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Enseignements

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(Biologie des Systèmes - G. Fichant)
(Contrôles terminaux en distanciel 2020)
 
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= Contrôles terminaux en distanciel 2020 =
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'''Bioinformatique pour la génomique M1 Bioinfo CT session 2 2 juillet 10h-12h30''' : [[Media:CT_session2_BG_M1Bioinfo_juillet_2020.docx|sujet CT Biooinformatique pour la Génomique]]
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= Licence 2 et 3 Biologie  =
= Licence 2 et 3 Biologie  =
-
=== Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM) ===
+
=== Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BOPE ===
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+
UE en option avec différents codes :
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===='''Emploi du temps 2017-18'''====
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* L2 2B2M : EDSVB4IM
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* L2 BCP : EDSVA4HM
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* L2 BOPE : EDSVC4MM
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* L3 BOPE : ELSVC6JM
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* Moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518 EDSVB4IM]
 +
 
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===='''Emploi du temps 2019-20'''====
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
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<iframe src="https://calendar.google.com/calendar/embed?showTitle=0&amp;showCalendars=0&amp;mode=AGENDA&amp;height=400&amp;wkst=2&amp;hl=fr&amp;bgcolor=%23FFFFFF&amp;src=lic.bioinfo%40gmail.com&amp;color=%232952A3&amp;ctz=Europe%2FParis" style="border-width:0" width="550" height="400" frameborder="0" scrolling="no"></iframe>
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</html>
</html>
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<big><big>'''Les groupes de TD et TP 2019-20 sont disponibles sur moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518 https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518]'''</big></big>
 +
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
|-
|-
-
|                      || CM U4-212                                  || TD        ||  TP
+
|                      || CM 3TP2-Einstein                                    || TD        ||  TP
|-
|-
-
| semaine 04 - 22.01  || 13h30-15h40 U4-212 RB Bioinfo générale     ||
+
| semaine 04 - 20/01  || 13h30-15h40 R. Barriot  Bioinfo générale           ||
|-
|-
-
| semaine 05 - 29.01  || 13h30-15h40 U4-212 FD Imagerie             ||          || 15h50-18h00 <br/> groupes 2B2M & BCP en 4TP2-M6 & M7 <br/> groupe BOPE en 4TP4-P15
+
| semaine 05 - 27/01  || 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie                   ||          || 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 06 - 05.02  || 13h30-15h40 U4-212 RB BdD                  || 15h50-18h00 U2-115 & 116 ||
+
| semaine 06 - 03/02  || 13h30-15h40 R. Barriot  Bases de Données            || 15h50-18h00 U2-116 groupe gTD1<br/>18h10-20h20 U2-116 groupe gTD2 ||
|-
|-
-
| semaine 07 - 12.02  ||                                           ||          || 13h30-15h40 groupes 2B2M & BCP en 4TP2-M6 & M7 <br/> 15h50-18h00 groupe BOPE en 4TP4-P15
+
| semaine 07 - 10/02  ||                                                     ||          || 13h30-15h40 groupe gTP1 en 4TP2-M7 <br/> 15h50-18h00 groupe gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 08 - 19.02  || 13h30-15h40 U4-212 MB                      ||          || 15h50-18h00 groupes 2B2M & BCP en 4TP2-M6 & M7, groupe BOPE en 4TP4-P15
+
| semaine 08 - 17/02  ||                                                     ||          ||  
|-
|-
-
| semaine 09 - 26.02  ||                                            ||          ||  
+
| semaine 09 - 24/02  || 13h30-15h40 M. Bonhomme                            ||          || 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
 +
|-
 +
| semaine 10 - 02/03   || '''13h30-15h30 Contrôle continu en 4A-Leclerc'''                                           ||          ||  
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| semaine 11 - 09/03  || 13h30-15h40 G. Fichant SysBio                      ||          || 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 10 - 05.03  || '''15h50-17h50 Contrôle continu en 3TP2-Einstein'''              ||          ||
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| semaine 12 - 16/03  ||                                           || 13h30-15h40 gTD1 en U2-220 <br/> 15h50-18h00 gTD2 en U2-219 ||  
|-
|-
-
| semaine 11 - 12.03  || 13h30-15h40 U4-212 GF SysBio              ||          || 15h50-18h00 groupes 2B2M & BCP en 4TP2-M6 & M7, groupe BOPE en 4TP4-P15
+
| semaine 13 - 23/03  ||                                           ||          || 13h30-15h40 groupe gTP1 en 4TP2-M7 <br/> 15h50-18h00 groupe gTP2 en 4TP4-P15 <br/> 18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
|-
|-
-
| semaine 12 - 19.03  ||                                            || 13h30-15h40 groupe 1 en U2-114 <br/> 15h50-18h00 groupe 2 en U2-116 ||
+
| semaine 14 - 30/03  || '''13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé en Eintein''' ||          ||  
-
|-
+
-
| semaine 13 - 26.03   ||                                            ||          || 13h30-15h40 groupe 2B2M en U2-215<br/> 15h50-18h00 groupe BCP en U2-215<br/> 18h10-20h20 groupe BOPE en U2-215
+
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|-
+
-
| semaine 17 - 23.04   || '''13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé'''   ||          ||  
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===='''Supports de cours'''====
===='''Supports de cours'''====
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* CM3 [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|Introduction aux bases de données]]
* CM3 [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|Introduction aux bases de données]]
* CM4 [[Media:LBioinfo_Genetics_bis.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
* CM4 [[Media:LBioinfo_Genetics_bis.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
-
* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
+
* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2_2019.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
===='''Sujets de TD/TP'''====
===='''Sujets de TD/TP'''====
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* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
-
<!--* [[Media:TP_regulation_fls2.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]-->
+
** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]]  
-
 
