M1 BBS Graphes TP Librairies R
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Revision as of 15:02, 8 December 2017
Contents |
Arbres
Il existe plusieurs librairies disponibles : ape, genoPlotR, ggtree, ... Celle choisie pour ce TP est ggtree.
ggtree
ggtree est une librairie R/Bioconductor pour la visualisation et l'annotation d'arbres phylogénétiques. Elle est basée sur ggplot2, une librairie pour faire des graphiques plus élaborés qu'avec la fonction plot de R, qu'il vous est conseillé d'expérimenter par vous-même.
Installation de la librairie
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ggtree")
read.tree au lien de read.newick (ape plus ancienne)
