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Enseignements

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<!-- = Contrôles terminaux en distanciel 2020 =
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'''Bioinformatique pour la génomique M1 Bioinfo CT session 2 2 juillet 10h-12h30''' : [[Media:CT_session2_BG_M1Bioinfo_juillet_2020.docx|sujet CT Biooinformatique pour la Génomique]] -->
 +
= Licence 2 et 3 Biologie  =
= Licence 2 et 3 Biologie  =
-
=== Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM) ===
+
=== Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE ===
-
===='''Emploi du temps 2016-17'''====
+
* Espace Moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 KSVB4AJU - Bioinformatique]
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 +
 
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===='''Emploi du temps'''====
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
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<html>
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<iframe src="https://calendar.google.com/calendar/embed?showTitle=0&amp;showCalendars=0&amp;mode=AGENDA&amp;height=400&amp;wkst=2&amp;hl=fr&amp;bgcolor=%23FFFFFF&amp;src=lic.bioinfo%40gmail.com&amp;color=%232952A3&amp;ctz=Europe%2FParis" style="border-width:0" width="550" height="400" frameborder="0" scrolling="no"></iframe>
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</html>
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 +
<!-- <big><big>'''Les groupes de TD et TP sont disponibles sur moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417]'''</big></big> -->
 +
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<!--
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
-
!colspan="4"|EDT L2 AADB
+
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
|-
|-
-
|                      || CM                                         || TD        ||  TP
+
|                      || CM                                                 || TD        ||  TP
|-
|-
-
| semaine 04 - 23.01  || 13h30-15h30 U2-Vandel RB Bioinfo générale ||
+
| semaine 02 - 09/01  || 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot - Bioinfo générale  
 +
||
 +
||
|-
|-
-
| semaine 05 - 30.01  || 13h30-15h30 U1-Mathis FD Imagerie          ||           || 15h45-17h45 <br/> groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 et M7 <br/> groupes 3 & 4 en U2-209
+
| semaine 03 - 16/01  || 13h30-15h30 en U6-404 avec F. Delavoie - Imagerie           
 +
||          
 +
|| 15h45-17h45 en 4TP2-M6 avec F. Delavoie
|-
|-
-
| semaine 06 - 06.02   || 13h30-15h30 U1-Mathis RB BdD              || 15h45-17h45<br/> groupes 1 & 2 en U2-119<br/> groupes 3 & 4 en Algeco 03 ||
+
| semaine 04 - 23/01   || 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot - Bases de Données           
 +
|| 15h45-17h45 en U6-404 avec R. Barriot
 +
||
|-
|-
-
| semaine 08 - 20.02   ||                                           ||          || 13h30-15h30 groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 <br/> 15h45-17h45 groupes 3 & 4 en 4TP2-M6 4TP2-M7
+
| semaine 05 - 30/01   ||                                                    
 +
||           
 +
|| 15h45-17h45 en 4TP2-M6 avec R. Barriot
|-
|-
-
| semaine 09 - 27.02  || 13h30-15h30 U1-Mathis MB                  ||          || 15h45-17h45 <br/> groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 <br/> groupe 3 : 4TP4-P1 <br/>  groupe 4 : 4TP4-P15
+
| semaine 06 - 06/02  || 13h30-15h30 en U6-404 avec M. Bonhomme                                                   
 +
|| 15h45-17h45 en U6-404 avec R. Barriot
|-
|-
-
| semaine 10 - 06.03   || '''13h30-15h30 Contrôle continu en U4-Turing'''              ||          ||
+
| semaine 07 - 13/02   ||                                                    
 +
||           
 +
|| 13h30-15h30 en 4TP2-M6 avec M. Bonhomme
|-
|-
-
| semaine 11 - 13.03   || U2-Vandel GF/RB                            ||          || 15h45-17h45 <br/> groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 <br/> groupe 3 : 4TP4-P1 <br/> groupe 4 : 4TP4-P15
+
| semaine 08 - 20/02   ||  
 +
||         
 +
||
 +
|-  
 +
| semaine 09 - 27/02  ||
 +
||           
 +
||
 +
|-  
 +
| semaine 10 - 06/03  || '''13h30-15h30 Contrôle Partiel'''
 +
||
 +
||
|-
|-
-
| semaine 12 - 20.03  ||                                            || 13h30-15h30 groupes 3 & 4 en U2-118 <br/> 15h45-17h45 groupes 1 & 2 en U2-119 ||  
+
| semaine 11 - 13/03  || 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot
 +
||
 +
||  
|-
|-
-
| semaine 13 - 27.03  ||                                           ||           || '''<span style='color: #F00'>13h Consultation des copies en 4TP2-M6</span>''' <br/>13h30-15h30 groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7 <br/> 15h45-17h45 groupes 3 & 4 en 4TP2-M6 4TP2-M7
+
| semaine 12 - 20/03  ||  
 +
||  
 +
|| 13h30-15h30 en 4TP2-M6 avec R. Barriot
|-
|-
-
| semaine 14 - 03.04  || '''13h30-15h30 Amphi Molliard - Contrôle terminal anticipé'''   ||           ||  
+
| semaine 13 - 27/03  || 13h30-15h30 en U6-404 avec G. Fichant - Modélisation et Biologie des systèmes       
 +
|| 
 +
||
 +
|-
 +
| semaine 14 - 03/04  ||   
 +
|| 13h30-15h30 en U2-214 avec G. Fichant 
 +
|| 15h45-17h45 en U2-214 avec G. Fichant
 +
|-
 +
| semaine 15 - 10/04  ||    
 +
||
 +
||
 +
|-
 +
| semaine 16 - 17/04  ||    '''13h30-15h30 Contrôle Terminal anticipé'''
 +
||  
 +
||  
|}
|}
-
'''Groupes de TP'''
+
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
<!--
 +
|-
 +
| semaine 20 - 15.05  ||                                            ||          || '''<span style='color: #F00'>12h-13h Consultation des copies en 4TP4-P15</span>'''
 +
 
 +
'''Groupes de TD'''
{| style="border-collapse: separate; border-spacing: 0; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: #aabbcc; padding: 3px; width: 100%; background-color: #bbccdd; text-align: center;"
{| style="border-collapse: separate; border-spacing: 0; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: #aabbcc; padding: 3px; width: 100%; background-color: #bbccdd; text-align: center;"
-
!colspan="5"|Groupes de TP
+
!colspan="3"|Groupes de TD
|- style="background-color: #ddeeff;"
|- style="background-color: #ddeeff;"
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 1  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 1  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 2  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 2  
-
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 3
 
-
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" | Groupe 4
 
|- style="background-color: #ddeeff;"
|- style="background-color: #ddeeff;"
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |  
-
AVERSO JULIEN <br/>
 
-
BERLIN TRISTAN <br/>
 
-
BOULLIAT VINCENT <br/>
 
-
CERRUTI CLOE <br/>
 
-
COLIN ALEXANDRE <br/>
 
-
DAUPHIN BASTIEN <br/>
 
-
DELERIS KILIAN <br/>
 
-
FERNANDEZ MAXIMILIEN <br/>
 
-
FOURCAUD GUSTAVE <br/>
 
-
JMEL BOYER INES <br/>
 
-
LEBRUN TANGUY <br/>
 
-
LEFEVRE PAUL <br/>
 
-
RALAHY MAEVA <br/>
 
-
STUTZ MANON <br/>
 
-
TRUFFET ARTHUR <br/>
 
-
 
-
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |
 
-
BENHAMA LYDIA <br/>
 
-
BISSANE YOUSSEF <br/>
 
-
BOUILLAUD CLEMENTINE <br/>
 
-
CLEDASSOU VALENTIN <br/>
 
-
COPPEAUX ELOISE <br/>
 
-
DUPUYAU ROSELINE <br/>
 
-
FERHAH MANEL <br/>
 
-
FOURCADE MARIE <br/>
 
-
GAYET CEDRIC <br/>
 
-
HMILA IMEN <br/>
 
-
HOORELBECK - BROUQUI MARGAUX <br/>
 
-
MIRANDA-CAPET ROMAIN <br/>
 
-
NGUYEN HAI LINH <br/>
 
-
TARAYRE GABRIEL <br/>
 
-
VELPRAT LOIC <br/>
 
 +
L2 BCP<br/>
 +
et<br/>
 +
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : A jusqu'à G inclus)
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |  
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |  
-
AMO TEIHOARII <br/>
 