+
** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]
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<!-- * [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]] -->
+
** [[Media:TP_regulation_fls2.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
-
<!-- * [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]] -->
+
=== BioAnalyse L3 BCP ===
=== BioAnalyse L3 BCP ===
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==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
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* [[Media:1920_Bioanalyse_planning.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2019_2020]]
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* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2020.pdf|Présentation de l'UE]]
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* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
 +
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2019.pdf|Présentation de l'UE]]
-
Planning 2017_2018 : A venir
 
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* [[Media:2017_Planning_bionalyse_ETUv2.pdf|Planning L3 BCP 2017_2018]]
 
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===='''Cours'''====
===='''Cours'''====
-
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2018.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
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* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2020_modified.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
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* CM2 : [[Media:banque_2017.pdf|Introduction aux banques de données]]
+
* CM2 : [[Media:banque_2020.pdf|Introduction aux banques de données]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
-
* CM5 : [[Media:Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
+
* CM5 : [[Media:Blast_2020.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
* CM6 : [[Media:AlignementMultiple_2017.pdf|Alignement multiple]]
* CM6 : [[Media:AlignementMultiple_2017.pdf|Alignement multiple]]
* CM6 : [[Media:motif_profil_2017.pdf|Motif et domaine fonctionnels]]
* CM6 : [[Media:motif_profil_2017.pdf|Motif et domaine fonctionnels]]
Line 128: Line 152:
* TP4 : [[TD4_Bioanalyse|BLAST, alignement multiple, signature protéique]]
* TP4 : [[TD4_Bioanalyse|BLAST, alignement multiple, signature protéique]]
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
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-
 
= Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)  =
= Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)  =
Line 140: Line 162:
* TP1 : [[TD1_Genome Selection Plantes|Interrogation des banques de données et recherche par similarité]]
* TP1 : [[TD1_Genome Selection Plantes|Interrogation des banques de données et recherche par similarité]]
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<!--
* TP2 : [[TD2_Genome Selection Plantes|Alignement multiples et signatures proteiques]]
* TP2 : [[TD2_Genome Selection Plantes|Alignement multiples et signatures proteiques]]
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==== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM) ====
==== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM) ====
* Supports de cours
* Supports de cours
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* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
-->
-->
 +
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<!--
 +
<big>'''Contrôle continu'''</big>
<big>'''Contrôle continu'''</big>
-
* Contrôle continu 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2018/|Sujet et fichiers à utiliser]]
+
* Contrôle continu 2019-20 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2019/|Sujet et fichiers à utiliser]]
-
<!--
+
<big>'''Contrôle continu'''</big>
 +
* Contrôle continu 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2018/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
 
