silico.biotoul.fr
 

TD2 Genome Selection Plantes

From silico.biotoul.fr

(Difference between revisions)
Jump to: navigation, search
(Created page with '==Objectifs== == Comparaison de 2 sequences avec une matrice de point== * Sur le site du [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI], recherchez les protéines codées par le gène BCL…')
(Comparaison de 2 sequences avec une matrice de point)
Line 1: Line 1:
==Objectifs==
==Objectifs==
-
== Comparaison de 2 sequences avec une matrice de point==
+
== Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot) ==
-
* Sur le site du [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI], recherchez les protéines codées par le gène BCL2.
+
* Rechercher les 2 isoformes d'un gène BCL2 humain, référencées sous les numeros d'accession NP_000624 et NP_000648.
-
: Combien en avez-vous ? Sélectionnez celles qui proviennent du génome humain.
+
-
 
+
-
 
+
-
* Restreindre la recherche aux séquences contenues dans la banque RefSeq.
+
-
: Vous devriez maintenant avoir au moins les 2 isoformes NP_000624 et NP_000648.
+
* Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot). Les logiciels sont disponibles dans la suite [http://vm-bioinfo.toulouse.inra.fr/emboss/ EMBOSS].
* Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot). Les logiciels sont disponibles dans la suite [http://vm-bioinfo.toulouse.inra.fr/emboss/ EMBOSS].
:Utiliser '''DOTPATH''' qui permet de dessiner un '''dotplot''' avec une taille de mot fixée.
:Utiliser '''DOTPATH''' qui permet de dessiner un '''dotplot''' avec une taille de mot fixée.
:Que pouvez-vous conclure ?
:Que pouvez-vous conclure ?

Revision as of 12:13, 28 September 2016

Objectifs

Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot)

  • Rechercher les 2 isoformes d'un gène BCL2 humain, référencées sous les numeros d'accession NP_000624 et NP_000648.
  • Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot). Les logiciels sont disponibles dans la suite EMBOSS.
Utiliser DOTPATH qui permet de dessiner un dotplot avec une taille de mot fixée.
Que pouvez-vous conclure ?