http://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M2BBS_GDNS-APG_-_Projets&feed=atom&action=historyM2BBS GDNS-APG - Projets - Revision history2024-03-29T02:39:55ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.15.1http://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M2BBS_GDNS-APG_-_Projets&diff=10100&oldid=prevBarriot: /* Analyse d'un ensemble de gènes d'intérêt fourni */2023-10-05T14:20:18Z<p><span class="autocomment">Analyse d'un ensemble de gènes d'intérêt fourni</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 14:20, 5 October 2023</td>
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<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 68:</td>
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<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=== Analyse d'un ensemble de gènes d'intérêt fourni ===</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=== Analyse d'un ensemble de gènes d'intérêt fourni ===</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Chaque étudiant·e fera l'analyse d'un ensemble de gènes fourni. Les ensembles sont disponibles au téléchargement à l'adresse suivante : [[silico:enseignement/m2bbs/gdns-ap/query.sets.projet/|query sets pour le projet]]. Le numéro correspondant à chaque étudiant (son numéro en <del class="diffchange diffchange-inline">P0</del>) fait partie du nom du fichier. Par exemple, la personne qui est habituellement sur le pc7 prendra le fichier set.M2.7.txt (<del class="diffchange diffchange-inline">cf. [http:</del>/<del class="diffchange diffchange-inline">/silico.biotoul.fr/p/M2BBS_-_Atelier_Syst%C3%A8me#Configuration_r.C3.A9seau plan]</del>)<del class="diffchange diffchange-inline">. Consultez-moi si ce n'est pas suffisamment clair</del>.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Chaque étudiant·e fera l'analyse d'un ensemble de gènes fourni. Les ensembles sont disponibles au téléchargement à l'adresse suivante : [[silico:enseignement/m2bbs/gdns-ap/query.sets.projet/|query sets pour le projet]]. Le numéro correspondant à chaque étudiant (son numéro <ins class="diffchange diffchange-inline">de PC </ins>en <ins class="diffchange diffchange-inline">U2-207</ins>) fait partie du nom du fichier. Par exemple, la personne qui est habituellement sur le pc7 prendra le fichier set.M2.7.txt <ins class="diffchange diffchange-inline">Il ne doit donc pas y avoir 2 étudiants avec le même set </ins>(<ins class="diffchange diffchange-inline">les places attribuées</ins>/<ins class="diffchange diffchange-inline">choisies en début d'année servent de référence</ins>). </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>L'analyse consiste à caractériser l'ensemble de gènes fourni par les méthodes d'enrichissement ou de sur-représentation statistique (script réalisé plus haut) en interrogeant l'ensemble des données intégrées dans votre base de données Neo4J. Une fois les recherches effectuées, il faudra synthétiser et commenter les informations retenues comme pertinentes à l'aide, éventuellement, d'illustrations comme celles présentées en cours.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>L'analyse consiste à caractériser l'ensemble de gènes fourni par les méthodes d'enrichissement ou de sur-représentation statistique (script réalisé plus haut) en interrogeant l'ensemble des données intégrées dans votre base de données Neo4J. Une fois les recherches effectuées, il faudra synthétiser et commenter les informations retenues comme pertinentes à l'aide, éventuellement, d'illustrations comme celles présentées en cours.</div></td></tr>
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</table>Barriothttp://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M2BBS_GDNS-APG_-_Projets&diff=10099&oldid=prevBarriot: /* Calendrier */2023-10-05T14:12:49Z<p><span class="autocomment">Calendrier</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 14:12, 5 October 2023</td>
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<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>== Calendrier ==</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>== Calendrier ==</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>La date de remise du rapport est fixée au '''<del class="diffchange diffchange-inline">13 </del>novembre <del class="diffchange diffchange-inline">2022</del>'''. Envoi par mail ou lien vers une archive à télécharger comprenant au minimum :</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>La date de remise du rapport est fixée au '''<ins class="diffchange diffchange-inline">5 </ins>novembre <ins class="diffchange diffchange-inline">2023</ins>'''. Envoi par mail ou lien vers une archive à télécharger comprenant au minimum :</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* le rapport au format PDF,</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* le rapport au format PDF,</div></td></tr>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 16:49, 11 October 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 68:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 68:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=== Analyse d'un ensemble de gènes d'intérêt fourni ===</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>=== Analyse d'un ensemble de gènes d'intérêt fourni ===</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Chaque étudiant·e fera l'analyse d'un ensemble de gènes fourni. Les ensembles sont disponibles au téléchargement à l'adresse suivante : [[silico:enseignement/m2bbs/<del class="diffchange diffchange-inline">idh/2021</del>/query.sets.projet/|query sets pour le projet]]. Le numéro correspondant à chaque étudiant (son numéro en P0) fait partie du nom du fichier. Par exemple, <del class="diffchange diffchange-inline">Natacha </del>qui est habituellement sur le pc7 prendra le fichier set.M2.7<del class="diffchange diffchange-inline">.txt, et Mathias, normalement, sur le pc9 prendra le fichier... set.M2.9</del>.txt (cf. [http://silico.biotoul.fr/p/M2BBS_-_Atelier_Syst%C3%A8me#Configuration_r.C3.A9seau plan]). Consultez-moi si ce n'est pas suffisamment clair.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Chaque étudiant·e fera l'analyse d'un ensemble de gènes fourni. Les ensembles sont disponibles au téléchargement à l'adresse suivante : [[silico:enseignement/m2bbs/<ins class="diffchange diffchange-inline">gdns-ap</ins>/query.sets.projet/|query sets pour le projet]]. Le numéro correspondant à chaque étudiant (son numéro en P0) fait partie du nom du fichier. Par exemple, <ins class="diffchange diffchange-inline">la personne </ins>qui est habituellement sur le pc7 prendra le fichier set.M2.7.txt (cf. [http://silico.biotoul.fr/p/M2BBS_-_Atelier_Syst%C3%A8me#Configuration_r.C3.A9seau plan]). Consultez-moi si ce n'est pas suffisamment clair.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>L'analyse consiste à caractériser l'ensemble de gènes fourni par les méthodes d'enrichissement ou de sur-représentation statistique (script réalisé plus haut) en interrogeant l'ensemble des données intégrées dans votre base de données Neo4J. Une fois les recherches effectuées, il faudra synthétiser et commenter les informations retenues comme pertinentes à l'aide, éventuellement, d'illustrations comme celles <del class="diffchange diffchange-inline">résentées </del>en cours.</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>L'analyse consiste à caractériser l'ensemble de gènes fourni par les méthodes d'enrichissement ou de sur-représentation statistique (script réalisé plus haut) en interrogeant l'ensemble des données intégrées dans votre base de données Neo4J. Une fois les recherches effectuées, il faudra synthétiser et commenter les informations retenues comme pertinentes à l'aide, éventuellement, d'illustrations comme celles <ins class="diffchange diffchange-inline">présentées </ins>en cours.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>== Rapport à rendre ==</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>== Rapport à rendre ==</div></td></tr>
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</table>Barriothttp://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M2BBS_GDNS-APG_-_Projets&diff=9365&oldid=prevBarriot: /* Calendrier */2022-10-11T16:04:45Z<p><span class="autocomment">Calendrier</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 16:04, 11 October 2022</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>== Calendrier ==</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>== Calendrier ==</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>La date de remise du rapport est fixée au '''<del class="diffchange diffchange-inline">14 </del>novembre <del class="diffchange diffchange-inline">2021</del>'''. Envoi par mail ou lien vers une archive à télécharger comprenant au minimum :</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>La date de remise du rapport est fixée au '''<ins class="diffchange diffchange-inline">13 </ins>novembre <ins class="diffchange diffchange-inline">2022</ins>'''. Envoi par mail ou lien vers une archive à télécharger comprenant au minimum :</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* le rapport au format PDF,</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* le rapport au format PDF,</div></td></tr>
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</table>Barriothttp://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M2BBS_GDNS-APG_-_Projets&diff=8867&oldid=prevBarriot: /* Loi hypergéométrique */2021-12-07T07:55:53Z<p><span class="autocomment">Loi hypergéométrique</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 07:55, 7 December 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 53:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 53:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==== Loi hypergéométrique ====</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==== Loi hypergéométrique ====</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Il s'agit d'ajouter une mesure basée sur la loi hypergéométrique (aussi appelée, selon le contexte, test exact de <del class="diffchange diffchange-inline">Ficher</del>). Cela correspond à considérer les 2 ensembles ''Q'' et ''T'' comme 2 échantillons aléatoires, avec remise (loi binomiale) ou sans remise (loi hypergéométrique), et de calculer la probabilité d'avoir au moins autant d'éléments ''C'' en commun (par hasard).