins
 +
|-
 +
| semaine 8 - 22.01    || RB CM6 Dessin        ||
 +
|-
 +
| semaine 9 - 29.02    ||                      ||  RB TP3 dessin, librairie igraph
 +
|-
 +
| semaine 10 - 07.03  || YQ Partitionnement et détection de communautés        || YQ TP4 détection de communautés
 +
|}
 +
-->
 +
 
 +
==== Fouille de données (EMBIA2DM) ====
 +
<!--
 +
{| class="wikitable"
 +
!colspan="2"| Planning 2015-2016
 +
|-
 +
| date
 +
| lieu
 +
|-
 +
|Jeudi 15 oct 10h-12h
 +
| Einstein CM1 Intro
 +
|-
 +
|Jeudi 22 oct 10h-12h
 +
| Einstein CM2 Classification 1
 +
|-
 +
|Jeudi 12 nov 10h-12h
 +
| 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle)
 +
|-
 +
|Jeudi 19 nov 10h-12h
 +
| Einstein CM4 Clustering 1
 +
|-
 +
|Mercredi 25 nov 13h30-17h30
 +
| 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
 +
|-
 +
|Jeudi 26 nov 10h-12h
 +
| Einstein CM5 Clustering 2
 +
|-
 +
|Mercredi 2 déc 13h30-17h30
 +
| 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
 +
|-
 +
|Jeudi 3 déc 10h-12h
 +
| Einstein CM6 Règles d'associations
 +
|-
 +
|Mercredi 9 déc 13h30-17h30
 +
| 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
 +
|-
 +
|Mercredi 16 déc 13h30-17h30
 +
| 4TP4-P1 TP4 clustering
 +
|-
 +
|Jeudi 17 déc 10h-12h
 +
| Einstein CM7 Règles d'associations
 +
|}
 +
-->
 +
'''Support de cours:'''
 +
* [[Media:Data Mining - Intro.pdf|Introduction et Généralités]]
 +
* [[Media:Data Mining - Classification.pdf|Classification, prédiction et caractérisation]]
 +
* [[Media:Data Mining - Clustering.pdf|Clustering]]
 +
* [[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]
 +
 
 +
'''Sujets de TD/TP'''
 +
* [[M1 BBS Data Mining TD Classification|TD]] Classification, validation croisée et clustering
 +
 
 +
'''Projet'''
 +
<!-- * [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet -->
 +
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/sujet.html|Sujet]]
 +
 
 +
'''Liens'''
 +
* [http://chem-eng.utoronto.ca/~datamining/dmc/data_mining_map.htm Data mining map]
 +
* http://www.kdnuggets.com/
 +
** [http://www.kdnuggets.com/2010/12/book-mining-massive-datasets.html Book: Mining of Massive Datasets (free download)]
 +
** [http://www.kdnuggets.com/2016/08/10-algorithms-machine-learning-engineers.html The 10 Algorithms Machine Learning Engineers Need to Know]
 +
** [http://www.kdnuggets.com/2016/08/begineers-guide-neural-networks-r.html Réseau de neurones avec R présenté très simplement]
 +
* [http://kdd.ics.uci.edu/ UCI KDD Archive] (datasets)
 +
* mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
 +
* Librairies et logiciels
 +
** [http://www.rapidminer.com RapidMiner]
 +
** [http://www.knime.org Knime]
 +
** [http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka weka]
 +
** [http://orange.biolab.si/ Orange] librairie python
 +
** [http://scikit-learn.org scikit-learn] une autre librairie python
 +
** [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation
 +
 
 +
'''Références'''
 +
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
 +
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
 +
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
 +
 
 +
=== Master 1 - MEEF ===
 +
 
 +
==== Sciences de la Vie (EE7BSVFM) ====
 +
 
 +
'''Supports de TD :'''
 +
* [[Media:1516_Gaulin_TD_PlantesDom.pdf|TD Plantes Domestiquees]]
 +
<!--
 +
 
 +
 
 +
* [[Media:15_TD_Dom_CORRECTION.pdf|TD Plantes Domestiquees Correction]]
 +
-->
 +
 
 +
 
 +
<!--
 +
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
 +
 
 +
 
 +
-->
 +
 
 +
== Master 2 ==
 +
=== Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy ===
 +
=====Supports de cours =====
 +
* [[Media:annotation1_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:annotation2_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données (cours de L3 Bioanalyse)]]
 +
 
 +
=====Tutoriels de TP=====
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/tutorial_annotation_new_NVU.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
 +
 
 +
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
 +
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
 +
 
