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Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)

Emploi du temps 2016-17

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris

EDT L2 AADB
CM TD TP
semaine 04 - 23.01 13h30-15h30 U2-Vandel RB Bioinfo générale
semaine 05 - 30.01 13h30-15h30 U1-Mathis FD Imagerie 15h45-17h45
groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 et M7
groupes 3 & 4 en U2-209
semaine 06 - 06.02 13h30-15h30 U1-Mathis RB BdD 15h45-17h45
groupes 1 & 2 en U2-119
groupes 3 & 4 en Algeco 03
semaine 08 - 20.02 13h30-15h30 groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7
15h45-17h45 groupes 3 & 4 en 4TP2-M6 4TP2-M7
semaine 09 - 27.02 13h30-15h30 U1-Mathis MB 15h45-17h45
groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7
groupe 3 : 4TP4-P1
groupe 4 : 4TP4-P15
semaine 10 - 06.03 13h30-15h30 Contrôle continu en U4-Turing
semaine 11 - 13.03 U2-Vandel GF/RB 15h45-17h45
groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7
groupe 3 : 4TP4-P1
groupe 4 : 4TP4-P15
semaine 12 - 20.03 13h30-15h30 groupes 3 & 4 en U2-118
15h45-17h45 groupes 1 & 2 en U2-119
semaine 13 - 27.03 13h Consultation des copies en 4TP2-M6
13h30-15h30 groupes 1 & 2 en 4TP2-M6 4TP2-M7
15h45-17h45 groupes 3 & 4 en 4TP2-M6 4TP2-M7
semaine 14 - 03.04 13h30-15h30 Amphi Molliard - Contrôle terminal anticipé
semaine 20 - 15.05 12h-13h Consultation des copies en 4TP4-P15

Groupes de TP

Groupes de TP
Groupe 1 Groupe 2 Groupe 3 Groupe 4

AVERSO JULIEN
BERLIN TRISTAN
BOULLIAT VINCENT
CERRUTI CLOE
COLIN ALEXANDRE
DAUPHIN BASTIEN
DELERIS KILIAN
FERNANDEZ MAXIMILIEN
FOURCAUD GUSTAVE
JMEL BOYER INES
LEBRUN TANGUY
LEFEVRE PAUL
RALAHY MAEVA
STUTZ MANON
TRUFFET ARTHUR

BENHAMA LYDIA
BISSANE YOUSSEF
BOUILLAUD CLEMENTINE
CLEDASSOU VALENTIN
COPPEAUX ELOISE
DUPUYAU ROSELINE
FERHAH MANEL
FOURCADE MARIE
GAYET CEDRIC
HMILA IMEN
HOORELBECK - BROUQUI MARGAUX
MIRANDA-CAPET ROMAIN
NGUYEN HAI LINH
TARAYRE GABRIEL
VELPRAT LOIC


AMO TEIHOARII
BONOTTO ELISE
CANUT BENJAMIN
COOKE JULIETTE
COSSOU MATTHIAS
DASSIEU CECILE
DURAND GAETAN
KHALED MERIEM
KHELIFI FATMA
LACOSTE Pierre
LAJAT AMANDINE
LANDURE BRICE
LORVELLEC MARIE
PERRIER MARION
SUIRE PAUL


ALBERT HEVIA FABIO
BERNES - LASSERRE PASCALE
CHATELAIS MYLENE
DESCOMBE THOMAS
FLANER PRISCILLA
FOUGERON BAPTISTE
GENAIS MATTHIEU
INVERNIZZI MARIE
MAMODE ANTHONY
MARCHARD LAURA
PIPPO QUENTIN
RANTY SARAH
TEULIER MARIELLE
VAILLE MELANIE
VERA LEANDRO

Supports de cours

Sujets de TD/TP

BioAnalyse L3 BCP

Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)

Cours

TPs

Exemples de contrôle continue corrigé

Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)

Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :

Contrôle continu

Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Supports de cours :

Support TP :

Support TD :

Exemple CC corrigé :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalistion du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 14 novembre. M'envoyer pa courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

  • Memento de Régine André-Obrecht
  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités


Contrôl continu décembre 2016

  • Sujet au format HTML et Rmd et l'image nécessaire pour la compilation au niveau du dernier exercice CC.nfbl.png


Projet 2016-17:

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod


Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP Visualisation et exploration de graphes
  • TP Librairie et parcours de graphes
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Projets 2016-17

Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105

Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD/TP

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet

Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :

Supports de Cours :

Master 2

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de récupérer les supplementary data si il y en a et qu'ils ne vous sont pas fournis et bien entendu de les consulter. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.

Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 10 octobre 9h30-10h30 : article Atelier Modélisation Moléculaire (Alexandra, Soukaïna))
lundi 10 octobre 10h30-11h45 : (pause de 11h à 11h15) article Atelier Biologie des Systèmes (Leila, Raphael)
lundi 10 octobre 11h45-12h35 : article Atelier Génome (David, Adrien)
lundi 10 octobre 14h30-17h : articles Atelier ChipSeq (Emilie, Laurent,Léa,Thomas)
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :

Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Examen 2016, partie E. Gaulin

Documents, partie C. Mathé

Documents, partie C. Albenne

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)