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Enseignements

From silico.biotoul.fr

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(Biologie Computationnelle)
m (Fouille de données (KBIA8AC))
 
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<!-- = Contrôles terminaux en distanciel 2020 =
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'''Bioinformatique pour la génomique M1 Bioinfo CT session 2 2 juillet 10h-12h30''' : [[Media:CT_session2_BG_M1Bioinfo_juillet_2020.docx|sujet CT Biooinformatique pour la Génomique]] -->
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= Licence 2 et 3 Biologie  =
= Licence 2 et 3 Biologie  =
-
=== Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM) ===
+
=== Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE ===
-
===='''Emploi du temps 2018-19'''====
+
* Espace Moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 KSVB4AJU - Bioinformatique]
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===='''Emploi du temps'''====
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris
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<iframe src="https://calendar.google.com/calendar/embed?showTitle=0&amp;showCalendars=0&amp;mode=AGENDA&amp;height=400&amp;wkst=2&amp;hl=fr&amp;bgcolor=%23FFFFFF&amp;src=lic.bioinfo%40gmail.com&amp;color=%232952A3&amp;ctz=Europe%2FParis" style="border-width:0" width="550" height="400" frameborder="0" scrolling="no"></iframe>
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</html>
</html>
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<!-- <big><big>'''Les groupes de TD et TP sont disponibles sur moodle : [https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417 https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=5417]'''</big></big> -->
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<!--
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
!colspan="4"|EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
|-
|-
-
|                      || CM U4-211                                  || TD        ||  TP
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|                      || CM                                                 || TD        ||  TP
|-
|-
-
| semaine 03 - 14.01  || 13h30-15h40 R. Barriot Bioinfo générale           ||
+
| semaine 02 - 09/01  || 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot - Bioinfo générale  
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||
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|-
-
| semaine 04 - 21.01  || 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie                   ||           || 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
+
| semaine 03 - 16/01  || 13h30-15h30 en U6-404 avec F. Delavoie - Imagerie        
 +
||          
 +
|| 15h45-17h45 en 4TP2-M6 avec F. Delavoie
|-
|-
-
| semaine 05 - 28.01  || 13h30-15h40 R. Barriot Bases de Données            || 15h50-18h00 U2-114 & U2-118 ||
+
| semaine 04 - 23/01  || 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot - Bases de Données             
 +
|| 15h45-17h45 en U6-404 avec R. Barriot
 +
||
|-
|-
-
| semaine 06 - 04.02   ||                                                    ||          || 13h30-15h40 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
+
| semaine 05 - 30/01   ||                                                     
 +
||           
 +
|| 15h45-17h45 en 4TP2-M6 avec R. Barriot
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-
| semaine 07 - 11.02  || 13h30-15h40 M. Bonhomme                             ||          || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
+
| semaine 06 - 06/02  || 13h30-15h30 en U6-404 avec M. Bonhomme                                                  
 +
|| 15h45-17h45 en U6-404 avec R. Barriot
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| semaine 07 - 13/02  ||                                                   
 +
||           
 +
|| 13h30-15h30 en 4TP2-M6 avec M. Bonhomme
 +
|-
 +
| semaine 08 - 20/02  ||
 +
||         
 +
||
|-  
|-  
-
| semaine 08 - 18.02  || '''13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard'''                                            ||          ||
+
| semaine 09 - 27/02  ||  
-
<!--|-
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| semaine 10 - 04.03  ||                                          ||          ||
+
||
-
-->
+
|-   
|-   
-
| semaine 10 - 04.03  || 13h30-15h40 G. Fichant SysBio                      ||           || 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7 <br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
+
| semaine 10 - 06/03  || '''13h30-15h30 Contrôle Partiel'''
 +
||  
 +
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|-
|-
-
| semaine 11 - 11.03  ||                                            || 13h30-15h40 GR.TD1 en U2-114 <br/> 15h50-18h00 GR.TD2 en U2-114 ||  
+
| semaine 11 - 13/03  || 13h30-15h30 en U6-404 avec R. Barriot
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||
 +
||  
|-
|-
-
| semaine 13 - 25.03  ||                                           ||           || 13h30-15h40 groupe GR.TP1 en 4TP4-P0 <br/> 15h50-18h00 groupe GR.TP2 en 4TP4-P0<br/> 18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP4-P0
+
| semaine 12 - 20/03  ||  
 +
||  
 +
|| 13h30-15h30 en 4TP2-M6 avec R. Barriot
|-
|-
-
| semaine 15 - 08.04   || '''13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé  en U1-Mathis''' ||           ||  
+
| semaine 13 - 27/03   || 13h30-15h30 en U6-404 avec G. Fichant - Modélisation et Biologie des systèmes       
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||
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||  
|-
|-
-
| semaine 26 - 25.06   || '''7h45-9h45 Contrôle terminal session 2 en U3-104''' ||           ||  
+
| semaine 14 - 03/04  ||   
 +
|| 13h30-15h30 en U2-214 avec G. Fichant    
 +
|| 15h45-17h45 en U2-214 avec G. Fichant
 +
|-
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| semaine 15 - 10/04  ||   
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| semaine 16 - 17/04  ||    '''13h30-15h30 Contrôle Terminal anticipé'''
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-->
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===='''Supports de cours'''====
===='''Supports de cours'''====
-
* CM1 [[Media:LBioinfo.intro.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
+
<!-- * CM1 [https://docs.google.com/presentation/d/1xisiy8Ks8C77lM1_VM6veAm7CEkA12FgZ0jqMg7MpLQ/edit?usp=sharing Introduction à la bioinformatique] -->
-
* CM2 [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]]
+
<!-- * CM [[Media:LBioinfo.traitement.d.images.pdf|Traitement d'images]] -->
-
* CM3 [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|Introduction aux bases de données]]
+
<!-- * CM3 Introduction aux bases de données [[Media:LBioinfo.systemes.d.information.pdf|PDF]] - [https://docs.google.com/presentation/d/16vyae4RwmjQEqX4EJkLAxCA8X2hIiLPF11FtEAL_QrE/edit?usp=sharing slides] -->
-
* CM4 [[Media:LBioinfo_Genetics_bis.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
+
* CM [[Media:L2_UE_Bioinfo_Genetics_2021.pdf|Utilisation de l'information génétique en biologie]]
-
* CM5 [[Media:Intro_BioSyst_L2_2019.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
+
<!-- * CM5 [[Media:LBioinfo.bioseq.pdf|Introduction à la bioinformatique des séquences]] -->
 +
* CM [[Media:Intro_BioSyst_L2_2023.pdf|Introduction à la biologie des système : initiation à la modélisation de réseaux de gènes]]
===='''Sujets de TD/TP'''====
===='''Sujets de TD/TP'''====
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Traitement d'images|TP1]] Traitement d'images
+
<!-- * [[L2-L3 Bioinfo - TP Traitement d'images|TP1]] Traitement d'images -->
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TD Bases de donnees - correction|TD1]] Bases de données
+
<!--* [[L2-L3 Bioinfo - TD Bases de donnees|TD1]] Bases de données + [https://docs.google.com/presentation/d/1h1EkcLglP7LJOoBCs0qvvRUi7g5FM_ijwxxoeAW8h-4/edit?usp=sharing diapos]
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Bases de donnees|TP2]] Bases de données
+
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Bases de donnees|TP2]] Bases de données -->
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)|TP3]] Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)
+
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Analyses statistiques des données (phénotypes,génotypes)|TP3]] Analyses statistiques des données (phénotypes, génotypes)
-
* [[L2-L3 Bioinfo - TP Banques de données et analyse de séquences|TP4]] Banques de données et analyse de séquences
+
<!-- * [[L2-L3 Bioinfo - TP Banques de données et analyse de séquences|TP4]] Banques de données et analyse de séquences -->
-
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique
+
* [[Media:L2-L3 Bioinfo - TD Transcriptomique.pdf|TD2]] Transcriptomique. Sujet avec davantage de détails → [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.html|Sujet détaillé]] et sa [[silico:enseignement/LBioinfo-TD-Transcriptome.correction.html|correction]]
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
* [[Media:TP_modelisation_regulation_fls2.pdf|TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
-
** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]]  
+
<!--** [[Media:snoopy.7z|archive installation de snoopy]] -->
-
** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]
+
-
** [[Media:TP_regulation_fls2.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
+
-
===='''Références'''====
+
** [[Media:fls2_regulation_simplifie.spn|réseau de Petri stochastique pour la régulation de fls2]]
-
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
+
** [[Media:TP_regulation_fls2_2023.pdf|correction du TP5 Modélisation d'un réseau de régulation]]
-
=== BioAnalyse L3 BCP ===
+
=L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU) =
 +
==='''2022_2023 Planning des Enseignements'''===
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Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle
-
==='''Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)'''===
+
*Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir  :
 +
        CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1 
 +
 +
        CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
 +
 +
Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6
 +
 +
        CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
 +
 +
* Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !
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 +
Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci
 +
 +
* Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)
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[[Media:2223_Planning_Bioanalyse_ETU2.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)]]
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*Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !
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 +
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<!--
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'''ATTENTION''' à compter du mercredi 2 Février 2022, les TPs initialement prévus en U3 207  sont délocalisés dans une autre salle, consultez le nouveau planning ci dessous (crenaux en jaune)
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 +
*[[Media:2201_Planning Bioanalyse V2_moodle_1Fevrier22.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2021_2022 (Février 2022)]]
 +
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*[[Media:2201_Planning Bioanalyse V2_moodle.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2021_2022 (Février 2022)]]
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*[[Media:2122_Bioanalyse_planningL3BCPv2.pdf|Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2021_2022]]
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* [[Media:2021-Planning_Bionalyse_L3 BCP_AVEC_salles_TP3.pdf|2021 Planning Bioanalyse L3 BCP (semaine rouge/bleue), mise a jour du Lundi 18 Janvier 21]]
 +
* [[Media:2021_GroupesTPs.pdf|2021 Séries de TP Bioanalyse (rouge/bleue) L3 BCP]]
 +
* [[Media:2021_Liens Zoom CMs Bioanalyse.pdf|2021 Liens Zoom pour CMs en distanciel de l'UE]]
 +
* [[Media:2021_Presentation de l'UE_OK_TP3.pdf|2021 Présentation de l'UE, mise à jour du Lundi 28 Janvier 21]]
 +
 +
 +
* [[Media:1920_Bioanalyse_planning.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2019_2020]]
 +
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2020.pdf|Présentation de l'UE]]
* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
* [[Media:1819_Planning TPS CMs.pdf|Planning Bioanalyse L3 BCP 2018_2019]]
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2019.pdf|Présentation de l'UE]]
* [[Media:presentation_UE_bioanalyse_2019.pdf|Présentation de l'UE]]
-
<!--
 