 +
* [[silico:enseignement/m2pro-diag/Bioinfo/TD_16srRNA/16SRNA_Tutorial_de _BioInformatique.htm|Identification des bactéries à l'aide de l'ARNr 16S]]
 +
 
 +
=== Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
 +
 
 +
<!-- * [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/Annotation.html|TD Annotation Artemis]]
 +
 
 +
* Génome de ''E. coli'' de 2002 [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/EcolA01.embl|EcolA01.embl]]
 +
 
 +
-->
 +
===== Atelier système =====
 +
* [[M2BBS - Atelier Système]]
 +
 
 +
===== UE Communication =====
 +
 
 +
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
 +
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
 +
'''
 +
 
 +
* '''Atelier Métabolomique'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media:Frezza2011.pdf|Haem oxygenase is synthetically lethal with the tumour suppressor fumarate hydratase]]
 +
 
 +
* '''Atelier ChipSeq'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
 +
*** [[Media:MACS_Sup_data.pdf |Supplementary information]]
 +
** Article 2 :
 +
*** [[Media:Buenrostro_2018.pdf|Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741830446X?via%3Dihub
 +
 
 +
* '''Atelier Phylogénomique'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media:Thakur_Guttman_2016.pdf| A De-Novo Genome Analysis Pipeline (DeNoGAP) for large-scale comparative prokaryotic genomics studies]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur  https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1142-2
 +
** Article 2
 +
***[[Media:Ali_et_al_2019.pdf|Identifying Clusters of High Confidence Homologies in Multiple Sequence Alignments]]
 +
 
 +
* '''Atelier Modélisation'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media:Weyder_et_al_2018.pdf|Dynamic Modeling of Streptococcus pneumoniae Competence Provides Regulatory Mechanistic Insights Into Its Tight Temporal Regulation]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01637/full#supplementary-material
 +
** Article 2 :
 +
*** [[Media:Li_et_al_2008.pdf|A Quantitative Study of the Division Cycle of Caulobacter crescentus Stalked Cells]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0040009
 +
 
 +
 
 +
===== Calendrier des présentations =====
 +
 
 +
{| class="wikitable"
 +
!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
 +
|-
 +
|lundi 23 septembre 9h30-11h30 :
 +
|articles Atelier Métabolomique
 +
|article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine)
 +
|
 +
||Commentaires : 11h-11h30
 +
|-
 +
|lundi 23 septembre 13h30-16h :
 +
|articles Atelier Modélisation
 +
|article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane)
 +
|article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara)
 +
|Commentaires : 15h30-16h
 +
|-
 +
|mardi 24 septembre 9h30-12h :
 +
|article Atelier Phylogénomique
 +
|article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey)
 +
|article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé)
 +
|Commentaires : 11h30-12h
 +
|-
 +
|mardi 24 septembre 14h-16h30 :
 +
|articles Atelier ChipSeq
 +
|article 1 : 14h-15h (Marion, Julien)
 +
|article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn)
 +
|Commentaires : 16h-16h30
 +
|}
 +
 
 +
===== Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot =====
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Generalites.pdf|Approches]]
 +
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Enrichissement.pdf|Enrichissement]]
 +
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Priorisation.pdf|Fusion de données et priorisation de gènes candidats]]
 +
* [[M2BBS - IDH|Mise en oeuvre]]
 +
* [[M2BBS Integration de Donnes Heterogenes - Projets|Projets IDH]]
 +
 
 +
===== Atelier Génétique Satistique - S. Boitard =====
 +
Support de cours et TD:
 +
* [[Media:coal_cours.pdf|Coalescence : principe et bases théoriques]] '''
 +
* [[Media:coal_td.pdf|TD de génétique des populations]] '''
 +
* [[Media:Mol_Biol_Evol-1999-Pritchard-1791-8.pdf|article : investigation de l'histoire démographique du chromosome Y par analyse des loci microsatellite]] '''
 +
* [[Media:cours_tp_hapFLK.pdf|cours et TP de détection de locus sous sélection positive]] '''
 +
 
 +
'''TP :'''
 +
*[[Media:tp_coal.pdf|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format pdf]] '''
 +
*[[silico:enseignement/m2BBS/Genet_Stat/tp_coal.html|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format html]]
 +
*[[Media:tp_abc.pdf|TP estimation de paramètres par une approche ABC]] '''
 +
*[[https://github.com/willyrv/BioInfoCours]] autres documents
 +
 
 +
=====Atelier Phylogénomique=====
 +
Intervenants : Hélène Chiapello, Kathy.De-Sousa, Claire Hoede et Yves Quentin
 +
 