<big>'''Contrôle continu'''</big>
<big>'''Contrôle continu'''</big>
* Contrôle continu 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2017/|Sujet et fichiers à utiliser]]
* Contrôle continu 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2017/|Sujet et fichiers à utiliser]]
Line 280: Line 307:
** RStudio : https://www.rstudio.com
** RStudio : https://www.rstudio.com
** https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
** https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
 +
** https://rdrr.io/snippets/ Utilisation de R depuis un navigateur
 +
<!-- deprecated
** http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
** http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
** http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
** http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
 +
-->
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
Line 288: Line 318:
* [[Media: GEQ_intro.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
* [[Media: GEQ_intro.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
* [[Media: GEQ_pgen.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
* [[Media: GEQ_pgen.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: CM_Genetique_Quantitative_2018.pdf|GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme]]
+
* [[Media: CM_Genetique_Quantitative_2019.pdf|GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: Carto_Marqueurs.pdf|GQ - Cartographie de marqueurs moléculaires - B. Mangin]]
+
* [[Media: Carto_Génétique_2019.pdf|GQ - Cartographie génétique - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: Carto_QTL.pdf|GQ - Cartographie de Quantitative Tait Loci - B. Mangin]]
+
-
* [[Media: Asso-QTL.pdf|GQ - Génétique d'association - B. Mangin]]
+
'''Supports de TD/TP :'''
'''Supports de TD/TP :'''
* [[Media: TD1_GEQ_pgen.pdf|TD1 génétique des populations]]
* [[Media: TD1_GEQ_pgen.pdf|TD1 génétique des populations]]
* [[Media: TP1_genetic_diversity_drift.zip|TP1 génétique des populations]]
* [[Media: TP1_genetic_diversity_drift.zip|TP1 génétique des populations]]
-
* [[Media: TD-Génétique_Quantitative_2018.pdf|TD2 génétique quantitative]]
+
* [[Media: TD-Génétique_Quantitative_2019.pdf|TD2 génétique quantitative]]
* [[Media: TP_heritability.zip|TP2 génétique quantitative]]
* [[Media: TP_heritability.zip|TP2 génétique quantitative]]
-
* [[Media: TD-backcross.pdf|TD3 génétique quantitative liaison/association]]
+
* [[Media: TD3_carto_génétique_2019.pdf|TD3 cartographie génétique]]
-
* [[Media: TP2-measureLD.zip|TP3 génétique quantitative mesures DL]]
+
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies ===
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies ===
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'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
* [[Media:CM1_EM_intro.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
* [[Media:CM1_EM_intro.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
-
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2015.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
+
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2019.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
-
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2018.pdf|Modèles évolutifs]]
+
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2019.pdf|Modèles évolutifs]]
-
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
+
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2019.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
-
* [[Media:CM6_EM_adapt_mol1.pdf|Adaptation moléculaire]]
+
* [[Media:cours_EM_adapt_mol.pdf|Adaptation moléculaire]]
'''Support TP : '''
'''Support TP : '''
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
-
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
+
* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
-
<!--* [[Media:Correction_TP1_TP2_2018.pdf|Correction des TP1 et TP2]]
+
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2018.pdf|Correction des TP1 et TP2]]  
-
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
+
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
-
* [[Media:Quiz_arbres_ComE_ComD_reponses.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]] -->
+
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2020.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]  
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
 +
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_2019_2020.zip|tutorial TP3_2019_2020]]
'''Support TD : '''
'''Support TD : '''
Line 325: Line 353:
* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
-
<!--* [[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire.pdf|Correction du TD2 ]] -->
+
* [[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire_2020.pdf|Correction du TD2 ]]
* [[Media:TD3 Evolution Moléculaire.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]
* [[Media:TD3 Evolution Moléculaire.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]
Line 353: Line 381:
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2018.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2018.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:Annotation2_v2_2018.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:annotation2_2019.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:HMM_2017.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
* [[Media:HMM_2017.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
Line 359: Line 387:
'''Tutoriels de TP :'''
'''Tutoriels de TP :'''
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/tutorial_annotation_new_NVU.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2019.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2017.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2017.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
Line 373: Line 401:
'''Contrôle continu :'''  
'''Contrôle continu :'''  
-
*'''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''lundi 22 octobre'''. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.
+
*'''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''lundi 14 octobre'''. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.
-
* '''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 7 décembre'''  
+
* '''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le lundi 9 décembre'''  
-
** '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet.docx|description du projet]]
+
** '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet_2019.docx|description du projet]]
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** '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers.docx|description des parsers]]
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** '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers_2019.docx|description des parsers]]
** '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
** '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
** [[Media:exemple_annotation_EMBL.txt|Exemple d'annotation au format EMBL]]
** [[Media:exemple_annotation_EMBL.txt|Exemple d'annotation au format EMBL]]
 +
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
* [[M1MABS BGPG Projets|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
* [[M1MABS BGPG Projets|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
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* [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités
* [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités
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<big>'''Exam TP'''</big>
<big>'''Exam TP'''</big>
* Exam TP 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
* Exam TP 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
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-->
'''Liens :'''
'''Liens :'''
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'''Références'''
'''Références'''
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
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'''Projet 2019-20 :'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2019-20.html|Sujet du projet 2019-20]]
 +
* Choix d'un graphe pour le projet (ne pas prendre un graphe déjà choisi par quelqu'un d'autre) : https://framadate.org/M1BBS-Projet-Math
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' les fêtes de fin d'année
 +
* Graphe à analyser
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g1.gr|graphe 1]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g2.gr|graphe 2]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g3.gr|graphe 3]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g4.gr|graphe 4]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g5.gr|graphe 5]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g6.gr|graphe 6]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g7.gr|graphe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g8.gr|graphe 8]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g9.gr|graphe 9]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|graphe 10]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g11.gr|graphe 11]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g12.gr|graphe 12]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g13.gr|graphe 13]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g14.gr|graphe 14]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g15.gr|graphe 15]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g16.gr|graphe 16]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g17.gr|graphe 17]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g18.gr|graphe 18]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g19.gr|graphe 19]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g20.gr|graphe 20]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g21.gr|graphe 21]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g22.gr|graphe 22]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g23.gr|graphe 23]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g24.gr|graphe 24]]
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<!-- ARCHIVES
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'''Projet 2018-19:'''
'''Projet 2018-19:'''
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|Groupe 10]]
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|Groupe 10]]
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<!-- ARCHIVES
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g11.gr|Groupe 11]]
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g12.gr|Groupe 12]]
+
-
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g13.gr|Groupe 13]]
+
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
Line 512: Line 573:
'''Supports de cours'''
'''Supports de cours'''
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
 +
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2019.pdf‎‎|Support de cours (communautés)]]
<!--
<!--
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
-
-->
 