-
BONOTTO ELISE <br/>
 
-
CANUT BENJAMIN <br/>
 
-
COOKE JULIETTE <br/>
 
-
COSSOU MATTHIAS <br/>
 
-
DASSIEU CECILE <br/>
 
-
DURAND GAETAN <br/>
 
-
KHALED MERIEM <br/>
 
-
KHELIFI FATMA <br/>
 
-
LACOSTE Pierre <br/>
 
-
LAJAT AMANDINE <br/>
 
-
LANDURE BRICE <br/>
 
-
LORVELLEC MARIE <br/>
 
-
PERRIER MARION <br/>
 
-
SUIRE PAUL <br/>
 
-
 
+
L2/L3 BOPE<br/>
-
| style="padding-left: 0.5em; border-width: 1px; border-style: solid;" |
+
et
-
ALBERT HEVIA FABIO <br/>
+
<br/>
-
BERNES - LASSERRE PASCALE <br/>
+
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : K à Z)
-
CHATELAIS MYLENE <br/>
+
-
DESCOMBE THOMAS <br/>
+
-
FLANER PRISCILLA <br/>
+
-
FOUGERON BAPTISTE <br/>
+
-
GENAIS MATTHIEU <br/>
+
-
INVERNIZZI MARIE <br/>
+
-
MAMODE ANTHONY <br/>
+
-
MARCHARD LAURA <br/>
+
-
PIPPO QUENTIN <br/>
+
-
RANTY SARAH <br/>
+
-
TEULIER MARIELLE <br/>
+
-
VAILLE MELANIE <br/>
+
-
VERA LEANDRO <br/>
+
|}
|}
 +
-->
 +
===='''Supports de cours'''====
===='''Supports de cours'''====
-
* CM1 [[Media:LBioinfo.intro.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
+
<!-- * CM1 [https://docs.google.com/presentation/d/1xisiy8Ks8C77lM1_VM6veAm7CEkA12FgZ0jqMg7MpLQ/edit?usp=sharing Introduction à la bioinformatique] -->
-
* CM2 [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]]
+
<!-- * CM [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]] -->
-
* CM3 [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|Introduction aux bases de données]]
+
<!-- * CM3 Introduction aux bases de données [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|PDF]] - [https://docs.google.com/presentation/d/16vyae4RwmjQEqX4EJkLAxCA8X2hIiLPF11FtEAL_QrE/edit?usp=sharing slides] -->
-
* CM4 [[Media:LBioinfo_Genetics_bis.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
+
* CM [[Media:L2_UE_Bioinfo_Genetics_2021.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
-
* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
+
<!-- * CM5 [[Media:LBioinfo.bioseq.pdf|Introduction à la bioinformatique des séquences]] -->
 +
* CM [[Media:Intro_BioSyst_L2_2023.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
===='''Sujets de TD/TP'''====
===='''Sujets de TD/TP'''====
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Traitement d'images|TP1]] Traitement d'images
+
<!-- * [[L2-L3 Bioinfo - TP Traitement d'images|TP1]] Traitement d'images -->
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TD Bases de donnees - correction|TD1]] Bases de données
+
<!--* [[L2-L3 Bioinfo - TD Bases de donnees|TD1]] Bases de données + [https://docs.google.com/presentation/d/1h1EkcLglP7LJOoBCs0qvvRUi7g5FM_ijwxxoeAW8h-4/edit?usp=sharing diapos]
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Bases de donnees|TP2]] Bases de données
+
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Bases de donnees|TP2]] Bases de données -->
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)|TP3]] Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)
+
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)|TP3]] Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes)
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Banques de données et analyse de séquences|TP4]] Banques de données et analyse de séquences
+
<!-- * [[L2-L3 Bioinfo - TP Banques de données et analyse de séquences|TP4]] Banques de données et analyse de séquences -->
-
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique
+
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique. Sujet avec davantage de détails → [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.html|Sujet détaillé]] et sa [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.correction.html|correction]]
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
-
* [[Media:TP_regulation_fls2.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
+
<!--** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]] -->
-
* [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]]
+
** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]  
-
<!-- * [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]] -->
+
** [[Media:TP_regulation_fls2_2023.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
-
=== BioAnalyse L3 BCP ===
+
=L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU) =
 +
==='''2022_2023 Planning des Enseignements'''===
 +
Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle
-
===='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''====
+
*Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir  :
-
* [[Media:1617Planning Bionalyse L3 BCP.pdf|Planning L3 BCP 2016_2017]]
+
-
===='''Cours'''====
+
        CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1 
-
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2017.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
+
 
-
* CM2 : [[Media:banque_2017.pdf|Introduction aux banques de données]]
+
        CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
 +
 
 +
Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6
 +
 
 +
        CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
 +
 
 +
* Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !
 +
 
 +
Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci
 +
 
 +
* Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)
 +
[[Media:2223_Planning_Bioanalyse_ETU2.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)]]
 +
 
 +
*Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !
 +
 
 +
 
 +
<!--
 +
'''ATTENTION''' à compter du mercredi 2 Février 2022, les TPs initialement prévus en U3 207  sont délocalisés dans une autre salle, consultez le nouveau planning ci dessous (crenaux en jaune)
 +
 
 +
*[[Media:2201_Planning Bioanalyse V2_moodle_1Fevrier22.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2021_2022 (Février 2022)]]
 +
 
 +
 
 +
*[[Media:2201_Planning Bioanalyse V2_moodle.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2021_2022 (Février 2022)]]
 +
*[[Media:2122_Bioanalyse_planningL3BCPv2.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2021_2022]]
 +
 
 +
 
 +
 
 +
* [[Media:2021-Planning_Bionalyse_L3 BCP_AVEC_salles_TP3.pdf|2021 Planning Bioanalyse L3 BCP (semaine rouge/bleue), mise a jour du Lundi 18 Janvier 21]]
 +
* [[Media:2021_GroupesTPs.pdf|2021 Séries de TP Bioanalyse (rouge/bleue) L3 BCP]]
 +
* [[Media:2021_Liens Zoom CMs Bioanalyse.pdf|2021 Liens Zoom pour CMs en distanciel de l'UE]]
 +
* [[Media:2021_Presentation de l'UE_OK_TP3.pdf|2021 Présentation de l'UE, mise à jour du Lundi 28 Janvier 21]]
 +
 
 +
 
 +
* [[Media:1920_Bioanalyse_planning.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2019_2020]]
 +
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2020.pdf|Présentation de l'UE]]
 +
* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
 +
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2019.pdf|Présentation de l'UE]]
 +
 
 +
<!--===='''Vidéos des Cours'''====
 +
* CM1 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Introduction_Bioinfo.mp4 Introduction à la bioinformatique]
 +
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2020_modified.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
 +
* CM2 : [[Media:banque_2020.pdf|Introduction aux banques de données]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
-
* CM5 : [[Media:Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
+
* CM5 : [[Media:Blast_2020.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
* CM6 : [[Media:AlignementMultiple_2017.pdf|Alignement multiple]]
* CM6 : [[Media:AlignementMultiple_2017.pdf|Alignement multiple]]
* CM6 : [[Media:motif_profil_2017.pdf|Motif et domaine fonctionnels]]
* CM6 : [[Media:motif_profil_2017.pdf|Motif et domaine fonctionnels]]
-
===='''TPs'''====
+
 
 +
-- ===='''Videos des Cours'''====
 +
* CM1 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Introduction_Bioinfo.mp4 Introduction à la bioinformatique]
 +
* CM2 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/bases_donnees.mp4 Introduction aux banques de données]
 +
* CM2 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/erratum_bases_donnees.mp4 petit erratum Introduction aux banques de données]
 +
* CM3 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Comparaison_deux_sequences_partie1.mp4 Comparaison de deux séquences-partie_1]
 +
* CM4 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/comparaison_deux_sequences_partie2.mp4 Comparaison de deux séquences-partie_2]
 +
* CM5 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/recherche_similarite_avec_Blast.mp4 Recherche par similarité dans les bases de données]
 +
* CM5 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Alignement_multiple.mp4 Alignement multiple]
 +
* CM6 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Motifs_domaines_fonctionnels.mp4 Motifs et domaines fonctionnels]
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===='''Supports de Cours'''====
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* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2022.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
 +
* CM2 : [[Media:banque_2022.pdf|Introduction aux banques de données]]
 +
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc_2022.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
 +
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2022.pdf|Alignement de deux séquences protéiques]]
 +
* CM5 : [[Media:Blast_2022.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
 +
* CM5 : [[Media:AlignementMultiple_2021.pdf|Alignement multiple]]
 +
* CM6 : [[Media:motif_profil_2021.pdf|Motifs et domaines fonctionnels]]
 +
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<!--
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===='''TPs, année 2020_2021'''====
 +
 
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* TP1 : [[TP1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données et Analyses de Séquences]]
 +
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
 +
* TP3 : [[TD3_Bioanalyse21|Blast, Alignement multiple et Signatures]]
 +
 
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===='''TPs en salle'''====
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
 +
<!--
 +
*  [[Media:TP1_L3.pdf|Correction TP1]]
 +
-->
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
Line 157: Line 243:
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
-
===='''Exemples de contrôle continue corrigé'''====
+
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===='''Annales & Corrigés'''====
 +
 
 +
* CT 2019 : [[Media:2019_CT_L3Bioanalyse_Corrigé_ETU.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2019 : [[Media:2019_CC_L3Bioanalyse_Corrigé_ETU.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2017 : [[Media:sujet_CC_Bioanalyse_L3BCP_2017_correction.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
* CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
 +
-->
-
= Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)  =
 
-
=== Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM) ===
 
-
* TP : [[TP Initiation Bioanalyse |Initiation Bioanalyse]]
 
<!--
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-
* TP1 : [[TD1_Genome Selection Plantes|Interrogation des banques de données et recherche par similarité]]
+
= L3 2B2M Bioanalyse =
-
* TP2 : [[TD2_Genome Selection Plantes|Alignement multiples et signatures proteiques]]
+
 +
===='''TPs'''====
-
== Licence 3 ==
+
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
 +
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
 +
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
 +
* TP4 : [[TD4_Bioanalyse|BLAST, alignement multiple, signature protéique]]
 +
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
 +
-->
 +
= Licence Pro GeBAP =
 +
=== Schéma de sélection et productions de semences ===
 +
* [[L3 GeBAP - TP Analyse de QTL|TP]] Analyse de QTL
 +
= L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)  =
 +
=== Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU) ===
 +
 +
Initiation à l'analyse de séquences biologiques
 +
* TP1 : [[TD1_Genome Selection Plantes|Interrogation des banques de données et alignement par paires]]
 +
* TP2 : [[TD2_Genome Selection Plantes|Alignement multiples et signatures protéiques]]
 +
 +
<!--
 +
* [[CC_BioAnalyseVeg|Controle Continu]]
 +
 +
 +
TP pour une seance unique de 4h
 +
 +
* TP : [[TP Initiation Bioanalyse |Initiation Bioanalyse]]
 +
 +
 +
==== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM) ====
 +
* Supports de cours
 +
http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29
* TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
* TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
 +
== Licence 3 ==
 +
 +
 +
* TD1 : [[Interrogation des banques de données]]
 +
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
 +
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
 +
-->
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<!--
=== Biologie - 2B2M (ELSVB5FM) et BCP (ELSVA6CM) : Bioanalyse ===
=== Biologie - 2B2M (ELSVB5FM) et BCP (ELSVA6CM) : Bioanalyse ===
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
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<!--
<!--
'''Annales :'''
'''Annales :'''
-
 
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/sujet_CC_2012_pdf.pdf|exemple de sujet de contrôle continu 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/sujet_CC_2012_pdf.pdf|exemple de sujet de contrôle continu 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/correction_sujet_CC_2012.pdf|correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/correction_sujet_CC_2012.pdf|correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012]]
Line 206: Line 329:
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Correction_exam_janvier_2009.pdf|correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Correction_exam_janvier_2009.pdf|correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Annales_probleme.pdf|un autre exemple de problème de contrôle terminal]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Annales_probleme.pdf|un autre exemple de problème de contrôle terminal]]
-
 