-
-->
 
-
===='''Cours'''====
+
<!--===='''Vidéos des Cours'''====
-
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2018.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
+
* CM1 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Introduction_Bioinfo.mp4 Introduction à la bioinformatique]
-
* CM2 : [[Media:banque_2017.pdf|Introduction aux banques de données]]
+
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2020_modified.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
 +
* CM2 : [[Media:banque_2020.pdf|Introduction aux banques de données]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2015.pdf|Alignement de deux séquences protéiques : les matrices de substitution]]
-
* CM5 : [[Media:Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
+
* CM5 : [[Media:Blast_2020.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
* CM6 : [[Media:AlignementMultiple_2017.pdf|Alignement multiple]]
* CM6 : [[Media:AlignementMultiple_2017.pdf|Alignement multiple]]
* CM6 : [[Media:motif_profil_2017.pdf|Motif et domaine fonctionnels]]
* CM6 : [[Media:motif_profil_2017.pdf|Motif et domaine fonctionnels]]
-
===='''TPs'''====
+
 
 +
-- ===='''Videos des Cours'''====
 +
* CM1 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Introduction_Bioinfo.mp4 Introduction à la bioinformatique]
 +
* CM2 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/bases_donnees.mp4 Introduction aux banques de données]
 +
* CM2 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/erratum_bases_donnees.mp4 petit erratum Introduction aux banques de données]
 +
* CM3 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Comparaison_deux_sequences_partie1.mp4 Comparaison de deux séquences-partie_1]
 +
* CM4 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/comparaison_deux_sequences_partie2.mp4 Comparaison de deux séquences-partie_2]
 +
* CM5 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/recherche_similarite_avec_Blast.mp4 Recherche par similarité dans les bases de données]
 +
* CM5 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Alignement_multiple.mp4 Alignement multiple]
 +
* CM6 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Biologie/Videos_Cours_L3BCP_Bionalyse_2021/Motifs_domaines_fonctionnels.mp4 Motifs et domaines fonctionnels]
 +
-->
 +
 
 +
<!--
 +
===='''Supports de Cours'''====
 +
* CM1 : [[Media:Introduction_bioinfo_2022.pdf|Introduction à la bioinformatique]]
 +
* CM2 : [[Media:banque_2022.pdf|Introduction aux banques de données]]
 +
* CM3 : [[Media:Alignement_seq_nuc_2022.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]]
 +
* CM4 : [[Media:Alignement_seq_prot_2022.pdf|Alignement de deux séquences protéiques]]
 +
* CM5 : [[Media:Blast_2022.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données]]
 +
* CM5 : [[Media:AlignementMultiple_2021.pdf|Alignement multiple]]
 +
* CM6 : [[Media:motif_profil_2021.pdf|Motifs et domaines fonctionnels]]
 +
-->
 +
<!--
 +
===='''TPs, année 2020_2021'''====
 +
 
 +
 
 +
* TP1 : [[TP1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données et Analyses de Séquences]]
 +
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
 +
* TP3 : [[TD3_Bioanalyse21|Blast, Alignement multiple et Signatures]]
 +
 
 +
-->
 +
 
 +
===='''TPs en salle'''====
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
* TP1 : [[TD1_Bioanalyse|Interrogation des banques de données]]
 +
<!--
 +
*  [[Media:TP1_L3.pdf|Correction TP1]]
 +
-->
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
* TP2 : [[TD2_Bioanalyse|Alignement par paires]]
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
* TP3 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_de_sequences_et_Biologie_Moleculaire|Analyse de séquences et biologie Moléculaire]]
Line 119: Line 243:
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
-
===='''Exemples de contrôle continu corrigé'''====
+
<!--
 +
===='''Annales & Corrigés'''====
 +
 
 +
* CT 2019 : [[Media:2019_CT_L3Bioanalyse_Corrigé_ETU.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2019 : [[Media:2019_CC_L3Bioanalyse_Corrigé_ETU.pdf|Questions + corrections]]
 +
* CC 2017 : [[Media:sujet_CC_Bioanalyse_L3BCP_2017_correction.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
-
<!-- * CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
+
* CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
-
* CC 2017 : [[Media:sujet_CC_Bioanalyse_L3BCP_2017_correction.pdf|Correction du contrôle continu 2017]] -->
+
-->
-
=== BioAnalyse L3 2B2M ===
+
<!--
 +
= L3 2B2M Bioanalyse =
===='''TPs'''====
===='''TPs'''====
Line 134: Line 264:
* TP4 : [[TD4_Bioanalyse|BLAST, alignement multiple, signature protéique]]
* TP4 : [[TD4_Bioanalyse|BLAST, alignement multiple, signature protéique]]
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
 +
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= Licence Pro GeBAP =
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=== Schéma de sélection et productions de semences ===
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* [[L3 GeBAP - TP Analyse de QTL|TP]] Analyse de QTL
 +
= L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)  =
 +
=== Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU) ===
 +
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Initiation à l'analyse de séquences biologiques
 +
* TP1 : [[TD1_Genome Selection Plantes|Interrogation des banques de données et alignement par paires]]
 +
* TP2 : [[TD2_Genome Selection Plantes|Alignement multiples et signatures protéiques]]
-
= Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)  =
 
-
=== Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM) ===
 
<!--
<!--
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* [[CC_BioAnalyseVeg|Controle Continu]]
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TP pour une seance unique de 4h
TP pour une seance unique de 4h
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* TP : [[TP Initiation Bioanalyse |Initiation Bioanalyse]]
* TP : [[TP Initiation Bioanalyse |Initiation Bioanalyse]]
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-->
 
-
Initiation à la 'Bioanalyse'
 
-
* TP1 : [[TD1_Genome Selection Plantes|Interrogation des banques de données et recherche par similarité]]
 
-
* TP2 : [[TD2_Genome Selection Plantes|Alignement multiples et signatures proteiques]]
 
-
<!--
 
==== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM) ====
==== Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM) ====
* Supports de cours
* Supports de cours
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* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
-
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<!--
 
== Licence 3 ==
== Licence 3 ==
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* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
* TD2 : [[Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux]]
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
* TD3 : [[Analyse de séquences II: alignements multiples et profils]]|
-
 
+
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=== Biologie - 2B2M (ELSVB5FM) et BCP (ELSVA6CM) : Bioanalyse ===
=== Biologie - 2B2M (ELSVB5FM) et BCP (ELSVA6CM) : Bioanalyse ===
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
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'''Annales :'''
'''Annales :'''
-
 
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/sujet_CC_2012_pdf.pdf|exemple de sujet de contrôle continu 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/sujet_CC_2012_pdf.pdf|exemple de sujet de contrôle continu 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/correction_sujet_CC_2012.pdf|correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/correction_sujet_CC_2012.pdf|correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012]]
Line 194: Line 329:
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Correction_exam_janvier_2009.pdf|correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Correction_exam_janvier_2009.pdf|correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Annales_probleme.pdf|un autre exemple de problème de contrôle terminal]]
* [[silico:enseignement/L3-Biologie/Annales_probleme.pdf|un autre exemple de problème de contrôle terminal]]
-
 
'''Supports de TD :'''
'''Supports de TD :'''
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-->
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<!--
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-
 
* * TD4 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_d_une_famille_de_proteines|Analyse d'une famille de protéines]]
* * TD4 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_d_une_famille_de_proteines|Analyse d'une famille de protéines]]
* TD5 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_evolutive|Analyse évolutive]]
* TD5 : [[Bioanalyse_TD_Analyse_evolutive|Analyse évolutive]]
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= Master =
= Master =
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=== Master 1 - Biotechnologies ===
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==== Evolution Moléculaire (KBTD8AGU)====
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'''Supports de cours :'''
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* [[Media:Cours_EM_Intro_Definitions_2023_BT.pdf|Evolution moléculaire : introduction et définitions]]
 +
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2023_BT.pdf|Modèles évolutifs]]
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* [[Media:Phylogenie_Methodes_2023.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
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* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2021.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
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== Master 1 ==
 
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=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM ===
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'''Support TP : '''
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* [[silico:enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/TP1/index_2023_M1_BT.html|tutorial TP]]
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* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
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* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
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==== Génomique Evolutive et Phylogénie ====
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* [[Media:SpneA01-NJ_ComE_Muscle_Poisson.ph|arbre COME modèle Poisson méthode NJ]]
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* [[Media:SpneA01-NJ_ComE_Muscle_Kimura.ph|arbre COME modèle Kimura (PAM approché) méthode NJ]]
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* [[Media:manual_ModelTest.pdf|manuel de ModelTest]]
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* [[Media:Correction_TP1_TP2_2023_M1_BT.pdf|'''Correction des TP1 et TP2]]'''
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* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]-->
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<!--** [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/M1_EvolMol_Rstudio.tar.gz|Fichier Rstudio pour les TP1 et TP2]]
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** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Poisson.tree.ph | arbre COME NJ modèle Poisson]]
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** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Kimura.tree.ph | arbre COME NJ modèle Kimura]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_empirical_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]
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** [[Media:SpneA01.COMD_CleanUp_tuto_muscle.fst | alignement multiple COMD]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_tree.ph | arbre COMD PhyML modèle LG]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_empirical_tree.ph | arbre ComD PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]-->
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'''Support TD : '''
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'''Supports de TD/TP :'''
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* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
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* [[M1 Genomique Evolutive et Phylogenie - TP 2 Evolution proteine d'oomycete|TP: Evolution proteine d'oomycete]]
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* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
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*[[Media:TP2_Evolution_proteine_oomycete.pdf|TP Evolution proteine d'oomycete]]
+
*'''[[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire_2021.pdf|Correction du TD2 ]]'''
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**''Données pour le TP'':
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'''Exemple CC corrigé : '''
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[[Media:fungal_sequences.txt|Fungal_sequences]]
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* [[Media:sujet_CC_complet.pdf|CC de 2011 ]]
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[[Media:ATPsynthase_ sequences.txt|ATPsynthase_sequences]]
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* [[Media:correction_CC_oct-2011.pdf|correction du CC de 2011 ]]-->
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[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011.pdf|Publication de reference]]
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[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011_SI.pdf|Publication de reference, supplementary data]]
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*[[Media:TP4_adaptation_moleculaire.pdf|TP Adaptation Moleculaire]]
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== Master 1 ==
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**''Données pour le TP'':
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[[Media:Medicago_SNPs_sequences.txt|Medicago SNPs sequences]]
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=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM ===
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[[Media:Drosophila_Adh.phy|Drosophile sequences]]
+
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[[Media:Primates_lysozymes.fasta|Primates lysozymes sequences]]
+
-
==== Traitement de données biologiques (EMBIA1FM) ====
+
==== Traitement de données biologiques (KBVX7AH1) ====
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
-
* [[Media:M1 Traitement de Donnees Biologiques - Statistiques et Analyses Multivariees.pdf|Statistiques - M. Bonhomme]]
+
* [[Media:TDB_MasterBV_Bioinfo.pdf|Statistiques - M. Bonhomme]]
-
* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome - R. Barriot]]
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1e8J6VejE1fXKSOZysmyVTi_om_5Vb5Z3r0W5TqIyRT4/edit?usp=sharing Suite - R. Barriot]
 +
<!--* [[Media:Transcriptome.pdf|Transcriptome - R. Barriot]]-->
'''Supports de TD/TP :'''
'''Supports de TD/TP :'''
Line 246: Line 397:
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 3 R|TP3 - Tests statistiques - 1]]
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 3 R|TP3 - Tests statistiques - 1]]
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 4 R|TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)]]
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 4 R|TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)]]
-
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - Transcriptome - Oryza sativa|TP5 - Analyse de transcriptome]]
+
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - Rice Expression Atlas Guided Tour|TP5 - ACP, analyses différentielles, clustering et caractérisation d'une liste de gènes]]
 +
<!-- * [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - Transcriptome - Oryza sativa|TP5 - Analyse de transcriptome]] -->
* [[procedure_install_Rstudio|procédure d'installation de R/Rstudio sur votre ordinateur]]
* [[procedure_install_Rstudio|procédure d'installation de R/Rstudio sur votre ordinateur]]
Line 257: Line 409:
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
* [[M1 MABS TDB TD Transcriptome - Clustering|TD]] Transcriptome : clustering de profils d'expression
-->
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 +
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<big>'''Contrôle continu'''</big>
<big>'''Contrôle continu'''</big>
-
* Contrôle continu 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2018/|Sujet et fichiers à utiliser]]
+
* Contrôle continu 2019-20 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2019/|Sujet et fichiers à utiliser]]
-
<!--
+
<big>'''Contrôle continu'''</big>
 +
* Contrôle continu 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2018/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
 
