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TD1 Bioanalyse

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OBJECTIFS DU TP

   Etre capable de retrouver une séquence dont on connait le numéro d'accession dans sa banque
   Savoir comment s'organisent les fiches des séquences, et où y chercher les informations
   Etre capable de trouver une ou des séquences à l'aide de mots clés ciblant des champs spécifiques
   Naviguer entre les banques, changer de format, télécharger des séquences

EXERCICE 1 : Accéder à une séquence prédéfinie dans les banques

1/ Aller sur le site d'UniProt : chercher la séquence P01308.

  • De quelle protéine s'agit-il ? chez quel organisme ?
  • Quelle est la taille de cette séquence ?
  • Que sont les "VARIANT" ?
  • Y a-t-il des preuves expérimentales de l'existence de cette protéine ?
  • Est-elle dans UniProt-trEMBL ou UniProt-SwissProt ?
  • Dans quels processus intervient cette protéine ? Cliquer sur des liens de la GO et aller voir l'onglet Ancestor Chart

Faire afficher le format UniProtKB en cliquant sur Format => Text en haut de la page

2/ Sur le site du NCBI : chercher (via Entrez) la même séquence.

  • Quels sont les résultats ?
  • Cliquer sur Protein : la séquence est ici au format GenPept
  • Revenez aux résultats et cliquer sur Gene : regarder l'entrée INS, en particulier la partie NCBI Reference Sequences : combien de variants d'épissage ? et dans Related Sequences : combien d'ARNm ?
  • Regarder la séquence génomique RefSeq NG_007114 (format Genbank) : combien d'exons composent ce gène ? combien interrompent la séquence codante ?

EXERCICE 2 : Recherche dans les banques via l'utilisation de mots clés

Quand on rentre plusieurs mots clés, par défaut, le système de requête utilise l'opérateur AND. Vous pouvez aussi combiner les mots avec OR ou NOT.

1/ Sur le serveur du NCBI, identifiez :

  • toutes les séquences de l'oomycète Phytophthora (parasite de la pomme de terre) : combien sont-elles ?
  • les séquences protéiques de Phytophthora parasitica correspondant à des éliciteurs (molécules capables d'induire les réponses immunitaires chez les végétaux)

Pour cela utiliser ENTREZ, et si vous ne voulez rechercher que dans la banque protéique, cliquer sur Protein, puis utiliser l'option Advanced. A l'aide de l'outil Search builder préciser les champs (Organism, Title...) et conjuguer vos requêtes. L'historique de vos requêtes est disponible en dessous et vous pouvez combinez des résultats de requêtes précédentes avec les mêmes opérateurs AND, OR et NOT.