-
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2015.pdf‎|Support de cours (communautés)]]
 
 +
-->
'''Supports de TD/TP:'''  
'''Supports de TD/TP:'''  
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP1]] Visualisation et exploration de graphes
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP1]] Visualisation et exploration de graphes
Line 522: Line 583:
* [[M1 BBS Graphes TP Librairies R|TP4]] Librairies R
* [[M1 BBS Graphes TP Librairies R|TP4]] Librairies R
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes|TP5]] Recherche de communautés dans les graphes
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes|TP5]] Recherche de communautés dans les graphes
-
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP ancien]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
+
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP archivé]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
-
'''Projets 2018-19'''
+
 
 +
'''Projets 2019-20'''
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
 +
'''Liens:'''
'''Liens:'''
 +
Logiciels
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ Cytoscape Web] mais un peu dépassé maintenant)
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ Cytoscape Web] mais un peu dépassé maintenant)
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip] librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip] librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
* [https://gephi.org/ Gephi]
* [https://gephi.org/ Gephi]
-
* [http://igraph.org/ igraph]
+
 
 +
Librairies
 +
* [http://igraph.org/ igraph] R, python, ...
 +
* [http://networkx.github.io NetworkX] python
 +
* [https://graph-tool.skewed.de graph-tool] python
 +
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
 +
 
 +
Serveurs & Banques
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
-
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
 
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
* [http://string-db.org/ STRING]
* [http://string-db.org/ STRING]
-
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
+
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
 +
 +
Formats
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
 +
 +
Autres
 +
* https://kateto.net/network-visualization Visu avec différents environnements et librairies
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
Line 630: Line 705:
'''Projet'''
'''Projet'''
<!-- * [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet -->
<!-- * [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet -->
-
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/sujet.html|Sujet]] 2017-18
+
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/sujet.html|Sujet]]
 +
 
 +
* Alexia & Antoine : classification des gènes → fait ou non partie d'un système ABC (données: Genes, Domains, Orthology ; méthodes: decision tree & bayesian)
 +
* Aurélien & Baptiste : gènes identifiés ABC → attribution d'une sous-famille
 +
* Quentin & Jérémy : comparaison de méthode de clustering (k-means, hiérarchique des différents systèmes ABC) en fonctions de leurs organisations en domaines
 +
* Sophie-Carole & Valentine : clustering des protéines ABC (attributs à spécifier) pour leur réassemblage en systèmes ABC (stratégie d'assemblage à préciser)
 +
* Refka & Houyem : structure en domaines à partir des protéines identifiées ABC
 +
* Laura BS & Tomas : Evaluation et comparaison de méthodes de classification (class & données à préciser)
 +
* Laura DF & Safia : Etude des profils de domaines correspondant aux différents domaines présents chez les partenaires de systèmes ABC
 +
 
'''Liens'''
'''Liens'''
Line 651: Line 735:
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
* <i>Data Mining: Concepts and Techniques</i>, J. Han and M. Kamber, 2006.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
 +
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
=== Master 1 - MEEF ===
=== Master 1 - MEEF ===
Line 664: Line 749:
-->
-->
-
'''Supports de Cours :'''
+
 