<big>'''Contrôle continu'''</big>
<big>'''Contrôle continu'''</big>
* Contrôle continu 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2017/|Sujet et fichiers à utiliser]]
* Contrôle continu 2017-18 : [[silico:enseignement/m1/tdb/CC2017/|Sujet et fichiers à utiliser]]
Line 284: Line 441:
* Sites dédiés
* Sites dédiés
** Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
** Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html
-
** RStudio : https://www.rstudio.com
+
** RStudio : https://www.rstudio.com ainsi que la version utilisable depuis un navigateur https://rstudio.cloud (nécessite un compte, qui peut être gratuit mais avec des capacités limitées)
** https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
** https://www.datacamp.com Apprendre R en ligne
 +
** https://rdrr.io/snippets/ Utilisation de R depuis un navigateur
 +
<!-- deprecated
** http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
** http://tryr.codeschool.com/levels/1/challenges/1 Apprendre en ligne aussi
** http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
** http://www.r-fiddle.org Utilisation de R depuis un navigateur
 +
-->
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
==== Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM) ====
'''Support de cours:'''
'''Support de cours:'''
-
* [[Media: GEQ_presentation1.pdf|présentation de GEQ - M. Bonhomme]]
+
* [[Media:GEQ_presentation_2022.pdf|présentation de GEQ - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: GEQ_intro.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
+
* [[Media:GEQ_intro_2022.pdf|introduction à GEQ - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: GEQ_pgen.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
+
* [[Media:GEQ_2022b.pdf|GE - Génétique des populations - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: CM_Genetique_Quantitative_2018.pdf|GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme]]
+
* [[Media: CM_Genetique_Quantitative_2020bis.pdf|GQ - Génétique-Quantitative - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: Carto_Marqueurs.pdf|GQ - Cartographie de marqueurs moléculaires - B. Mangin]]
+
* [[Media:Carto_Génétique_2022.pdf|GQ - Cartographie génétique - M. Bonhomme]]
-
* [[Media: Carto_QTL.pdf|GQ - Cartographie de Quantitative Tait Loci - B. Mangin]]
+
-
* [[Media: Asso-QTL.pdf|GQ - Génétique d'association - B. Mangin]]
+
'''Supports de TD/TP :'''
'''Supports de TD/TP :'''
* [[Media: TD1_GEQ_pgen.pdf|TD1 génétique des populations]]
* [[Media: TD1_GEQ_pgen.pdf|TD1 génétique des populations]]
-
* [[Media: TP1_genetic_diversity_drift.zip|TP1 génétique des populations]]
+
* [[Media: TP1_population_genetics_2020.zip|TP1 génétique des populations]]
-
* [[Media: TD-Génétique_Quantitative_2018.pdf|TD2 génétique quantitative]]
+
* [[Media: TD-Génétique_Quantitative_2019.pdf|TD2 génétique quantitative]]
-
* [[Media: TP_heritability.zip|TP2 génétique quantitative]]
+
* [[Media: TP2_heritability_2020.zip|TP2 génétique quantitative]]
-
* [[Media: TD-backcross.pdf|TD3 génétique quantitative liaison/association]]
+
* [[Media: TD3_carto_génétique_2019.pdf|TD3 cartographie génétique]]
-
* [[Media: TP2-measureLD.zip|TP3 génétique quantitative mesures DL]]
+
-
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies ===
+
==== Génomique Evolutive et Phylogénie ====
-
==== Evolution Moléculaire (EMBIA2EM) ====
+
 
 +
'''Supports de TD/TP :'''
 +
* [[M1 Genomique Evolutive et Phylogenie - TP 2 Evolution proteine d'oomycete|TP: Evolution proteine d'oomycete]]
 +
<!--
 +
*[[Media:TP2_Evolution_proteine_oomycete.pdf|TP Evolution proteine d'oomycete]]
 +
**''Données pour le TP'':
 +
[[Media:fungal_sequences.txt|Fungal_sequences]]
 +
[[Media:ATPsynthase_ sequences.txt|ATPsynthase_sequences]]
 +
[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011.pdf|Publication de reference]]
 +
[[Media:Richard_HGT_oomycetes_PNAS_2011_SI.pdf|Publication de reference, supplementary data]]
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-->
 +
 
 +
*[[Media:TP4_adaptation_moleculaire.pdf|TP Adaptation Moleculaire]]
 +
**''Données pour le TP'':
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[[Media:Medicago_SNPs_sequences.txt|Medicago SNPs sequences]]
 +
[[Media:Drosophila_Adh.phy|Drosophile sequences]]
 +
[[Media:Primates_lysozymes.fasta|Primates lysozymes sequences]]
 +
=== Master 1 - Bioinformatique parcours Biologie des Systèmes + Bioinformatique et Génomique Environnementale ===
 +
==== Evolution Moléculaire (KBIA8ABU - KBIB8ABU) ====
 +
<!--'''Emploi du temps :'''
 +
* [[Media:EDT_2021_UE_Evolution_Moleculaire_M1BI_M1BT.pdf|Emploi du temps UE Evolution moléculaire]]-->
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
-
* [[Media:CM1_EM_intro.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
+
* [[Media:cours_EM_intro_2022.pdf|Introduction à l'évolution moléculaire]]
-
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2019.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
+
* [[Media:Phylogenie_Definitions_2022.pdf|Evolution moléculaire : définitions]]
-
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2019.pdf|Modèles évolutifs]]
+
* [[Media:Phylogenie_Modeles_Evolutifs_2023.pdf|Modèles évolutifs]]
-
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2019.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
+
* [[Media:Phylogenie_Methodes_2023.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques ]]
-
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2014.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
+
* [[Media:Phylogenie_Methodes_part2_2021.pdf|Méthodes de reconstructions phylogénétiques (suite)]]
-
* [[Media:cours_EM_adapt_mol.pdf|Adaptation moléculaire]]
+
* [[Media:cours_EM_adapt_mol_2022.pdf|Adaptation moléculaire]]  
 +
 
'''Support TP : '''
'''Support TP : '''
-
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|tutorial TP1 et TP2]]
+
* [[silico:enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/TP1/index_BBS_BGE_2023.html|tutorial TP1 et TP2]]
-
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
+
* [[Media:manual_ModelTest.pdf|manuel de ModelTest]]
-
* [[Media:Correction_TP1_TP2_2018.pdf|Correction des TP1 et TP2]]
+
* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_srep_2019.pdf|Questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
-
* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2019.pdf|Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]
+
* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_2021.zip|tutorial TP3]]
 +
<!-- * [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_2019_2020.zip|tutorial TP3_2019_2020]]
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* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire_correction.pdf|Correction du TP3 ]]-->
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* [[Media:TP3_adaptation_moleculaire.zip|tutorial TP3]]
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<!-- * [[Media:Correction_TP1_TP2_2022_new.pdf| '''correction des TP1 et TP2''']]
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* [[Media:Correction_TP1_TP2_2022_new.pdf|'''Correction des TP1 et TP2]]'''
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* [[Media:questions_reponses_ComD_ComE_trees_2021.pdf|'''Correction du questionnaire sur l'analyse des arbres ComE et ComD]]'''-->
-
'''Support TD : '''
+
<!--** [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/M1_EvolMol_Rstudio.tar.gz|Fichier Rstudio pour les TP1 et TP2]]
 +
** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Poisson.tree.ph | arbre COME NJ modèle Poisson]]
 +
** [[Media:SpneA01-NJ_tuto_muscle_Kimura.tree.ph | arbre COME NJ modèle Kimura]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_LG_empirical_tree.ph | arbre COME PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]
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** [[Media:SpneA01.COMD_CleanUp_tuto_muscle.fst | alignement multiple COMD]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_tree.ph | arbre COMD PhyML modèle LG]]
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** [[Media:SpneA01-PhyML_ComD_LG_empirical_tree.ph | arbre ComD PhyML modèle LG fréquence des bases empiriques]]-->
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'''Support TD : '''
* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
* [[Media:TD1_Evolution_Moleculaire.pdf|TD1 ]]
* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
* [[Media:TD2_EMBAIE_M1_Bioinfo_M1_Biotech.pdf|TD2 exemple de Contrôle continu ]]
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<!--* [[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire.pdf|Correction du TD2 ]] -->
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<!-- *'''[[Media:Correction_TD2_Evolution_Moleculaire_2021.pdf|Correction du TD2 ]]'''-->
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* [[Media:TD3 Evolution Moléculaire.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]
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* [[Media:TD3_Evolution Moléculaire_2021.pdf|TD3 Adaptation moléculaire ]]  
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<!--* [[Media:TD3_Evolution_Moléculaire_correction.pdf|Correction du TD3 ]]-->
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'''Exemple CC corrigé : '''
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<!--'''Exemple CC corrigé : '''
* [[Media:sujet_CC_complet.pdf|CC de 2011 ]]
* [[Media:sujet_CC_complet.pdf|CC de 2011 ]]
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* [[Media:correction_CC_oct-2011.pdf|correction du CC de 2011 ]]
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* [[Media:correction_CC_oct-2011.pdf|correction du CC de 2011 ]]-->
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<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/|Ressources pédagogiques]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/|Ressources pédagogiques]]
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<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/|TD 1]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/|TD 1]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD3/index.html|TD 3]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD3/index.html|TD 3]]
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* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/TD_transcriptome.html TD n°2 : Introduction à R et analyse de transcriptome] copie de [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/MeV_4_4_1_r1836_win.zip MeV (windows)] Multiple experiment viewer du TIGR.
* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/TD_transcriptome.html TD n°2 : Introduction à R et analyse de transcriptome] copie de [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-mabs/transcriptome/MeV_4_4_1_r1836_win.zip MeV (windows)] Multiple experiment viewer du TIGR.
-->
-->
 +
<!-- '''Videos des Cours'''
 +
* CM1 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Introduction_phylogenie_moleculaire.mp4 Introduction phylogénie moléculaire - définitions- notions de base]
 +
* CM2 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Model_evolution_ac_nucl.mp4 Modèles d'évolution séquences d'acides nucléiques]
 +
* CM3 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Model_evolution_prot.mp4 Modèles d'évolution séquences protéiques]
 +
* CM4 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Methode_part1.mp4 Méthode de distance et méthode de maximum de parcimonie]
 +
* CM5 : [http://silico.biotoul.fr/enseignement/m1-bioinfo/EvolMol/Methods_part2_robustesse.mp4 Méthode de maximum de vraisemblance et robustesse des arbres] -->
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
=== Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
 +
 +
* Diaporama réunion de rentrée [[Media:M1BBS.Accueil.Inscriptions.Pedagogiques.pdf]]
* [[Linux tips]]
* [[Linux tips]]
-
==== Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM) ====
+
==== Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1) ====
'''Supports de cours :'''
'''Supports de cours :'''
-
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2018.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
+
 
