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(Biologie des Systèmes - G. Fichant)
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===== Biologie des Systèmes - G. Fichant =====
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* [[Media:Intro_BioSyst.pdf|Short general introduction to system biology (G. Fichant)'''
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* [[Media:SCAN_rappel_enzymo.pdf|Petit rappel enzymologie partie 1 (G. Fichant)]]'''
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* [[Media:Rappel_enzymo_v1.pdf|Petit rappel enzymologie partie 2 (G. Fichant)]]'''
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* [[Media:network_motifs.pdf|Two and three nodes network motifs in transcriptional networks (G. Fichant)]]'''
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* [[Media:Petri_net_2015.pdf|Introduction to Petri net models (G. Fichant)]]'''
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* [[Media:Petri_net_2015.pdf|Introduction to Petri net models]]'''
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* [[Media:Intro_PL_2015.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models (G. Fichant)]]'''
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* [[Media:Intro_PL_2015.pdf|Introduction to Piece-wise linear differential equation models]]'''
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* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses (G. Fichant)]]'''
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* [[Media:Model_analysis.pdf| System dynamic analyses ]]'''
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* [[Media:parameter_estimation.pdf| Parameter estimation (M. Weyder)]]'''
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<!-- * [[Media:parameter_estimation.pdf| Parameter estimation (M. Weyder)]]''' -->
=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 ADAM] (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)===
=== Master 2 - [http://sciences-vegetales.univ-tlse3.fr/presentation-m2-adam-609174.kjsp?RH=1449138073206&RF=1450299526893 ADAM] (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)===

Revision as of 16:35, 19 September 2016

Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)

BioAnalyse L3 - 2B2M et BCP


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Support de cours:

Support de TD/TP:

Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours:

Tutoriels de TP:


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD Modélisation
  • TD ACP
  • TD Probabilités


Projet 2015-16:


Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM)

  • Supports de cours

http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29

  • Exemples d'examen terminal

2014-2015: Janvier 2015, Controle Terminal, session 1

Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP Visualisation et parcours en profondeur
  • TP Parcours en largeur et plus court chemin
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Projets 2015-16

Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105

Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Supports de Cours :

Master 2

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Examen 2016, partie E. Gaulin

Documents, partie C. Mathé

Documents, partie C. Albenne

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)