'''Supports de TD :'''
'''Supports de TD :'''
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-->
-->
<!--
<!--
-
 
* * TD4 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_d_une_famille_de_proteines|Analyse d'une famille de protéines]]
* * TD4 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_d_une_famille_de_proteines|Analyse d'une famille de protéines]]
* TD5 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_evolutive|Analyse évolutive]]
* TD5 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_evolutive|Analyse évolutive]]
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= Master =
= Master =
 +
=== Master 1 - Biotechnologies ===
 +
==== Evolution Moléculaire (KBTD8AGU)====
 +
'''Supports de cours :'''
 +
* [[Media:Cours_EM_Intro_Definitions_2023_BT.pdf|Evolution moléculaire : introduction et définitions]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2023_BT.pdf|Modèles évolutifs]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2023.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2021.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
-
== Master 1 ==
 
-
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM ===
+
'''Support TP : '''
 +
* [[silico:enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/TP1/index_2023_M1_BT.html|tutorial TP]]
 +
* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
 +
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
-
==== Génomique Evolutive et Phylogénie ====
+
<!--
 +
* [[Media:SpneA01-NJ_ComE_Muscle_Poisson.ph|arbre COME modèle Poisson méthode NJ]]
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* [[Media:SpneA01-NJ_ComE_Muscle_Kimura.ph|arbre COME modèle Kimura (PAM approché) méthode NJ]]
 +
* [[Media:manual_ModelTest.pdf|manuel de ModelTest]]
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* [[Media:Correction_TP1_TP2_2023_M1_BT.pdf|'''Correction des TP1 et TP2]]'''
 +
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]-->
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<!--** [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/M1_EvolMol_Rstudio.tar.gz|Fichier Rstudio pour les TP1 et TP2]]
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** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Poisson.tree.ph | arbre COME NJ modèle Poisson]]
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** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Kimura.tree.ph | arbre COME NJ modèle Kimura]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_empirical_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]
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** [[Media:SpneA01.COMD_CleanUp_tuto_muscle.fst | alignement multiple COMD]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_tree.ph | arbre COMD PhyML modèle LG]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_empirical_tree.ph | arbre ComD PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]-->
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'''Support TD : '''
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'''Supports de TD/TP :'''
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* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
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* [[M1 Genomique Evolutive et Phylogenie - TP 2 Evolution proteine d'oomycete|TP: Evolution proteine d'oomycete]]
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* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
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*[[Media:TP2_Evolution_proteine_oomycete.pdf|TP Evolution proteine d'oomycete]]
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*'''[[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire_2021.pdf|Correction du TD2 ]]'''
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**''Données pour le TP'':
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'''Exemple CC corrigé : '''
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[[Media:fungal_sequences.txt|Fungal_sequences]]
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* [[Media:sujet_CC_complet.pdf|CC de 2011 ]]
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[[Media:ATPsynthase_ sequences.txt|ATPsynthase_sequences]]
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* [[Media:correction_CC_oct-2011.pdf|correction du CC de 2011 ]]-->
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[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011.pdf|Publication de reference]]
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[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011_SI.pdf|Publication de reference, supplementary data]]
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*[[Media:TP4_adaptation_moleculaire.pdf|TP Adaptation Moleculaire]]
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== Master 1 ==
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**''Données pour le TP'':
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[[Media:Medicago_SNPs_sequences.txt|Medicago SNPs sequences]]
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=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM ===
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[[Media:Drosophila_Adh.phy|Drosophile sequences]]
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-
[[Media:Primates_lysozymes.fasta|Primates lysozymes sequences]]
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==== Traitement de données biologiques (EMBIA1FM) ====
+
==== Traitement de données biologiques (KBVX7AH1) ====
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
-
* [[Media:M1 Traitement de Donnees Biologiques - Statistiques et Analyses Multivariees.pdf|Statistiques et Analyses Multivariées - M. Bonhomme]]
+
* [[Media:TDB_MasterBV_Bioinfo.pdf|Statistiques - M. Bonhomme]]
-
* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome - R. Barriot]]
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1e8J6VejE1fXKSOZysmyVTi_om_5Vb5Z3r0W5TqIyRT4/edit?usp=sharing Suite - R. Barriot]
 +
<!--* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome - R. Barriot]]-->
'''Supports de TD/TP :'''
'''Supports de TD/TP :'''
Line 258: Line 397:
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 3 R|TP3 - Tests statistiques - 1]]
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 3 R|TP3 - Tests statistiques - 1]]
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 4 R|TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)]]
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 4 R|TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)]]
-
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - Transcriptome - Oryza sativa|TP5 - Analyse de transcriptome]]
+
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - Rice Expression Atlas Guided Tour|TP5 - ACP, analyses différentielles, clustering et caractérisation d'une liste de gènes]]
 +
<!-- * [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - Transcriptome - Oryza sativa|TP5 - Analyse de transcriptome]] -->
* [[procedure_install_Rstudio|procédure d'installation de R/Rstudio sur votre ordinateur]]
* [[procedure_install_Rstudio|procédure d'installation de R/Rstudio sur votre ordinateur]]
Line 270: Line 410:
-->
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<big>'''Contrôle continu'''</big>
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* Contrôle continu 2019-20 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2019/|Sujet et fichiers à utiliser]]
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<big>'''Contrôle continu'''</big>
 +
* Contrôle continu 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2018/|Sujet et fichiers à utiliser]]
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<big>'''Contrôle continu'''</big>
 +
* Contrôle continu 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2017/|Sujet et fichiers à utiliser]]
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-->
 +
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<!--
'''Contrôle continu'''
'''Contrôle continu'''
* Contrôle continu 2016 : [[silico:enseignement/m1/tdb/cc2016.html|Sujet et fichiers à utiliser]]
* Contrôle continu 2016 : [[silico:enseignement/m1/tdb/cc2016.html|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
-->
 +
* Archives
* Archives
** Contrôle continu de 2011 avec son corrigé [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - CC 2011 et correction.zip|CC 2011 et correction.zip]]
** Contrôle continu de 2011 avec son corrigé [[Media:M1 MABS Traitement de Donnees Biologiques - CC 2011 et correction.zip|CC 2011 et correction.zip]]
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* Sites dédiés
* Sites dédiés
** Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
** Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
-
** RStudio : https://www.rstudio.com
+
** RStudio : https://www.rstudio.com ainsi que la version utilisable depuis un navigateur https://rstudio.cloud (nécessite un compte, qui peut être gratuit mais avec des capacités limitées)
** https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
** https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
 +
** https://rdrr.io/snippets/ Utilisation de R depuis un navigateur
 +
<!-- deprecated
** http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
** http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
** http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
** http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
 +
-->
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
'''Support de cours:'''
'''Support de cours:'''
-
* [[Media: GEQ_presentation.pdf|présentation de GEQ - M. Bonhomme]]
+
* [[Media:GEQ_presentation_2022.pdf|présentation de GEQ - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: GEQ_intro.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
+
* [[Media:GEQ_intro_2022.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: GEQ_pop_gen.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
+
* [[Media:GEQ_2022b.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: Genetique-quantitative.pdf|GQ - Génétique-quantitative - C. Robert-Granié]]
+
* [[Media: CM_Genetique_Quantitative_2020bis.pdf|GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: Genetique-quantitative-Parente.pdf|GQ - Génétique-quantitative-apparentement - C. Robert-Granié]]
+
* [[Media:Carto_Génétique_2022.pdf|GQ - Cartographie génétique - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: Carto_Marqueurs.pdf|GQ - Cartographie de marqueurs moléculaires - B. Mangin]]
+
-
* [[Media: Carto_QTL.pdf|GQ - Cartographie de Quantitative Tait Loci - B. Mangin]]
+
-
* [[Media: Asso-QTL.pdf|GQ - Génétique d'association - B. Mangin]]
+
'''Supports de TD/TP :'''
'''Supports de TD/TP :'''
-
* [[Media: TD1_GEQ_pop_gen.pdf|TD1 génétique des populations]]
+
* [[Media: TD1_GEQ_pgen.pdf|TD1 génétique des populations]]
-
* [[Media: TP1_genetic_diversity_drift.zip|TP1 génétique des populations]]
+
* [[Media: TP1_population_genetics_2020.zip|TP1 génétique des populations]]
-
* [[Media: TD-Génétique Statistique-2016.pdf|TD2 génétique quantitative liaison/association]]
+
* [[Media: TD-Génétique_Quantitative_2019.pdf|TD2 génétique quantitative]]
-
* [[Media: TP2-parente-moleculaire.zip|TP2 génétique quantitative parenté moléculaire]]
+
* [[Media: TP2_heritability_2020.zip|TP2 génétique quantitative]]
-
* [[Media: TD-backcross.pdf|TD3 génétique quantitative liaison/association]]
+
* [[Media: TD3_carto_génétique_2019.pdf|TD3 cartographie génétique]]
-
* [[Media: TP2-measureLD.zip|TP3 génétique quantitative mesures DL]]
+
-
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies ===
+
==== Génomique Evolutive et Phylogénie ====
-
==== Evolution Moléculaire (EMBIA2EM) ====
+
 +
'''Supports de TD/TP :'''
 +
* [[M1 Genomique Evolutive et Phylogenie - TP 2 Evolution proteine d'oomycete|TP: Evolution proteine d'oomycete]]
 +
<!--
 +
*[[Media:TP2_Evolution_proteine_oomycete.pdf|TP Evolution proteine d'oomycete]]
 +
**''Données pour le TP'':
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[[Media:fungal_sequences.txt|Fungal_sequences]]
 +
[[Media:ATPsynthase_ sequences.txt|ATPsynthase_sequences]]
 +
[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011.pdf|Publication de reference]]
 +
[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011_SI.pdf|Publication de reference, supplementary data]]
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-->
 +
 +
*[[Media:TP4_adaptation_moleculaire.pdf|TP Adaptation Moleculaire]]
 +
**''Données pour le TP'':
 +
[[Media:Medicago_SNPs_sequences.txt|Medicago SNPs sequences]]
 +
[[Media:Drosophila_Adh.phy|Drosophile sequences]]
 +
[[Media:Primates_lysozymes.fasta|Primates lysozymes sequences]]
 +
 +
=== Master 1 - Bioinformatique parcours Biologie des Systèmes + Bioinformatique et Génomique Environnementale ===
 +
==== Evolution Moléculaire (KBIA8ABU - KBIB8ABU) ====
 +
<!--'''Emploi du temps :'''
 +
* [[Media:EDT_2021_UE_Evolution_Moleculaire_M1BI_M1BT.pdf|Emploi du temps UE Evolution moléculaire]]-->
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
-
* [[Media:CM1_EM_intro.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
+
* [[Media:cours_EM_intro_2022.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
-
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2015.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
+
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2022.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
-
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2015.pdf|Modèles évolutifs]]
+
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2023.pdf|Modèles évolutifs]]
-
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
+
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2023.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
-
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
+
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2021.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
-
* [[Media:CM6_EM_adapt_mol.pdf|Adaptation moléculaire]]
+
* [[Media:cours_EM_adapt_mol_2022.pdf|Adaptation moléculaire]]  
 +
 