 +
<!-- * [[Media:Cours_Introduction_Jean_Phillipe_Galaud.pdf|Introduction génomique  (Jean-Philippe Galaud)]]-->
 +
* [[Media:Introduction_bio_annotation_2023.pdf|Introduction biologique  (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:Annotation1.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:annotation2_2019.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:annotation2_2023.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:motif_profil_2017.pdf|Définition et identification des motifs et profils dans les séquences (cours de L3 Bioanalyse) (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:HMM_2017.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
+
* [[Media:HMM_2023.pdf|Modèle de Markov Caché (HMM) (Gwennaele Fichant)]]  
* [[Media:cours-align_genome.pdf|Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
* [[Media:cours-align_genome.pdf|Introduction aux alignements de génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
'''Tutoriels de TP :'''
'''Tutoriels de TP :'''
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2019.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
 +
*[[Media:Correction_TP_annotation.pdf|Correction du TP annotation]]
 +
<!-- *[[Media:correction_TP_annotation.pdf | '''Correction du TP d'annotation du fragment génomique bactérien''']]-->
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/summary_SignalP.pdf|Petite explication de SignalP]] -->
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2017.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/TD_HMM_2023_silico.html| design d'un HMM pour prédire les promoteurs sigma A de B. subtilis]]
-
**[[Media:SHOW.tar.gz|archive compressée de SHOW à télécharger]]
+
**archives compressées de SHOW à télécharger
-
**[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/seq.tar.gz|archive des séquences compressée]]
+
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/SHOW_FEDORA_ETUDIANT.tar.gz|SHOW pour fedora]]
 +
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/SHOW_DEBIAN_ETUDIANT.tar.gz|SHOW pour debian]]
 +
**[[Media:template_sigma_model.txt| Template pour réaliser le modèle dans la syntxte de SHOW]]
 +
<!--**archive des séquences à télécharger
 +
***[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/seq.tar.gz|séquences compressée]] -->
<!-- *to download: [[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/show_saba.tar.gz| show_saba.tar.gz]] -->
<!-- *to download: [[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_HMM/show_saba.tar.gz| show_saba.tar.gz]] -->
<!--*[[Media:Complement_TD_HMM.pdf|Complément d'information pour réaliser le TD de design du HMM ]]-->
<!--*[[Media:Complement_TD_HMM.pdf|Complément d'information pour réaliser le TD de design du HMM ]]-->
-
Aide pour la réalisation du projet annotation
 
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_artemis/Annotation_artemis.html|Introduction à Artemis]]
 
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/memo_Perl.html|Petit guide de programmation en Perl]]
 
-
'''Contrôle continu :'''  
+
'''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 22 décembre'''
 +
* '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet_annotation_2023_24.docx|description du projet]]
 +
* '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers_2023-24.docx|description des parsers]]
 +
* '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
 +
** [[Media:memo_Perl.docx|Petit guide de programmation en Perl]]
 +
** [[Media:regles-pseudocodes.pdf|règles d’écriture en pseudo-code les plus usuelles]]
 +
 
 +
<!--* '''Aide pour la réalisation du projet annotation'''
 +
**Le logiciel artemis peut être téléchargé à partir de ce site http://sanger-pathogens.github.io/Artemis/Artemis/
 +
** Une petite introduction à artemis : [[Media:Artemis.docx|petite intro Artemis]]-->
 +
<!--*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/memo_Perl.html|Petit guide de programmation en Perl]]
 +
 
 +
*'''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''lundi 11 octobre 2021'''. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf. Merci aussi de joindre au mail, '''uniquement si vous avez fait tourner tourner vous-même les programmes show_emfit et show_viterbi''', le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités et celui après estimation des probabilités.-->
-
*'''Rapport de TP''' sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le '''lundi 22 octobre'''. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.
 
-
* '''Projet annotation''' d'un fragment génomique à remettre au plus tard '''le vendredi 7 décembre'''
 
-
** '''Description du travail à réaliser dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Projet.docx|description du projet]]
 
-
** '''Description du travail à réaliser pour les parsers dans le fichier ci-joint''' : [[Media:Description_parsers.docx|description des parsers]]
 
-
** '''Annoter une des deux séquences fournies''' : [[Media:seq1-5404.txt|séquence 1]] ou [[Media:seq2-7490.txt|séquence 2]]
 
-
** [[Media:exemple_annotation_EMBL.txt|Exemple d'annotation au format EMBL]]
 
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/BGPG/|Cours et TP]]
* [[M1MABS BGPG Projets|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
* [[M1MABS BGPG Projets|Projets à remettre pour le '''17 mai''']]
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-->
-->
-
==== Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM) ====
+
==== Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI) ====
'''Sujets de TP :'''
'''Sujets de TP :'''
-
* [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel
+
* [[silico:enseignement/m1/math/pam/PAM.html|TP]] Matrices PAM <!-- [[M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel|TD]] Calcul matriciel -->
-
* [[M1 BBS Math TD ACP|TD]] ACP
+
* [[silico:enseignement/m1/math/ACP.html|TP]] ACP <!--[[M1 BBS Math TD ACP|TD]] ACP -->
-
* [[M1 MABS BBS Math TD Modelisation|TD]] Modélisation
+
* [[silico:enseignement/m1/math/ODE.html|TP]] Modélisation <!--  [[M1 MABS BBS Math TD Modelisation|TD]] Modélisation -->
-
* [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités
+
-
<big>'''Exam TP'''</big>
+
<!-- * [[M1 MABS BBS Math TD Proba|TD]] Probabilités -->
-
* Exam TP 2018-19 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
+
 
 +
<!--
 +
<big>'''CCTP'''</big>
 +
* Exam CCTP 2021-22 : [[silico:enseignement/m1/math/cc/|Sujet et fichiers à utiliser]]
 +
-->
'''Liens :'''
'''Liens :'''
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'''Références'''
'''Références'''
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
* ''Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre'' – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod
 +
 +
<!--
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'''Projet 2021-22 :'''
 +
* [[silico:enseignement/m1/math/projet/M1BBS_Math_Sujet_Projet_2021-22.html|Sujet du projet 2021-22]]
 +
<!-- * Choix d'un graphe pour le projet (ne pas prendre un graphe déjà choisi par quelqu'un d'autre) : https://framadate.org/M1BBS-Projet-Math -->
 +
<!--
 +
* Les projets sont à rendre '''avant''' les fêtes de fin d'année
 +
* Graphe à analyser
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g1.gr|graphe 1]] Sébastien
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g2.gr|graphe 2]] Kory
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g3.gr|graphe 3]] Nassim
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g4.gr|graphe 4]] Gatépé
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g5.gr|graphe 5]] Martin
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g6.gr|graphe 6]] Abdourahmane
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g7.gr|graphe 7]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g8.gr|graphe 8]] Catherine
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g9.gr|graphe 9]] Moussa
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|graphe 10]] Océane
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g11.gr|graphe 11]] Magdalena
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g12.gr|graphe 12]] Yoann
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g13.gr|graphe 13]] Naomi
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g14.gr|graphe 14]] Coraline
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g15.gr|graphe 15]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g16.gr|graphe 16]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g17.gr|graphe 17]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g18.gr|graphe 18]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g19.gr|graphe 19]] Tiphaine
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g20.gr|graphe 20]] Annabelle
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g21.gr|graphe 21]] Sandra
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g22.gr|graphe 22]]
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g23.gr|graphe 23]] Ilan
 +
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g24.gr|graphe 24]]
 +
 +
<!-- ARCHIVES
 +
'''Projet 2018-19:'''
'''Projet 2018-19:'''
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*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|Groupe 10]]
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g10.gr|Groupe 10]]
-
<!-- ARCHIVES
+
 
-
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g11.gr|Groupe 11]]
+
-
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g12.gr|Groupe 12]]
+
-
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/g13.gr|Groupe 13]]
+
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
*# [[silico:enseignement/m1/math/projet/Cleandb_Luca_2_A_1_1_65_Iso_Tr_1-CC1.gr|Groupe 1]]
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-->
-->
-
==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM) ====
+
==== Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD) ====
 +
 +
Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647
'''Supports de cours'''
'''Supports de cours'''
-
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1OnYCzrQwiCH_EyNXsW3rRgaE7dwwEqqZelVk3-p1tIk/edit?usp=sharing Support de cours, R. Barriot]
-
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes.pdf‎|Support de cours (communautés)]]
+
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2021.pdf‎‎|Support de cours (communautés)]]
<!--
<!--
 +
* [[Media:Traitement_de_graphes_et_reseaux_biologiques.pdf|Support de cours]]
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2013.pdf|Support de cours (communautés)]]
-
 
