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Enseignements

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(Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique)
(Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique)
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'''Supports de TD:'''
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* TD1 : [[InfoBio_TD_Sequences_et_banques_de_donnees|Séquences et banques de données]]
* TD1 : [[InfoBio_TD_Sequences_et_banques_de_donnees|Séquences et banques de données]]
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* [http://silico.biotoul.fr/enseignement/L3-Info/TD_annotation/tutorial_annotation.html TD2 et TD3 : annotation d'un fragment bactérien]
* TD2 : [[InfoBio_TD_bioperl|Introduction à BioPerl]]
* TD2 : [[InfoBio_TD_bioperl|Introduction à BioPerl]]
* TD3 : [[InfoBio_TD_Programmation_dynamique|Alignement de séquences]]
* TD3 : [[InfoBio_TD_Programmation_dynamique|Alignement de séquences]]

Revision as of 17:25, 12 February 2014

Contents

Licence

Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)

Cours Magistral (CM) à 10h en B19bis et Travaux Pratiques (TP) à 8h en 4TP2-M7 le lundi matin

Calendrier :

  • CM1 20/01
  • CM2 27/01
  • CM3 03/02
  • CM4 10/02
  • CM5 17/02
  • TP1 24/02
  • CM6 17/03
  • TP2 24/03
  • CM7 31/03
  • TP3 07/04
  • TP4 14/04


Supports de cours 2011-12 :

Travaux pratiques 2011-12 :


Images pour le TP1 Image J 2011-12 :



Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)

Supports de cours :


Annales :

Supports de TD :



Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique

Supports de cours:

Supports de TD:


Master

Master 1 - MABS

Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)

Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD Modélisation
  • Documents relatifs aux ACP
  • TD Probabilités
  • M1 MABS CC Math 2013-14 [ ODT ] - [ DOC ]

Traitement de données biologiques (EM7BMACM)

Support de cours:

Support de TD:

Liens

Fouille de données (EM7BBSCM)

Planning 2013-2014
date lieu
Jeudi 17 oct 10h-12h Einstein CM1 Intro
Jeudi 24 oct 10h-12h Einstein CM2 Classification 1
Jeudi 14 nov 10h-12h B08-bis CM3 Classification 2
Mercredi 20 nov 13h30-17h30 U2-209 TP1 Classification (Knime, Orange, Naive Bayes)
Jeudi 21 nov 10h-12h B08-bis CM4 Clustering 1
Jeudi 28 nov 10h-12h B08-bis CM5 Clustering 2
Mercredi 4 déc 13h30-17h30 U2-209 TP2 Classification (Naive Bayes, cross validation, Linear discriminant analysis)
Jeudi 5 déc 10h-12h B08-bis CM6 Règles d'association
Mercredi 11 déc 13h30-17h30 U2-209 TP3 k-nearest neighbors
Jeudi 12 déc 10h-12h B08-bis CM7 Règles d'associations
Mercredi 18 déc 13h30-17h30 U2-209 TP4 clustering

Support de cours:

Sujets de TD

  • TD Classification et validation croisée
  • TD Classificateur Bayésien naïf
  • TD Classificateur k plus proches voisins
  • TD Clustering


Projet

  • Enoncé du projet
  • A réaliser par groupe de 3. Constitution des groupes à remettre le 28 novembre 2013

Liens

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse


Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)

Support de TD/TP:

  • TP Visualisation et parcours en profondeur
  • TP Parcours en largeur et plus court chemin
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Liens:

Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)

  • Cours et TP
  • Projets
  • Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
    • Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
    • Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
    • minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
    • Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
    • Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
  • TD Reconstruction de réseaux de régulation



Master 1 - BioSanté

Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)

Support de cours :

Supports de TD :


Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Intégration de données hétérogènes


Master 2 Pro - Diagnostique



Autres

INSA





F.A.Q.