'''Support TP : '''
'''Support TP : '''
-
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
+
* [[silico:enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/TP1/index_BBS_BGE_2023.html|tutorial TP1 et TP2]]
-
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
+
* [[Media:manual_ModelTest.pdf|manuel de ModelTest]]
-
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2017_new.pdf|Correction des TP1 et TP2]]
+
* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
-
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et COmD]]
+
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
 +
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_2021.zip|tutorial TP3]]
 +
<!-- * [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_2019_2020.zip|tutorial TP3_2019_2020]]
 +
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_correction.pdf|Correction du TP3 ]]-->
-
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
+
<!-- * [[Media:Correction_TP1_TP2_2022_new.pdf| '''correction des TP1 et TP2''']]
 +
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2022_new.pdf|'''Correction des TP1 et TP2]]'''
 +
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2021.pdf|'''Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]'''-->
-
'''Support TD : '''
+
<!--** [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/M1_EvolMol_Rstudio.tar.gz|Fichier Rstudio pour les TP1 et TP2]]
 +
** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Poisson.tree.ph | arbre COME NJ modèle Poisson]]
 +
** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Kimura.tree.ph | arbre COME NJ modèle Kimura]]
 +
** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG]]
 +
** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_empirical_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]
 +
** [[Media:SpneA01.COMD_CleanUp_tuto_muscle.fst | alignement multiple COMD]]
 +
** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_tree.ph | arbre COMD PhyML modèle LG]]
 +
** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_empirical_tree.ph | arbre ComD PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]-->
 +
'''Support TD : '''
* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
-
* [[Media:TD3 Evolution Moléculaire.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]
+
<!-- *'''[[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire_2021.pdf|Correction du TD2 ]]'''-->
 +
* [[Media:TD3_Evolution Moléculaire_2021.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]
 +
* [[Media:TD3_Evolution_Moléculaire_correction.pdf|Correction du TD3 ]]
-
'''Exemple CC corrigé : '''
+
<!--'''Exemple CC corrigé : '''
* [[Media:sujet_CC_complet.pdf|CC de 2011 ]]
* [[Media:sujet_CC_complet.pdf|CC de 2011 ]]
-
* [[Media:correction_CC_oct-2011.pdf|correction du CC de 2011 ]]
+
* [[Media:correction_CC_oct-2011.pdf|correction du CC de 2011 ]]-->
-
 
+
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/|Ressources pédagogiques]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/|Ressources pédagogiques]]
-
 
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/|TD 1]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/|TD 1]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD3/index.html|TD 3]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD3/index.html|TD 3]]
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* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/TD_transcriptome.html TD n°2 : Introduction à R et analyse de transcriptome] copie de [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/MeV_4_4_1_r1836_win.zip MeV (windows)] Multiple experiment viewer du TIGR.
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/TD_transcriptome.html TD n°2 : Introduction à R et analyse de transcriptome] copie de [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/MeV_4_4_1_r1836_win.zip MeV (windows)] Multiple experiment viewer du TIGR.
-->
-->
 +
<!-- '''Videos des Cours'''
 +
* CM1 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Introduction_phylogenie_moleculaire.mp4 Introduction phylogénie moléculaire - définitions- notions de base]
 +
* CM2 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Model_evolution_ac_nucl.mp4 Modèles d'évolution séquences d'acides nucléiques]
 +
* CM3 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Model_evolution_prot.mp4 Modèles d'évolution séquences protéiques]
 +
* CM4 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Methode_part1.mp4 Méthode de distance et méthode de maximum de parcimonie]
 +
* CM5 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Methods_part2_robustesse.mp4 Méthode de maximum de vraisemblance et robustesse des arbres] -->
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
 +
 +
* Diaporama réunion de rentrée [[Media:M1BBS.Accueil.Inscriptions.Pedagogiques.pdf]]
* [[Linux tips]]
* [[Linux tips]]
-
==== Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM) ====
+
==== Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1) ====
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
-
* [[Media:Introduction_bio_annotation.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
+
 
 +
<!-- * [[Media:Cours_Introduction_Jean_Phillipe_Galaud.pdf|Introduction génomique  (Jean-Philippe Galaud)]]-->
 +
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2023.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:Annotation2_v2_2016.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:annotation2_2023.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:motif_profil_2014.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:HMM_2015.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:HMM_2023.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
* [[Media:cours-align_genome.pdf|Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:cours-align_genome.pdf|Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
'''Tutoriels de TP :'''
'''Tutoriels de TP :'''
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/tutorial_annotation_new_NVU.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]]
+
*[[Media:Correction_TP_annotation.pdf|Correction du TP annotation]]
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
+
<!-- *[[Media:correction_TP_annotation.pdf | '''Correction du TP d'annotation du fragment génomique bactérien''']]-->
-
*[[Media:Complement_TD_HMM.pdf|Complément d'information pour réaliser le TD de design du HMM ]]
+
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2023_silico.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
 +
**archives compressées de SHOW à télécharger
 +
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/SHOW_FEDORA_ETUDIANT.tar.gz|SHOW pour fedora]]
 +
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/SHOW_DEBIAN_ETUDIANT.tar.gz|SHOW pour debian]]
 +
**[[Media:template_sigma_model.txt| Template pour réaliser le modèle dans la syntxte de SHOW]]
 +
<!--**archive des séquences à télécharger
 +
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/seq.tar.gz|séquences compressée]] -->
 +
<!-- *to download: [[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/show_saba.tar.gz| show_saba.tar.gz]] -->
 +
<!--*[[Media:Complement_TD_HMM.pdf|Complément d'information pour réaliser le TD de design du HMM ]]-->
 +
 
-
Aide pour la réalistion du projet annotation
+
'''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 22 décembre'''
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_artemis/Annotation_artemis.html|Introduction à Artemis]]
+
* '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet_annotation_2023_24.docx|description du projet]]
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/memo_Perl.html|Petit guide de programmation en Perl]]
+
* '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers_2023-24.docx|description des parsers]]
 +
* '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
 +
** [[Media:memo_Perl.docx|Petit guide de programmation en Perl]]
 +
** [[Media:regles-pseudocodes.pdf|règles d’écriture en pseudo-code les plus usuelles]]
-
'''Contrôle continu :'''  
+
<!--* '''Aide pour la réalisation du projet annotation'''
 +
**Le logiciel artemis peut être téléchargé à partir de ce site http://sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/
 +
** Une petite introduction à artemis : [[Media:Artemis.docx|petite intro Artemis]]-->
 +
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/memo_Perl.html|Petit guide de programmation en Perl]]
-
* '''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''lundi 14 novembre'''. M'envoyer pa courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.
+
*'''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''lundi 11 octobre 2021'''. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf. Merci aussi de joindre au mail, '''uniquement si vous avez fait tourner tourner vous-même les programmes show_emfit et show_viterbi''', le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités et celui après estimation des probabilités.-->
-
* '''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 9 décembre'''
 
-
** '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint : [[Media:Projet_2016.docx|description du projet]]
 
-
** '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
 
-
** [[Media:exemple_annotation_EMBL.txt|Exemple d'annotation au format EMBL]]
 
