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Contents

Licence 2 et 3 Biologie

Bioinformatique - 2B2M (EDSVB4IM), BCP (EDSVA4HM), BOPE (L2 EDSVC4MM, L3 ELSVC6JM)

Emploi du temps 2017-18

Aussi disponible sur https://calendar.google.com/calendar/embed?src=lic.bioinfo%40gmail.com&ctz=Europe/Paris

EDT L2-L3 2B2M-BCP-BOPE Bioinformatique
CM U4-212 TD TP
semaine 04 - 22.01 13h30-15h40 U4-212 RB Bioinfo générale
semaine 05 - 29.01 13h30-15h40 U4-212 FD Imagerie 15h50-18h00
groupes 2B2M & BCP en 4TP2-M6 & M7
groupe BOPE en 4TP4-P15
semaine 06 - 05.02 13h30-15h40 U4-212 RB BdD 15h50-18h00 U2-115 & 116
semaine 07 - 12.02 13h30-15h40 groupes 2B2M & BCP en 4TP2-M6 & M7
15h50-18h00 groupe BOPE en 4TP4-P15
semaine 08 - 19.02 13h30-15h40 U4-212 MB 15h50-18h00 groupes 2B2M & BCP en 4TP2-M6 & M7, groupe BOPE en 4TP4-P15
semaine 09 - 26.02
semaine 10 - 05.03 15h50-17h50 Contrôle continu en 3TP2-Einstein
semaine 11 - 12.03 13h30-15h40 U4-212 GF SysBio 15h50-18h00 groupes 2B2M & BCP en 4TP2-M6 & M7, groupe BOPE en 4TP4-P15
semaine 12 - 19.03 13h30-15h40 groupe 1 en U2-114
15h50-18h00 groupe 2 en U2-116
semaine 13 - 26.03 13h30-15h40 groupe 2B2M en U2-215
15h50-18h00 groupe BCP en U2-215
18h10-20h20 groupe BOPE en U2-215
semaine 17 - 23.04 13h30-15h30 Contrôle terminal anticipé

Groupes de TD

Groupes de TD
Groupe 1 Groupe 2

L2 BCP
et
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : A jusqu'à G inclus)

L2/L3 BOPE
et
L2 2B2M (Nom de famille commençant par : K à Z)

Supports de cours

Sujets de TD/TP

BioAnalyse L3 BCP

Planning des Enseignements L3 BCP semestre 6 (ELSV6CM1)

Cours

TPs

Exemples de contrôle continu corrigé

BioAnalyse L3 2B2M

TPs


Licence 3 Biologie des Organismes des populations et Ecosystemes (BOPE)

Du génome à la sélection des plantes (ELSVC5EM)

Initiation à la 'Bioanalyse'


Master

Master 1

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biologie Végétale ADAM

Génomique Evolutive et Phylogénie

Supports de TD/TP :

Medicago SNPs sequences
Drosophile sequences
Primates lysozymes sequences

Traitement de données biologiques (EMBIA1FM)

Supports de cours :

Supports de TD/TP :

Contrôle continu


Liens

Génétique Evolutive et Quantitative (EMBIA1GM)

Support de cours:

Supports de TD/TP :

Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes + Biotechnologies

Evolution Moléculaire (EMBIA2EM)

Supports de cours :

Support TP :

Support TD :

Exemple CC corrigé :


Master 1 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes


Bioinformatique pour la Génomique (EMBIA1DM)

Supports de cours :

Tutoriels de TP :

Aide pour la réalisation du projet annotation

Contrôle continu :

  • Rapport de TP sur le design d'un HMM à rendre au plus tard le vendredi 20 octobre. M'envoyer par courrier le rapport en format pdf ainsi que le fichier en format texte comportant votre modèle avant estimation des probabilités.


Mathématique pour la Biologie (EMBIA1EM)

Sujets de TP :

  • TD Calcul matriciel
  • TD ACP
  • TD Modélisation
  • TD Probabilités

Liens :

  • http://exercism.io : améliorer son niveau de programmation dans différents langages (notamment R)

Références

  • Mathématiques pour les Sciences de la vie et de la Terre – C. David, S. Mustapha, F. Viens, N. Capron, edition Dunod





Traitement de graphes et réseaux biologiques (EMBIA1KM)

Supports de cours

Supports de TD/TP:

  • TP Visualisation et exploration de graphes
  • TP Librairie et parcours de graphes
  • TP Librairies R
  • TP Dessin de graphes et initiation à la librairie iGraph
  • TP Recherche de communautés dans les graphes

