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M1 Genomique Evolutive et Phylogenie - TP 2 Evolution proteine d'oomycete

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1/ Recherche dans les banques de domaines protéiques
1/ Recherche dans les banques de domaines protéiques

Revision as of 17:18, 16 February 2017

Introduction

Les oomycètes sont des microorganismes eucaryotes filamenteux, occasionnant d’importants dégâts sur les plantes de grande culture comme le soja ou la pomme de terre. Les analyses de phylogénie moléculaire ont permis de positionner les oomycètes dans l’ordre des Heterokonts avec pour plus proches voisins

  • les diatomées (Thalassossira pseudonana)
  • les algues brunes (Ectocarpus siliculosus).

Ainsi malgré leur ressemblance morphologique, les oomycètes sont phylogénétiquement distincts des Fungi (Champignons) qui appartiennent à l’ordre des Opisthokonts.

File:oomycete-arbre.jpg


De par leur position distincte par rapport aux champignons, les moyens de lutte phytosanitaire développés contre les champignons, restent peu efficaces envers les oomycètes. Ainsi nombreuses sont les recherches qui visent à mieux caractériser les acteurs moléculaires impliqués dans la virulence de ces microorganismes afin de développer des moyens de lutte plus efficace.

Objectifs et Contexte Scientifique du TP

L’équipe du Dr Jones à partir d’un milieu de culture de l’oomycète Phytophthora sojae (parasite du soja) a purifié la protéine Physo_12. L’équipe souhaite maintenant définir la fonction de cette protéine et son histoire évolutive, afin d’établir si Physo_12 pourrait être un facteur de virulence du microorganisme, c'est-à-dire une protéine qui faciliterait l’infection/colonisation de l’hôte végétal.

L’ensemble des exercices du TP a pour but de répondre à ces deux objectifs. Il est basé sur des travaux publiés par Richards et al., 2011, PNAS

Exercice 1

>Physo_12

MKVLFATALTAAAVAVASAAEFCDQWGQAKSGNYIIYNNLWGSSAANPGGKQCTALDSGS GDSVAWHTTWSWQGGDKSVKSFANAALEFDPVPLSEVKSIPSTMAYTVKSKGKAVTDVAY DLFTSSTAKGEKEFEIMIWLAALGGAGAISSTGKPIASTTIAGTEWSVYKGPNGSMMVYS FVASKQVENFEGDLLEFFNYLVKEQGFKTSQFLIKVECGTEPFVGTDVTMTVSKYSAAVN TSGGSSTPTQSGESSSSTEQTTTAPAASNTGSSAEQTTPAPAESNTGSSAEQTTPAPAGS DAGSSEEQTPSTPSTGSSTEQTTDAPAASNTGSSEETPSTGSSEETPSTGSSEETPATSD AGSSEETPATSSTGSSEETPVESSTGSSEQNPGQQEPSTPTTSSSSEETPSTETNPKCVL RRVRRE


>Physo_12 MKVLFATALTAAAVAVASAAEFCDQWGQAKSGNYIIYNNLWGSSAANPGGKQCTALDSGS GDSVAWHTTWSWQGGDKSVKSFANAALEFDPVPLSEVKSIPSTMAYTVKSKGKAVTDVAY DLFTSSTAKGEKEFEIMIWLAALGGAGAISSTGKPIASTTIAGTEWSVYKGPNGSMMVYS FVASKQVENFEGDLLEFFNYLVKEQGFKTSQFLIKVECGTEPFVGTDVTMTVSKYSAAVN TSGGSSTPTQSGESSSSTEQTTTAPAASNTGSSAEQTTPAPAESNTGSSAEQTTPAPAGS DAGSSEEQTPSTPSTGSSTEQTTDAPAASNTGSSEETPSTGSSEETPSTGSSEETPATSD AGSSEETPATSSTGSSEETPVESSTGSSEQNPGQQEPSTPTTSSSSEETPSTETNPKCVL RRVRRE


A partir de la séquence en acide aminé de Physo_12, établissez quelle peut-être la fonction putative de cette protéine. Pour cela, suivez la procédure décrite ci-dessous en utilisant la séquence de Physo_12

1/ Recherche dans les banques de domaines protéiques

  • utilisez InterProScan à l'EBI (Services => Proteins => InterProScan) pour identifier si la séquence Physo_12 contient des domaines protéiques
  • que signifie PF01670 et IPR002594
  • relevez la position des différents domaines prédits par PFAM

2/ Recherche de séquences 'signales'

  • utilisez SignalP3.0 à
  • que permet d'identifier ce logiciel ?
  • expliquez pourquoi les auteurs ont purfie Physo_12 à partir du milieu de culture de Phytophthora sojae
  • vérifiez au NCBI si Physo_12 est annotée comme une protéine sécrétée par le microorganisme

pour identifiez sivotre séquence d'intéret présente des séquences signa

. SignalP3.0

(

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ ) : définissez si Physo_12, purifiée à partir du milieu de culture de Phytophthora sojae , est prédite

comme une protéine sécrétée.

.NCBI

(

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ) : P hyso_12 est -elle déjà répertori ée dans les b anques de données. Si oui, quelle est son numéro d’ accession et son ’surnom’

dans Ge

nBank

? 

. Quelles informations supplémentaires, obtenez vous sur la fiche GenPept de Physo_12

? Enregistrez au 

format fasta, le transcrit de Physo_12. . Conclure