 +
[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique Atelier de Phylogénomique]
 +
 
 +
===== Biologie des Systèmes - R. Barriot =====
 +
* [[Media:GRNs.pdf|Réseaux de régulation]] '''
 +
* [[M2 BBS TP GRNs]]
 +
 
 +
 
 +
===== Biologie des Systèmes - G. Czaplicki =====
 +
 
 +
* [[Media:document_GC.pdf|Support de cours]] '''
 +
 
 +
Fichiers avec les codes :
 +
* [[Media:banana.m|banana.m]] '''
 +
* [[Media:ftest.m|ftest.m]] '''
 +
* [[Media:Rate.m|Rate.m]] '''
 +
* [[Media:SMarquardt.m|SMarquardt.m]] '''
 +
* [[Media:compet.dat|compet.dat]] '''
 +
 
 +
===== Biologie des Systèmes - G. Fichant =====
 +
Support de cours:
 +
* [[Media:Intro_BioSyst_2017.pdf|Introduction to system biology]] '''
 +
* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Petit rappel enzymologie partie 1 ]]'''
 +
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie partie 2 ]]'''
 +
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
 +
* [[Media:Petri_net_2018.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
 +
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
 +
* [[Media:parameter_estimation_2017.pdf|parameter estimation]]'''
 +
* [[Media:Intro_PL_2015.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
 +
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
 +
 
 +
<!-- * [[Media:parameter_estimation.pdf| Parameter estimation (M. Weyder)]]''' -->
 +
 
 +
'''TP :'''
 +
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
 +
 
 +
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
 +
** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]
 +
** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
 +
** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
 +
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
 +
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
 +
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
 +
** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]
 +
 
 +
*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
 +
** [[Media:tp_repressilator_2018.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
 +
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
 +
 
 +
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
 +
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
 +
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
 +
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
 +
 
 +
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
 +
** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|Short biological description of the lactose operon regulation]]
 +
** [[Media:operon_lac_2018_last.spn|Modèle stochastique corrigé]]
 +
<!-- ** [[Media:constantes_2017.txt|stochastic constant file]]
 +
** [[Media:Constante_parameter_lactose_stochastique_2017.PNG|screen shot of the constant definition in the model]]-->
 +
 
 +
=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 ADAM] (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)===
 +
 
 +
==== Biologie Computationnelle ====
 +
 
 +
'''Documents, partie E. Gaulin'''
 +
* [[M2R_ADAM|Clonage in silico_BenchLing]]
 +
 
 +
* [[M2R_BV|Clonage in silico_pDRAW]]
 +
 
 +
 
 +
 
 +
'''Examen 2019-2020'''
 +
 
 +
 
 +
'''Partie E. Gaulin'''
 +
 
 +
Veuillez trouver ci-dessous, la séquence fasta de l'ORF du gène X (1 171 bases) que l'on souhaite cloner dans le vecteur pCAMBIA
 +
 
 +
'''>ORF_X'''
 +
 
 +
ACTTCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTT
 +
GTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGGAAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATG
 +
CCATTTTTGGAGCTTTCGAGCTCATAACACAGGTGAGCGCGACGAATGGATCCCTCGCTA
 +
ATAACATCATGGTCGTGGGCGCCGTCCTTGCGGCGCTCGTCGCCGGCGGGTCGTGCGGGC
 +
CCCCGAAGGTGCCACCCGGCCCCAACATCACCACCAACTACAACGGCAAGTGGCTCACCG
 +
CTAGGGCCACCTGGTACGGTCAGCCCAACGGTGCCGGCGCTCCTGACAACGGCGGTGCGT
 +
GCGGGATCAAGAACGTGAACCTGCCACCCTACAGCGGCATGACGGCGTGCGGCAACGTCC
 +
CCATCTTCAAGGACGGCAAGGGCTGCGGCTCATGCTACGAGGTGAGATGCAAGGAAAAAC
 +
CTGAGTGCTCGGGCAATCCAGTCACGGTGTACATCACTGACATGAACTACGAACCTATCG
 +
CTCCCTACCACTTCGACTTGAGCGGCAAGGCCTTCGGCTCCCTGGCAAAGCCCGGGCTCA
 +
ACGACAAGATTCGCCACTGCGGCATCATGGACGTCGAGTTCAGAAGGGTGCGATGCAAGT
 +
ACCCCGCCGGGCAGAAGATCGTGTTCCACATCGAGAAGGGCTGCAACCCCAACTACCTGG
 +
CCGTGCTGGTGAAGTATGTGGCGGACGACGGCGACATCGTGCTGATGGAAATCCAGGACA
 +
AGTTGTCGGCTGAGTGGAAGCCCATGAAGCTCTCTTGGGGCGCCATCTGGAGGATGGACA
 +
CTGCCAAGGCGCTCAAGGGCCCCTTCTCCATCCGCCTCACCAGCGAGTCCGGCAAGAAGG
 +
TCATCGCCAAAGACGTCATCCCGGCGAACTGGAGACCCGATGCCGTCTACACTTCCAACG
 +
TCCAATTTTACGTAACTTTGAATTCCCTTCGATTCATCCGGCACAGCGGGCTATGGACCT
 +
TCAGCAGCAAGCTAATTAAGTTGGCAGCATGCACCGCTAACCTTATATACTACTGAGACT
 +
TCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTTGTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGG
 +
AAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATGCCATTTTTGGAAGCTTGGCTTTCGAGGGTACC
 +
CCTGATAGTT
 +
 
