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M2P Bioinfo - Projet Transcriptome

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Revision as of 14:45, 24 December 2009

Vous trouverez sur vulcain 3 fichiers .gpr à analyser (chercher sur mon compte /home/barriot/...). Il s'agit de 3 puces obtenues pour E. coli correspondant à 3 réplicats où l'on a comparé la souche sauvage et un mutant knock-out (la sauvage étant le canal Cy3). Le travail à réaliser est une analyse différentielle de ces puces comme effectuée en TD. Le document à rendre comprend :

  • les lignes de commandes R intercalées avec les résultats et graphiques obtenus
  • les fichiers annexes utilisés (targets, types de spot, ...)
  • la caractérisation des gènes différentiellement exprimés identifiés.

Concernant l'analyse, le document devra comprendre les étapes suivantes et la justification des choix effectués au moyen de graphiques ou autres statistiques :

  • fonction et taux de filtrage,
  • analyse du bruit de fond (éventuellement sélection des puces/données à utiliser),
  • normalisation et choix des méthodes utilisées (distribution des intensités, MA-plot, ...),
  • identification des gènes différentiellement exprimés et volcano plot.

Il vous faudra aussi joindre un fichier contenant la liste des gènes différentiellement exprimés.