</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Il s'agit d'ajouter une mesure basée sur la loi hypergéométrique (aussi appelée, selon le contexte, test exact de <ins class="diffchange diffchange-inline">Fisher</ins>). Cela correspond à considérer les 2 ensembles ''Q'' et ''T'' comme 2 échantillons aléatoires, avec remise (loi binomiale) ou sans remise (loi hypergéométrique), et de calculer la probabilité d'avoir au moins autant d'éléments ''C'' en commun (par hasard).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><!--==== Information mutuelle ====</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><!--==== Information mutuelle ====</div></td></tr>
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</table>Barriothttp://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M2BBS_GDNS-APG_-_Projets&diff=8708&oldid=prevBarriot: /* Rapport à rendre */2021-10-28T15:06:37Z<p><span class="autocomment">Rapport à rendre</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 15:06, 28 October 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 90:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 90:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** bilan : quelle mesure utiliser de préférence, pourquoi</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** bilan : quelle mesure utiliser de préférence, pourquoi</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** perspectives d'amélioration</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** perspectives d'amélioration</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* analyse de l'ensemble de gènes fourni</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">** résultats obtenus par la recherche d'enrichissement</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">** discussion et commentaires sur ce qui caractérise cet ensemble, avec, illustrations si pertinentes et utiles</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* bilan personnel sur le projet et l'UE : motivations ? critiques ? suggestions ? apports ? ... ?</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* bilan personnel sur le projet et l'UE : motivations ? critiques ? suggestions ? apports ? ... ?</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
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</table>Barriothttp://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M2BBS_GDNS-APG_-_Projets&diff=8707&oldid=prevBarriot: /* Rapport à rendre */2021-10-28T15:04:17Z<p><span class="autocomment">Rapport à rendre</span></p>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 15:04, 28 October 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 90:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 90:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** bilan : quelle mesure utiliser de préférence, pourquoi</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** bilan : quelle mesure utiliser de préférence, pourquoi</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** perspectives d'amélioration</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** perspectives d'amélioration</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* bilan personnel sur <del class="diffchange diffchange-inline">cette partie du </del>projet et <del class="diffchange diffchange-inline">sur cette </del>UE : motivations ? critiques ? suggestions ? apports ? ... ?</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* bilan personnel sur <ins class="diffchange diffchange-inline">le </ins>projet et <ins class="diffchange diffchange-inline">l'</ins>UE : motivations ? critiques ? suggestions ? apports ? ... ?</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Contraintes :</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Contraintes :</div></td></tr>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 15:02, 28 October 2021</td>
</tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 77:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 77:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une brève introduction générale décrivant le contexte, les objectifs et le plan de ce qui suit.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* une brève introduction générale décrivant le contexte, les objectifs et le plan de ce qui suit.</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* intégration et préparation des données</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* intégration et préparation des données</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>** données <del class="diffchange diffchange-inline">utilisées </del>(sans oublier les versions)</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>** données<ins class="diffchange diffchange-inline">, librairies et programmes utilisés </ins>(sans oublier les versions)</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** choix effectués lors de l'intégration</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** choix effectués lors de l'intégration</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** statistiques descriptives sur les données intégrées (ex: nombre de gènes, GOTerms, références PubMed, ''etc.'', et nombre de liens entre ces entités, distributions des échantillons et graphiques d'illustration, ''etc.'')</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>** statistiques descriptives sur les données intégrées (ex: nombre de gènes, GOTerms, références PubMed, ''etc.'', et nombre de liens entre ces entités, distributions des échantillons et graphiques d'illustration, ''etc.'')</div></td></tr>