 +
 
 +
 
 +
'''Partie C. Mathé'''
 +
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
 +
 
 +
 
 +
'''Partie C. Albenne'''
 +
 
 +
*[[Media:PGIP.pdb|Lien vers le PGIP]]
 +
 
 +
<!--
 +
 
 +
 
 +
-------------------------------------------
 +
 
 +
 
 +
'''Examen 2018-2019'''
 +
 
 +
'''Partie E. Gaulin'''
 +
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
 +
 
 +
'''Partie C. Mathé'''
 +
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
 +
 
 +
'''Partie C. Albenne'''
 +
*[[Media:M2R_2018-Albenne.pdf|Sujet C Albenne]]
 +
 
 +
 
 +
*[[Media:EXPB1.doc|EXPB1]]
 +
*[[Media:2hcz.dsv|Structure]]
 +
 
 +
 
 +
 
 +
---------------------------------------------
 +
 
 +
 
 +
'''Examen 2017, partie E. Gaulin''' <br>
 +
 
 +
'''Documents, sujet C Albenne'''
 +
*[[Media:M2R_2017-Albenne.pdf|Sujet C Albenne]]
 +
 
 +
'''Examen 2016, partie E. Gaulin''' <br>
 +
 
 +
*[[M2ADAM|Cartes et Sites de Restriction]]
 +
 
 +
'''Examen 2015'''
 +
'''Documents, partie E. Gaulin'''
 +
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
 +
 
 +
 
 +
'''Documents, partie C. Albenne'''
 +
* [[Media:EXP1.doc|Sequence fasta EXPB1]]
 +
* [[Media:2HCZ.pdb|Structure PDB]]
 +
 
 +
-------------------------------------------------
 +
 
 +
==== Biologie Computationnelle (2019) ====
 +
 
 +
* [[M2R_ADAM|In silico cloning]]
 +
 
 +
-->
 +
 
 +
= Culture =
 +
 
 +
* Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
 +
* Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
 +
* Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
 +
* Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
 +
* Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.
 +
 
 +
= F.A.Q. =
 +
* [[Caracterisation_d_un_ensemble|Caractérisation d'un ensemble]] de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
 +
 
 +
* Installation de '''igraph''' sur CentOS 6.7 en P0
 +
 
 +
Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : <tt>choseCRANmirror()</tt> dernier choix (http mirrors) puis Lyon2
 +
R> chooseCRANmirror()
 +
R> install.packages('igraph')
 +
 
 +
 
 +
* Installation de '''Rstudio''' sur CentOS 6.7 en P0
 +
La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :
 +
# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
 +
bash> su
 +
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
 +
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
 +
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
 +
 
 +
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte <tt>guest</tt>)

Revision as of 06:29, 16 September 2019

Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)

Emploi du temps 2018-19

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris

EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
CM U4-211 TD TP
semaine 03 - 14.01 13h30-15h40 R. Barriot Bioinfo générale
semaine 04 - 21.01 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
semaine 05 - 28.01 13h30-15h40 R. Barriot Bases de Données 15h50-18h00 U2-114 & U2-118
semaine 06 - 04.02 13h30-15h40 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
15h50-18h00 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 07 - 11.02 13h30-15h40 M. Bonhomme 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 08 - 18.02 13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard
semaine 10 - 04.03 13h30-15h40 G. Fichant SysBio 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 11 - 11.03 13h30-15h40 GR.TD1 en U2-114
15h50-18h00 GR.TD2 en U2-114
semaine 13 - 25.03 13h30-15h40 groupe GR.TP1 en 4TP4-P0
15h50-18h00 groupe GR.TP2 en 4TP4-P0
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP4-P0
semaine 15 - 08.04 13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé en U1-Mathis
semaine 26 - 25.06 7h45-9h45 Contrôle terminal session 2 en U3-104