Projets 2017-18

Liens:

Références

  • Introduction to Algorithms, Corsen, Leiserson and Rivest, MIT Press and McGraw-Hill
  • Detection of Functional Modules From Protein Interaction Networks, Pereira-Leal, Enright and Ozounis, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, 49-57, 2004.
  • An efficient algorithm for large-scale detection of protein families, Enright, Van Dongen and Ozounis, Nucleic Acids Research, 1575-84, 2002 PMID:11917018
  • Kavosh: a new algorithm for finding network motifs, Kashani et al., BMC Bioinformatics, 2009. DOI:10.1186/1471-2105-10-318
  • Pathway discovery in metabolic networks by subgraph extraction, Faust et al., Bioinformatics, 1211-1218, 2010. DOI:10.1093/bioinformatics/btq105

Fouille de données (EMBIA2DM)

Support de cours:

Sujets de TD/TP

  • TD Classification, validation croisée et clustering

Projet

Liens

Références

  • Data Mining: Concepts and Techniques, J. Han and M. Kamber, 2006.
  • GENECODIS: a web-based tool for finding significant concurrent annotations in gene lists, Carmona-Saez et al., Genome Biology, 2007.

Master 1 - MEEF

Sciences de la Vie (EE7BSVFM)

Supports de TD :

Supports de Cours : A venir...

Master 2

Master 2 - Bioinformatique et Biologie des Systèmes

Atelier système
UE Communication
liste des publications à présenter en préparation des ateliers:

Chaque publication sera choisie par deux étudiant(e)s sauf une qui ne sera prise que par une personne. La présentation de la publication est personnelle. Donc chaque personne préparera une présentation powerpoint (ou pdf), diapositives en anglais, de 15 minutes qui sera suivie de 10 minutes de questions. Attention, ne pas oublier de consulter et de récupérer les supplementary data. La présentation devra faire ressortir la problématique abordée (question posée et contexte), la démarche bioinformatique adoptée, les résultats sous forme synthétisée avec choix pertinent des figures pour illustrer votre propos et la conclusion/discussion.

Calendrier des présentations
EDT présentation des articles (les noms sont donnés pour rappel mais ordre de passage indifférent)
lundi 9 octobre 9h30-10h30 : article Atelier Métabolomique (Delphine, Allan)
mardi 17 octobre 9h30-11h30 : articles Atelier Phylogénomique article 2 : 9H30-10h30 (Kathy, Guillaume) article 1 : 10h30-11h30 (Ségolène, Anaïs)
mardi 17 octobre 13h30-15h30 : articles Atelier Modélisation article 1 : 13h30-14h30 (Fanny, Eva) article 3: 14h30-15h30 (Michelle, Caroline)
mardi 17 octobre 15h45-18h00 : articles Atelier Modélisation article 2 : 15h45-16h45 (Anna, Emilien) article 4 : 16h45-17h45 (Fadoua, Hoang)
lundi 6 novembre 9h30-11h : articles Atelier ChipSeq article 1 : 9h30-10h (Flavien) article 2 : 10h-11h (Abdel, Robel)
Intégration de Données Hétérogènes - Partie R. Barriot
Atelier Génétique Satistique - S. Boitard

Support de cours et TD:

TP :

Biologie des Systèmes - R. Barriot


Biologie des Systèmes - G. Czaplicki

Fichiers avec les codes :

Biologie des Systèmes - G. Fichant

Support de cours:


TP :

Master 2 - ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes)

Biologie Computationnelle

Documents, partie E. Gaulin


Examen 2017-2018 Documents, partie E. Gaulin

Documents, sujet C Albenne

Documents, partie C. Mathé


F.A.Q.

  • Installation de igraph sur CentOS 6.7 en P0

Sous R, l'installation d'igraph échoue avec le protocole https, il faut donc choisir un mirroir avec le protocol http : choseCRANmirror() dernier choix (http mirrors) puis Lyon2

R> chooseCRANmirror()
R> install.packages('igraph')


  • Installation de Rstudio sur CentOS 6.7 en P0

La dernière version de Rstudio desktop ne fonctionne pas pour CentOS6.7 (nécessite des librairies plus récentes). Il faut donc télécharger et installer la version serveur :

# Dans un terminal, passer root (super-utilisateur)
bash> su
# puis les commandes ci-dessous (sans le "root>")
root> wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm
root> yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.892-x86_64.rpm

Ensuite, on accède à l'interface avec le navigateur : http://localhost:8787 avec un compte de la machine (normalement le compte guest)