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<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 15:02, 28 October 2021</td>
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<tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 69:</td>
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<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Chaque étudiant·e fera l'analyse d'un ensemble de gènes fourni. Les ensembles sont disponibles au téléchargement à l'adresse suivante : [[silico:enseignement/m2bbs/idh/2021/query.sets.projet/|query sets pour le projet]]. Le numéro correspondant à chaque étudiant (son numéro en P0) fait partie du nom du fichier. Par exemple, Natacha qui est habituellement sur le pc7 prendra le fichier set.M2.7.txt, et Mathias, normalement, sur le pc9 prendra le fichier... set.M2.9.txt (cf. [http://silico.biotoul.fr/p/M2BBS_-_Atelier_Syst%C3%A8me#Configuration_r.C3.A9seau plan]). Consultez-moi si ce n'est pas suffisamment clair.</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>Chaque étudiant·e fera l'analyse d'un ensemble de gènes fourni. Les ensembles sont disponibles au téléchargement à l'adresse suivante : [[silico:enseignement/m2bbs/idh/2021/query.sets.projet/|query sets pour le projet]]. Le numéro correspondant à chaque étudiant (son numéro en P0) fait partie du nom du fichier. Par exemple, Natacha qui est habituellement sur le pc7 prendra le fichier set.M2.7.txt, et Mathias, normalement, sur le pc9 prendra le fichier... set.M2.9.txt (cf. [http://silico.biotoul.fr/p/M2BBS_-_Atelier_Syst%C3%A8me#Configuration_r.C3.A9seau plan]). Consultez-moi si ce n'est pas suffisamment clair.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">L'analyse consiste à caractériser l'ensemble de gènes fourni par les méthodes d'enrichissement ou de sur-représentation statistique (script réalisé plus haut) en interrogeant l'ensemble des données intégrées dans votre base de données Neo4J. Une fois les recherches effectuées, il faudra synthétiser et commenter les informations retenues comme pertinentes à l'aide, éventuellement, d'illustrations comme celles résentées en cours.</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>== Rapport à rendre ==</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>== Rapport à rendre ==</div></td></tr>
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</table>Barriothttp://silico.biotoul.fr/site/index.php?title=M2BBS_GDNS-APG_-_Projets&diff=8704&oldid=prevBarriot: /* Loi hypergéométrique */2021-10-28T14:58:13Z<p><span class="autocomment">Loi hypergéométrique</span></p>
<table style="background-color: white; color:black;">
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<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 14:58, 28 October 2021</td>
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<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==== Loi hypergéométrique ====</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==== Loi hypergéométrique ====</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Il s'agit d'ajouter une mesure basée sur la loi hypergéométrique (aussi appelée, selon le contexte, test exact de Ficher). Cela correspond à considérer les 2 ensembles Q et T comme 2 échantillons aléatoires, avec remise (loi binomiale) ou sans remise (loi hypergéométrique), et de calculer la probabilité d'avoir au moins autant d'éléments C en commun (par hasard).</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Il s'agit d'ajouter une mesure basée sur la loi hypergéométrique (aussi appelée, selon le contexte, test exact de Ficher). Cela correspond à considérer les 2 ensembles <ins class="diffchange diffchange-inline">''</ins>Q<ins class="diffchange diffchange-inline">'' </ins>et <ins class="diffchange diffchange-inline">''</ins>T<ins class="diffchange diffchange-inline">'' </ins>comme 2 échantillons aléatoires, avec remise (loi binomiale) ou sans remise (loi hypergéométrique), et de calculer la probabilité d'avoir au moins autant d'éléments <ins class="diffchange diffchange-inline">''</ins>C<ins class="diffchange diffchange-inline">'' </ins>en commun (par hasard).</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><!--==== Information mutuelle ====</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div><!--==== Information mutuelle ====</div></td></tr>
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</table>Barriot