Atelier Phylogénomique OrthoFinder
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Paramètres
Nous allons utiliser le programme OrthoFinder avec les paramètres par défaut (config.json].
- diamond: sequence search program
- DendroBLAST: gene tree inference
Mais vous pouvez utiliser n'importe quel programme d'alignement, de reconstruction d'arbre ou de comparaison de séquences que vous préférez. Pour utiliser un autre programme, il suffit de modifier le fichier de configuration appelé config.json dans le répertoire orthofinder. Le mieux est de créer un fichier au même format appelé config_orthofinder_user.json dans votre répertoire utilisateur.
/usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/OrthoFinder-2.5.2/config.json
Mise en œuvre
Nous utilisons le script donné en exemple dans /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster comme modèle.
Créer un répertoire ~/work/OrthoFinder et copier le script test_OrthoFinder-2.2.1.sh dans ce répertoire.
cp /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster/test_OrthoFinder-2.2.1.sh prochlo_OrthoFinder-2.2.1.sh
Créer un sous-répertoire Prochlorococcus et copier les fichiers peptides issues de Prokka dans ce repertoire.
cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/.
Le script copié est édité pour changer le repertoire de travail.
sbatch prochlo_OrthoFinder-2.5.2.sh squeue -l -u <fleure>
Par défaut, OrthoFinder crée un répertoire OrthoFinder dans le répertoire du protéome d'entrée (Prochlorococcus) et y place les résultats.