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Enseignements

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(Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM))
(Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM))
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=== Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM) ===
=== Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM) ===
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* [[Media:GRNs.pdf|Support de cours]] sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
* [[Media:GRNs.pdf|Support de cours]] sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
** Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
** Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
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Contents

Licence

Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)

Emploi du temps 2015-16

EDT L2 AADB
CM lundi 10-12h en U2-120 TP lundi 8-12h en 4TP4-P4as
semaine 3 - 18.01 U2-120 RB Bioinfo générale
semaine 4 - 25.01 U2-120 RB Bioinfo générale
semaine 5 - 01.02 U2-120 FD Imagerie
semaine 6 - 08.02 U2-120 FD Imagerie
semaine 7 - 15.02 4TP4-P4as FD ImageJ
semaine 8 - 22.02 U2-120 RB Système d'information...SQL
semaine 10 - 07.03 U2-120 RB SQL...Programmtion
semaine 11 - 14.03 4TP4-P4as RB Base résistance
semaine 12 - 21.03 U2-120 RB Programmation
semaine 14 - 04.04 4TP4-P4as RB Base résistance
semaine 15 - 11.04 4TP4-P4as RB Base résistance



Supports de cours 2014-15 :

Travaux pratiques 2013-14 :


Annales :



Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)

Supports de cours :


Correction du sujet de contrôle continu 2016 :


Annales :


Supports de TD :



Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique

Emploi du temps 2015-16

EDT L3 Info Biologie
mercredi 10-12h jeudi 18-20h
semaine 3 - 18.01 21/01
semaine 4 - 25.01 27/01 Cam Salle à déterminer
semaine 5 - 01.02 03/02 Cam Salle à déterminer 04/02
semaine 6 - 08.02 10/02 Barriot U2-209 11/02 Barriot U2-209
semaine 7 - 15.02 17/02 Barriot U2-209 18/02 Barriot U2-209 pour cause de réunion sur les masters
semaine 9 - 29.02 02/03 Barriot U2-209 03/03 Barriot U2-209
semaine 10 - 07.03 09/03 Barriot U2-209 10/03 Fichant U2-209
semaine 11 - 14.03 16/03 Fichant U2-209 17/03 Fichant U2-209
semaine 12 - 21.03 24/03 Barriot


Supports de cours:

Supports de TD:



Projets 2016 à rendre le 18 avril à Roland Barriot pour le projet transcriptome et à Gwennaele Fichant pour le projet annotation:

  • Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 2 sujets vous sont proposés pour le transcriptome et un sujet pour l'annotation. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page Répartition des projets. Attention: répartition moitié-moitié entre transcriptome et annotation sur la base : premier arrivé, premier servi.
  • Projets 2016 - L3-Info transcriptome
  • Projet 2016 annotation:

Annoter le fragment génomique ci-joint en utilisant les différentes approches vues en cours (ORFfinder, GeneMark, GeneMark.hmm, recherche de RBS). La prédiction des fonction putative des ORF codant potentiellement pour des protéines sera également réalisé à l'aide du logiciel BlastP. Rendre un rapport justifiant votre démarche et votre raisonnement, et présentant les résultats obtenus à chaque étape ainsi qu'une synthèse finale.
fragment génomique à annoter



Master

Master 1 - MABS

Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)


Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD Modélisation
  • TD ACP
  • TD Probabilités


Projet 2015-16:


Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Traitement de données biologiques (EM7BMACM)

Support de cours:

Support de TD:

Liens

Fouille de données (EM7BBSCM)

Planning 2015-2016
date lieu
Jeudi 15 oct 10h-12h Einstein CM1 Intro
Jeudi 22 oct 10h-12h Einstein CM2 Classification 1
Jeudi 12 nov 10h-12h 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle)
Jeudi 19 nov 10h-12h Einstein CM4 Clustering 1
Mercredi 25 nov 13h30-17h30 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
Jeudi 26 nov 10h-12h Einstein CM5 Clustering 2
Mercredi 2 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
Jeudi 3 déc 10h-12h Einstein CM6 Règles d'associations
Mercredi 9 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
Mercredi 16 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP4 clustering
Jeudi 17 déc 10h-12h Einstein CM7 Règles d'associations

Support de cours:

Sujets de TD

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse

  • Supports de cours

http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29

  • Controle Continu Décembre 2015

Controle Continu 2015_2016

  • Exemples d'examen terminal

2014_2015: Janvier 2015, Controle Terminal, session 1

Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP Visualisation et parcours en profondeur
  • TP Parcours en largeur et plus court chemin
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Projets 2015-16

Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105

Technologies Web (EM8BBSAM)

supports cours
supports TP
Projet

Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)

  • Cours et TP
  • Projets à remettre pour le 17 mai
  • Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
    • Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
    • Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
    • minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
    • Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
    • Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
  • TD Reconstruction de réseaux de régulation


Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Supports de Cours :

Master 1 - BioSanté

Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)

Support de cours :

Supports de TD :




Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Intégration de données hétérogènes



Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr)

Bioanalyse, Protéomique

TDs

Examen 2015 Documents, partie E. Gaulin

Documents, partie C. Mathé

Documents, partie C. Albenne



Master 2 Pro - Diagnostique


Autres

INSA





F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)