TD2 Genome Selection Plantes
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* Que pouvez vous dire sur ces 2 séquences ? | * Que pouvez vous dire sur ces 2 séquences ? | ||
| - | * Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot). Les logiciels sont disponibles dans la suite [http://vm-bioinfo.toulouse.inra.fr/emboss/ EMBOSS]. | + | * Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot). |
| + | Les logiciels sont disponibles dans la suite [http://vm-bioinfo.toulouse.inra.fr/emboss/ EMBOSS]. | ||
:Utiliser '''DOTPATH''' qui permet de dessiner un '''dotplot''' avec une taille de mot fixée. | :Utiliser '''DOTPATH''' qui permet de dessiner un '''dotplot''' avec une taille de mot fixée. | ||
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| + | Votre alignement est-il significatif ? | ||
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| + | * Faites un alignement local avec '''Matcher''' disponible sur EMBOSS | ||
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| + | Demandez à voir d'autres alignements.<br/> | ||
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Revision as of 12:24, 28 September 2016
Objectifs
Ce TD a pour but d'apprendre a comparer des séqunces deux a deux via différentes methodes (matrice de point, alignement global et local)
Exercice 1 : Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot)
- Rechercher les 2 séquences enregistrées sous les numéros d'accession P10415 et Q64373
- Que pouvez vous dire sur ces 2 séquences ?
- Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot).
Les logiciels sont disponibles dans la suite EMBOSS.
- Utiliser DOTPATH qui permet de dessiner un dotplot avec une taille de mot fixée.
- Que pouvez-vous conclure ?
Alignement local et alignement global
Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement qui permettant d'évaluer la significativité de l'alignement
- Faites un alignement global entre les 2 séquences avec Needle disponible sur EMBOSS
Qu'observez vous ?
Combien y a-t-il de gaps ? A quoi correspondent-ils ?
A quoi correspond le pourcentage de similarité ?
Quels sont les paramètres de calcul du score ?
Votre alignement est-il significatif ?
- Faites un alignement local avec Matcher disponible sur EMBOSS
Qu'observez-vous ?
Demandez à voir d'autres alignements.
Puis modifier les paramètres du score.