-
A venir...
+
<!--
<!--
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
* [[Media:1617_PlantesDomes.pdf|CM Plantes Domestiquees]]
Line 675: Line 759:
=== Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy ===
=== Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy ===
=====Supports de cours =====
=====Supports de cours =====
-
* [[Media:annotation1_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:annotation2_M2Diag_2019.pdf|Annotation génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2018_M2Diag.pdf|Définitions en phylogénie (Gwennaele Fichant)]]
 +
* [[Media:Introduction_Phylogenie_2019_M2Diag.pdf|Introduction à la reconstruction phylogénétique (Gwennaele Fichant)]]
 +
<!--* [[Media:annotation1_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:annotation2_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:annotation2_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données (cours de L3 Bioanalyse)]]
+
* [[Media:Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données (cours de L3 Bioanalyse)]]-->
=====Tutoriels de TP=====
=====Tutoriels de TP=====
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/tutorial_annotation_new_NVU.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2019.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
Line 695: Line 782:
-->
-->
===== Atelier système =====
===== Atelier système =====
-
* [[M2BBS - Atelier Système]]  
+
* [[M2BBS - Atelier Système]]
 +
 
 +
==== Atelier Chipseq ====
 +
**[[silico:enseignement/m2BBS/ChipSeq/TP_CHIPSEQ_2019_M2Bioinfo_FolderEtudiants.tar.gz|données TP]]
 +
 
 +
===== Atelier Galaxy =====
 +
 
 +
* http://genoweb.toulouse.inra.fr/~formation/8_Galaxy_Admin/2019/
===== UE Communication =====
===== UE Communication =====
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
-
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
+
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
'''
'''
Line 710: Line 804:
** Article 1 :  
** Article 1 :  
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
-
*** Supplementary information à récupérer sur http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2009/mb/b915913b#!divAbstract
+
*** [[Media:MACS_Sup_data.pdf |Supplementary information]]
** Article 2 :  
** Article 2 :  
*** [[Media:Buenrostro_2018.pdf|Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation]]
*** [[Media:Buenrostro_2018.pdf|Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741830446X?via%3Dihub
* '''Atelier Phylogénomique'''
* '''Atelier Phylogénomique'''
** Article 1 :  
** Article 1 :  
-
*** [[Media:Simon_et_al_2017.pdf|Phylogenomics of Rhodobacteraceae reveals evolutionary adaptation to marine and non-marine habitats]]
+
*** [[Media:Thakur_Guttman_2016.pdf| A De-Novo Genome Analysis Pipeline (DeNoGAP) for large-scale comparative prokaryotic genomics studies]]
-
*** Supplementary information à récupérer sur http://www.nature.com/ismej/journal/v11/n6/full/ismej2016198a.html
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1142-2
** Article 2
** Article 2
-
***[[Media:Bruto_et_al_2014.pdf|Analysis of genes contributing to plant-beneficial functions in plant growth-promoting rhizobacteria andrelated Proteobacteria]]
+
***[[Media:Ali_et_al_2019.pdf|Identifying Clusters of High Confidence Homologies in Multiple Sequence Alignments]]
-
***[[Media:Bruto_et_al_2014_supdata.pdf|supplementary information for Analysis of genes...]]
+
 
* '''Atelier Modélisation'''
* '''Atelier Modélisation'''
** Article 1 :
** Article 1 :
-
*** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|From qualitative data to quantitative models: analysis of the phage shock protein stress response in Escherichia coli]]
+
*** [[Media:Weyder_et_al_2018.pdf|Dynamic Modeling of Streptococcus pneumoniae Competence Provides Regulatory Mechanistic Insights Into Its Tight Temporal Regulation]]
-
*** [[Media:2011_Toni_supplement.pdf| supplementary information for From qualitative data to quantitative models...]]
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01637/full#supplementary-material
** Article 2 :
** Article 2 :
-
*** [[Media:Haustenne_et_al_2015.pdf|Modeling of the ComRS Signaling Pathway Reveals the Limiting Factors Controlling Competence in Streptococcus thermophilus]]
+
*** [[Media:Li_et_al_2008.pdf|A Quantitative Study of the Division Cycle of Caulobacter crescentus Stalked Cells]]
-
*** [[Media:Haustenne_supdata1.docx| supplementary information 1 for Modeling of the ComRS Signaling...]]
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0040009
-
*** [[Media:Haustenne_supdata2.xlsx| supplementary information f2 or Modeling of the ComRS Signaling...]]
+
 
