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TD2 Genome Selection Plantes

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Objectifs

Ce TD a pour but d'apprendre a comparer des séquences deux a deux via différentes methodes (matrice de point, alignement global et local)

Exercice 1 : Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot)

  • Rechercher les 2 séquences enregistrées sous les numéros d'accession P10415 et Q64373
  • Que pouvez vous dire sur ces 2 séquences ?
  • Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot).

Les logiciels sont disponibles dans la suite EMBOSS.

Utiliser DOTPATH qui permet de dessiner un dotplot avec une taille de mot fixée.
Que pouvez-vous conclure ?

Exercice 2: Comparaison de 2 séqunces par alignement global et local

Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement permettant d'évaluer la significativité de l'alignement

  • Faites un alignement global (de bout à bout) entre les 2 séquences avec Needle disponible sur EMBOSS
Qu'observez vous ?
Combien y a-t-il de gaps ? A quoi correspondent-ils ?
A quoi correspond le pourcentage de similarité ?
Quels sont les paramètres de calcul du score ?
Votre alignement est-il significatif ?
  • Faites un alignement local avec Matcher disponible sur EMBOSS
Qu'observez-vous ?
Demandez à voir d'autres alignements.
Sont-ils significatifs ?