http://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M1_Traitement_de_Donnees_Biologiques_-_TP_Intro_R&feed=atom&action=historyM1 Traitement de Donnees Biologiques - TP Intro R - Revision history2024-03-29T01:52:20ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.15.1http://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M1_Traitement_de_Donnees_Biologiques_-_TP_Intro_R&diff=9298&oldid=prevBonhomme at 12:35, 10 September 20222022-09-10T12:35:43Z<p></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 12:35, 10 September 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 197:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 197:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Avec la commande ci-dessus, si le fichier est dans le répertoire de travail, il va être chargé. Comme il n'est pas affecté à une variable, il va être affiché. Pour le garder en mémoire dans une variable, il faut le spécifier :</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Avec la commande ci-dessus, si le fichier est dans le répertoire de travail, il va être chargé. Comme il n'est pas affecté à une variable, il va être affiché. Pour le garder en mémoire dans une variable, il faut le spécifier :</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>croissance = read.table("croissance_plantes.txt", sep="\t",header=TRUE, stringsAsFactors = T) </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>croissance = read.table("croissance_plantes.txt", sep="\t", header=TRUE, stringsAsFactors=T) </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 197:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 197:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Avec la commande ci-dessus, si le fichier est dans le répertoire de travail, il va être chargé. Comme il n'est pas affecté à une variable, il va être affiché. Pour le garder en mémoire dans une variable, il faut le spécifier :</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Avec la commande ci-dessus, si le fichier est dans le répertoire de travail, il va être chargé. Comme il n'est pas affecté à une variable, il va être affiché. Pour le garder en mémoire dans une variable, il faut le spécifier :</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>croissance = read.table("croissance_plantes.txt", sep="\t",header=TRUE) </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>croissance = read.table("croissance_plantes.txt", sep="\t",header=TRUE<ins class="diffchange diffchange-inline">, stringsAsFactors = T</ins>) </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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</table>Bonhommehttp://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M1_Traitement_de_Donnees_Biologiques_-_TP_Intro_R&diff=9282&oldid=prevBarriot: /* Liens */2022-09-07T08:21:15Z<p><span class="autocomment">Liens</span></p>
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<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 301:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 301:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Site de R : http://www.r-project.org et sites miroirs (dont ceux en France) pour télécharger le logiciel et les librairies : https://cran.r-project.org/mirrors.html</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* RStudio : https://www.rstudio.com</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* RStudio : https://www.rstudio.com</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">* Utilisation de R depuis un navigateur : http://www.r-fiddle.org </del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Chargement des données avec l'adresse des fichiers</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Chargement des données avec l'adresse <ins class="diffchange diffchange-inline">(URL) </ins>des fichiers</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>croissance = read.table("http://silico.biotoul.fr/site/images/9/97/Croissance_plantes.txt", sep="\t",header=TRUE)</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>croissance = read.table("http://silico.biotoul.fr/site/images/9/97/Croissance_plantes.txt", sep="\t",header=TRUE)</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td></tr>
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</table>Barriothttp://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M1_Traitement_de_Donnees_Biologiques_-_TP_Intro_R&diff=9281&oldid=prevBarriot: /* Fonctions graphiques */2022-09-07T08:19:04Z<p><span class="autocomment">Fonctions graphiques</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 08:19, 7 September 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 285:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 285:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Ouverture d'une nouvelle fenêtre graphique ('''à ne pas inclure dans le fichier <del class="diffchange diffchange-inline">RMardown</del>''' car il sert à générer un fichier HTML qui ne peut pas ouvrir de fenêtre graphique) :</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Ouverture d'une nouvelle fenêtre graphique ('''à ne pas inclure dans le fichier <ins class="diffchange diffchange-inline">RMarkdown</ins>''' car il sert à générer un fichier HTML qui ne peut pas ouvrir de fenêtre graphique) :</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>x11()</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>x11()</div></td></tr>
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<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 285:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 285:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div></source></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Ouverture d'une nouvelle fenêtre graphique (à ne pas inclure dans le fichier RMardown car il sert à générer un fichier HTML qui ne peut pas ouvrir de fenêtre graphique) :</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Ouverture d'une nouvelle fenêtre graphique (<ins class="diffchange diffchange-inline">'''</ins>à ne pas inclure dans le fichier RMardown<ins class="diffchange diffchange-inline">''' </ins>car il sert à générer un fichier HTML qui ne peut pas ouvrir de fenêtre graphique) :</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><source lang='rsplus'></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>x11()</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>x11()</div></td></tr>
