Enseignements
From silico.biotoul.fr
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* [[silico:enseignement/L3-Info/Introduction_bioinfo_L3info.pdf|Introduction à la bioinformatique]] | * [[silico:enseignement/L3-Info/Introduction_bioinfo_L3info.pdf|Introduction à la bioinformatique]] | ||
* [[silico:enseignement/L3-Info/Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]] | * [[silico:enseignement/L3-Info/Alignement_seq_nuc.pdf|Alignement de deux séquences d'acides nucléiques]] | ||
Revision as of 09:41, 4 February 2016
Licence
Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)
Emploi du temps 2015-16
| EDT L2 AADB | |||
|---|---|---|---|
| CM lundi 10-12h en U2-120 | TP lundi 8-12h en 4TP4-P4as | ||
| semaine 3 - 18.01 | U2-120 RB Bioinfo générale | ||
| semaine 4 - 25.01 | U2-120 RB Bioinfo générale | ||
| semaine 5 - 01.02 | U2-120 FD Imagerie | ||
| semaine 6 - 08.02 | U2-120 FD Imagerie | ||
| semaine 7 - 15.02 | 4TP4-P4as FD ImageJ | ||
| semaine 8 - 22.02 | U2-120 RB Système d'information...SQL | ||
| semaine 10 - 07.03 | U2-120 RB SQL...Programmtion | ||
| semaine 11 - 14.03 | 4TP4-P4as RB Base résistance | ||
| semaine 12 - 21.03 | U2-120 RB Programmation | ||
| semaine 14 - 04.04 | 4TP4-P4as RB Base résistance | ||
| semaine 15 - 11.04 | 4TP4-P4as RB Base résistance | ||
Supports de cours 2014-15 :
- Introduction (R. Barriot)
- Imagerie (F. Delavoie)
Travaux pratiques 2013-14 :
- TP : Initiation à Image J : Support de TP et Archive contenant les images
- TP : Systèmes d'information Organisation des données et génération de rapports
Annales :
Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)
Supports de cours :
- Introduction
- banques et bases de données biologiques
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Alignement de deux séquences protéiques
- Recherche par similarité dans les banques de données : la suite Blast
- Alignement multiple
- Motifs et profils
- Introduction évolution moléculaire
Annales :
- exemple de sujet de contrôle continu 2012
- correction du sujet de contrôle continu du 6 mars 2012
- exemple de sujet de contrôle terminal
- correction du sujet de contrôle terminal de janvier 2009
- un autre exemple de problème de contrôle terminal
Supports de TD :
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Comparaison de deux séquences
- TD3 : Analyse de séquences et Biologie Moléculaire
- TD4 : Analyse évolutive de la RNase J
Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique
Emploi du temps 2015-16
| EDT L3 Info Biologie | |||
|---|---|---|---|
| mercredi 10-12h | jeudi 18-20h | ||
| semaine 3 - 18.01 | | ||
| semaine 4 - 25.01 | 27/01 Cam Salle à déterminer | ||
| semaine 5 - 01.02 | 03/02 Cam Salle à déterminer | | |
| semaine 6 - 08.02 | 10/02 Barriot U2-209 | 11/02 Barriot U2-209 | |
| semaine 7 - 15.02 | 17/02 Barriot U2-209 | 18/02 Barriot U2-209 | |
| semaine 9 - 29.02 | 02/03 Barriot U2-209 | 03/03 Barriot U2-209 | |
| semaine 10 - 07.03 | 09/03 Fichant U2-209 | 10/03 Fichant U2-209 | |
| semaine 11 - 14.03 | 16/03 Fichant U2-209 | 17/03 Fichant U2-209 | |
| semaine 12 - 21.03 | | ||
Supports de cours:
- Introduction à la biologie
- Introduction à la bioinformatique
- Alignement de deux séquences d'acides nucléiques
- Introduction méthodes de prédiction en annotation des génomes
- Annotation des gènes codant pour des protéines
- Alignement de génomes
- La qualité des séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement de séquences issues du séquençage haut débit
- Alignement des données RNA-Seq
- Recherche de polymorphisme
Supports de TD:
- Séquences et banques de données
- Introduction à BioPerl
- Analyse de transcriptome
- Alignement de séquences
- Construction de matrices de substitution PAM
- TDx2 : annotation d'un fragment bactérien
Projets 2015 à rendre le 25 avril à Roland Barriot:
- Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 2 sujets vous sont proposés. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page Répartition des projets. Attention: pas plus de 11 étudiants sur un même sujet avec comme priorité : premier arrivé, premier servi.
