M1 BBS Graphes TP Librairies R
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Arbres
Il existe plusieurs librairies disponibles : ape, genoPlotR, ggtree, ... Celle choisie pour ce TP est ggtree.
ggtree
ggtree est une librairie R/Bioconductor pour la visualisation et l'annotation d'arbres phylogénétiques. Elle est basée sur ggplot2, une librairie pour faire des graphiques plus élaborés qu'avec la fonction plot de R, qu'il vous est conseillé d'expérimenter par vous-même.
Installation de la librairie
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ggtree")
Au format Newick :
((B:0.2,J:0.4,(C:0.2,D:0.4,H:0.2,I:0.4)E:0.2)F:0.4,(K:0.2,L:0.4)G:0.2)A:0.2;
Remarque : read.tree au lien de read.newick (ape plus ancienne)
Premier plot avec les paramètres par défaut
```{r}
ggtree(t)
```
N'affiche que l'arbre, sans les étiquettes ni autre.
ggtree(t)+ geom_tiplab(size=3)
Et les étiquettes des noeuds internes :
nodelabels = c(t$tip.label, t$node.label) ggtree(t)+ geom_tiplab(size=3) + geom_text2(aes(subset=!isTip, label=nodelabels), hjust=-.5, size=3)
Affichage sans prendre en compte les longueurs de branche
ggtree(t, branch.length="none")
Différents algorithmes de dessin
ggtree(t) + ggtitle("default: rectangular") ggtree(t, layout="slanted") + ggtitle("slanted") ggtree(t, layout="circular") + ggtitle("circular")
Avec ou sans racine
ggtree(t, layout="unrooted") + ggtitle("unrooted layout")
Avec l'échelle pour les longueurs de branche
ggtree(t) + geom_treescale()
La même chose avec une thème différent et en stockant le plot dans une variable
p = ggtree(t) + theme_tree2() + ggtitle("rectangular tree with branch lengths and scale") p p + geom_tiplab(size=3, color="orange")
Ajout d'annotations
Pour cette partie, allez sur https://itol.embl.de/itol.cgi pour télécharger l'arbre au format Newick.
t = read.newick('iTOL.export.newick.txt') ggtree(t, layout="circular") + ggtitle("iTOL") + geom_tiplab(aes(angle=angle))+ geom_treescale()
annotations :
t$tip.label[1:10] t$node.label[1:10]
Recherche des n° de sommets correspondants aux ancêtres des bactéries, eucaryotes, et archées :
all=c(t$tip.label, t$node.label) which(all=='Bacteria') bacteria = which(all=='Bacteria')[1] which(all=='Eukaryota') eukaryota = which(all=='Eukaryota')[1] which(all=='Archaea') archaea = which(all=='Archaea')[1]
plot avec l'annotation
ggtree(t, layout="circular") + ggtitle("iTOL") + geom_tiplab(aes(angle=angle)) + geom_hilight(node=bacteria, fill="steelblue", alpha=.1) + geom_hilight(node=eukaryota, fill="pink", alpha=.1) + geom_hilight(node=archaea, fill="green", alpha=.1)