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
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-->
-->
-
==== Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM) ====
+
==== Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI) ====
-
* [[Media:M1 MABS BBS Math Memento.pdf|Memento]] de Régine André-Obrecht
+
-
* [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel
+
-
* [[M1 BBS Math TD ACP|TD]] ACP
+
-
* [[M1 MABS BBS Math TD Modelisation|TD]] Modélisation
+
-
* [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités
+
 +
'''Sujets de TP :'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/pam/PAM.html|TP]] Matrices PAM <!-- [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel -->
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/ACP.html|TP]] ACP <!--[[M1 BBS Math TD ACP|TD]] ACP -->
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/ODE.html|TP]] Modélisation <!--  [[M1 MABS BBS Math TD Modelisation|TD]] Modélisation -->
 +
 +
<!-- * [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités -->
 +
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<!--
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<big>'''CCTP'''</big>
 +
* Exam CCTP 2021-22 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
-->
 +
 +
'''Liens :'''
 +
* http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
 +
 +
'''Références'''
 +
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
 +
 +
<!--
 +
'''Projet 2021-22 :'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2021-22.html|Sujet du projet 2021-22]]
 +
<!-- * Choix d'un graphe pour le projet (ne pas prendre un graphe déjà choisi par quelqu'un d'autre) : https://framadate.org/M1BBS-Projet-Math -->
 +
<!--
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' les fêtes de fin d'année
 +
* Graphe à analyser
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g1.gr|graphe 1]] Sébastien
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g2.gr|graphe 2]] Kory
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g3.gr|graphe 3]] Nassim
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g4.gr|graphe 4]] Gatépé
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g5.gr|graphe 5]] Martin
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g6.gr|graphe 6]] Abdourahmane
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g7.gr|graphe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g8.gr|graphe 8]] Catherine
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g9.gr|graphe 9]] Moussa
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|graphe 10]] Océane
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g11.gr|graphe 11]] Magdalena
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g12.gr|graphe 12]] Yoann
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g13.gr|graphe 13]] Naomi
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g14.gr|graphe 14]] Coraline
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g15.gr|graphe 15]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g16.gr|graphe 16]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g17.gr|graphe 17]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g18.gr|graphe 18]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g19.gr|graphe 19]] Tiphaine
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g20.gr|graphe 20]] Annabelle
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g21.gr|graphe 21]] Sandra
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g22.gr|graphe 22]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g23.gr|graphe 23]] Ilan
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g24.gr|graphe 24]]
 +
 +
<!-- ARCHIVES
 +
 +
 +
'''Projet 2018-19:'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2018-19.html|Sujet du projet 2018-19]]
 +
* constitution des groupes (2 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/M1BBS-Groupes-Projet-Math
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' les fêtes de fin d'année
 +
* Graphe à analyser pour chaque groupe
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g4.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g5.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g6.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g7.gr|Groupe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g8.gr|Groupe 8]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g9.gr|Groupe 9]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|Groupe 10]]
 +
 +
 +
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_3_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_5_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 8]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 9]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/|Groupe 10]]
 +
 +
 +
'''Projet 2017-18:'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2017-18.html|Sujet du projet 2017-18]]
 +
* constitution des groupes (2 ou 3 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/RlOS3KoUKgmRHM5s
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' le 4 Décembre
 +
* Graphe à analyser pour chaque groupe
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC3.gr|Groupe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_3_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 4]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 5]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_4_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC2.gr|Groupe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_5_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Marie G.]]
 +
 +
 +
<big>'''Exam TP'''</big>
 +
* Exam TP 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
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<!--* [[Media:M1 MABS BBS Math Memento.pdf|Memento]] de Régine André-Obrecht-->
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<!--
'''Contrôl continu décembre 2016'''
'''Contrôl continu décembre 2016'''
* Sujet au format [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.html|HTML]] et [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.Rmd|Rmd]] et l'image nécessaire pour la compilation au niveau du dernier exercice [[silico:enseignement/m1/math/cc/CC.nfbl.png|CC.nfbl.png]]
* Sujet au format [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.html|HTML]] et [[silico:enseignement/m1/math/cc/2016.Math.CC.Rmd|Rmd]] et l'image nécessaire pour la compilation au niveau du dernier exercice [[silico:enseignement/m1/math/cc/CC.nfbl.png|CC.nfbl.png]]
 +
-->
-
'''Projet 2016-17:'''
 
-
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2016-17.html|Sujet du projet 2016-17]]
 
-
* constitution des groupes (3 personnes par groupe) pour le projet : https://framadate.org/SRCce9gqmq5yfaBM
 
<!-- * [[M1 MABS CC Math 2012-12]] -->
<!-- * [[M1 MABS CC Math 2012-12]] -->
<!--
<!--
Line 421: Line 730:
-->
-->
-
'''Références'''
 
-
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
 
Line 449: Line 756:
-->
-->
-
==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM) ====
+
==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD) ====
-
<!--
 
-
'''Emploi du temps 2015-16'''
 
-
Les CM ont lieu en salle S20, les TP en salle 4TP4-P1.
 
-
{| class="wikitable"
 
-
!colspan="4"|EDT M1 Traitement de graphes et réseaux biologiques
 
-
|-
 
-
|                    || CM mardi 15h45-17h45 en S20    || TP mercredi 13h30-17h30 en 4TP4-P1
 
-
|-
 
-
| semaine 3 - 18.01    || RB CM1 Intro, notions et définitions ||
 
-
|-
 
-
| semaine 4 - 25.01    || RB CM2 représentation et premiers algo (DFS) ||
 
-
|-
 
-
| semaine 5 - 01.02    || RB CM3 algos (détection de cycles, tri topologique)        || RB TP1 Cytoscape, DFS Python
 
-
|-
 
-
| semaine 6 - 08.02    || RB CM4 algos (BFS, Dijkstra, Floyd-Warshall)        ||
 
-
|-
 
-
| semaine 7 - 15.02    || RB CM5 algos (MST Kruskall et Prim, Marches aléatoires, TribeMCL, Motif / Kavosh)        || RB TP2 BFS, plus courts chemins
 
-
|-
 
-
| semaine 8 - 22.01    || RB CM6 Dessin        ||
 
-
|-
 
-
| semaine 9 - 29.02    ||                      ||  RB TP3 dessin, librairie igraph
 
-
|-
 
-
| semaine 10 - 07.03  || YQ Partitionnement et détection de communautés        || YQ TP4 détection de communautés
 
-
|}
 
-
-->
 
 +
Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647
'''Supports de cours'''
'''Supports de cours'''
-
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1OnYCzrQwiCH_EyNXsW3rRgaE7dwwEqqZelVk3-p1tIk/edit?usp=sharing Support de cours, R. Barriot]
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2021.pdf‎‎|Support de cours (communautés)]]
<!--
<!--
 +
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2019.pdf‎‎|Support de cours (communautés)]]
-->
-->
-
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2015.pdf‎|Support de cours (communautés)]]
 
-
 
'''Supports de TD/TP:'''  
'''Supports de TD/TP:'''  
-
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP]] Visualisation et exploration de graphes
+
<!--* [[Media:M1Bioinfo.Graphes.TD.definitions.pdf|TD1]] Définitions
-
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP]] Librairie et parcours de graphes
+
* [[silico:enseignement/m1/graph/python.graph.library.html|TP1-2-3]] Module python et parcours de graphes
-
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
+
-->
-
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes|TP]] Recherche de communautés dans les graphes
+
* [[silico:enseignement/m1/graph/graph.TP.RB.html|TP avec Roland Barriot]] Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de ''igraph''
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes2.0|TP5]] Recherche de communautés dans les graphes
-
'''Projets 2016-17'''
+
 
 +
'''Projets 2023-24'''
 +
 
 +
Sujet disponible sur [https://moodle.univ-tlse3.fr/mod/assign/view.php?id=422131 moodle].
 +
 
 +
Fichiers de départs à compléter disponibles sur [https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.graph.project/-/tree/main gitlab].
 +
 
 +
<!--
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
 +
 +
 +
'''Supports de TP (archives)'''
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP1]] Visualisation et exploration de graphes
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Librairies R - igraph|TP4]] Librairies R - Prise en main igraph
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP]] Dessin de graphes et initiation à la librairie igraph
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP1-2-3]] Librairie python et parcours de graphes
 +
-->
'''Liens:'''
'''Liens:'''
-
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ Cytoscape Web] mais un peu dépassé maintenant)
+
Logiciels
-
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip]
+
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [https://js.cytoscape.org/ librairie pour l'analyse et la visualisaiton])
 +
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip] librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
* [https://gephi.org/ Gephi]
* [https://gephi.org/ Gephi]
-
* [http://igraph.org/ igraph]
+
 
 +
Librairies
 +
* [http://igraph.org/ igraph] R, python, ...
 +
* [http://networkx.github.io NetworkX] python
 +
* [https://graph-tool.skewed.de graph-tool] python
 +
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
 +
 
 +
Serveurs & Banques
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
-
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
 
-
* [http://rsat.bigre.ulb.ac.be/rsat/index_neat.html NeAT]
 
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
* [http://string-db.org/ STRING]
* [http://string-db.org/ STRING]
-
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
+
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
 +
 +
Formats
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
 +
 +
Autres
 +
* https://kateto.net/network-visualization Visu avec différents environnements et librairies
 +
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
 +
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
 +
* [http://rosalind.info rosalind] : apprentissage python en bioinformatique
'''Références'''
'''Références'''
Line 516: Line 830:
* <i>Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction</i>, Faust <i>et al.</i>, Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
* <i>Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction</i>, Faust <i>et al.</i>, Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105
-
==== Fouille de données (EMBIA2DM) ====
 
<!--
<!--
-
{| class="wikitable"  
+
'''Emploi du temps 2015-16'''
-
!colspan="2"| Planning 2015-2016
+
Les CM ont lieu en salle S20, les TP en salle 4TP4-P1.
 +
{| class="wikitable"
 +
!colspan="4"|EDT M1 Traitement de graphes et réseaux biologiques
|-
|-
-
| date
+
|                   || CM mardi 15h45-17h45 en S20    || TP mercredi 13h30-17h30 en 4TP4-P1
-
| lieu
+
|-
|-
-
|Jeudi 15 oct 10h-12h
+
| semaine 3 - 18.01    || RB CM1 Intro, notions et définitions ||
-
| Einstein CM1 Intro
+
|-
|-
-
|Jeudi 22 oct 10h-12h
+
| semaine 4 - 25.01    || RB CM2 représentation et premiers algo (DFS) ||
-
| Einstein CM2 Classification 1
+
|-
|-
-
|Jeudi 12 nov 10h-12h
+
| semaine 5 - 01.02    || RB CM3 algos (détection de cycles, tri topologique)         || RB TP1 Cytoscape, DFS Python
-
| 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle)
+
|-
|-
-
|Jeudi 19 nov 10h-12h
+
| semaine 6 - 08.02    || RB CM4 algos (BFS, Dijkstra, Floyd-Warshall)        ||
-
| Einstein CM4 Clustering 1
+
|-
|-
-
|Mercredi 25 nov 13h30-17h30
+
| semaine 7 - 15.02    || RB CM5 algos (MST Kruskall et Prim, Marches aléatoires, TribeMCL, Motif / Kavosh)         || RB TP2 BFS, plus courts chemins
-
| 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
+
|-
|-
-
|Jeudi 26 nov 10h-12h
+
| semaine 8 - 22.01    || RB CM6 Dessin        ||  
-
| Einstein CM5 Clustering 2
+
|-
|-
-
|Mercredi 2 déc 13h30-17h30
+
| semaine 9 - 29.02    ||                      ||  RB TP3 dessin, librairie igraph
-
| 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
+
|-
|-
-
|Jeudi 3 déc 10h-12h
+
| semaine 10 - 07.03  || YQ Partitionnement et détection de communautés        || YQ TP4 détection de communautés
-
| Einstein CM6 Règles d'associations
+
-
|-
+
-
|Mercredi 9 déc 13h30-17h30
+
-
| 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
+
-
|-
+
-
|Mercredi 16 déc 13h30-17h30
+
-
| 4TP4-P1 TP4 clustering
+
-
|-
+
-
|Jeudi 17 déc 10h-12h
+
-
| Einstein CM7 Règles d'associations
+
|}
|}
-->
-->
-
'''Support de cours:'''
 
