silico.biotoul.fr
 

L2-L3 Bioinfo - TP Traitement d'images

From silico.biotoul.fr

Revision as of 17:50, 23 January 2017 by Barriot (Talk | contribs)
Jump to: navigation, search

Contents

TP1 - Traitement d'images

Premier pas dans la segmentation par seuillage

Exercice 1 : objets individualisés

  1. Enregistrez l'image suivante (en notant où vous l'enregistrez) A4-dapi.tif puis ouvrez-la avec ImageJ.
  2. Sachant que 10 microns correspondent à 90 pixels, calibrez votre image en changeant la taille du pixel et l'unité de mesure (micron) dans le menu Analyze->Set Scale. Qu'observez-vous sur les indications de taille de l'image?
  3. Dupliquez l'image avant de commencer la segmentation par seuillage de l’image.
  4. Réalisez un seuillage sur l'image dupliquée de manière à segmenter les noyaux (Image->Adjust->Threshold). Attention, les objets d’intérêts doivent être rouges après exécution de la commande "Apply", vous obtenez une image binarisée.
  5. Avant de lancer une analyse d’objet de votre image binarisée, il est important d’indiquer au logiciel les mesures à réaliser parmi plusieurs choix. Pour cela, choisissez les paramètres à mesurer dans Analyze->Set Measurements :
    • l’aire,
    • le périmètre et
    • l'intensité moyenne.
  6. Réalisez les mesures sur l'image binarisée (Analyze->Analyze Particles). Vous pouvez choisir les tailles min et/ou max des objets à prendre en compte lors de l’analyse et ceci dans le champs Size (cm2), qui par défaut est de min =0 et max = infini. Cochez l'option Add to Manager. Le paramètre Exclude on Egdes est il nécessaire ?
  7. Les mesures géométriques sont-elles satisfaisantes? Et les mesures de l’intensité relative de fluorescence?
  8. Dans la fenêtre ROI Manager, cliquez sur show all afin d’appliquer les masques créés sur l’image d’origine puis cliquez sur Measure. Les mesures de l’intensité relative de fluorescence sont-elles satisfaisantes ?


Notion de MACRO

Exercice 2 : Pour l’instant, c’est simple

Nous allons créer une macro qui permet d’enchaîner les opérations suivantes : Ouverture de l’image A4_Dapi \Rightarrow Segmentation par seuillage de l’image \Rightarrow mesure des surfaces des noyaux \Rightarrow sauvegarde des résultats.

  1. Allez dans Plugins->Macros/Record
  2. Ouvrir l’image A4-dapi.tif. Observez la ligne de code dans la fenêtre Macro record
  3. Allez dans Image->Adjust->Threshold et adaptez le seuillage
  4. Analyze->Set Measurements \Rightarrow choisir l’aire
  5. Analyze->Set Scale
  6. Analyze->Analyze particles
  7. Enregistrez votre macro via la fenêtre Recorder en cliquant sur Create puis File->Save as-> EssaiMacro.txt
  8. Tester votre macro après avoir fermé tous vos fichiers : Plugins->Macros->Run-> EssaiMacro

Exercice 3: Bien réfléchir à sa macro

Créer une macro qui permettra

  1. d’ouvrir l’image A4_DAPI,
  2. de mesurer l’aire, le périmètre et l’intensité moyenne de fluorescence de chaque noyau et
  3. sauver les résultats.

Le fichier résultat ne devra comporter que 3 colonnes et 9 lignes correspondant aux 9 noyaux de l’image et aux 3 mesures c’est-à-dire aire, périmètre et intensité.

PS n°1 : Pour fermer la fenêtre Results :

if (isOpen("Results")) {
       selectWindow("Results");
       run("Close");
}

PS n°2 : Pour sauver automatiquement les résultats :

dir = getDirectory("image"); 
name = getTitle; 
index = lastIndexOf(name, "."); 
if (index!=-1) name = substring(name, 0, index); 
name = name + ".xls"; 
saveAs("Measurements", dir+name); 
print(dir+name);

Traitement semi-automatique d’images de plantules d’Arabette après traitement par une bactérie pathogène

Créer une macro permettant dans un premier temps d’avoir la surface foliaire totale d’Arabidopsis pour chacune des images de votre série puis dans un deuxième temps de connaître le nombre de feuilles de chaque plante ainsi que la surface foliaire de chaque feuille.

Où et comment mettre les données pour utilisation par TP suivant ??