+
* [[Media:Traitement_des_graphes_et_reseaux_biologiques_communautes_v2019.pdf‎‎|Support de cours (communautés)]]
-->
-->
'''Supports de TD/TP:'''  
'''Supports de TD/TP:'''  
-
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP1]] Visualisation et exploration de graphes
+
<!--* [[Media:M1Bioinfo.Graphes.TD.definitions.pdf|TD1]] Définitions
-
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP1-2-3-4]] Librairie et parcours de graphes
+
* [[silico:enseignement/m1/graph/python.graph.library.html|TP1-2-3]] Module python et parcours de graphes
-
* [[M1 BBS Graphes TP Librairies R|TP4]] Librairies R
+
-->
-
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes|TP5]] Recherche de communautés dans les graphes
+
* [[silico:enseignement/m1/graph/graph.TP.RB.html|TP avec Roland Barriot]] Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de ''igraph''
-
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP ancien]] Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
+
* [[M1 BBS Graphes TP Recherche de communautés dans les graphes2.0|TP5]] Recherche de communautés dans les graphes
 +
 
 +
 
 +
'''Projets 2023-24'''
 +
 
 +
Sujet disponible sur [https://moodle.univ-tlse3.fr/mod/assign/view.php?id=422131 moodle].
 +
 
 +
Fichiers de départs à compléter disponibles sur [https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.graph.project/-/tree/main gitlab].
<!--
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-
'''Projets 2018-19'''
 
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
* [[M1 BBS Graphes - Projets|Enoncé du projet]]
 +
 +
 +
'''Supports de TP (archives)'''
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Visualisation|TP1]] Visualisation et exploration de graphes
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Librairies R - igraph|TP4]] Librairies R - Prise en main igraph
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Dessin et Introduction iGraph|TP]] Dessin de graphes et initiation à la librairie igraph
 +
* [[M1 BBS Graphes TP Librairie - Parcours de graphes|TP1-2-3]] Librairie python et parcours de graphes
-->
-->
'''Liens:'''
'''Liens:'''
-
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ Cytoscape Web] mais un peu dépassé maintenant)
+
Logiciels
 +
* [http://cytoscape.org/ Cytoscape] (et [https://js.cytoscape.org/ librairie pour l'analyse et la visualisaiton])
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip] librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
* [http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/ Tulip] librairie C/C++ pour le traitement et la visualisation de graphes
* [https://gephi.org/ Gephi]
* [https://gephi.org/ Gephi]
-
* [http://igraph.org/ igraph]
+
 
 +
Librairies
 +
* [http://igraph.org/ igraph] R, python, ...
 +
* [http://networkx.github.io NetworkX] python
 +
* [https://graph-tool.skewed.de graph-tool] python
 +
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
 +
 
 +
Serveurs & Banques
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
* [http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/ Pathway tools]
-
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
 
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
* [http://www.metacyc.org/ METACYC]
* [http://string-db.org/ STRING]
* [http://string-db.org/ STRING]
-
* [https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html Bioconductor/STRINGdb] interface STRINGdb et R igraph
+
* [http://deim.urv.cat/~sgomez/radatools.php Radatools]
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
* [http://regulondb.ccg.unam.mx/ RegulonDb]
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
* [http://metanetx.org/ MetaNetX]
 +
 +
Formats
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
* Format GraphML http://graphml.graphdrawing.org/ et http://graphml.graphdrawing.org/primer/graphml-primer.html
 +
 +
Autres
 +
* https://kateto.net/network-visualization Visu avec différents environnements et librairies
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
* Visualisation de l'algorithme Floyd-Warshall https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Floyd.html
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
* [http://exercism.io exercism.io] : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)
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-->
-
==== Fouille de données (EMBIA2DM) ====
+
==== Fouille de données (KBIA8AC) ====
 +
 
 +
 
 +
Espace '''moodle''' : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7659
 +
 
<!--
<!--
-
{| class="wikitable"
+
'''Support de cours'''
-
!colspan="2"| Planning 2015-2016
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1Puw0_1hjDDZZOo4oNQmYiASrTM04KF6tsz2rO8Mkt1s/edit?usp=sharing Introduction et Généralités]
-
|-
+
* [[Media:Data Mining - Classification.pdf|Classification automatique]]
-
| date
+
** [https://docs.google.com/presentation/d/1QDVfJHE_mk5uxERpnsR2SACl5jDr0KDhAOiBlPMR-K8/edit?usp=sharing Arbres de décision et forêts aléatoires]
-
| lieu
+
** [https://docs.google.com/presentation/d/1bZsCqU4R2zFkBXaKkIjkyzYaqTXB47_2RpwbYh_wIz8/edit?usp=sharing Performances] [[Media:Fouille.Classification.Performances.pdf|PDF]]
-
|-
+
** [https://docs.google.com/presentation/d/1rWR8vodxd8uuIWXAcEM4g4cykdxkcC_iTRJKdzal6bM/edit?usp=sharing Classification bayésienne] [[Media:Fouille.Classification.Bayes.pdf|PDF]]
-
|Jeudi 15 oct 10h-12h
+
** [https://docs.google.com/presentation/d/1npElMyrpBGr44T_yjDcgt_NNFsi_65HDHRgprSCiFRU/edit?usp=sharing Analyse discriminante linéaire] [[Media:Fouille.Classification.Analyse.discriminante.lineaire.pdf|PDF]]
-
| Einstein CM1 Intro
+
** [https://docs.google.com/presentation/d/1BE4d_2FXwh7ueHuojEMcJ8WKwyBQQY1IhQX6S4g2eaA/edit?usp=sharing Réseaux de neurones] [[Media:Fouille.Classification.NeuralNet.pdf|PDF]]
-
|-
+
** [https://docs.google.com/presentation/d/1t45aZQeOlpYjLYXiigUfxWeho-XG13tykRbGEv9e-YA/edit?usp=sharing k plus proches voisins] [[Media:Fouille.Classification.k-nn.pdf|PDF]]
-
|Jeudi 22 oct 10h-12h
+
** [https://docs.google.com/presentation/d/1bZsCqU4R2zFkBXaKkIjkyzYaqTXB47_2RpwbYh_wIz8/edit?usp=sharing Classification - performances] [[Media:Fouille.Classification.Performances.pdf|PDF]]
-
| Einstein CM2 Classification 1
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1amYxHKVz-dZojLjZxY3dCIQUCm3eD-5ak_WBfVySWxM/edit?usp=sharing Normalisation et mesures de distance] [[Media:Fouille.Normalisation.et.mesures.de.distance.pdf|PDF]]
-
|-
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1nPPNCGE509EKZmFKRTO55hAWM6KNGAdB_fCLvMqg7EQ/edit?usp=sharing Clustering]
-
|Jeudi 12 nov 10h-12h
+
** Rappels, généralités, méthodes : hiérarchique, k-means, k-médoïdes, spectral, affinity propagation, densité, ...
-
| 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle)
+
** Mesures d'évaluation et de comparaison
-
|-
+
* [https://docs.google.com/presentation/d/1FANYbjIcad0E26reb-mEQ3QWccgqzIwlHZDAQoZ95bs/edit?usp=sharing Règles d'association] <!--[[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]
-
|Jeudi 19 nov 10h-12h
+
 
-
| Einstein CM4 Clustering 1
+
 
-
|-
+
'''Sujets de TD/TP''' sur gitlab → https://gitlab.com/rbarriot/datamining
-
|Mercredi 25 nov 13h30-17h30
+
 
-
| 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
+
 
-
|-
+
 
-
|Jeudi 26 nov 10h-12h
+
'''Projet 2022-23'''
-
| Einstein CM5 Clustering 2
+
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/DataMining.ABC.Presentation.des.donnees.html|Description des données]] et [https://docs.google.com/presentation/d/158SeOGoGEgRE-wVr7RTnHPzhRFEGiQCOCw5FaZJhSQ0/edit?usp=sharing diapos] de présentation
-
|-
+
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/data/|Données]]
-
|Mercredi 2 déc 13h30-17h30
+
* Projet GitLab → https://gitlab.com/rbarriot/datamining.abc
-
| 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
+
-
|-
+
-
|Jeudi 3 déc 10h-12h
+
-
| Einstein CM6 Règles d'associations
+
-
|-
+
-
|Mercredi 9 déc 13h30-17h30
+
-
| 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
+
-
|-
+
-
|Mercredi 16 déc 13h30-17h30
+
-
| 4TP4-P1 TP4 clustering
+
-
|-
+
-
|Jeudi 17 déc 10h-12h
+
-
| Einstein CM7 Règles d'associations
+
-
|}
+
-
-->
+
-
'''Support de cours:'''
+
-
* [[Media:Data Mining - Intro.pdf|Introduction et Généralités]]
+
-
* [[Media:Data Mining - Classification.pdf|Classification, prédiction et caractérisation]]
+
-
* [[Media:Data Mining - Clustering.pdf|Clustering]]
+
-
* [[Media:Data Mining - Regles d Association.pdf|Règles d'association]]
+
-
'''Sujets de TD/TP'''
 
-
* [[M1 BBS Data Mining TD Classification|TD]] Classification, validation croisée et clustering
 
-
'''Projet'''
 
-
<!-- * [[M1 MABS BBS Data Mining Projet|Enoncé]] du projet -->
 
-
* [[silico:enseignement/m1/datamining/projet/sujet.html|Sujet]]
 
'''Liens'''
'''Liens'''
-
* [http://chem-eng.utoronto.ca/~datamining/dmc/data_mining_map.htm Data mining map]
+
 
