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TD4 Bioanalyse

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* [http://phylogeny.fr/ Phylogeny]
* [http://phylogeny.fr/ Phylogeny]
* [http://genopole-toulouse.prd.fr/ Génopôle Toulouse]
* [http://genopole-toulouse.prd.fr/ Génopôle Toulouse]
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''Lors du TD3, vous avez étudiez le gène BCL2 humain. Nous allons maintenant chercher des homologues à ce gène, construire un alignement multiple et une signature protéique.''
''Lors du TD3, vous avez étudiez le gène BCL2 humain. Nous allons maintenant chercher des homologues à ce gène, construire un alignement multiple et une signature protéique.''
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= Exercice 1=
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= Exercice 1 : recherche dh'omologue avec BlastN=
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'''1/''' A partir de la séquence de l'ARNm de l'isoforme 1 (NM_000633), lancer un BLASTN contre la banque nr (cochez la case Exclude models XM/XP)<br>
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'''2/''' Regardez le résultat du BLAST et répondez aux questions suivantes :
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*pourquoi y a-t-il des lettres en minuscules dans le premier alignement ?
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*combien d'exons composent le gène ?
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*pourquoi la majorité des alignements sont sur la région 5' ?
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*Y a-t-il le gène BCL2 chez le poulet ?
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'''3/''' Relancer un BLASTN en précisant l'organisme que vous cherchez : quel est le résultat ?
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'''4/''' Des alignements avec des E-value >1 vous semblent-ils être de bons alignements ?
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En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)

Revision as of 09:50, 10 September 2016


OBJECTIFS DU TP

   Comprendre le résultat du programme BLAST
   Utiliser un programme d'alignement multiple, et identifier des zones conservées, générer un Logo
   Ecrire une signature protéique (pattern)
   Rechercher dans une banque protéique des séquences qui possèdent cette signature 

Ci-dessous une sélection des sites Internet qui vous seront nécessaires :

  • EBI European Bioinformatics Institute (EMBL, GB)
  • NCBI National Center for Biotechnology Information (NIH, USA)
  • Expasy Expert Protein Analysis System (Swiss Institute of Bioinformatics, Suisse)
  • PBIL Pôle Bio-Informatique Lyonnais (CNRS, Lyon)
  • Phylogeny
  • Génopôle Toulouse


Lors du TD3, vous avez étudiez le gène BCL2 humain. Nous allons maintenant chercher des homologues à ce gène, construire un alignement multiple et une signature protéique.

Exercice 1 : recherche dh'omologue avec BlastN

1/ A partir de la séquence de l'ARNm de l'isoforme 1 (NM_000633), lancer un BLASTN contre la banque nr (cochez la case Exclude models XM/XP)
2/ Regardez le résultat du BLAST et répondez aux questions suivantes :

  • pourquoi y a-t-il des lettres en minuscules dans le premier alignement ?
  • combien d'exons composent le gène ?
  • pourquoi la majorité des alignements sont sur la région 5' ?
  • Y a-t-il le gène BCL2 chez le poulet ?

3/ Relancer un BLASTN en précisant l'organisme que vous cherchez : quel est le résultat ? 4/ Des alignements avec des E-value >1 vous semblent-ils être de bons alignements ?

En fait, on travaillera plutôt au niveau protéique pour chercher des homologues, pour les raisons déjà vues au TP2 (conservation uniquement des CDS, pas sur les UTR, pas de problème de variation d'usage des codons donc taux d'identité plus élevé, et notion de similarité des acides aminés)