- Projets 2015 - L3-Info transcriptome
Master
Master 1 - MABS
Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)
Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)
Projet 2015-16:
Traitement de données biologiques (EM7BMACM)
Support de cours:
Support de TD:
- Introduction à R
- Tests
- Tests et ANOVA
- Analyses mutivariées
- TD Transcriptome : Gènes différentiellement exprimés avec R/Bioconductor
- TD Transcriptome : clustering de profils d'expression
Liens
- Contrôle continu de 2011 avec son corrigé CC 2011 et correction.zip
- Aide mémoire des commandes R
- http://www.rdocumentation.org/ Toute l'aide des librairies R (avec recherche)
- http://www.datamind.org Apprendre R en ligne
Fouille de données (EM7BBSCM)
| Planning 2015-2016 | |
|---|---|
| date | lieu |
| Jeudi 15 oct 10h-12h | Einstein CM1 Intro |
| Jeudi 22 oct 10h-12h | Einstein CM2 Classification 1 |
| Jeudi 12 nov 10h-12h | 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle) |
| Jeudi 19 nov 10h-12h | Einstein CM4 Clustering 1 |
| Mercredi 25 nov 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation) |
| Jeudi 26 nov 10h-12h | Einstein CM5 Clustering 2 |
| Mercredi 2 déc 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn) |
| Jeudi 3 déc 10h-12h | Einstein CM6 Règles d'associations |
| Mercredi 9 déc 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes) |
| Mercredi 16 déc 13h30-17h30 | 4TP4-P1 TP4 clustering |
| Jeudi 17 déc 10h-12h | Einstein CM7 Règles d'associations |
Support de cours:
- Introduction et Généralités
- Classification, prédiction et caractérisation
- Clustering
- Règles d'association
Sujets de TD
- TD Classification, validation croisée et clustering
Projet
- Enoncé du projet
Liens
- Data mining map
- The LION book (free download)
- http://www.kdnuggets.com/
- UCI KDD Archive (datasets)
- mloss (machine learning open source software) http://mloss.org
- Librairies et logiciels
- RapidMiner
- Knime
- weka
- Orange librairie python
- scikit-learn une autre librairie python
- Sequential Pattern Mining Framework open source Java implementation
Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse
- Supports de cours
http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29
- TD1 : Interrogation des banques de données
- TD2 : Analyse de séquences I: recherche par similarité, alignements deux à deux
- TD3 : Analyse de séquences II: alignements multiples et profils|
- Controle Continu Décembre 2015
- Exemples d'examen terminal
2014_2015: Janvier 2015, Controle Terminal, session 1
Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)
Supports de cours
Supports de TD/TP:
- TP Visualisation et parcours en profondeur
- TP Parcours en largeur et plus court chemin
- TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
- TP Recherche de communautés dans les graphes
Projets 2015-16
Liens:
- Cytoscape (et Cytoscape Web mais un peu dépassé maintenant)
- Tulip
- Gephi
- igraph
- Pathway tools
- Radatools
- NeAT
- METACYC
- STRING
- Bioconductor/STRINGdb interface STRINGdb et R igraph
- RegulonDb
- MetaNetX
Technologies Web (EM8BBSAM)
supports cours
supports TP
Projet
Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)
- Cours et TP
- Projets
- Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
- Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
- Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
- minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
- Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
- Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
- TD Reconstruction de réseaux de régulation
Master 1 - MEEF
Sciences de la Vie (EE7BSVFM)
Supports de TD :
Supports de Cours :
Master 1 - BioSanté
Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)
Support de cours :
Supports de TD :
Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes
- Génome de E. coli de 2002 EcolA01.embl
Intégration de données hétérogènes
Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr)
Bioanalyse, Protéomique
TDs
Examen 2015 Documents, partie E. Gaulin
Documents, partie C. Mathé
Documents, partie C. Albenne
Master 2 Pro - Diagnostique
Autres
INSA
- TD1 : Banque et manipulation de séquences
- TD2 : Recherche par similarité de séquences, alignements multiples et profils
F.A.Q.
- Caractérisation d'un ensemble de gènes d'intérêt. Soit qu'ils sont différentiellement exprimés, soit qu'ils sont co-exprimés.