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</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 37:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 37:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Les variables (ou objets) permettent de stocker des données qui peuvent être :</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Les variables (ou objets) permettent de stocker des données qui peuvent être :</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une valeur simple de type numérique (<tt>numeric</tt>), logique (<tt>logical</tt>), chaîne de caractères (<tt>character</tt>) ou qualitative (<tt>factor</tt>).</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une valeur simple de type numérique (<tt>numeric</tt>), logique (<tt>logical</tt>), chaîne de caractères (<tt>character</tt>) ou qualitative (<tt>factor</tt>).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* une liste (appelée <tt>vector</tt>).</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* une liste (appelée <ins class="diffchange diffchange-inline">'''</ins><tt>vector</tt><ins class="diffchange diffchange-inline">'''</ins>).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, les colonnes pouvant avoir des types différents (<tt>data.frame</tt>). Ce sont les plus utilisés en statistiques.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, les colonnes pouvant avoir des types différents (<ins class="diffchange diffchange-inline">'''</ins><tt>data.frame</tt><ins class="diffchange diffchange-inline">'''</ins>). Ce sont les plus utilisés en statistiques.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, toutes les cases ayant le même type (<tt>matrix</tt>).</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, toutes les cases ayant le même type (<tt>matrix</tt>).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à plus de 2 dimensions (<tt>array</tt>).</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à plus de 2 dimensions (<tt>array</tt>).</div></td></tr>
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<tr valign='top'>
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</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 38:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 38:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une valeur simple de type numérique (<tt>numeric</tt>), logique (<tt>logical</tt>), chaîne de caractères (<tt>character</tt>) ou qualitative (<tt>factor</tt>).</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une valeur simple de type numérique (<tt>numeric</tt>), logique (<tt>logical</tt>), chaîne de caractères (<tt>character</tt>) ou qualitative (<tt>factor</tt>).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une liste (appelée <tt>vector</tt>).</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une liste (appelée <tt>vector</tt>).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, les colonnes pouvant avoir des types différents (<tt>data frame</tt>). Ce sont les plus utilisés en statistiques.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, les colonnes pouvant avoir des types différents (<tt>data<ins class="diffchange diffchange-inline">.</ins>frame</tt>). Ce sont les plus utilisés en statistiques.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, toutes les cases ayant le même type (<tt>matrix</tt>).</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, toutes les cases ayant le même type (<tt>matrix</tt>).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à plus de 2 dimensions (<tt>array</tt>).</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à plus de 2 dimensions (<tt>array</tt>).</div></td></tr>
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</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 40:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 40:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, les colonnes pouvant avoir des types différents (<tt>data frame</tt>). Ce sont les plus utilisés en statistiques.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, les colonnes pouvant avoir des types différents (<tt>data frame</tt>). Ce sont les plus utilisés en statistiques.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, toutes les cases ayant le même type (<tt>matrix</tt>).</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à 2 dimensions, toutes les cases ayant le même type (<tt>matrix</tt>).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à plus de 2 <del class="diffchange diffchange-inline">dimension </del>(<tt>array</tt>).</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* un tableau à plus de 2 <ins class="diffchange diffchange-inline">dimensions </ins>(<tt>array</tt>).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une combinaison des précédents (<tt>list</tt>).</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une combinaison des précédents (<tt>list</tt>).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 07:59, 7 September 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 13:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 13:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'>Créer un répertoire de travail sur le bureau (par exemple <tt>TDB-TP1_introduction</tt>) et commencez par télécharger le fichier source que vous allez utiliser et compléter pour générer le compte rendu de TP : [[Media:M1.TDB.TP_introduction_R.Rmd|M1.TDB.TP_introduction_R.Rmd]] (click droit de la souris -- enregistrer la cible sous...).</span></div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'>Créer un répertoire de travail sur le bureau (par exemple <tt>TDB-TP1_introduction</tt>) et commencez par télécharger le fichier source que vous allez utiliser et compléter pour générer le compte rendu de TP : [[Media:M1.TDB.TP_introduction_R.Rmd|M1.TDB.TP_introduction_R.Rmd]] (click droit de la souris -- enregistrer la cible sous...).