Conda
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* alignement multiple : <tt>conda search mafft=7.455 --info</tt> | * alignement multiple : <tt>conda search mafft=7.455 --info</tt> | ||
+ | * visualisation de séquences/d'alignements : <tt>conda search jalview=2.11.0 --info</tt> | ||
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+ | * client mysql/mariadb plus ergonomique : <tt>conda install mycli</tt> | ||
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+ | * Projet gitlab pour que les étudiant·e·s puissent contribuer et/ou partager : https://gitlab.com/rbarriot/guides |
Current revision as of 07:21, 26 January 2021
Contents |
Intro
Conda permet de gérer plusieurs environnements de développement et d'analyse, notamment pour python et R.
Il permet d'avoir en parallèle plusieurs versions pour R (3.5, 3.6, ...) ainsi que des librairies associées à chaque environnement ; de même pour python (2.7, 3.5, 3.6, 3.7, ...) et ses modules.
Les programmes et librairies sont disponibles dans différents dépôts ou channels. Les principaux qui nous intéressent : conda-forge et bioconda
Cela permet donc de gérer et personnaliser les logiciels et librairies associées avec leur version au niveau de chaque utilisateur.
Installation
Est-ce installé ?
dnf list conda Last metadata expiration check: 0:00:27 ago on Wed 22 Jan 2020 07:56:36 AM CET. Installed Packages conda.noarch 4.6.14-1.fc30 @updates
oui.
Pour l'installer en tant qu'administrateur
$root dnf install conda
Information sur l'installation
conda info
Environnement
Remarque : Toutes les commandes conda sont à exécuter en tant qu'utilisateur et surtout PAS administrateur/root.
Utilisation de conda qui permet de créer différents environnement avec différentes versions de python, de R, ou de leurs librairies (parfois certaines libs sont en conflits ou ne fonctionnent pas si certaines autres sont installées).
Création d'un environnement : conda create
Création d'un nouvel environnement (qui utilise la version 3.7 de python)
conda create --name bbs python=3.7
ou bien en deux étapes (création de l'environnement puis installation de python 3.7)
conda create --name bbs
Liste des environnements
conda env list
Changement d'environnement : conda activate/deactivate
conda activate bbs
Remarque : En activant un environnement, il est ajouté à celui en cours (et le masque). Pour gérer un environnement "propre"/indépendant, il peut être conseillé de d'abord désactiver toute la pile d'environnements activés (par exemple, pour ne pas remplacer la version de R ou python) :
conda deactivate
A répéter tant qu'on n'est pas sorti de tous les environnements.
Remarque : Pour utiliser RStudio (ou R ou python ou ...) dans cet environnement, il faut activer l'environnement et lancer Rstudio en ligne de commandes :
conda activate bbs rstudio
Suppression d'un environnement : conda remove
conda remove --name myenv --all
Clonage d'un environnement : conda clone
conda create --name newly_created_env --clone existing_env
Remarque : très utile si on veut tester et éviter de casser ce qui fonctionne
Ajout de dépôts : conda config --add channels
conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda
Gestion des packages : conda search/install/uninstall/upgrade
Liste de packages installés dans un environnement :
conda list -n bbs
Installation d'un package : conda install
Installation d'un logiciel ou package (en précisant sa version)
conda install r-base=3.5
Remarques :
- avant de valider l'installation, il faut vérifier qu'elle n'implique pas des mises à jours pouvant "casser" l'environnement (downgrade ou upgrade d'autres packages).
- les noms/identifiants des packages sont en minuscules
- les librairies R ont en général le préfixe r-, exemple : r-tidyverse
- les librairies R-Bioconductor on en général le préfixe bioconductor-, exemple : bioconductor-ggtree
- lies librairies Perl ... perl-
Test de la version de python
python --version
Activation d'un environnement
conda activate bbs
Test de la version de python
python --version
Pour quitter l'environnement
conda deactivate
Recherche d'un package : conda search
conda search biopython
Exemple pour de la bioinfo
conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda
Environnement Python et R
conda create --name bioinf python=3.7 r-base=3.6
conda activate bioinf
Modules python
conda install biopython igraph numpy pandas scipy scikit-learn matplotlib
Librairies R
conda install r-tidyverse r-ggally r-purrr r-igraph r-reticulate r-rmysql r-lattice r-biocmanager r-devtools r-caTools r-rprojroot r-shiny r-phytools r-knitr r-dt r-kableextra
Librairies Bioconductor
conda install bioconductor-rhtslib bioconductor-chipseq bioconductor-GenomicRanges bioconductor-edgeR bioconductor-genefilter bioconductor-geneplotter bioconductor-DESeq2 bioconductor-mixOmics bioconductor-STRINGdb
Librairies R/NGS supplémentaires
conda install bioconductor-BSgenome bioconductor-BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 bioconductor-BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3.masked bioconductor-MotifDb bioconductor-seqLogo bioconductor-motifStack bioconductor-GenomicFeatures bioconductor-TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene bioconductor-Rqc bioconductor-pasillaBamSubset bioconductor-MMDiffBamSubset bioconductor-org.Dm.eg.db bioconductor-drosophila2.db bioconductor-drosophila2probe bioconductor-drosophila2cdf bioconductor-hom.Dm.inp.db bioconductor-GO.db bioconductor-biomaRt bioconductor-SRAdb bioconductor-GEOquery bioconductor-Gviz bioconductor-AnnotationHub
Quelques logiciels :
- alignement multiple : conda search mafft=7.455 --info
- visualisation de séquences/d'alignements : conda search jalview=2.11.0 --info
- gestion de fichiers d'aide en ligne de commande : conda install cheat
- client mysql/mariadb plus ergonomique : conda install mycli
Liens
- Projet gitlab pour que les étudiant·e·s puissent contribuer et/ou partager : https://gitlab.com/rbarriot/guides