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Contents

Licence

Licence 2 Biologie - Automatisation d'Analyses de Données Biologiques (ED4BIORM)

Emploi du temps 2015-16

EDT L2 AADB
CM lundi 10-12h en U2-120 TP lundi 8-12h en 4TP4-P4as
semaine 3 - 18.01 U2-120 RB Bioinfo générale
semaine 4 - 25.01 U2-120 RB Bioinfo générale
semaine 5 - 01.02 U2-120 FD Imagerie
semaine 6 - 08.02 U2-120 FD Imagerie
semaine 7 - 15.02 4TP4-P4as FD ImageJ
semaine 8 - 22.02 U2-120 RB Système d'information...SQL
semaine 10 - 07.03 U2-120 RB SQL...Programmtion
semaine 11 - 14.03 4TP4-P4as RB Base résistance
semaine 12 - 21.03 U2-120 RB Programmation
semaine 14 - 04.04 4TP4-P4as RB Base résistance
semaine 15 - 11.04 4TP4-P4as RB Base résistance



Supports de cours 2014-15 :

Travaux pratiques 2013-14 :


Annales :



Licence 3 Biologie - Bioanalyse - MABS et BCP (EL6BIOFM)

Supports de cours :



Annales :


Supports de TD :



Licence 3 Informatique - UE d'ouverture Bioinformatique

Emploi du temps 2015-16

EDT L3 Info Biologie
mercredi 10-12h jeudi 18-20h
semaine 3 - 18.01 21/01
semaine 4 - 25.01 27/01 Cam Salle à déterminer
semaine 5 - 01.02 03/02 Cam Salle à déterminer 04/02
semaine 6 - 08.02 10/02 Barriot U2-209 11/02 Barriot U2-209
semaine 7 - 15.02 17/02 Barriot U2-209 18/02 Barriot U2-209 pour cause de réunion sur les masters
semaine 9 - 29.02 02/03 Barriot U2-209 03/03 Barriot U2-209
semaine 10 - 07.03 09/03 Barriot U2-209 10/03 Fichant U2-209
semaine 11 - 14.03 16/03 Fichant U2-209 17/03 Fichant U2-209
semaine 12 - 21.03 24/03 Barriot


Supports de cours:

Supports de TD:



Projets 2015 à rendre le 25 avril à Roland Barriot:

  • Les projets sont à réaliser individuellement (donc pas en groupe). 2 sujets vous sont proposés. Choisissez un sujet et inscrivez vous sur la page Répartition des projets. Attention: pas plus de 11 étudiants sur un même sujet avec comme priorité : premier arrivé, premier servi.
  • Projets 2015 - L3-Info transcriptome



Master

Master 1 - MABS

Evolution Moléculaire (EM7BMAAM)


Mathématique pour la Biologie (EM7BBSDM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD Modélisation
  • TD ACP
  • TD Probabilités


Projet 2015-16:


Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Traitement de données biologiques (EM7BMACM)

Support de cours:

Support de TD:

Liens

Fouille de données (EM7BBSCM)

Planning 2015-2016
date lieu
Jeudi 15 oct 10h-12h Einstein CM1 Intro
Jeudi 22 oct 10h-12h Einstein CM2 Classification 1
Jeudi 12 nov 10h-12h 1TP1-B08 CM3 Classification 2 (attention, changement de salle)
Jeudi 19 nov 10h-12h Einstein CM4 Clustering 1
Mercredi 25 nov 13h30-17h30 4TP4-P1 TP1 Classification (Knime, R ; Naive Bayes, Decision Tree, k-nn, X-validation)
Jeudi 26 nov 10h-12h Einstein CM5 Clustering 2
Mercredi 2 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP2 Classification (R, python ; LDA, k-nn)
Jeudi 3 déc 10h-12h Einstein CM6 Règles d'associations
Mercredi 9 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP3 Classification (python ; Naive Bayes)
Mercredi 16 déc 13h30-17h30 4TP4-P1 TP4 clustering
Jeudi 17 déc 10h-12h Einstein CM7 Règles d'associations

Support de cours:

Sujets de TD

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.

Harmonisation des Connaissances, partie Bioanalyse

  • Supports de cours

http://www.mabs.ups-tlse.fr/index.php/Ressources_pedagogique#Bioanalyse_.28EM7BMGD2.29

  • Controle Continu Décembre 2015

Controle Continu 2015_2016

  • Exemples d'examen terminal

2014_2015: Janvier 2015, Controle Terminal, session 1

Traitement de graphes et réseaux biologiques (EM8BBSDM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP Visualisation et parcours en profondeur
  • TP Parcours en largeur et plus court chemin
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Projets 2015-16

Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105

Technologies Web (EM8BBSAM)

supports cours
supports TP
Projet

Bioinformatique pour la Génomique et la Post-génomique (EM8BBSCM)

  • Cours et TP
  • Projets
  • Support de cours sur les réseaux de régulation. Quelques liens :
    • Banjo (inférence de réseaux bayésiens statiques et dynamiques) : http://www.cs.duke.edu/~amink/software/banjo/
    • Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles. (2007) Faith JJ, Hayete B, Thaden JT, Mogno I, Wierzbowski J, Cottarel G, Kasif S, Collins JJ, Gardner TS., PLoS Biol Lien PubMed
    • minet: A R/Bioconductor Package for Inferring Large Transcriptional Networks Using Mutual Information (2008) Patrick E Meyer, Frédéric Lafitte and Gianluca Bontempi, BMC Bioinformatics Lien
    • Gene regulatory network inference: data integration in dynamic models-a review. (2009) Hecker M, Lambeck S, Toepfer S, van Someren E, Guthke R., BioSystems Lien PubMed
    • Computational methods for discovering gene networks from expression data (2009) Wei-Po Lee and Wen-Shyong Tzou, Brief Bioinform Lien
  • TD Reconstruction de réseaux de régulation


Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Supports de Cours :

Master 1 - BioSanté

Génomique humaine et animale (EM8BMCAM)

Support de cours :

Supports de TD :




Master 2 - MABS parcours Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Intégration de données hétérogènes



Master 2R - BioSciences Végétales (http://www.m2rbsv.ups-tlse.fr)

Bioanalyse, Protéomique

TDs

Examen 2015 Documents, partie E. Gaulin

Documents, partie C. Mathé

Documents, partie C. Albenne



Master 2 Pro - Diagnostique


Autres

INSA





F.A.Q.