M1 MABS BBS Math TD Calcul Matriciel
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| + | CM=read.table("count_matrix.txt", sep="\t", header=TRUE, row.names=1) | ||
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Revision as of 09:01, 27 September 2011
Création d'une matrice
A = matrix( c(11, 12, 13, 21, 22, 23, 31, 32, 33), ncol=3, byrow=TRUE )
A partir d'un fichier File:Gold.metadata.txt :
G=read.table("gold.metadata.txt", sep="\t", header=TRUE) class(G)
G est un data frame ; les deux premières colonnes contiennent l'identifiant et le nom de l'organisme. Pour extraire la matrice de données (colonnes numériques), on fait :
as.matrix( G[ , 3:12] )
Cas de la matrice unité d'ordre n (notée In), exemple avec n = 3 :
I3 = diag(3)
Cas des vecteurs colonne ou ligne :
V = c(1, 0, 5) class(V) # obtention de la matrice vecteur colonne : as.matrix(V) # pour obtenir la matrice vecteur ligne, on fait la transposée du résultat pécédent : t( as.matrix(V) )
Opérations sur les matrices
- addition +, soustraction -, multiplication par un nombre *,
- produit : entre 2 matrices A et I3 : A %*% I3, entre une matrice A et un vecteur V A %*% V
- transposition : t(M)
Matrices de substitution PAM
Fichier contenant, le nombre de substitutions observées entre chaque paire d'acides aminés dans un lot de séquences préalablement alignées File:Count matrix.txt.
CM=read.table("count_matrix.txt", sep="\t", header=TRUE, row.names=1)