-
* [[Media:Data Mining - Intro.pdf|Introduction et Généralités]]
 
-
* [[Media:Data Mining - Classification.pdf|Classification, prédiction et caractérisation]]
 
-
* [[Media:Data Mining - Clustering.pdf|Clustering]]
 
-
* [[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]
 
-
'''Sujets de TD/TP'''
+
==== Fouille de données (KBIA8AC) ====
-
* [[M1 BBS Data Mining TD Classification|TD]] Classification, validation croisée et clustering
+
 
 +
 
 +
Espace '''moodle''' : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7659
 +
 
 +
<!--
 +
'''Support de cours'''
 +
* [https://docs.google.com/presentation/d/1Puw0_1hjDDZZOo4oNQmYiASrTM04KF6tsz2rO8Mkt1s/edit?usp=sharing Introduction et Généralités]
 +
* [[Media:Data Mining - Classification.pdf|Classification automatique]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1QDVfJHE_mk5uxERpnsR2SACl5jDr0KDhAOiBlPMR-K8/edit?usp=sharing Arbres de décision et forêts aléatoires]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1bZsCqU4R2zFkBXaKkIjkyzYaqTXB47_2RpwbYh_wIz8/edit?usp=sharing Performances] [[Media:Fouille.Classification.Performances.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1rWR8vodxd8uuIWXAcEM4g4cykdxkcC_iTRJKdzal6bM/edit?usp=sharing Classification bayésienne] [[Media:Fouille.Classification.Bayes.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1npElMyrpBGr44T_yjDcgt_NNFsi_65HDHRgprSCiFRU/edit?usp=sharing Analyse discriminante linéaire] [[Media:Fouille.Classification.Analyse.discriminante.lineaire.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1BE4d_2FXwh7ueHuojEMcJ8WKwyBQQY1IhQX6S4g2eaA/edit?usp=sharing Réseaux de neurones] [[Media:Fouille.Classification.NeuralNet.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1t45aZQeOlpYjLYXiigUfxWeho-XG13tykRbGEv9e-YA/edit?usp=sharing k plus proches voisins] [[Media:Fouille.Classification.k-nn.pdf|PDF]]
 +
** [https://docs.google.com/presentation/d/1bZsCqU4R2zFkBXaKkIjkyzYaqTXB47_2RpwbYh_wIz8/edit?usp=sharing Classification - performances] [[Media:Fouille.Classification.Performances.pdf|PDF]]
 +
* [https://docs.google.com/presentation/d/1amYxHKVz-dZojLjZxY3dCIQUCm3eD-5ak_WBfVySWxM/edit?usp=sharing Normalisation et mesures de distance] [[Media:Fouille.Normalisation.et.mesures.de.distance.pdf|PDF]]
 +
* [https://docs.google.com/presentation/d/1nPPNCGE509EKZmFKRTO55hAWM6KNGAdB_fCLvMqg7EQ/edit?usp=sharing Clustering]
 +
** Rappels, généralités, méthodes : hiérarchique, k-means, k-médoïdes, spectral, affinity propagation, densité, ...
 +
** Mesures d'évaluation et de comparaison
 +
* [https://docs.google.com/presentation/d/1FANYbjIcad0E26reb-mEQ3QWccgqzIwlHZDAQoZ95bs/edit?usp=sharing Règles d'association] <!--[[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]
 +
 
 +
 
 +
'''Sujets de TD/TP''' sur gitlab → https://gitlab.com/rbarriot/datamining
 +
 
 +
 
 +
 
 +
'''Projet 2022-23'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/DataMining.ABC.Presentation.des.donnees.html|Description des données]] et [https://docs.google.com/presentation/d/158SeOGoGEgRE-wVr7RTnHPzhRFEGiQCOCw5FaZJhSQ0/edit?usp=sharing diapos] de présentation
 +
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/data/|Données]]
 +
* Projet GitLab → https://gitlab.com/rbarriot/datamining.abc
 +
 
-
'''Projet'''
 
-
<!-- * [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet -->
 
-
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/sujet.html|Sujet]] 2016-17
 
'''Liens'''
'''Liens'''
-
* [http://chem-eng.utoronto.ca/~datamining/dmc/data_mining_map.htm Data mining map]
+
 
* http://www.kdnuggets.com/
* http://www.kdnuggets.com/
** [http://www.kdnuggets.com/2010/12/book-mining-massive-datasets.html Book: Mining of Massive Datasets (free download)]
** [http://www.kdnuggets.com/2010/12/book-mining-massive-datasets.html Book: Mining of Massive Datasets (free download)]
Line 586: Line 905:
** [http://scikit-learn.org scikit-learn] une autre librairie python
** [http://scikit-learn.org scikit-learn] une autre librairie python
** [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation
** [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation
 +
* news
 +
** 2022/03/07 on kdnuggets.com [https://www.kdnuggets.com/2022/03/build-machine-learning-web-app-5-minutes.html Build a Machine Learning Web App in 5 Minutes]
'''Références'''
'''Références'''
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
 +
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
 +
-->
=== Master 1 - MEEF ===
=== Master 1 - MEEF ===
Line 597: Line 920:
'''Supports de TD :'''
'''Supports de TD :'''
* [[Media:1516_Gaulin_TD_PlantesDom.pdf|TD Plantes Domestiquees]]
* [[Media:1516_Gaulin_TD_PlantesDom.pdf|TD Plantes Domestiquees]]
 +
<!--
 +
 +
* [[Media:15_TD_Dom_CORRECTION.pdf|TD Plantes Domestiquees Correction]]
* [[Media:15_TD_Dom_CORRECTION.pdf|TD Plantes Domestiquees Correction]]
 +
-->
 +
-
'''Supports de Cours :'''
 
-
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
 
<!--
<!--
 +
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
 +
-->
-->
== Master 2 ==
== Master 2 ==
 +
=== Master 2 Microbiologie ===
 +
=====Supports de cours =====
 +
* [[Media:annotation2_M2Diag_2022.pdf|Annotation génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
 +
<!-- * [[Media:Phylogenie_Definitions_2018_M2Diag.pdf|Définitions en phylogénie (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:Introduction_Phylogenie_2021_M2Diag.pdf|Introduction à la reconstruction phylogénétique (Gwennaele Fichant)]] -->
-
=== Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
+
=====Tutoriels de TP=====
 +
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
 +
*[[Media:Correction_TP_annotation.pdf|Correction du TP annotation]]
-
* [[M2BBS - Atelier Système]]  
+
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
 +
* [[Media:seaview4.zip|seaview à télécharger pour Windows]]
 +
* [[Media:seaview4-64.tar.gz|seaview à télécharger pour Linux]]
 +
* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
 +
 
 +
* [[silico:enseignement/m2pro-diag/Bioinfo/TD_16srRNA/16SRNA_Tutorial_de _BioInformatique.htm|Identification des bactéries à l'aide de l'ARNr 16S]]-->
 +
 
 +
=== Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
<!-- * [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/Annotation.html|TD Annotation Artemis]]
<!-- * [[silico:enseignement/m2pro-bioinfo/Annotation.html|TD Annotation Artemis]]
Line 616: Line 958:
-->
-->
 +
===== Atelier système =====
 +
<!-- * [[M2BBS - Atelier Système]] -->
 +
* [https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup 2023-24 Atelier Système]
 +
 +
==== Atelier Chipseq ====
 +
* [[silico:enseignement/m2BBS/ChipSeq/TP_CHIPSEQ_2019_M2Bioinfo_FolderEtudiants.tar.gz|données TP]]
 +
 +
====Atelier Galaxy ====
 +
 +
* http://genoweb.toulouse.inra.fr/~formation/8_Galaxy_Admin/2019/
 +
 +
==== UE Communication ====
-
===== UE Communication =====
 
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
-
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de récupérer les supplementary data si il y en a et qu'ils ne vous sont pas fournis et bien entendu de les consulter. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
+
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
'''
'''
-
* '''Atelier Biologie des Systèmes'''
+
* '''Atelier Etude du métabolisme''' '''2 étudiant(e)s'''
** Article 1 :
** Article 1 :
-
*** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|Toni_2011_BMC_System_Biology]]
+
*** [[Media: An_Atlas_of_Human_Metabolism_2020.pdf | An_Atlas_of_Human_Metabolism_2020.pdf]]
-
*** [[Media:2011_Toni_supplement.pdf|Toni_2011_BMC_System_Biology_SupData]]
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7331181/
-
* '''Atelier ChipSeq'''
+
* '''Atelier Structure de la chromatine''' '''4 étudiant(e)s'''
** Article 1 :  
** Article 1 :  
-
*** [[Media:Jager-2015.pdf|Jäger_Nature_communication_2015]]
+
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
 +
*** [[Media:MACS_Sup_data.pdf |Supplementary information]]
** Article 2 :  
** Article 2 :  
-
*** [[Media:Pugh.pdf|Rhee_and_Pugh_Cell_2011]]
+
*** [[Media:Buenrostro_2018.pdf|Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741830446X?via%3Dihub
-
* '''Atelier Modélisation Moléculaire'''
+
* '''Atelier Phylogénomique''' '''4 étudiant(e)s'''
-
** Article 1 :  
+
** Article 1
-
*** [[Media:Kossida_2013.pdf|Vlachakis_and_Kossida_PeerJ_2013]]
+
***[[Media:Ali_et_al_2019.pdf|Identifying Clusters of High Confidence Homologies in Multiple Sequence Alignments]]
 +
** Article 2:  
 +
***[[Media:KIN_method_to_infer_relatedness_from_low-coverage_ancient_DNA.pdf | KIN_method_to_infer_relatedness_from_low-coverage_ancient_DNA]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02847-7#Sec37
-
* '''Atelier Genome'''
 
-
** Article 1 :
 
-
*** [[Media:Rajagopal_al_Plos_Computational_2013.pdf|Rajagopal_al_Plos_Computational_2013]]
 