* http://www.kdnuggets.com/
* http://www.kdnuggets.com/
** [http://www.kdnuggets.com/2010/12/book-mining-massive-datasets.html Book: Mining of Massive Datasets (free download)]
** [http://www.kdnuggets.com/2010/12/book-mining-massive-datasets.html Book: Mining of Massive Datasets (free download)]
Line 655: Line 905:
** [http://scikit-learn.org scikit-learn] une autre librairie python
** [http://scikit-learn.org scikit-learn] une autre librairie python
** [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation
** [http://www.philippe-fournier-viger.com/spmf/ Sequential Pattern Mining Framework] open source Java implementation
 +
* news
 +
** 2022/03/07 on kdnuggets.com [https://www.kdnuggets.com/2022/03/build-machine-learning-web-app-5-minutes.html Build a Machine Learning Web App in 5 Minutes]
'''Références'''
'''Références'''
Line 660: Line 912:
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
* ''GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists'', Carmona-Saez ''et al.'', Genome Biology, 2007.
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
* Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006
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=== Master 1 - MEEF ===
=== Master 1 - MEEF ===
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== Master 2 ==
== Master 2 ==
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=== Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy ===
+
=== Master 2 Microbiologie ===
=====Supports de cours =====
=====Supports de cours =====
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* [[Media:annotation1_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 1 (Gwennaele Fichant)]]
+
* [[Media:annotation2_M2Diag_2022.pdf|Annotation génomes bactériens (Gwennaele Fichant)]]
-
* [[Media:annotation2_M2Diag_2018.pdf|Annotation partie 2 (Gwennaele Fichant)]]
+
<!-- * [[Media:Phylogenie_Definitions_2018_M2Diag.pdf|Définitions en phylogénie (Gwennaele Fichant)]]  
-
* [[Media:Blast_2016.pdf|Recherche par similarité dans les bases de données (cours de L3 Bioanalyse)]]
+
* [[Media:Introduction_Phylogenie_2021_M2Diag.pdf|Introduction à la reconstruction phylogénétique (Gwennaele Fichant)]] -->
=====Tutoriels de TP=====
=====Tutoriels de TP=====
-
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/tutorial_annotation_new_NVU.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
+
*[[silico:enseignement/m1-bioinfo/BG/TD_annotation/Tutorial_annotation_v1_2023.html|Annotation d'un fragment génomique bactérien]]
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*[[Media:Correction_TP_annotation.pdf|Correction du TP annotation]]
-
* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
+
<!--* [[silico:enseignement/m1-mabs/EvolMol/TD1/index.html|Analyse évolutive de la cascade de régulation de la compétence chez les Streptocoques]]
-
* [[Media:Introduction_competence_2017.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
+
* [[Media:seaview4.zip|seaview à télécharger pour Windows]]
 +
* [[Media:seaview4-64.tar.gz|seaview à télécharger pour Linux]]
 +
* [[Media:Introduction_competence_2020.pdf|Petit topo d'introduction sur la régulation de la compétence chez ''S. pneumoniae'']]
-
* [[silico:enseignement/m2pro-diag/Bioinfo/TD_16srRNA/16SRNA_Tutorial_de _BioInformatique.htm|Identification des bactéries à l'aide de l'ARNr 16S]]
+
* [[silico:enseignement/m2pro-diag/Bioinfo/TD_16srRNA/16SRNA_Tutorial_de _BioInformatique.htm|Identification des bactéries à l'aide de l'ARNr 16S]]-->
=== Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
=== Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes ===
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-->
===== Atelier système =====
===== Atelier système =====
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* [[M2BBS - Atelier Système]]  
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<!-- * [[M2BBS - Atelier Système]] -->
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* [https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup 2023-24 Atelier Système]
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==== Atelier Chipseq ====
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* [[silico:enseignement/m2BBS/ChipSeq/TP_CHIPSEQ_2019_M2Bioinfo_FolderEtudiants.tar.gz|données TP]]
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 +
====Atelier Galaxy ====
 +
 
 +
* http://genoweb.toulouse.inra.fr/~formation/8_Galaxy_Admin/2019/
-
===== UE Communication =====
+
==== UE Communication ====
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
=====liste des publications à présenter en préparation des ateliers:=====
-
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
+
'''Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.
'''
'''
-
* '''Atelier Métabolomique'''
+
* '''Atelier Etude du métabolisme''' '''2 étudiant(e)s'''
** Article 1 :
** Article 1 :
-
*** [[Media:Frezza2011.pdf|Haem oxygenase is synthetically lethal with the tumour suppressor fumarate hydratase]]
+
*** [[Media: An_Atlas_of_Human_Metabolism_2020.pdf | An_Atlas_of_Human_Metabolism_2020.pdf]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7331181/
-
* '''Atelier ChipSeq'''
+
* '''Atelier Structure de la chromatine''' '''4 étudiant(e)s'''
** Article 1 :  
** Article 1 :  
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
*** [[Media:GenomeBiol2008.pdf|Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)]]
Line 723: Line 988:
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741830446X?via%3Dihub
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741830446X?via%3Dihub
-
* '''Atelier Phylogénomique'''
+
* '''Atelier Phylogénomique''' '''4 étudiant(e)s'''
-
** Article 1 :
+
** Article 1
-
*** [[Media:Thakur_Guttman_2016.pdf| A De-Novo Genome Analysis Pipeline (DeNoGAP) for large-scale comparative prokaryotic genomics studies]]
+
-
*** Supplementary information à récupérer sur  https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1142-2
+
-
** Article 2
+
***[[Media:Ali_et_al_2019.pdf|Identifying Clusters of High Confidence Homologies in Multiple Sequence Alignments]]
***[[Media:Ali_et_al_2019.pdf|Identifying Clusters of High Confidence Homologies in Multiple Sequence Alignments]]
-
 
+
** Article 2:  
-
* '''Atelier Modélisation'''
+
***[[Media:KIN_method_to_infer_relatedness_from_low-coverage_ancient_DNA.pdf | KIN_method_to_infer_relatedness_from_low-coverage_ancient_DNA]]
-
** Article 1 :
+
*** Supplementary information à récupérer sur https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02847-7#Sec37
-
*** [[Media:Weyder_et_al_2018.pdf|Dynamic Modeling of Streptococcus pneumoniae Competence Provides Regulatory Mechanistic Insights Into Its Tight Temporal Regulation]]
+
-
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01637/full#supplementary-material
+
-
** Article 2 :
+
-
*** [[Media:Li_et_al_2008.pdf|A Quantitative Study of the Division Cycle of Caulobacter crescentus Stalked Cells]]
+
-
*** Supplementary information à récupérer sur https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0040009
+
-
===== Calendrier des présentations =====
+
===== Calendrier des présentations d'articles =====
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
-
!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
+
!colspan="5"|EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
|-
|-
-
|lundi 23 septembre 9h30-11h30 :
+
|lundi 16 octobre 9h30-10h30 :
-
|articles Atelier Métabolomique
+
|articles Atelier Etude du Métabolisme
-
|article 1 : 9H30-11h00 (Juliette, Matthieu, Marine)
+
|article 1 : Jean et Etienne
-
|
+
-
||Commentaires : 11h-11h30
+
|-
|-
-
|lundi 23 septembre 13h30-16h :
+
|lundi 16 octobre 10h30-12h45:
-
|articles Atelier Modélisation
+
|article Atelier Structure de la chromatine
-
|article 1 : 13H30-14h30 (Alex, Soufiane)
+
|article 1 : 10h30-11h30 : Julie et Catherine
-
|article 2 : 14h30-15h30 (Eve, Clara)
+
|article 2 : 11h45-12h45 : Claire et Moussa
-
|Commentaires : 15h30-16h
+
|-
|-
-
|mardi 24 septembre 9h30-12h :  
+
|lundi 16 octobre 14h30-16h30 :
-
|article Atelier Phylogénomique  
+
|articles Atelier Phylogénomique  
-
|article 2 : 9H30-10h30 (Tristan, Geoffrey)
+
|article 2 : 14h30-15h30 : Margaux et Han
-
|article 1 : 10H30-11h30 (Elise, Chloé)
+
|article 2 : 15h30-16h30 : Pricilla et Youssef
-
|Commentaires : 11h30-12h
+
|-
|-
-
|mardi 24 septembre 14h-16h30 :
+
|Commentaires éventuels : 16h30-17h
-
|articles Atelier ChipSeq
+
-
|article 1 : 14h-15h (Marion, Julien)
+
-
|article 2 : 15h-16h (Nicolas, Cheryn)
+
-
|Commentaires : 16h-16h30
+
|}
|}
-
===== Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot =====
+
<!--
 +
* '''Atelier Modélisation''' '''2 étudiant(e)s'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media:Weyder_et_al_2018.pdf|Dynamic Modeling of Streptococcus pneumoniae Competence Provides Regulatory Mechanistic Insights Into Its Tight Temporal Regulation]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.01637/full#supplementary-material
 +
 
 +
 
 +
* '''Atelier Paléogénomique'''
 +
** Article 1 :
 +
*** [[Media:Fernandes_et_al_2021.pdf|TKGWV2: An ancient DNA relatedness pipeline for ultra-low coverage whole genome shotgun data]]
 +
 
 +
*'''Atelier Modélisation'''
 +
** Article 2 :
 +
*** [[Media:Li_et_al_2008.pdf|A Quantitative Study of the Division Cycle of Caulobacter crescentus Stalked Cells]]
 +
*** Supplementary information à récupérer sur https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0040009 -->
 +
 
 +
==== Gestion des données non structurées et applications post-génomiques  (GDNS-AP) ====
 +
 
 +
Se référer à l'[https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=8382 espace moodle]
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<!--
 +
===== GDNS-AP 1ère partie Karen Pinel-Sauvagnat et Gilles Hubert =====
 +
Supports séance 1 :
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_Introduction.pdf |Cours - Introduction]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_Document.pdf |Cours - MongoDB]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_CasEtude.pdf |Cas d'étude (commun MongoDB et Neo4J)]]
 +
 
 +
Supports séance 2 :
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_Graphe.pdf |Cours - Neo4J]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TD_Neo4J.pdf |TD - Neo4J]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_Correction_Neo4j.pdf | Correction TD Neo4j]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TP_Neo4J.pdf |TP - Neo4J]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_InstallNeo4J.pdf | Ressource Neo4J - Installation de Neo4J Desktop]]
 +
 
 +
 
 +
Supports séance 3 :
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TD_MongoDB.pdf |TD - MongoDB]]
 +
 
 +
* [[Media:M2BBS_IDH_TP_MongoDB.pdf |TP - MongoDB]]
 +
 
 +
Supports projet :
 +
 
 +
* [https://filesender.renater.fr/?s=download&token=590f33ae-b2fb-4b14-a907-a938f77f7772  Téléchargement données source]
 +
 
 +
* [[Media: M2BBS IDH ContexteDEtudeYelp.pdf | Description du contexte d'étude : Yelp]]
 +
 
