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'''Remarque :''' <tt>read.tree</tt> au lien de <tt>read.newick</tt> (ape plus ancienne)
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Premier plot avec les paramètres par défaut
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N'affiche que l'arbre, sans les étiquettes ni autre.
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Et les étiquettes des noeuds internes :
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nodelabels = c(t$tip.label, t$node.label)
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ggtree(t)+ geom_tiplab(size=3) + geom_text2(aes(subset=!isTip, label=nodelabels), hjust=-.5, size=3)
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Affichage sans prendre en compte les longueurs de branche
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ggtree(t, branch.length="none")
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Différents algorithmes de dessin
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ggtree(t) + ggtitle("default: rectangular")
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ggtree(t, layout="slanted") + ggtitle("slanted")
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ggtree(t, layout="circular") + ggtitle("circular")
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Avec ou sans racine
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ggtree(t, layout="unrooted") + ggtitle("unrooted layout")
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Avec l'échelle pour les longueurs de branche
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ggtree(t) + geom_treescale()
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La même chose avec une thème différent et en stockant le plot dans une variable
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p = ggtree(t) + theme_tree2() + ggtitle("rectangular tree with branch lengths and scale")
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p
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p + geom_tiplab(size=3, color="orange")
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'''Ajout d'annotations'''
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Pour cette partie, allez sur https://itol.embl.de/itol.cgi pour télécharger l'arbre au format Newick.
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t = read.newick('iTOL.export.newick.txt')
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ggtree(t, layout="circular") + ggtitle("iTOL") + geom_tiplab(aes(angle=angle))+ geom_treescale()
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annotations :
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t$tip.label[1:10]
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t$node.label[1:10]
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Recherche des n° de sommets correspondants aux ancêtres des bactéries, eucaryotes, et archées :
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all=c(t$tip.label, t$node.label)
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which(all=='Bacteria')
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bacteria = which(all=='Bacteria')[1]
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which(all=='Eukaryota')
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eukaryota = which(all=='Eukaryota')[1]
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which(all=='Archaea')
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archaea = which(all=='Archaea')[1]
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plot avec l'annotation
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ggtree(t, layout="circular") +
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  ggtitle("iTOL") +
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  geom_tiplab(aes(angle=angle))  +
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  geom_hilight(node=bacteria, fill="steelblue", alpha=.1) +
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  geom_hilight(node=eukaryota, fill="pink", alpha=.1) +
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  geom_hilight(node=archaea, fill="green", alpha=.1)
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== Graphes ==
== Graphes ==

Revision as of 13:33, 11 December 2017

Contents

Arbres

Il existe plusieurs librairies disponibles : ape, genoPlotR, ggtree, ... Celle choisie pour ce TP est ggtree.

ggtree

ggtree est une librairie R/Bioconductor pour la visualisation et l'annotation d'arbres phylogénétiques. Elle est basée sur ggplot2, une librairie pour faire des graphiques plus élaborés qu'avec la fonction plot de R, qu'il vous est conseillé d'expérimenter par vous-même.

Installation de la librairie 

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")


Toy example. Télécharger au format SVG ou Newick.

Au format Newick : 

((B:0.2,J:0.4,(C:0.2,D:0.4,H:0.2,I:0.4)E:0.2)F:0.4,(K:0.2,L:0.4)G:0.2)A:0.2;

Remarque : read.tree au lien de read.newick (ape plus ancienne)


Premier plot avec les paramètres par défaut ```{r} ggtree(t) ```

N'affiche que l'arbre, sans les étiquettes ni autre. 

ggtree(t)+ geom_tiplab(size=3)

Et les étiquettes des noeuds internes : 

nodelabels = c(t$tip.label, t$node.label)
ggtree(t)+ geom_tiplab(size=3) + geom_text2(aes(subset=!isTip, label=nodelabels), hjust=-.5, size=3)

Affichage sans prendre en compte les longueurs de branche 

ggtree(t, branch.length="none")

Différents algorithmes de dessin 

ggtree(t) + ggtitle("default: rectangular")
ggtree(t, layout="slanted") + ggtitle("slanted")
ggtree(t, layout="circular") + ggtitle("circular")

Avec ou sans racine 

ggtree(t, layout="unrooted") + ggtitle("unrooted layout")

Avec l'échelle pour les longueurs de branche 

ggtree(t) + geom_treescale()

La même chose avec une thème différent et en stockant le plot dans une variable 

p = ggtree(t) + theme_tree2() + ggtitle("rectangular tree with branch lengths and scale")
p
p + geom_tiplab(size=3, color="orange")

Ajout d'annotations

Pour cette partie, allez sur https://itol.embl.de/itol.cgi pour télécharger l'arbre au format Newick. 

t = read.newick('iTOL.export.newick.txt')
ggtree(t, layout="circular") + ggtitle("iTOL") + geom_tiplab(aes(angle=angle))+ geom_treescale()

annotations : 

t$tip.label[1:10]
t$node.label[1:10]

Recherche des n° de sommets correspondants aux ancêtres des bactéries, eucaryotes, et archées : 

all=c(t$tip.label, t$node.label)
which(all=='Bacteria')
bacteria = which(all=='Bacteria')[1]
which(all=='Eukaryota')
eukaryota = which(all=='Eukaryota')[1]
which(all=='Archaea')
archaea = which(all=='Archaea')[1]

plot avec l'annotation 

ggtree(t, layout="circular") + 
  ggtitle("iTOL") + 
  geom_tiplab(aes(angle=angle))  + 
  geom_hilight(node=bacteria, fill="steelblue", alpha=.1) + 
  geom_hilight(node=eukaryota, fill="pink", alpha=.1) + 
  geom_hilight(node=archaea, fill="green", alpha=.1)

Graphes

igraph

visNetwork

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