Options pour la compilation Knit

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE) # mise en cache par défaut des résultats des chunks
knitr::opts_chunk$set(fig.width=12, fig.height=6) # taille des figures par défaut
options(width = 120) # nombre de caractères en largeur

Fonction pour ajouter les questions en rouge et du bla-bla en bleu :

question = function(q = "") paste("<font style='color: #990000;'>", q,   "<br/></font>")
blabla = function(bla="")   paste("<font style='color: #000099;'>", bla, "<br/></font>")

Récupération des données

Les données relatives à l’analyse ont été mises à disposition sur la banque GEO et sont accessibles avec l’identifiant GSE14304.

GEO est une banque publique de données d’expression. Sur la page d’accueil ci-dessous dans la colonne de droite (Browse Content), on peut voir qu’elle héberge les résultats de 3 923 708 hybridations (Samples). Les hybridations ont été effectuées sur des microarrays (21 442 Platforms/microarrays référencés ici ; chaque Platform correspondant à un design de microarray spécifique). Lors d’une étude, plusieurs hybridations sont effectuées (répétitions sur différentes conditions expérimentales) et sont regroupées par séries (d’hybridations), ici il y en a 137 762.