 +
* [[Media : M2BBS IDH ProjetNeo4j.pdf | Sujet du projet]] - A rendre par mail avant le 28/10 à Karen.sauvagnat@irit.fr et gilles.hubert@irit.fr
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===== GDNS-AP 2ème partie Roland Barriot =====
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Page dédiée → [[M2BBS GDNS-APG]]
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Supports de cours :
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Generalites.pdf|Approches]]
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Generalites.pdf|Approches]]
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Enrichissement.pdf|Enrichissement]]
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Enrichissement.pdf|Enrichissement]]
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Priorisation.pdf|Fusion de données et priorisation de gènes candidats]]
* [[Media:M2BBS - Integration de Donnees Heterogenes - Priorisation.pdf|Fusion de données et priorisation de gènes candidats]]
 +
 +
Sujet de TD/TP :
* [[M2BBS - IDH|Mise en oeuvre]]  
* [[M2BBS - IDH|Mise en oeuvre]]  
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 +
Description du projet :
* [[M2BBS Integration de Donnes Heterogenes - Projets|Projets IDH]]
* [[M2BBS Integration de Donnes Heterogenes - Projets|Projets IDH]]
-
===== Atelier Génétique Satistique - S. Boitard =====
+
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==== Atelier Génétique Satistique - S. Boitard ====
Support de cours et TD:
Support de cours et TD:
* [[Media:coal_cours.pdf|Coalescence : principe et bases théoriques]] '''
* [[Media:coal_cours.pdf|Coalescence : principe et bases théoriques]] '''
* [[Media:coal_td.pdf|TD de génétique des populations]] '''
* [[Media:coal_td.pdf|TD de génétique des populations]] '''
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* [[Media:tp_struc.pdf|TP : Diversité génétique d’une population structurée]] '''
* [[Media:Mol_Biol_Evol-1999-Pritchard-1791-8.pdf|article : investigation de l'histoire démographique du chromosome Y par analyse des loci microsatellite]] '''
* [[Media:Mol_Biol_Evol-1999-Pritchard-1791-8.pdf|article : investigation de l'histoire démographique du chromosome Y par analyse des loci microsatellite]] '''
* [[Media:cours_tp_hapFLK.pdf|cours et TP de détection de locus sous sélection positive]] '''
* [[Media:cours_tp_hapFLK.pdf|cours et TP de détection de locus sous sélection positive]] '''
Line 788: Line 1,109:
*[[silico:enseignement/m2BBS/Genet_Stat/tp_coal.html|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format html]]
*[[silico:enseignement/m2BBS/Genet_Stat/tp_coal.html|TP : simulations de données génétiques par coalescence fichier format html]]
*[[Media:tp_abc.pdf|TP estimation de paramètres par une approche ABC]] '''
*[[Media:tp_abc.pdf|TP estimation de paramètres par une approche ABC]] '''
-
*[[https://github.com/willyrv/BioInfoCours]] autres documents
+
*[[https://github.com/willyrv/BioInfoCours]] autres documents  
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-->
-
=====Atelier Phylogénomique=====
+
====Atelier Phylogénomique====
-
Intervenants : Hélène Chiapello, Kathy.De-Sousa, Claire Hoede et Yves Quentin
+
Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin
[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique Atelier de Phylogénomique]
[http://silico.biotoul.fr/p/Atelier_Phylog%C3%A9nomique Atelier de Phylogénomique]
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===== Biologie des Systèmes - R. Barriot =====
===== Biologie des Systèmes - R. Barriot =====
* [[Media:GRNs.pdf|Réseaux de régulation]] '''
* [[Media:GRNs.pdf|Réseaux de régulation]] '''
* [[M2 BBS TP GRNs]]
* [[M2 BBS TP GRNs]]
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==== Biologie des Systèmes - G. Czaplicki ====
-
===== Biologie des Systèmes - G. Czaplicki =====
+
* [[Media:document_GC.pdf|Support de cours]] '''
* [[Media:document_GC.pdf|Support de cours]] '''
Line 811: Line 1,134:
* [[Media:compet.dat|compet.dat]] '''
* [[Media:compet.dat|compet.dat]] '''
-
===== Biologie des Systèmes - G. Fichant =====
+
==== Biologie des Systèmes - G. Fichant ====
Support de cours:
Support de cours:
* [[Media:Intro_BioSyst_2017.pdf|Introduction to system biology]] '''
* [[Media:Intro_BioSyst_2017.pdf|Introduction to system biology]] '''
-
* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Petit rappel enzymologie partie 1 ]]'''
+
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie]]'''
-
* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie partie 2 ]]'''
+
* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Complément rappel enzymologie]]'''
-
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
+
* [[Media:Petri_net_2020.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
-
* [[Media:Petri_net_2018.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
+
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
* [[Media:Modele_stochastique.pdf|Introduction to stochastic simulation]]'''
-
* [[Media:parameter_estimation_2017.pdf|parameter estimation]]'''
+
* [[Media:parameter_estimation_2019.pdf|Introduction parameter estimation]]'''
-
* [[Media:Intro_PL_2015.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
+
* [[Media:Intro_PL_2020.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
 +
* [[Media:SBML.pdf| Bref introduction au standard SBML ]]'''
 +
 +
<!--* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks]]'''-->
<!-- * [[Media:parameter_estimation.pdf| Parameter estimation (M. Weyder)]]''' -->
<!-- * [[Media:parameter_estimation.pdf| Parameter estimation (M. Weyder)]]''' -->
Line 827: Line 1,152:
'''TP :'''
'''TP :'''
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
* [[Media:CopasiUserguide-20100803-1.pdf|Copasi user guide]]
 +
* [[Media:Aide_Copasi.pdf|mnémo pour prise en main de Copasi plus simulation avec R]]
 +
* Lien vers le site de Snoopy : https://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy
 +
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
*'''TP1 : modeling of the psp response when cell envelop  is damaged'''
-
** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]]
+
** [[Media:TP_psp_response.pdf|Short description the biological process]]
-
** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
+
** [[Media:Modele_psp_extended_PN_2021.xpn|Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
-
** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
+
** [[Media:Modele_psp_save_essai_2019_modif_constante.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
 +
 
 +
<!-- ** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]]
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<!--** [[Media:Toni_et_al_2011.pdf|article support]] -->
 +
<!--** [[Media:constante_stochastic_2017-18.png|constantes stochastiques]] -->
 +
<!-- ** [[Media:modele_psp_save_2017-18.spn|Modèle stochastique corrigé]] -->
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<!--** [[Media:psp_system_dm.txt|membrane data]]
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
** [[Media:psp_system_hBCA.txt|hBCA data]]
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
** [[Media:psp_system_olg.txt|olg data]]
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
** [[Media:psp_system_hBCAF.txt|hBCAF data]]
-
** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]
+
** [[Media:psp_system_hBcCcA.txt|hBcAcCc data]]-->
 +
 
*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
*'''TP2 : modeling of the repressilator:'''
-
** [[Media:tp_repressilator_2018.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
+
** [[Media:tp_repressilator_2020.pdf|Short description of the repressilator regulation]]
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
** [[Media:repressilator_continu_2018_time_serie_500.csv|protein time series data]]
 +
** [[Media:repressilator_stochastique_2019.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
 +
 +
**[[Media:repressilator_continu_2020.cpn|Modèle corrigé du réseau continu avec Snoopy]]
 +
** [[Media:repressilator_prot.cps|Modèle corrigé Copasi]]
 +
** [[Media:repressilator.Rmd|script R pour intégration ODE]]-->
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
<!-- ** [[Media:constante_stochastique.png|stochastic constant file]]
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
** [[Media:constante_continu.png|ODE parameter file]] -->
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 +
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
*'''TP3 : modeling phosphate regulation in enterobacteria:'''
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
** [[Media:TP_phosphate_new_2018.pdf|Short biological description of the phosphate regulation]]
 +
** [[Media:PN_extended_phosphate_2021.xpn|Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
 +
** [[Media:Modele_stochastique_switch.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]]
 +
 +
<!-- ** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn| Modèle corrigé du réseau qualitatif]]
 +
** [[Media:Modele_stochastique_switch.spn|Modèle corrigé du réseau stochastique]] -->
 +
 +
<!-- ** [[Media:PN_extended_phosphate.xpn|Modèle "extended Petri Net" corrigé]]-->
 +
<!-- ** [[Media:modele_stochastique_switch.spn|Modèle stochastique corrigé]]-->
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
*'''TP4 : modeling of the regulation of lactose operon :'''
-
** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|Short biological description of the lactose operon regulation]]
+
** [[Media:operon_lactose_description_2018.pdf|'''TP à rendre''' Short biological description of the lactose operon regulation]]  
-
** [[Media:operon_lac_2018_last.spn|Modèle stochastique corrigé]]
+
 
