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TD2 Genome Selection Plantes

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(Exercice 1 : Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot))
(Alignement local et alignement global)
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== Alignement local et alignement global==
== Alignement local et alignement global==
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Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement qui permettant d'évaluer la significativité de l'alignement   
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Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement permettant d'évaluer la significativité de l'alignement   
* Faites un alignement global entre les 2 séquences avec '''Needle''' disponible sur EMBOSS
* Faites un alignement global entre les 2 séquences avec '''Needle''' disponible sur EMBOSS
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Qu'observez vous ?
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Combien y a-t-il de gaps ? A quoi correspondent-ils ?<br/>
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Quels sont les paramètres de calcul du score ? <br/>
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Votre alignement est-il significatif ?
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* Faites un alignement local avec '''Matcher''' disponible sur EMBOSS
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Demandez à voir d'autres alignements.<br/>
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:Demandez à voir d'autres alignements.<br/>
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Puis modifier les paramètres du score.
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Revision as of 12:25, 28 September 2016

Objectifs

Ce TD a pour but d'apprendre a comparer des séquences deux a deux via différentes methodes (matrice de point, alignement global et local)

Exercice 1 : Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot)

  • Rechercher les 2 séquences enregistrées sous les numéros d'accession P10415 et Q64373
  • Que pouvez vous dire sur ces 2 séquences ?
  • Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot).

Les logiciels sont disponibles dans la suite EMBOSS.

Utiliser DOTPATH qui permet de dessiner un dotplot avec une taille de mot fixée.
Que pouvez-vous conclure ?

Alignement local et alignement global

Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement permettant d'évaluer la significativité de l'alignement

  • Faites un alignement global entre les 2 séquences avec Needle disponible sur EMBOSS
Qu'observez vous ?
Combien y a-t-il de gaps ? A quoi correspondent-ils ?
A quoi correspond le pourcentage de similarité ?
Quels sont les paramètres de calcul du score ?
Votre alignement est-il significatif ?
  • Faites un alignement local avec Matcher disponible sur EMBOSS
Qu'observez-vous ?
Demandez à voir d'autres alignements.
Puis modifier les paramètres du score.