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(Evolution Moléculaire (EMBIA2EM))
(Annales & Corrigés)
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16h05-18h10 groupe TD2
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* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
* TP5 : [[TD5_Bioanalyse|Revisions]]
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===='''Exemples de contrôle continu corrigé'''====
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===='''Annales & Corrigés'''====
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* CT 2019 : [[Media:2019_CT_L3Bioanalyse_Corrigé_ETU.pdf|Questions + corrections]]
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* CC 2019 : [[Media:2019_CC_L3Bioanalyse_Corrigé_ETU.pdf|Questions + corrections]]
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* CC 2017 : [[Media:sujet_CC_Bioanalyse_L3BCP_2017_correction.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM_2014.pdf|Questions + corrections]]
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
* CC 2014 : [[Media:correction_alignement_CC_2013.pdf|correction de la construction de la matrice de programmation dynamique]]
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<!-- * CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
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* CC 2013 : [[Media:Correction_sujet_CC_L3Biologie_EL6BIOFM.pdf|Questions + corrections]]
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* CC 2017 : [[Media:sujet_CC_Bioanalyse_L3BCP_2017_correction.pdf|Correction du contrôle continu 2017]] -->
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= BioAnalyse L3 2B2M =
= BioAnalyse L3 2B2M =

Revision as of 08:23, 16 April 2021


Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - Option L2-L3 2B2M-BCP-BOPE

UE en option avec différents codes :

  • L2 2B2M : EDSVB4IM
  • L2 BCP : EDSVA4HM
  • L2 BOPE : EDSVC4MM
  • L3 BOPE : ELSVC6JM

Emploi du temps 2019-20

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris


Les groupes de TD et TP 2019-20 sont disponibles sur moodle : https://moodle.univ-tlse3.fr/course/view.php?id=2518


EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
CM TD TP
semaine 03 - 18/01 13h45-15h45 R. Barriot Bioinfo générale (lien zoom sur moodle)
16h00-18h00 F. Delavoie Imagerie
semaine 04 - 25/01 13h45-15h05 groupe TP1a en U1-205 et TP1b en U1-206

15h15-16h35 groupe TP2c en U1-205 et TP2d en U1-206
16h45-18h05 groupe TP3e en U1-205 et TP3f en U1-206

semaine 05 - 01/02 13h45-15h45 R. Barriot Bases de Données 15h55-17h55 groupe TD1 et groupe TD2
semaine 06 - 08/02 13h45-15h05 groupe TP1a en 4TP2-M6 et TP1b en 4TP2-M7

15h15-16h35 groupe TP2c en 4TP2-M6 et TP2d en 4TP2-M7
16h45-18h05 groupe TP3e en 4TP2-M6 et TP2f en 4TP2-M7

semaine 07 - 15/02 13h45-15h45 M. Bonhomme 15h55-17h55 2 groupes TP à 20 étudiant·e·s à distance
18h05-20h05 1 groupe TP à 10 étudiant·e·s en présentiel en 4TP4-P15
semaine 08 - 22/02
semaine 09 - 01/03 13h45-15h15 Contrôle avec report en 4A-Molliard & ESH 13h45-15h45 en 3A-G50

17h00-19h00 CM Banques de données et services bioinformatiques en ligne

semaine 10 - 08/03 13h45-15h05 groupe TP1a en 4TP4-P1 et TP1b en 4TP4-P15

15h15-16h35 groupe TP2c en 4TP4-P1 et TP2d en 4TP4-P15
16h45-18h05 groupe TP3e en 4TP4-P1 et TP3f en 4TP4-P15

semaine 11 - 15/03
semaine 12 - 22/03 13h45-15h55 groupe TD1

16h05-18h10 groupe TD2

semaine 13 - 29/03 13h45-15h15 Contrôle terminal anticipé en 3A-Ampère et ESH 13h45-15h45 en 3A-G33
semaine 14 - 05/04
semaine 15 - 12/04





Supports de cours

Sujets de TD/TP

BioAnalyse L3 BCP

2020_2021 Planning des Enseignements L3 BCP et répartition en séries de TPs (semestre 6 (ELSV6CM1))

Toutes les informations relatives à l'UE de Bioanalyse sont également disponibles dans l'espace dédié sur Moodle


Videos des Cours

Cours

TPs, année 2020_2021

TPs, versions antérieures à 2020_2021

Annales & Corrigés

BioAnalyse L3 2B2M

TPs

Licence Pro GeBAP

Schéma de sélection et productions de semences

  • TP Analyse de QTL

Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)

Initiation à la 'Bioanalyse'


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Emploi du temps :

Supports de cours :

Videos des Cours

Support TP :




Support TD :



Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalisation du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le lundi 12 octobre. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités et celui après estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

Sujets de TP :

  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités


Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod

Projet 2020-21 :





Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TD1 Définitions
  • TP1 Visualisation et exploration de graphes
  • TP1-2-3 Librairie python et parcours de graphes
  • TP4 Librairies R - Prise en main igraph
  • TP5 Recherche de communautés dans les graphes
  • TP archivé Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph


Projets 2020-21


Liens: Logiciels

Librairies

Serveurs & Banques

Formats

Autres

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105


Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD/TP

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet


Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.
  • Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Normand Baillargeon, 2006

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :


Master 2

Master 2P Diagnostic moléculaire en microbiolgy

Supports de cours
Tutoriels de TP

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système

Atelier Chipseq

Atelier Galaxy

UE Communication

liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. La présentation et les questions se feront en français. Attention, ne pas oublier de récupérer et de lire les supplementary data qui sont aussi important pour la compréhension de l'article. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.

Calendrier des présentations d'articles
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 28 septembre 9h30-12h : articles Atelier Phylogénomique article 1 : 9H30-10h30 (Codé, Laura D) article 2 : 10h40-11h40 (Laura B, Tomas) Commentaires : 11h40-12h
lundi 28 septembre 13h45-16h15 : articles Atelier Modélisation article 1 : 13H45-14h45 (Alexia, Aurélien) article 2 : 14h55-15h55 (Pierre, Safia) Commentaires : 15h55-16h15
mardi 29 septembre 9h30-12h : article Atelier Métabolomique article 1 : 9H30-10h30 (Baptiste, Quentin) article 2 : 10H40-11h40 (Antoine, Sophie) Commentaires : 11h40-12h
mardi 28 septembre 13h45-16h15 : articles Atelier ChipSeq article 1 : 13h45-14h45 (Jérémy, Valentine) article 2 : 14h55-15h55 (Houyem, Refka) Commentaires : 15h55-16h15

Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot


Atelier Phylogénomique

Intervenants : Claire Hoede et Yves Quentin

Atelier de Phylogénomique


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :






TP4 : modeling of the regulation of lactose operon : CR à rendre avant 20h le 11/12/2020

Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Culture

  • Une histoire de tout ou presque... Bill Bryson, Payot, coll. "Petite Bibliothèque Payot" n° 851, 2012 (ISBN: 9782228907576)
  • Norman Baillargeon - Petit cours d'autodéfense intellectuelle, Éditions Lux, collection Instinct de Liberté, 2005. (ISBN: 2-895960-44-5)
  • Faire l'économie de la haine, Alain Deneault, 2018, Ecosociete Eds, coll. Polemos
  • Comment tout peut s'effondrer. Petit manuel de collapsologie à l'usage des générations présentes. 2015. Pablo Servigne, :Raphaël Stevens. seuil
  • Les sentiers de l'utopie, I. Fremeaux et J. Jordan, 2012.

F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)