-
===== Calendrier des présentations =====
+
===== Calendrier des présentations d'articles =====
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
-
!colspan="2"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
+
!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
|-
|-
-
|lundi 10 octobre 9h30-10h30 :
+
|lundi 16 octobre 9h30-10h30 :
-
|article Atelier Modélisation Moléculaire (Alexandra, Soukaïna))
+
|articles Atelier Etude du Métabolisme
 +
|article 1 : Jean et Etienne
|-
|-
-
|lundi 10 octobre 10h30-11h45 : (pause de 11h à 11h15)
+
|lundi 16 octobre 10h30-12h45:
-
| article Atelier Biologie des Systèmes (Leila, Raphael)
+
|article Atelier Structure de la chromatine
 +
|article 1 : 10h30-11h30 : Julie et Catherine
 +
|article 2 : 11h45-12h45 : Claire et Moussa
|-
|-
-
|lundi 10 octobre 11h45-12h35 :
+
|lundi 16 octobre 14h30-16h30 :
-
| article Atelier Génome (David, Adrien)
+
|articles Atelier Phylogénomique
 +
|article 2 : 14h30-15h30 : Margaux et Han
 +
|article 2 : 15h30-16h30 : Pricilla et Youssef
|-
|-
-
|lundi 10 octobre 14h30-17h :
+
|Commentaires éventuels : 16h30-17h
-
| articles Atelier ChipSeq (Emilie, Laurent,Léa,Thomas)
+
|}
|}
-
===== Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot =====
+
<!--
 +
* '''Atelier Modélisation''' '''2 étudiant(e)s'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media:Weyder_et_al_2018.pdf|Dynamic Modeling of Streptococcus pneumoniae Competence Provides Regulatory Mechanistic Insights Into Its Tight Temporal Regulation]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01637/full#supplementary-material
-
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes.pdf|Support de cours]]
+
 
 +
* '''Atelier Paléogénomique'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media:Fernandes_et_al_2021.pdf|TKGWV2: An ancient DNA relatedness pipeline for ultra-low coverage whole genome shotgun data]]
 +
 
 +
*'''Atelier Modélisation'''
 +
** Article 2 :
 +
*** [[Media:Li_et_al_2008.pdf|A Quantitative Study of the Division Cycle of Caulobacter crescentus Stalked Cells]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0040009 -->
 +
 
 +
==== Gestion des données non structurées et applications post-génomiques  (GDNS-AP) ====
 +
 
 +
Se référer à l'[https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=8382 espace moodle]
 +
 
 +
<!--
 +
===== GDNS-AP 1ère partie Karen Pinel-Sauvagnat et Gilles Hubert =====
 +
Supports séance 1 :
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_Introduction.pdf |Cours - Introduction]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_Document.pdf |Cours - MongoDB]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_CasEtude.pdf |Cas d'étude (commun MongoDB et Neo4J)]]
 +
 
 +
Supports séance 2 :
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_Graphe.pdf |Cours - Neo4J]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TD_Neo4J.pdf |TD - Neo4J]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_Correction_Neo4j.pdf | Correction TD Neo4j]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TP_Neo4J.pdf |TP - Neo4J]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_InstallNeo4J.pdf | Ressource Neo4J - Installation de Neo4J Desktop]]
 +
 
 +
 
 +
Supports séance 3 :
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TD_MongoDB.pdf |TD - MongoDB]]
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* [[Media:M2BBS_IDH_TP_MongoDB.pdf |TP - MongoDB]]
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Supports projet :
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* [https://filesender.renater.fr/?s=download&token=590f33ae-b2fb-4b14-a907-a938f77f7772  Téléchargement données source]
 +
 
 +
* [[Media: M2BBS IDH ContexteDEtudeYelp.pdf | Description du contexte d'étude : Yelp]]
 +
 
 +
* [[Media : M2BBS IDH ProjetNeo4j.pdf | Sujet du projet]] - A rendre par mail avant le 28/10 à Karen.sauvagnat@irit.fr et gilles.hubert@irit.fr
 +
 
 +
===== GDNS-AP 2ème partie Roland Barriot =====
 +
 
 +
 
 +
Page dédiée → [[M2BBS GDNS-APG]]
 +
 
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<!--
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Supports de cours :
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Generalites.pdf|Approches]]
 +
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Enrichissement.pdf|Enrichissement]]
 +
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Priorisation.pdf|Fusion de données et priorisation de gènes candidats]]
 +
 
 +
Sujet de TD/TP :
* [[M2BBS - IDH|Mise en oeuvre]]  
* [[M2BBS - IDH|Mise en oeuvre]]  
 +
 +
Description du projet :
* [[M2BBS Integration de Donnes Heterogenes - Projets|Projets IDH]]
* [[M2BBS Integration de Donnes Heterogenes - Projets|Projets IDH]]
-
===== Biologie des Systèmes - G. Fichant =====
+
-->
 +
 
 +
<!--
 +
==== Atelier Génétique Satistique - S. Boitard ====
 +
Support de cours et TD:
 +
* [[Media:coal_cours.pdf|Coalescence : principe et bases théoriques]] '''
 +
* [[Media:coal_td.pdf|TD de génétique des populations]] '''
 +
* [[Media:tp_struc.pdf|TP : Diversité génétique d’une population structurée]] '''
 +
* [[Media:Mol_Biol_Evol-1999-Pritchard-1791-8.pdf|article : investigation de l'histoire démographique du chromosome Y par analyse des loci microsatellite]] '''
 +
* [[Media:cours_tp_hapFLK.pdf|cours et TP de détection de locus sous sélection positive]] '''
 +
 
 +
'''TP :'''
 +
*[[Media:tp_coal.pdf|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format pdf]] '''
 +
*[[silico:enseignement/m2BBS/Genet_Stat/tp_coal.html|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format html]]
 +
*[[Media:tp_abc.pdf|TP estimation de paramètres par une approche ABC]] '''
 +
*[[https://github.com/willyrv/BioInfoCours]] autres documents
 +
-->
 +
 
 +
====Atelier Phylogénomique====
 +
Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin
 +
 
 +
[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique Atelier de Phylogénomique]
 +
 
 +
<!--
 +
===== Biologie des Systèmes - R. Barriot =====
 +
* [[Media:GRNs.pdf|Réseaux de régulation]] '''
 +
* [[M2 BBS TP GRNs]]
 +
-->
 +
 
 +
==== Biologie des Systèmes - G. Czaplicki ====
 +
 
 +
* [[Media:document_GC.pdf|Support de cours]] '''
 +
 
 +
Fichiers avec les codes :
 +
* [[Media:banana.m|banana.m]] '''
 +
* [[Media:ftest.m|ftest.m]] '''
 +
* [[Media:Rate.m|Rate.m]] '''
 +
* [[Media:SMarquardt.m|SMarquardt.m]] '''
 +
* [[Media:compet.dat|compet.dat]] '''
 +
 
 +
==== Biologie des Systèmes - G. Fichant ====
Support de cours:
Support de cours:
-
* [[Media:Intro_BioSyst.pdf|Short general introduction to system biology]] '''
+
* [[Media:Intro_BioSyst_2017.pdf|Introduction to system biology]] '''
-
* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Petit rappel enzymologie partie 1 ]]'''
+
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie]]'''
-
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie partie 2 ]]'''
+
* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Complément rappel enzymologie]]'''
-
* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''
+
* [[Media:Petri_net_2020.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
-
* [[Media:Petri_net_2015.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
+
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
-
* [[Media:Intro_PL_2015.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
+
* [[Media:parameter_estimation_2019.pdf|Introduction parameter estimation]]'''
 +
* [[Media:Intro_PL_2020.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
 +
* [[Media:SBML.pdf| Bref introduction au standard SBML ]]'''
 +
 +
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
<!-- * [[Media:parameter_estimation.pdf| Parameter estimation (M. Weyder)]]''' -->
<!-- * [[Media:parameter_estimation.pdf| Parameter estimation (M. Weyder)]]''' -->
'''TP :'''
'''TP :'''
 +
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
 +
* [[Media:Aide_Copasi.pdf|mnémo pour prise en main de Copasi plus simulation avec R]]
 +
* Lien vers le site de Snoopy : https://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy
 +
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
-
** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
+
** [[Media:TP_psp_response.pdf|Short description the biological process]]
 +
** [[Media:Modele_psp_extended_PN_2021.xpn|Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
 +
** [[Media:Modele_psp_save_essai_2019_modif_constante.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
 +
 
 +
<!-- ** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
 +
<!--** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]  -->
 +
<!--** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]] -->
 +
<!-- ** [[Media:modele_psp_save_2017-18.spn|Modèle stochastique corrigé]] -->
 +
<!--** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
-
** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]
+
** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]-->
-
*'''TP2 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
+
-
** [[Media:operon_lactose.pdf|Short biological description of the lactose operon regulation]]
+
-
** [[Media:constantes.txt|constant file]]
+
-
=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 ADAM] (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)===
+
 
 +
*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
 +
** [[Media:tp_repressilator_2020.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
 +
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
 +
** [[Media:repressilator_stochastique_2019.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
 +
 
 +
**[[Media:repressilator_continu_2020.cpn|Modèle corrigé du réseau continu avec Snoopy]]
 +
** [[Media:repressilator_prot.cps|Modèle corrigé Copasi]]
 +
** [[Media:repressilator.Rmd|script R pour intégration ODE]]-->
 +
 
 +
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
 +
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
 +
 
 +
 
 +
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
 +
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
 +
** [[Media:PN_extended_phosphate_2021.xpn|Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
 +
** [[Media:Modele_stochastique_switch.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
 +
 
 +
<!-- ** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn| Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
 +
** [[Media:Modele_stochastique_switch.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]] -->
 +
 
 +
<!-- ** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn|Modèle "extended Petri Net" corrigé]]-->
 +
<!-- ** [[Media:modele_stochastique_switch.spn|Modèle stochastique corrigé]]-->
 +
 
 +
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
 +
** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|'''TP à rendre''' Short biological description of the lactose operon regulation]]
 +
 
 +
<!--** [[Media:operon_lac_2018_last.spn|'''Modèle stochastique corrigé''']]
 +
** [[Media:res_stochastique_lactose_3pics.PNG|'''Capture écran lactose input''']]
 +
** [[Media:res_stochastique_prot_3pics.PNG| '''Capture écran comportement des protéines''']]-->
 +
<!-- ** [[Media:constantes_2017.txt|stochastic constant file]]
 +
** [[Media:Constante_parameter_lactose_stochastique_2017.PNG|screen shot of the constant definition in the model]]-->
 +
 