</span></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'>Ouvrez le logiciel RStudio et chargez ce fichier puis lancez sa compilation pour voir le rendu comme dans la capture d'écran ci-dessus. Pour cela cliquez sur le bouton '''Knit HTML''' ou bien utilisez la combinaison de touches <tt>Ctrl + <del class="diffchange diffchange-inline">shift </del>+ K</tt>.</span></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000'>Ouvrez le logiciel RStudio et chargez ce fichier puis lancez sa compilation pour voir le rendu comme dans la capture d'écran ci-dessus. Pour cela cliquez sur le bouton '''Knit HTML''' ou bien utilisez la combinaison de touches <tt>Ctrl + <ins class="diffchange diffchange-inline">Shift </ins>+ K</tt>.</span></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Vous verrez que si la compilation est réussie, un fichier <tt>M1.TDB.TP_introduction_R.html</tt> va être généré dans le même répertoire que le fichier <tt>M1.TDB.TP_introduction_R.Rmd</tt> que vous avez téléchargé.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Vous verrez que si la compilation est réussie, un fichier <tt>M1.TDB.TP_introduction_R.html</tt> va être généré dans le même répertoire que le fichier <tt>M1.TDB.TP_introduction_R.Rmd</tt> que vous avez téléchargé.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Pour insérer du code R dans votre fichier .Rmd (donc dans votre compte-rendu), on utilise ces balises:</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Pour insérer du code R dans votre fichier .Rmd (donc dans votre compte-rendu), on utilise ces balises:</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"><tt></ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>```{r}</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>```{r}</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 24:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 25:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>```</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>```</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></tt></ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Vous pouvez aussi insérer ces balises en cliquant sur</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Vous pouvez aussi insérer ces balises en cliquant sur</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>[[Image:M1.TDB.RStudio-insert_Rcode_screenshot.jpg|link=]]</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>[[Image:M1.TDB.RStudio-insert_Rcode_screenshot.jpg|link=]]</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>= Utilisation et calculs avec du code R =</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>= Utilisation et calculs avec du code R =</div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 01:52:20 -->
</table>Barriothttp://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M1_Traitement_de_Donnees_Biologiques_-_TP_Intro_R&diff=9255&oldid=prevBonhomme at 12:48, 2 September 20222022-09-02T12:48:21Z<p></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
<col class='diff-marker' />
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 12:48, 2 September 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 294:</td>
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<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* <tt>Copy to Clipboard...</tt> : copie en mémoire (presse papier). Essayez de le coller par exemple dans MsWord, Powerpoint ou LibreOffice.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* <tt>Copy to Clipboard...</tt> : copie en mémoire (presse papier). Essayez de le coller par exemple dans MsWord, Powerpoint ou LibreOffice.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000;'>Ajoutez tout cela au compte rendu de TP avant de l'envoyer à votre enseignant par mail ([mailto:maxime.bonhomme@univ-tlse3.fr maxime.bonhomme@univ-tlse3.fr] ou [mailto:roland.barriot@univ-tlse3.fr roland.barriot@univ-tlse3.fr]). Le compte rendu est à envoyer '''avant la séance du TP2'''. Envoyez les 2 fichiers (.Rmd et .html). Envoyez-vous aussi le mail en copie pour pouvoir vérifier que tout est bien passé. Mettez un titre tel que "Compte rendu TP1 TDB de -et votre Nom et Prénom-". '''Votre compte-rendu ne doit pas être un simple "copié-collé" des commandes. Nous attendons une mise en forme correcte (titres, sous-titres, paragraphes, ...), des commentaires (notamment sur les résultats des commandes), des essais de votre part pour améliorer par exemple la visualisation d'un graphique; bref une personnalisation de votre compte-rendu !'''</span></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><span style='color: #990000;'>Ajoutez tout cela au compte rendu de TP avant de l'envoyer à votre enseignant par mail ([mailto:maxime.bonhomme@univ-tlse3.fr maxime.bonhomme@univ-tlse3.fr] ou [mailto:roland.barriot@univ-tlse3.fr roland.barriot@univ-tlse3.fr]). Le compte rendu est à envoyer '''avant la séance du TP2'''. Envoyez les 2 fichiers (.Rmd et .html). Envoyez-vous aussi le mail en copie pour pouvoir vérifier que tout est bien passé. Mettez un titre tel que "Compte rendu TP1 TDB de -et votre Nom et Prénom-". '''Votre compte-rendu ne doit pas être un simple "copié-collé" des commandes. Nous attendons une mise en forme correcte (titres, sous-titres, paragraphes, ...), des commentaires (notamment sur les résultats des commandes), des essais de votre part pour améliorer par exemple la visualisation d'un graphique<ins class="diffchange diffchange-inline">, ou pour rechercher des fonctions R alternatives ou complémentaires à ce qui est proposé</ins>; bref une personnalisation de votre compte-rendu !'''</span></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>= Liens =</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>= Liens =</div></td></tr>
<!-- diff generator: internal 2024-03-29 01:52:20 -->
</table>Bonhomme