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Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BOPE

UE en option avec différents codes :

  • L2 2B2M : EDSVB4IM
  • L2 BCP : EDSVA4HM
  • L2 BOPE : EDSVC4MM
  • L3 BOPE : ELSVC6JM

Emploi du temps

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris


Les groupes de TD et TP sont disponibles sur moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518


EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
CM TD TP
semaine 03 - 17/01 13h30-15h40 en U2-119 avec R. Barriot - Bioinfo générale
15h50-18h00 en U4-211 avec F. Delavoie - Imagerie
semaine 04 - 24/01 13h30-15h50 groupes TP en U6-104, 105 et 106
semaine 05 - 31/01 13h30-15h40 en 3TP2-Maxwell avec R. Barriot - Bases de Données 15h50-18h00 groupe TD1 en U6-205
18h10-20h20 groupe TD2 en U6-205
semaine 06 - 07/02 13h30-15h40 groupe TP n°1 en U6-104

15h50-18h00 groupe TP n°2 en U3-204
18h10-20h20 groupe TP n°3 en U6-104

semaine 07 - 14/02 13h30-15h40 3TP2-Maxwell avec M. Bonhomme
semaine 08 - 21/02 13h30-15h50 groupes TP en U6-104, 105 et 106
semaine 09 - 28/02
semaine 10 - 07/03 13h30-15h30 3TP2-Maxwell Contrôle avec report
13h30-16h10 en U3-114 pour les ESH
semaine 11 - 14/03 13h30-15h40 3TP2-Maxwell avec Gwennaele Fichant - Modélisation et Biologie des systèmes
semaine 12 - 21/03 13h30-15h40 groupe TP n°3 en 4TP4-P15

15h50-18h00 groupe TP n°1 en 4TP4-P15
Les étudiants du groupe n°2 jusqu'à MOEC iront avec le groupe n°3 à 13h30, le reste avec le groupe n°1 à 15h50

semaine 13 - 28/03 13h30-15h40 groupe TD n°1 et n°2 en U6-205
semaine 14 - 04/04 13h30-15h40 groupe TP n°2 en 4TP2-M6

15h50-18h00 groupe TP en n°3 4TP2-M6
Les étudiants du groupe n°1 jusqu'à KIMANA iront avec le groupe n°2 à 13h30, le reste avec le groupe n°2 à 15h50

semaine 15 - 11/04 13h45-15h15 3TP2-Maxwell Contrôle terminal anticipé





Supports de cours

Sujets de TD/TP

BioAnalyse L3 BCP (ELSV6CM1)

2021_2022 Planning des Enseignements

Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse seront également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle

Veuillez respecter vos crenaux de TPs, compte tenu du nombre d'ordinateur par salle, Merci

ATTENTION à compter du mercredi 2 Février 2022, les TPs initialement prévus en U3 207 sont délocalisés dans une autre salle, consultez le nouveau planning ci dessous (crenaux en jaune)


Supports de Cours


TPs en salle

Annales & Corrigés

BioAnalyse L3 2B2M

TPs

Licence Pro GeBAP

Schéma de sélection et productions de semences

  • TP Analyse de QTL

Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Supports de cours :


Support TP :



Support TD :



Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalisation du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 11 octobre 2021. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf. Merci aussi de joindre au mail, uniquement si vous avez fait tourner tourner vous-même les programmes show_emfit et show_viterbi, le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités et celui après estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

Sujets de TP :

  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités


Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Projet 2021-22 :





Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP1 Visualisation et exploration de graphes
  • TP1-2-3 Librairie python et parcours de graphes
  • TP4 Librairies R - Prise en main igraph
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes
  • TP archivé Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph


Projets 2021-22


Liens: Logiciels

Librairies

Serveurs & Banques

Formats

Autres

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours


Sujets de TD/TPTD Classification, validation croisée et clustering


Projet


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy

Supports de cours
Tutoriels de TP

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système

Atelier Chipseq

Atelier Galaxy

UE Communication

liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi important pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.


Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 27septembre 9h30-11h30 : articles Atelier ChipSeq article 1 : 9H30-10h30 (Mathias, Nadine) article 2 : 10h30-11h30 (Oussama, Marine)
lundi 27septembre 11h45-12h45 : article Atelier ¨Paléogénomique article 1 : 11h45-12h45 (Natacha, Hugo)
lundi 27septembre 14h-16h : articles Atelier Phylogénomique article 1 : 14h-15h (Etienne, Sandro) article 2 : 15h-16h (Jeanne, Nolan)
mardi 28septembre 10h30-12h30 : article Atelier Etude du Métabolisme article 1 : 10H30-11h30 (Gabryelle, Maïna) article 2 : 11h30-12h30 (Victoria, Lou)
mardi 28 septembre 14h-16h30 : articles Atelier Modélisation article 1 : 14h-15h (Julien, Ludovic) article 2 : 15h-16h (Sophia, Antoine) Commentaires : 16h-16h30

Gestion des données non structurées et applications post-génomiques

IDH 1ère partie Karen Pinel-Sauvagnat et Gilles Hubert

Supports séance 1 :

Supports séance 2 :

Supports séance 3 :

  • TP2 - Projet Neo4J à rendre au plus tard le 19/09 par mail à karen.sauvagnat@irit.fr et gilles.hubert@irit.fr
IDH 2ème partie Roland Barriot

Page dédiée → M2BBS GDNS-APG


Atelier Phylogénomique

Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :






Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Culture

  • Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
  • Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
  • Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
  • Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
  • Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)