 +
=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 Biologie des Plantes et Microorganismes Associés (BPMA)] ===
==== Biologie Computationnelle ====
==== Biologie Computationnelle ====
 +
 +
 +
Année 2023-2024
 +
 +
'''Examen : partie 'E. Maza''''
 +
 +
*[[Media:2324_ExamenBioComp2_2023_2024_Elie MAZA.pdf| Sujet Biostatique]]
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 +
 +
[[Media:airquality111.csv|Donnees]]
 +
 +
Reponses a adresser par mail à
 +
 +
elie.maza@toulouse.inp.fr
 +
 +
elodie.gaulin@univ-tlse3.fr
 +
 +
 +
'''Examen : partie E. Gaulin / C. Mathe -'''
 +
Sujet Bioanalyse, sur papier en salle
 +
 +
 +
Retrouvez les supports de cours et les TPs [http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/ sur le lien suivant]
 +
 +
<!--
'''Documents, partie E. Gaulin'''
'''Documents, partie E. Gaulin'''
-
* [[M2R_BV|Clonage in silico]]
+
* [[M2R_ADAM|Clonage in silico_BenchLing]]
 +
* [[M2R_BV|Clonage in silico_pDRAW]]
 +
 +
 +
 +
 +
-------------------------------------------------------
 +
'''Examen 2021-2022'''
 +
 +
 +
'''Partie E. Gaulin'''
 +
 +
Veuillez trouver ci-dessous, la séquence fasta de l'ADNc SSP1256 que l'on souhaite cloner dans le vecteur de destination pCAMBIA
 +
 +
'''>ADNc_SSP1256'''
 +
 +
ACTTCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTT
 +
GTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGGAAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATG
 +
CCATTTTTGGAGCTTTCGAGCTCATAACACAGGTGAGCGCGACGAATGGATCCCTCGCTA
 +
ATAACATCATGGTCGTGGGCGCCGTCCTTGCGGCGCTCGTCGCCGGCGGGTCGTGCGGGC
 +
CCCCGAAGGTGCCACCCGGCCCCAACATCACCACCAACTACAACGGCAAGTGGCTCACCG
 +
CTAGGGCCACCTGGTACGGTCAGCCCAACGGTGCCGGCGCTCCTGACAACGGCGGTGCGT
 +
GCGGGATCAAGAACGTGAACCTGCCACCCTACAGCGGCATGACGGCGTGCGGCAACGTCC
 +
CCATCTTCAAGGACGGCAAGGGCTGCGGCTCATGCTACGAGGTGAGATGCAAGGAAAAAC
 +
CTGAGTGCTCGGGCAATCCAGTCACGGTGTACATCACTGACATGAACTACGAACCTATCG
 +
CTCCCTACCACTTCGACTTGAGCGGCAAGGCCTTCGGCTCCCTGGCAAAGCCCGGGCTCA
 +
ACGACAAGATTCGCCACTGCGGCATCATGGACGTCGAGTTCAGAAGGGTGCGATGCAAGT
 +
ACCCCGCCGGGCAGAAGATCGTGTTCCACATCGAGAAGGGCTGCAACCCCAACTACCTGG
 +
CCGTGCTGGTGAAGTATGTGGCGGACGACGGCGACATCGTGCTGATGGAAATCCAGGACA
 +
AGTTGTCGGCTGAGTGGAAGCCCATGAAGCTCTCTTGGGGCGCCATCTGGAGGATGGACA
 +
CTGCCAAGGCGCTCAAGGGCCCCTTCTCCATCCGCCTCACCAGCGAGTCCGGCAAGAAGG
 +
TCATCGCCAAAGACGTCATCCCGGCGAACTGGAGACCCGATGCCGTCTACACTTCCAACG
 +
TCCAATTTTACGTAACTTTGAATTCCCTTCGATTCATCCGGCACAGCGGGCTATGGACCT
 +
TCAGCAGCAAGCTAATTAAGTTGGCAGCATGCACCGCTAACCTTATATACTACTGAGACT
 +
TCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTTGTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGG
 +
AAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATGCCATTTTTGGAAGCTTGGCTTTCGAGGGTACC
 +
CCTGATAGTT
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 +
'''Partie C. Mathé'''
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* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
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-------------------------------------------
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'''Examen 2018-2019'''
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'''Partie C. Albenne'''
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*[[Media:EXPB1b.doc|EXPB1]]
 +
*[[Media:2hcz.dsv|Structure]]
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'''Partie E. Gaulin'''
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* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
 +
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'''Partie C. Mathé'''
 +
* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
 +
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'''Partie C. Albenne'''
 +
*[[Media:M2R_2018-Albenne.pdf|Sujet C Albenne]]
 +
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*[[Media:EXPB1.doc|EXPB1]]
 +
*[[Media:2hcz.dsv|Structure]]
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---------------------------------------------
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'''Examen 2017, partie E. Gaulin''' <br>
 +
 +
'''Documents, sujet C Albenne'''
 +
*[[Media:M2R_2017-Albenne.pdf|Sujet C Albenne]]
'''Examen 2016, partie E. Gaulin''' <br>
'''Examen 2016, partie E. Gaulin''' <br>
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*[[M2ADAM|Cartes et Sites de Restriction]]
*[[M2ADAM|Cartes et Sites de Restriction]]
-
<!--
 
'''Examen 2015'''
'''Examen 2015'''
'''Documents, partie E. Gaulin'''
'''Documents, partie E. Gaulin'''
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
* [[M2R|Cartes et Sites de Restriction]]
-
-->
+
 
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'''Documents, partie C. Mathé'''
+
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* [http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
+
'''Documents, partie C. Albenne'''
'''Documents, partie C. Albenne'''
* [[Media:EXP1.doc|Sequence fasta EXPB1]]
* [[Media:EXP1.doc|Sequence fasta EXPB1]]
* [[Media:2HCZ.pdb|Structure PDB]]
* [[Media:2HCZ.pdb|Structure PDB]]
 +
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-------------------------------------------------
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==== Biologie Computationnelle (2019) ====
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* [[M2R_ADAM|In silico cloning]]
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-->
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<!--
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= Culture =
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* Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
 +
* Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
 +
* Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
 +
* Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
 +
* Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.
= F.A.Q. =
= F.A.Q. =
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Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte <tt>guest</tt>)
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte <tt>guest</tt>)
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 +
-->
 +
 +
= mamba =
 +
 +
Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html
 +
 +
Download
 +
curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
 +
 +
Run
 +
sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh
 +
 +
Do you accept the license terms? [yes|no]
 +
[no] >>> yes
 +
 +
Mambaforge will now be installed into this location:
 +
/home/guest/mambaforge
 +
 +
  - Press ENTER to confirm the location
 +
  - Press CTRL-C to abort the installation
 +
  - Or specify a different location below
 +
 +
[/home/guest/mambaforge] >>> 
 +
 +
Do you wish the installer to initialize Mambaforge
 +
by running conda init? [yes|no]
 +
[no] >>> yes
 +
 +
'''Ouvrir un nouveau terminal/shell'''
 +
 +
Channels
 +
conda config --add channels bioconda
 +
 +
Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda

Current revision as of 17:22, 28 March 2024


Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE


Emploi du temps

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris



Supports de cours

Sujets de TD/TP

L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU)

2022_2023 Planning des Enseignements

Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle

  • Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir  :
       CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1  
       CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1

Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6

       CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
  • Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !

Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci

  • Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)

Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)

  • Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !



TPs en salle


Licence Pro GeBAP

Schéma de sélection et productions de semences

  • TP Analyse de QTL

L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)

Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU)

Initiation à l'analyse de séquences biologiques


Master

Master 1 - Biotechnologies

Evolution Moléculaire (KBTD8AGU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Traitement de données biologiques (KBVX7AH1)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Master 1 - Bioinformatique parcours Biologie des Systèmes + Bioinformatique et Génomique Environnementale

Evolution Moléculaire (KBIA8ABU - KBIB8ABU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :


Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le vendredi 22 décembre



Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI)

Sujets de TP :

  • TP Matrices PAM
  • TP ACP
  • TP Modélisation


Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod





Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD)

Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP avec Roland Barriot Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de igraph
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes


Projets 2023-24

Sujet disponible sur moodle.

Fichiers de départs à compléter disponibles sur gitlab.


Liens: Logiciels

Librairies

Serveurs & Banques

Formats

Autres

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (KBIA8AC)

Espace moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7659


Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2 Microbiologie

Supports de cours
Tutoriels de TP


Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système

Atelier Chipseq

Atelier Galaxy

UE Communication

liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 16 octobre 9h30-10h30 : articles Atelier Etude du Métabolisme article 1 : Jean et Etienne
lundi 16 octobre 10h30-12h45: article Atelier Structure de la chromatine article 1 : 10h30-11h30 : Julie et Catherine article 2 : 11h45-12h45 : Claire et Moussa
lundi 16 octobre 14h30-16h30 : articles Atelier Phylogénomique article 2 : 14h30-15h30 : Margaux et Han article 2 : 15h30-16h30 : Pricilla et Youssef
Commentaires éventuels : 16h30-17h


Gestion des données non structurées et applications post-génomiques (GDNS-AP)

Se référer à l'espace moodle


Atelier Phylogénomique

Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :






Master 2 - Biologie des Plantes et Microorganismes Associés (BPMA)

Biologie Computationnelle

Année 2023-2024

Examen : partie 'E. Maza'


Donnees

Reponses a adresser par mail à

elie.maza@toulouse.inp.fr

elodie.gaulin@univ-tlse3.fr


Examen : partie E. Gaulin / C. Mathe - Sujet Bioanalyse, sur papier en salle


Retrouvez les supports de cours et les TPs sur le lien suivant


mamba

Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html

Download

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"

Run

sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh 
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> yes 

Mambaforge will now be installed into this location:
/home/guest/mambaforge

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below 

[/home/guest/mambaforge] >>>  

Do you wish the installer to initialize Mambaforge
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes

Ouvrir un nouveau terminal/shell

Channels

conda config --add channels bioconda 

Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda