TD2 Genome Selection Plantes
From silico.biotoul.fr
(Difference between revisions)
(→Objectifs) |
(→Exercice 1 : Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot)) |
||
Line 5: | Line 5: | ||
== Exercice 1 : Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot) == | == Exercice 1 : Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot) == | ||
- | * Rechercher les 2 séquences enregistrées sous les numéros d'accession | + | * Rechercher les 2 séquences enregistrées sous les numéros d'accession P10415 et Q64373 |
* Que pouvez vous dire sur ces 2 séquences ? | * Que pouvez vous dire sur ces 2 séquences ? | ||
- | * Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot). Les logiciels sont disponibles dans la suite [http://vm-bioinfo.toulouse.inra.fr/emboss/ EMBOSS]. | + | * Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot). |
+ | Les logiciels sont disponibles dans la suite [http://vm-bioinfo.toulouse.inra.fr/emboss/ EMBOSS]. | ||
:Utiliser '''DOTPATH''' qui permet de dessiner un '''dotplot''' avec une taille de mot fixée. | :Utiliser '''DOTPATH''' qui permet de dessiner un '''dotplot''' avec une taille de mot fixée. | ||
:Que pouvez-vous conclure ? | :Que pouvez-vous conclure ? | ||
+ | |||
+ | |||
+ | == Alignement local et alignement global== | ||
+ | |||
+ | Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement qui permettant d'évaluer la significativité de l'alignement | ||
+ | |||
+ | * Faites un alignement global entre les 2 séquences avec '''Needle''' disponible sur EMBOSS | ||
+ | Qu'observez vous ? | ||
+ | Combien y a-t-il de gaps ? A quoi correspondent-ils ?<br/> | ||
+ | A quoi correspond le pourcentage de similarité ? <br/> | ||
+ | Quels sont les paramètres de calcul du score ? <br/> | ||
+ | Votre alignement est-il significatif ? | ||
+ | |||
+ | * Faites un alignement local avec '''Matcher''' disponible sur EMBOSS | ||
+ | Qu'observez-vous ? <br/> | ||
+ | Demandez à voir d'autres alignements.<br/> | ||
+ | Puis modifier les paramètres du score. |
Revision as of 12:24, 28 September 2016
Objectifs
Ce TD a pour but d'apprendre a comparer des séqunces deux a deux via différentes methodes (matrice de point, alignement global et local)
Exercice 1 : Comparaison de 2 séquences avec une matrice de point (dot plot)
- Rechercher les 2 séquences enregistrées sous les numéros d'accession P10415 et Q64373
- Que pouvez vous dire sur ces 2 séquences ?
- Comparer les séquences deux à deux, en utilisant une matrice de point (dotplot).
Les logiciels sont disponibles dans la suite EMBOSS.
- Utiliser DOTPATH qui permet de dessiner un dotplot avec une taille de mot fixée.
- Que pouvez-vous conclure ?
Alignement local et alignement global
Nous allons continuer la comparaison entre nos 2 séquences en utilisant des méthodologies d'alignement qui permettant d'évaluer la significativité de l'alignement
- Faites un alignement global entre les 2 séquences avec Needle disponible sur EMBOSS
Qu'observez vous ?
Combien y a-t-il de gaps ? A quoi correspondent-ils ?
A quoi correspond le pourcentage de similarité ?
Quels sont les paramètres de calcul du score ?
Votre alignement est-il significatif ?
- Faites un alignement local avec Matcher disponible sur EMBOSS
Qu'observez-vous ?
Demandez à voir d'autres alignements.
Puis modifier les paramètres du score.