-
*** [[Media:Haustenne_supdata3.pdf| supplementary information 2 for Modeling of the ComRS Signaling...]]
+
-
** Article 3 :
+
-
*** [[Media:Zhao_2018.pdf|Modelling the skip-and-resurgence of Japanese encephalitis epidemics in Hong Kong]]
+
===== Calendrier des présentations =====
===== Calendrier des présentations =====
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!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
|-
|-
-
|lundi 1 octobre 9h30-11h45 :
+
|lundi 23 septembre 9h30-11h30 :
-
|articles Atelier ChipSeq
+
|articles Atelier Métabolomique
-
|article 1 : 9H30-11h00 (Fulya, Pierre-Louis, Coralie)
+
|article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine)
-
|article 2 : 11h-11h30 (Callum)
+
|
-
|Commentaires : 11h30-11h45
+
||Commentaires : 11h-11h30
|-
|-
-
|lundi 1 octobre 13h30-15h45 :
+
|lundi 23 septembre 13h30-16h :
-
|articles Atelier Phylogénomique
+
|articles Atelier Modélisation
-
|article 1 : 13H30-14h30 (Manon, Sebastian)
+
|article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane)
-
|article 2 : 14h30-15h30 (Justine, Marie)
+
|article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara)
-
|Commentaires : 15h30-15h45
+
|Commentaires : 15h30-16h
|-
|-
-
|mardi 2 octobre 9h30-10h45 :  
+
|mardi 24 septembre 9h30-12h :  
-
|article Atelier Métabolomique
+
|article Atelier Phylogénomique
-
|article 1 : 9H30-10h30 (William, Julien)
+
|article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey)
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|
+
|article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé)
-
|Commentaires : 10h30-10h45
+
|Commentaires : 11h30-12h
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|-
+
-
|mardi 2 octobre 10h45-12h00 :
+
-
|article Atelier Modélisation
+
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|article 3 : 10h45-11h45 (Edi, Chris)
+
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|
+
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|Commentaires : 11h45-12h  
+
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|mardi 2 octobre 13h30-15h35 :
+
|mardi 24 septembre 14h-16h30 :
-
|articles Atelier Modélisation
+
|articles Atelier ChipSeq
-
|article 1 : 13h30-14h30 (Elisabeth, Clément)
+
|article 1 : 14h-15h (Marion, Julien)
-
|article 2 : 14h30-15h30 (Younes, Cyril)
+
|article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn)
-
|Commentaires : 15h30-15h45
+
|Commentaires : 16h-16h30
|}
|}
Line 781: Line 867:
* [[Media:coal_cours.pdf|Coalescence : principe et bases théoriques]] '''
* [[Media:coal_cours.pdf|Coalescence : principe et bases théoriques]] '''
* [[Media:coal_td.pdf|TD de génétique des populations]] '''
* [[Media:coal_td.pdf|TD de génétique des populations]] '''
-
* [[Media:Mol_Biol_Evol-1999-Pritchard-1791-8.pdf|article : investigation de l'histoire démographique du chromosome Y par analyse des loci microsatellite]] '''
+
* [[Media:tp_struc.pdf|TP : Diversité génétique d’une population structurée]] '''
 +
<!-- * [[Media:Mol_Biol_Evol-1999-Pritchard-1791-8.pdf|article : investigation de l'histoire démographique du chromosome Y par analyse des loci microsatellite]] '''-->
* [[Media:cours_tp_hapFLK.pdf|cours et TP de détection de locus sous sélection positive]] '''
* [[Media:cours_tp_hapFLK.pdf|cours et TP de détection de locus sous sélection positive]] '''
Line 788: Line 875:
*[[silico:enseignement/m2BBS/Genet_Stat/tp_coal.html|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format html]]
*[[silico:enseignement/m2BBS/Genet_Stat/tp_coal.html|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format html]]
*[[Media:tp_abc.pdf|TP estimation de paramètres par une approche ABC]] '''
*[[Media:tp_abc.pdf|TP estimation de paramètres par une approche ABC]] '''
-
*[[https://github.com/willyrv/BioInfoCours]] autres documents
+
<!-- *[[https://github.com/willyrv/BioInfoCours]] autres documents -->
=====Atelier Phylogénomique=====
=====Atelier Phylogénomique=====
-
Intervenants : Hélène Chiapello, Kathy.De-Sousa, Claire Hoede et Yves Quentin
+
Intervenants : Hélène Chiapello, Claire Hoede et Yves Quentin
[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique Atelier de Phylogénomique]
[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique Atelier de Phylogénomique]
Line 814: Line 901:
Support de cours:
Support de cours:
* [[Media:Intro_BioSyst_2017.pdf|Introduction to system biology]] '''
* [[Media:Intro_BioSyst_2017.pdf|Introduction to system biology]] '''
-
* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Petit rappel enzymologie partie 1 ]]'''
+
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie]]'''
-
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie partie 2 ]]'''
+
* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Complément rappel enzymologie]]'''
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
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* [[Media:Petri_net_2018.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
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* [[Media:Petri_net_2019.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
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* [[Media:parameter_estimation_2017.pdf|parameter estimation]]'''
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* [[Media:parameter_estimation_2019.pdf|Introduction parameter estimation]]'''
* [[Media:Intro_PL_2015.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
* [[Media:Intro_PL_2015.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
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'''TP :'''
'''TP :'''
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
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* Lien vers le site de Snoopy : https://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy
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*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]
** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]
** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
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** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
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** [[Media:modele_psp_save_2017-18.spn|Modèle stochastique corrigé]]
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<!--** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
