M2R BV
From silico.biotoul.fr
Introduction
Le but de ce TD est de se familiariser avec les concepts et les outils de biologie moléculaire nécessaires à l’analyse de séquences nucléiques. Ces approches vous seront utiles pendant le M2R BioSciences Végétales dans le cadre de l’analyse de publications scientifiques et/ou au cours de votre stage. Les exercices s’appuient sur une étude menée actuellement sur le campus Toulousain dans l’UMR5546 et font appel aux moyens disponibles sur le site du Pôle de Biotechnologie Végétale de Toulouse. Ainsi l’ensemble des outils utilisés au cours de ce travail sera accessible depuis les ordinateurs de vos différentes équipes d’accueil du M2R.
pDRAW (http://www.acaclone.com/) sera utilié comme logiciels pour ce TD, d'autres logiciels (exemple: Serial Cloner http://serialbasics.free.fr/Serial_Cloner.html, CLC http://www.clcbio.com/products/clc-main-workbench/) seront également disponibles dans vos équipes d'accueil.
Contexte Scientifique du TD
Une étude biochimique a permis d’isoler une protéine pariétale de l’oomycète Phytophthora parasitica, parasite racinaire de nombreuses solanacées. Cette protéine, nommée CBEL, est reconnue par la plante (=effecteur), entraînant une mort localisée de certaines cellules végétales. Cette reconniassance est liée à la présence de 2 motifs de fixation à la cellulose ou CBD (Cellulose Binding Domain). Afin d’identifier les autres régions de CBEL reconnues par la plante hôte, on se propose de réaliser des délétions sériées de la molécule et de tester l’activité des molécules par expression transitoire dans des feuilles de Tabac. Pour cela, on va dans un premier temps cloner CBEL dans le vecteur d’expression pVX (virus X de la pomme de terre) pour obtenir le vecteur pVX-CBEL.
Différentes étapes seront réalisées pour mener à bien ce projet.
Etape 1 : choix des enzymes de restriction Etape 2 : création d'une carte du plasmide/vecteur Etape 3 : identification des clones recombinants Etape 4 : définition d'amorce Etape 5 : séquençage Etape 6 : analyse des résultats
