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Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)

Emploi du temps 2018-19

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris

EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
CM U4-211 TD TP
semaine 03 - 14.01 13h30-15h40 R. Barriot Bioinfo générale
semaine 04 - 21.01 13h30-15h40 F. Delavoie Imagerie 15h50-18h00 groupes BOPE & BCP en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe 2B2M en 4TP2-M6
semaine 05 - 28.01 13h30-15h40 R. Barriot Bases de Données 15h50-18h00 U2-114 & U2-118
semaine 06 - 04.02 13h30-15h40 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
15h50-18h00 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 07 - 11.02 13h30-15h40 M. Bonhomme 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 08 - 18.02 13h30-15h30 Contrôle continu en 2A-Grignard
semaine 10 - 04.03 13h30-15h40 G. Fichant SysBio 15h50-18h00 groupes GR.TP1&2 en 4TP2-M6 & M7
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP2-M6
semaine 11 - 11.03 13h30-15h40 GR.TD1 en U2-114
15h50-18h00 GR.TD2 en U2-114
semaine 13 - 25.03 13h30-15h40 groupe GR.TP1 en 4TP4-P0
15h50-18h00 groupe GR.TP2 en 4TP4-P0
18h10-20h20 groupe GR.TP3 en 4TP4-P0
semaine 15 - 08.04 13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé en U1-Mathis
semaine 26 - 25.06 7h45-9h45 Contrôle terminal session 2 en U3-104


Supports de cours

Sujets de TD/TP

Références

  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

BioAnalyse L3 BCP

Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)

Cours

TPs

Exemples de contrôle continu corrigé

BioAnalyse L3 2B2M

TPs


Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)

Initiation à la 'Bioanalyse'


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Contrôle continu



Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Supports de cours :

Support TP :

Support TD :

Exemple CC corrigé :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalisation du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 22 octobre. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

Sujets de TP :

  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités

Exam TP

Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Projet 2018-19:





Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP1 Visualisation et exploration de graphes
  • TP1-2-3-4 Librairie et parcours de graphes
  • TP4 Librairies R
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes
  • TP ancien Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph

Projets 2018-19

Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD/TP

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet

Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :

Supports de Cours : A venir...

Master 2

Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy

Supports de cours
Tutoriels de TP

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.

Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent sauf Fulya 1ère)
lundi 1 octobre 9h30-11h45 : articles Atelier ChipSeq article 1 : 9H30-11h00 (Fulya, Pierre-Louis, Coralie) article 2 : 11h-11h30 (Callum) Commentaires : 11h30-11h45
lundi 1 octobre 13h30-15h45 : articles Atelier Phylogénomique article 1 : 13H30-14h30 (Manon, Sebastian) article 2 : 14h30-15h30 (Justine, Marie) Commentaires : 15h30-15h45
mardi 2 octobre 9h30-10h45 : article Atelier Métabolomique article 1 : 9H30-10h30 (William, Julien) Commentaires : 10h30-10h45
mardi 2 octobre 10h45-12h00 : article Atelier Modélisation article 3 : 10h45-11h45 (Edi, Chris) Commentaires : 11h45-12h
mardi 2 octobre 13h30-15h35 : articles Atelier Modélisation article 1 : 13h30-14h30 (Elisabeth, Clément) article 2 : 14h30-15h30 (Younes, Cyril) Commentaires : 15h30-15h45
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Atelier Génétique Satistique - S. Boitard

Support de cours et TD:

TP :

Atelier Phylogénomique

Intervenants : Hélène Chiapello, Kathy.De-Sousa, Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique

Biologie des Systèmes - R. Barriot


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :

Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Culture

  • Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
  • Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
  • Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
  • Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
  • Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)