Supports de cours

Sujets de TD/TP

Références

  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

BioAnalyse L3 BCP

Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)

Cours

TPs

Exemples de contrôle continu corrigé

BioAnalyse L3 2B2M

TPs


Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)

Initiation à la 'Bioanalyse'


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Contrôle continu



Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Supports de cours :

Support TP :

Support TD :

Exemple CC corrigé :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalisation du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 22 octobre. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

Sujets de TP :

  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités

Exam TP

Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Projet 2018-19:





Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP1 Visualisation et exploration de graphes
  • TP1-2-3-4 Librairie et parcours de graphes
  • TP4 Librairies R
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes
  • TP ancien Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph


Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD/TP

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet

Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy

Supports de cours
Tutoriels de TP

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
lundi 23 septembre 9h30-11h30 : articles Atelier Métabolomique article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine) Commentaires : 11h-11h30
lundi 23 septembre 13h30-16h : articles Atelier Modélisation article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane) article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara) Commentaires : 15h30-16h
mardi 24 septembre 9h30-12h : article Atelier Phylogénomique article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey) article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé) Commentaires : 11h30-12h
mardi 24 septembre 14h-16h30 : articles Atelier ChipSeq article 1 : 14h-15h (Marion, Julien) article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn) Commentaires : 16h-16h30
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Atelier Génétique Satistique - S. Boitard

Support de cours et TD:

TP :

Atelier Phylogénomique

Intervenants : Hélène Chiapello, Kathy.De-Sousa, Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique

Biologie des Systèmes - R. Barriot


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :

Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Examen 2019-2020


Partie E. Gaulin

Veuillez trouver ci-dessous, la séquence fasta de l'ORF du gène X (1 171 bases) que l'on souhaite cloner dans le vecteur pCAMBIA

>ORF_X

ACTTCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTT GTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGGAAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATG CCATTTTTGGAGCTTTCGAGCTCATAACACAGGTGAGCGCGACGAATGGATCCCTCGCTA ATAACATCATGGTCGTGGGCGCCGTCCTTGCGGCGCTCGTCGCCGGCGGGTCGTGCGGGC CCCCGAAGGTGCCACCCGGCCCCAACATCACCACCAACTACAACGGCAAGTGGCTCACCG CTAGGGCCACCTGGTACGGTCAGCCCAACGGTGCCGGCGCTCCTGACAACGGCGGTGCGT GCGGGATCAAGAACGTGAACCTGCCACCCTACAGCGGCATGACGGCGTGCGGCAACGTCC CCATCTTCAAGGACGGCAAGGGCTGCGGCTCATGCTACGAGGTGAGATGCAAGGAAAAAC CTGAGTGCTCGGGCAATCCAGTCACGGTGTACATCACTGACATGAACTACGAACCTATCG CTCCCTACCACTTCGACTTGAGCGGCAAGGCCTTCGGCTCCCTGGCAAAGCCCGGGCTCA ACGACAAGATTCGCCACTGCGGCATCATGGACGTCGAGTTCAGAAGGGTGCGATGCAAGT ACCCCGCCGGGCAGAAGATCGTGTTCCACATCGAGAAGGGCTGCAACCCCAACTACCTGG CCGTGCTGGTGAAGTATGTGGCGGACGACGGCGACATCGTGCTGATGGAAATCCAGGACA AGTTGTCGGCTGAGTGGAAGCCCATGAAGCTCTCTTGGGGCGCCATCTGGAGGATGGACA CTGCCAAGGCGCTCAAGGGCCCCTTCTCCATCCGCCTCACCAGCGAGTCCGGCAAGAAGG TCATCGCCAAAGACGTCATCCCGGCGAACTGGAGACCCGATGCCGTCTACACTTCCAACG TCCAATTTTACGTAACTTTGAATTCCCTTCGATTCATCCGGCACAGCGGGCTATGGACCT TCAGCAGCAAGCTAATTAAGTTGGCAGCATGCACCGCTAACCTTATATACTACTGAGACT TCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTTGTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGG AAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATGCCATTTTTGGAAGCTTGGCTTTCGAGGGTACC CCTGATAGTT


Partie C. Mathé


Partie C. Albenne


Culture

  • Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
  • Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
  • Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
  • Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
  • Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)