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** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]
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** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]-->
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*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
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** [[Media:tp_repressilator_2018.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
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** [[Media:tp_repressilator_2019.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
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** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
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** [[Media:repressilator_continu_2018.cpn|Modèle corrigé continu avec Snoopy]]
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** [[Media:repressilator_prot.cps|Modèle corrigé Copasi]]
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** [[Media:repressilator.Rmd|script R pour intégration ODE]]
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<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
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*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
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** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn|Modèle "extended Petri Net" corrigé]]
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** [[Media:modele_stochastique_switch.spn|Modèle stochastique corrigé]]
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*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|Short biological description of the lactose operon regulation]]
** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|Short biological description of the lactose operon regulation]]
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** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
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** [[Media:operon_lac_2018_last.spn|Modèle stochastique corrigé]]
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<!-- ** [[Media:constantes_2017.txt|stochastic constant file]]
<!-- ** [[Media:constantes_2017.txt|stochastic constant file]]
** [[Media:Constante_parameter_lactose_stochastique_2017.PNG|screen shot of the constant definition in the model]]-->
** [[Media:Constante_parameter_lactose_stochastique_2017.PNG|screen shot of the constant definition in the model]]-->
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'''Documents, partie E. Gaulin'''
'''Documents, partie E. Gaulin'''
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* [[M2R_BV|Clonage in silico]]
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* [[M2R_ADAM|Clonage in silico_BenchLing]]
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* [[M2R_BV|Clonage in silico_pDRAW]]
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'''Examen 2019-2020'''
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'''Partie E. Gaulin'''
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Veuillez trouver ci-dessous, la séquence fasta de l'ORF du gène X (1 171 bases) que l'on souhaite cloner dans le vecteur pCAMBIA
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'''>ORF_X'''
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ACTTCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTT
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GTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGGAAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATG
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CCATTTTTGGAGCTTTCGAGCTCATAACACAGGTGAGCGCGACGAATGGATCCCTCGCTA
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ATAACATCATGGTCGTGGGCGCCGTCCTTGCGGCGCTCGTCGCCGGCGGGTCGTGCGGGC
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CCCCGAAGGTGCCACCCGGCCCCAACATCACCACCAACTACAACGGCAAGTGGCTCACCG
 +
CTAGGGCCACCTGGTACGGTCAGCCCAACGGTGCCGGCGCTCCTGACAACGGCGGTGCGT
 +
GCGGGATCAAGAACGTGAACCTGCCACCCTACAGCGGCATGACGGCGTGCGGCAACGTCC
 +
CCATCTTCAAGGACGGCAAGGGCTGCGGCTCATGCTACGAGGTGAGATGCAAGGAAAAAC
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CTGAGTGCTCGGGCAATCCAGTCACGGTGTACATCACTGACATGAACTACGAACCTATCG
 +
CTCCCTACCACTTCGACTTGAGCGGCAAGGCCTTCGGCTCCCTGGCAAAGCCCGGGCTCA
 +
ACGACAAGATTCGCCACTGCGGCATCATGGACGTCGAGTTCAGAAGGGTGCGATGCAAGT
 +
ACCCCGCCGGGCAGAAGATCGTGTTCCACATCGAGAAGGGCTGCAACCCCAACTACCTGG
 +
CCGTGCTGGTGAAGTATGTGGCGGACGACGGCGACATCGTGCTGATGGAAATCCAGGACA
 +
AGTTGTCGGCTGAGTGGAAGCCCATGAAGCTCTCTTGGGGCGCCATCTGGAGGATGGACA
 +
CTGCCAAGGCGCTCAAGGGCCCCTTCTCCATCCGCCTCACCAGCGAGTCCGGCAAGAAGG
 +
TCATCGCCAAAGACGTCATCCCGGCGAACTGGAGACCCGATGCCGTCTACACTTCCAACG
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TCCAATTTTACGTAACTTTGAATTCCCTTCGATTCATCCGGCACAGCGGGCTATGGACCT
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TCAGCAGCAAGCTAATTAAGTTGGCAGCATGCACCGCTAACCTTATATACTACTGAGACT
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TCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTTGTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGG
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AAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATGCCATTTTTGGAAGCTTGGCTTTCGAGGGTACC
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CCTGATAGTT
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'''Partie C. Mathé'''
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* [http://genoweb.toulouse.inra.fr/~mathe/M2RBV/Exam_Blast.htm Lien vers un BLAST sauvegardé]
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'''Partie C. Albenne'''
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*[[Media:PGIP.pdb|Lien vers le PGIP]]
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'''Examen 2018-2019'''
'''Examen 2018-2019'''
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* Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
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* Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
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* Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
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* Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
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* Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.
= F.A.Q. =
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Current revision as of 07:55, 2 July 2020

Contents

Contrôles terminaux en distanciel 2020

Bioinformatique pour la génomique M1 Bioinfo CT session 2 2 juillet 10h-12h30 : sujet CT Biooinformatique pour la Génomique

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BOPE

UE en option avec différents codes :

  • L2 2B2M : EDSVB4IM
  • L2 BCP : EDSVA4HM
  • L2 BOPE : EDSVC4MM
  • L3 BOPE : ELSVC6JM

Emploi du temps 2019-20

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris


Les groupes de TD et TP 2019-20 sont disponibles sur moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518


EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
CM 3TP2-Einstein TD TP
semaine 04 - 20/01 13h30-15h40 R. Barriot Bioinfo générale
semaine 05 - 27/01 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 06 - 03/02 13h30-15h40 R. Barriot Bases de Données 15h50-18h00 U2-116 groupe gTD1
18h10-20h20 U2-116 groupe gTD2
semaine 07 - 10/02 13h30-15h40 groupe gTP1 en 4TP2-M7
15h50-18h00 groupe gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 08 - 17/02
semaine 09 - 24/02 13h30-15h40 M. Bonhomme 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 10 - 02/03 13h30-15h30 Contrôle continu en 4A-Leclerc
semaine 11 - 09/03 13h30-15h40 G. Fichant SysBio 15h50-18h00 groupes gTP1 en 4TP4-P1 & gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 12 - 16/03 13h30-15h40 gTD1 en U2-220
15h50-18h00 gTD2 en U2-219
semaine 13 - 23/03 13h30-15h40 groupe gTP1 en 4TP2-M7
15h50-18h00 groupe gTP2 en 4TP4-P15
18h10-20h20 groupe gTP3 en 4TP2-M6
semaine 14 - 30/03 13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé en Eintein





Supports de cours

Sujets de TD/TP

BioAnalyse L3 BCP

Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)

Cours

TPs

Exemples de contrôle continu corrigé

BioAnalyse L3 2B2M

TPs

Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)

Initiation à la 'Bioanalyse'


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Supports de cours :

Support TP :

Support TD :

Exemple CC corrigé :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalisation du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 14 octobre. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

Sujets de TP :

  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités


Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Projet 2019-20 :





Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP1 Visualisation et exploration de graphes
  • TP1-2-3-4 Librairie et parcours de graphes
  • TP4 Librairies R
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes
  • TP archivé Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph


Projets 2019-20


Liens: Logiciels

Librairies

Serveurs & Banques

Formats

Autres

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD/TP

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet

  • Alexia & Antoine : classification des gènes → fait ou non partie d'un système ABC (données: Genes, Domains, Orthology ; méthodes: decision tree & bayesian)
  • Aurélien & Baptiste : gènes identifiés ABC → attribution d'une sous-famille
  • Quentin & Jérémy : comparaison de méthode de clustering (k-means, hiérarchique des différents systèmes ABC) en fonctions de leurs organisations en domaines
  • Sophie-Carole & Valentine : clustering des protéines ABC (attributs à spécifier) pour leur réassemblage en systèmes ABC (stratégie d'assemblage à préciser)
  • Refka & Houyem : structure en domaines à partir des protéines identifiées ABC
  • Laura BS & Tomas : Evaluation et comparaison de méthodes de classification (class & données à préciser)
  • Laura DF & Safia : Etude des profils de domaines correspondant aux différents domaines présents chez les partenaires de systèmes ABC


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy

Supports de cours
Tutoriels de TP

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système

Atelier Chipseq

Atelier Galaxy
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
lundi 23 septembre 9h30-11h30 : articles Atelier Métabolomique article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine) Commentaires : 11h-11h30
lundi 23 septembre 13h30-16h : articles Atelier Modélisation article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane) article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara) Commentaires : 15h30-16h
mardi 24 septembre 9h30-12h : article Atelier Phylogénomique article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey) article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé) Commentaires : 11h30-12h
mardi 24 septembre 14h-16h30 : articles Atelier ChipSeq article 1 : 14h-15h (Marion, Julien) article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn) Commentaires : 16h-16h30
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Atelier Génétique Satistique - S. Boitard

Support de cours et TD:

TP :

Atelier Phylogénomique

Intervenants : Hélène Chiapello, Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique

Biologie des Systèmes - R. Barriot


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :





Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Culture

  • Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
  • Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
  • Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
  • Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
  • Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)