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* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 2 R|TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance]]
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 2 R|TP2 - Régression linéaire, probabilités, intervalles de confiance]]
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 3 R|TP3 - Tests statistiques - 1]]
* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 3 R|TP3 - Tests statistiques - 1]]
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* [[M1 Traitement de Donnees Biologiques - TP 4 R|TP4 - Tests statistiques - 2 (ANOVA)]]
* Les suivants sont en cours de mise à jour
* Les suivants sont en cours de mise à jour
* [[procedure_install_Rstudio|procédure d'installation de R/Rstudio sur votre ordinateur]]
* [[procedure_install_Rstudio|procédure d'installation de R/Rstudio sur votre ordinateur]]

Revision as of 07:35, 26 September 2016

Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)

BioAnalyse L3 - 2B2M et BCP


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Support de cours:

Support de TD/TP:

Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours:

Tutoriels de TP:


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD Modélisation
  • TD ACP
  • TD Probabilités


Projet 2015-16:


Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse (EMBIA1IM)

  • Supports de cours

http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29

  • Exemples d'examen terminal

2014-2015: Janvier 2015, Controle Terminal, session 1

Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP Visualisation et parcours en profondeur
  • TP Parcours en largeur et plus court chemin
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Projets 2015-16

Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105

Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Supports de Cours :

Master 2

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de récupérer les supplementary data si il y en a et qu'ils ne vous sont pas fournis et bien entendu de les consulter. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.

Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 10 octobre 9h30-10h30 : article Atelier Modélisation Moléculaire (Alexandra, Soukaïna))
lundi 10 octobre 10h30-11h45 : (pause de 11h à 11h15) article Atelier Biologie des Systèmes (Leila, Raphael)
lundi 10 octobre 11h45-12h35 : article Atelier Génome (David, Adrien)
lundi 10 octobre 14h30-17h : articles Atelier ChipSeq (Emilie, Laurent,Léa,Thomas)
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Examen 2016, partie E. Gaulin

Documents, partie C. Mathé

Documents, partie C. Albenne

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)