 +
<!--** [[Media:operon_lac_2018_last.spn|'''Modèle stochastique corrigé''']]
 +
** [[Media:res_stochastique_lactose_3pics.PNG|'''Capture écran lactose input''']]
 +
** [[Media:res_stochastique_prot_3pics.PNG| '''Capture écran comportement des protéines''']]-->
<!-- ** [[Media:constantes_2017.txt|stochastic constant file]]
<!-- ** [[Media:constantes_2017.txt|stochastic constant file]]
** [[Media:Constante_parameter_lactose_stochastique_2017.PNG|screen shot of the constant definition in the model]]-->
** [[Media:Constante_parameter_lactose_stochastique_2017.PNG|screen shot of the constant definition in the model]]-->
-
=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 ADAM] (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)===
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=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 Biologie des Plantes et Microorganismes Associés (BPMA)] ===
==== Biologie Computationnelle ====
==== Biologie Computationnelle ====
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Année 2023-2024
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'''Examen : partie 'E. Maza''''
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*[[Media:2324_ExamenBioComp2_2023_2024_Elie MAZA.pdf| Sujet Biostatique]]
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[[Media:airquality111.csv|Donnees]]
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Reponses a adresser par mail à
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elie.maza@toulouse.inp.fr
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elodie.gaulin@univ-tlse3.fr
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'''Examen : partie E. Gaulin / C. Mathe -'''
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Sujet Bioanalyse, sur papier en salle
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Retrouvez les supports de cours et les TPs [http://snp.toulouse.inra.fr/~mathe/ sur le lien suivant]
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'''Documents, partie E. Gaulin'''
'''Documents, partie E. Gaulin'''
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'''Examen 2019-2020'''
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'''Examen 2021-2022'''
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'''Partie E. Gaulin'''
'''Partie E. Gaulin'''
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Veuillez trouver ci-dessous, la séquence fasta de l'ORF du gène X (1 171 bases) que l'on souhaite cloner dans le vecteur pCAMBIA
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Veuillez trouver ci-dessous, la séquence fasta de l'ADNc SSP1256 que l'on souhaite cloner dans le vecteur de destination pCAMBIA
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>ORF_X
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'''>ADNc_SSP1256'''
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ACTTCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTT
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GTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGGAAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATG
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CCATTTTTGGAGCTTTCGAGCTCATAACACAGGTGAGCGCGACGAATGGATCCCTCGCTA
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ATAACATCATGGTCGTGGGCGCCGTCCTTGCGGCGCTCGTCGCCGGCGGGTCGTGCGGGC
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CCCCGAAGGTGCCACCCGGCCCCAACATCACCACCAACTACAACGGCAAGTGGCTCACCG
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CTAGGGCCACCTGGTACGGTCAGCCCAACGGTGCCGGCGCTCCTGACAACGGCGGTGCGT
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GCGGGATCAAGAACGTGAACCTGCCACCCTACAGCGGCATGACGGCGTGCGGCAACGTCC
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CCATCTTCAAGGACGGCAAGGGCTGCGGCTCATGCTACGAGGTGAGATGCAAGGAAAAAC
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CTGAGTGCTCGGGCAATCCAGTCACGGTGTACATCACTGACATGAACTACGAACCTATCG
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CTCCCTACCACTTCGACTTGAGCGGCAAGGCCTTCGGCTCCCTGGCAAAGCCCGGGCTCA
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ACGACAAGATTCGCCACTGCGGCATCATGGACGTCGAGTTCAGAAGGGTGCGATGCAAGT
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ACCCCGCCGGGCAGAAGATCGTGTTCCACATCGAGAAGGGCTGCAACCCCAACTACCTGG
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CCGTGCTGGTGAAGTATGTGGCGGACGACGGCGACATCGTGCTGATGGAAATCCAGGACA
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AGTTGTCGGCTGAGTGGAAGCCCATGAAGCTCTCTTGGGGCGCCATCTGGAGGATGGACA
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CTGCCAAGGCGCTCAAGGGCCCCTTCTCCATCCGCCTCACCAGCGAGTCCGGCAAGAAGG
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TCATCGCCAAAGACGTCATCCCGGCGAACTGGAGACCCGATGCCGTCTACACTTCCAACG
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TCCAATTTTACGTAACTTTGAATTCCCTTCGATTCATCCGGCACAGCGGGCTATGGACCT
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TCAGCAGCAAGCTAATTAAGTTGGCAGCATGCACCGCTAACCTTATATACTACTGAGACT
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TCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTTGTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGG
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AAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATGCCATTTTTGGAAGCTTGGCTTTCGAGGGTACC
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CCTGATAGTT
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CATAACACAGGTGAGCGCGACGAATGGATCCCTCGCTAATAACATCATGGTCGTGGGCGCCGTCCTTGCGGCGCTCGTCGCCGGCGGGTCGTGCGGGCCCCCGAAGGTGCCACCCGGCCCCAACATCACCACCAACTACAACGGCAAGTGGCTCA
 
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CCGCTAGGGCCACCTGGTACGGTCAGCCCAACGGTGCCGGCGCTCCTGACAACGGCGGTGCGTGCGGGATCAAGAACGTGAACCTGCCACCCTACAGCGGCATGACGGCGTGCGGCAACGTCCCCATCTTCAAGGACGGCAAGGGCTGCGGCTCA
 
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TGCTACGAGGTGAGATGCAAGGAAAAACCTGAGTGCTCGGGCAATCCAGTCACGGTGTACATCACTGACATGAACTACGAACCTATCGCTCCCTACCACTTCGACTTGAGCGGCAAGGCCTTCGGCTCCCTGGCAAAGCCCGGGCTCAACGACAA
 
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GATTCGCCACTGCGGCATCATGGACGTCGAGTTCAGAAGGGTGCGATGCAAGTACCCCGCCGGGCAGAAGATCGTGTTCCACATCGAGAAGGGCTGCAACCCCAACTACCTGGCCGTGCTGGTGAAGTATGTGGCGGACGACGGCGACATCGTGC
 
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TGATGGAAATCCAGGACAAGTTGTCGGCTGAGTGGAAGCCCATGAAGCTCTCTTGGGGCGCCATCTGGAGGATGGACACTGCCAAGGCGCTCAAGGGCCCCTTCTCCATCCGCCTCACCAGCGAGTCCGGCAAGAAGGTCATCGCCAAAGACGTC
 
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ATCCCGGCGAACTGGAGACCCGATGCCGTCTACACTTCCAACGTCCAATTTTACGTAACTTTGAATTCCCTTCGATTCATCCGGCACAGCGGGCTATGGACCTTCAGCAGCAAGCTAATTAAGTTGGCAGCATGCACCGCTAACCTTATATACTA
 
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CTGAGACTTCCAAATTCTAGTATATGTAATCCTTTTGTTCGGGTTCATGATCGAATTCCAAAGAGTGGAAAACAAGCAAAAGGTTAAATATACATGCCATTTTTGGAAGCTTGGCTTTCGAGGGTAC
 
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'''Partie C. Albenne'''
 
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*[[Media:PGIP.pdb|Lien vers le PGIP]]
 
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'''Examen 2018-2019'''
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'''Partie C. Albenne'''
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*[[Media:EXPB1b.doc|EXPB1]]
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*[[Media:2hcz.dsv|Structure]]
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'''Examen 2018-2019'''
 
'''Partie E. Gaulin'''
'''Partie E. Gaulin'''
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= Culture =
= Culture =
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Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte <tt>guest</tt>)
Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte <tt>guest</tt>)
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= mamba =
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Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html
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Download
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curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
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Run
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sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh
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Do you accept the license terms? [yes|no]
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[no] >>> yes
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 +
Mambaforge will now be installed into this location:
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/home/guest/mambaforge
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  - Press ENTER to confirm the location
 +
  - Press CTRL-C to abort the installation
 +
  - Or specify a different location below
 +
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[/home/guest/mambaforge] >>> 
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Do you wish the installer to initialize Mambaforge
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by running conda init? [yes|no]
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[no] >>> yes
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'''Ouvrir un nouveau terminal/shell'''
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Channels
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conda config --add channels bioconda
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Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda

Current revision as of 17:59, 1 March 2024


Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BBE


Emploi du temps

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris



Supports de cours

Sujets de TD/TP

L3 BCP Bioanalyse (KSVA6ABU)

2022_2023 Planning des Enseignements

Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle

  • Les CMs de Bioanalyse, au nombre de six, débuteront semaine 2 (9_13 Janvier 2023) sur des créneaux horaires particuliers, avec les deux premiers CMs en semaine 2. A savoir  :
       CM1 : Lundi 13H30 (CMB) Denjoy U1 et Mardi 15h45 (CMA), Denjoy U1  
       CM2 : Vendredi 10h05 (CMB) Le Chatelier 2A et Mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1

Les CMs suivants (CM3-CM6) auront lieu entre les semaines 3 et 6

       CM3-CM6 : vendredi 10h05 (CMB), Le Chatelier 2A et mercredi 15h45 (CMA) Denjoy U1
  • Les TPs, au nombre de cinq, se déroulent en salle informatique. Les quatre premiers TPs sont de 3h30 et le cinquième de 2h, donc attention aux horaires !

Veuillez respecter votre créneau de TP, compte tenu du nombre d'ordis par salle infos, merci

  • Fichier du Planning 2022_2023 (salles et séries)

Planning Bioanalyse CMs et TPs L3 BCP 2022_2023 (mise a jour Janv 2023)

  • Le CC aura surement lieu, le Jeudi de la semaine 8 à compter de 18h, dans un lieu restant à définir. Réservez vous le créneau horaire !



TPs en salle


Licence Pro GeBAP

Schéma de sélection et productions de semences

  • TP Analyse de QTL

L3 Biodiversité & Biologie Environementale (BEE)

Ingénierie du Végétal (KSVC5AEU)

Initiation à l'analyse de séquences biologiques


Master

Master 1 - Biotechnologies

Evolution Moléculaire (KBTD8AGU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Traitement de données biologiques (KBVX7AH1)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Master 1 - Bioinformatique parcours Biologie des Systèmes + Bioinformatique et Génomique Environnementale

Evolution Moléculaire (KBIA8ABU - KBIB8ABU)

Supports de cours :


Support TP :


Support TD :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (KBIX7AB1)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :


Projet annotation d'un fragment génomique à remettre au plus tard le vendredi 22 décembre



Mathématique pour la Biologie (KBIA7AI)

Sujets de TP :

  • TP Matrices PAM
  • TP ACP
  • TP Modélisation


Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod





Traitement de graphes et réseaux biologiques (KBIA7AD)

Espace moodle (inscription obligatoire) : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7647

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP avec Roland Barriot Création de modules python (manipulation de graphes + Gene Ontology) et prise en main de igraph
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes


Projets 2023-24

Sujet disponible sur moodle.

Fichiers de départs à compléter disponibles sur gitlab.


Liens: Logiciels

Librairies

Serveurs & Banques

Formats

Autres

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (KBIA8AC)

Espace moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=7659


Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2 Microbiologie

Supports de cours
Tutoriels de TP


Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système

Atelier Chipseq

Atelier Galaxy

UE Communication

liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi importants pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 16 octobre 9h30-10h30 : articles Atelier Etude du Métabolisme article 1 : Jean et Etienne
lundi 16 octobre 10h30-12h45: article Atelier Structure de la chromatine article 1 : 10h30-11h30 : Julie et Catherine article 2 : 11h45-12h45 : Claire et Moussa
lundi 16 octobre 14h30-16h30 : articles Atelier Phylogénomique article 2 : 14h30-15h30 : Margaux et Han article 2 : 15h30-16h30 : Pricilla et Youssef
Commentaires éventuels : 16h30-17h


Gestion des données non structurées et applications post-génomiques (GDNS-AP)

Se référer à l'espace moodle


Atelier Phylogénomique

Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :






Master 2 - Biologie des Plantes et Microorganismes Associés (BPMA)

Biologie Computationnelle

Année 2023-2024

Examen : partie 'E. Maza'


Donnees

Reponses a adresser par mail à

elie.maza@toulouse.inp.fr

elodie.gaulin@univ-tlse3.fr


Examen : partie E. Gaulin / C. Mathe - Sujet Bioanalyse, sur papier en salle


Retrouvez les supports de cours et les TPs sur le lien suivant


mamba

Documentation : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html

Download

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"

Run

sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh 
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> yes 

Mambaforge will now be installed into this location:
/home/guest/mambaforge

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below 

[/home/guest/mambaforge] >>>  

Do you wish the installer to initialize Mambaforge
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes

Ouvrir un nouveau terminal/shell

Channels

conda config --add channels bioconda 

Plus d'info sur https://src.koda.cnrs.fr/roland.barriot/mbioinfo.workstation.setup#environnements-avec-mamba-ou-conda