TD2 Genome Selection Plantes
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- | Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement | + | Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement permettant d'évaluer la significativité de l'alignement |
* Faites un alignement global entre les 2 séquences avec '''Needle''' disponible sur EMBOSS | * Faites un alignement global entre les 2 séquences avec '''Needle''' disponible sur EMBOSS | ||
- | Qu'observez vous ? | + | :Qu'observez vous ? |
- | Combien y a-t-il de gaps ? A quoi correspondent-ils ?<br/> | + | :Combien y a-t-il de gaps ? A quoi correspondent-ils ?<br/> |
- | A quoi correspond le pourcentage de similarité ? <br/> | + | :A quoi correspond le pourcentage de similarité ? <br/> |
- | Quels sont les paramètres de calcul du score ? <br/> | + | :Quels sont les paramètres de calcul du score ? <br/> |
- | Votre alignement est-il significatif ? | + | :Votre alignement est-il significatif ? |
* Faites un alignement local avec '''Matcher''' disponible sur EMBOSS | * Faites un alignement local avec '''Matcher''' disponible sur EMBOSS | ||
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- | Demandez à voir d'autres alignements.<br/> | + | :Demandez à voir d'autres alignements.<br/> |
- | Puis modifier les paramètres du score. | + | :Puis modifier les paramètres du score. |
Revision as of 12:25, 28 September 2016
Objectifs
Ce TD a pour but d'apprendre a comparer des séquences deux a deux via différentes methodes (matrice de point, alignement global et local)
Exercice 1 : Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot)
- Rechercher les 2 séquences enregistrées sous les numéros d'accession P10415 et Q64373
- Que pouvez vous dire sur ces 2 séquences ?
- Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot).
Les logiciels sont disponibles dans la suite EMBOSS.
- Utiliser DOTPATH qui permet de dessiner un dotplot avec une taille de mot fixée.
- Que pouvez-vous conclure ?
Alignement local et alignement global
Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement permettant d'évaluer la significativité de l'alignement
- Faites un alignement global entre les 2 séquences avec Needle disponible sur EMBOSS
- Qu'observez vous ?
- Combien y a-t-il de gaps ? A quoi correspondent-ils ?
- A quoi correspond le pourcentage de similarité ?
- Quels sont les paramètres de calcul du score ?
- Votre alignement est-il significatif ?
- Faites un alignement local avec Matcher disponible sur EMBOSS
- Qu'observez-vous ?
- Demandez à voir d'autres alignements.
- Puis modifier les paramètres du score.