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Atelier Phylogénomique

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Les génomes des souches suivantes sont absentes du NCBI.
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*''Wolbachia'' endosymbiont of ''Dirofilaria immitis'' wDi.2.2  [http://dirofilaria.nematod.es/ http://dirofilaria.nematod.es/]
*''Wolbachia'' endosymbiont of ''Dirofilaria immitis'' wDi.2.2  [http://dirofilaria.nematod.es/ http://dirofilaria.nematod.es/]
*''Wolbachia'' endosymbiont of ''Litomosoides sigmodontis'' wLs.2.0  [http://litomosoides.nematod.es/ http://litomosoides.nematod.es/]
*''Wolbachia'' endosymbiont of ''Litomosoides sigmodontis'' wLs.2.0  [http://litomosoides.nematod.es/ http://litomosoides.nematod.es/]
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[http://genoweb.toulouse.inra.fr/~formation/M2_Phylogenomique/data/Wolbachia/Additional Autres souches] téléchargées.
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===Groupes externes===
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Les souches suivantes peuvent être utilisées pour enraciner un arbre réalisé sur les souches de Wolbachia:
Les souches suivantes peuvent être utilisées pour enraciner un arbre réalisé sur les souches de Wolbachia:

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Contents

Wolbachia

Les Wolbachia infectent les arthropodes (environ 60% des espèces) et certaines espèces de nématodes. Cette large répartition en fait donc un des symbiotes les plus répandus du monde animal. Ces bactéries au mode de vie intracellulaire sont localisées au sein du cytoplasme des cellules de leurs hôtes. Elles se retrouvent en proportion importante dans l'appareil reproducteur (principalement les cellules germinales) et l’épithélium du système génital des arthropodes et nématodes.

La transmission des Wolbachia est essentiellement verticale : elles sont transmises de mère à descendants via le cytoplasme des ovocytes. Le spermatozoïde ne transmettant que son noyau lors de la fécondation, les mâles sont incapables de transmettre les bactéries à leur descendance. C'est pour cette raison que les Wolbachia ont pour particularité de manipuler la reproduction de leurs hôtes : la fitness des femelles infectées est augmentée par différents effets, ce qui maximise la probabilité de transmission de Wolbachia.

Wolbachia pourrait également, dans certaines conditions, se transmettre de manière horizontale, d’une espèce à une autre. Par exemple, des drosophiles infectées par Wolbachia pourraient transmettre le parasite aux larves de la guêpe parasitoïde Nasonia vitripennis. Celle-ci dépose ses œufs dans une pupe de mouche, et la larve se contaminerait à l’intérieur de la mouche. Chez les crustacés isopodes terrestres, des études ont montré que les transferts horizontaux de Wolbachia peuvent s'effectuer par contacts infectieux. Via une blessure, l'hémolymphe d'un individu infecté peut être vecteur de Wolbachia et entraîner la contamination d'un individu auparavant sain3.

Références

  • Comandatore et al., 2013 Phylogenomics and analysis of shared genes suggest a single transition to mutualism in Wolbachia of nematodes.
  • Gerth et al., 2014 Phylogenomic analyses uncover origin and spread of the Wolbachia pandemic.
  • Comandatore et al., 2015 Supergroup C Wolbachia, mutualist symbionts of filarial nematodes, have a distinct genome structure.

Disponibilité des génomes

NCBI

Génomes de Wolbachia disponibles au NCBI browse

Lien sur les génomes de Wolbachia du NCBI:

Tables avec des information sur les projets de séquençages:

Nous avons édité le fichier pour associer un identifiant de moins de 5 lettres pour chaque génomes (compatibilité avec certains logiciels utilisés).

Autres souches

Les génomes des souches suivantes sont absentes du NCBI.

Autres souches téléchargées.

Groupes externes

Les souches suivantes peuvent être utilisées pour enraciner un arbre réalisé sur les souches de Wolbachia:

  • Ace Anaplasma centrale str. Israel — 1 1 206 806 NC_013532
  • Aph Anaplasma phagocytophilum HZ — 1 1 471 282 NC_007797
  • Ech Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas — 1 1 176 248 NC_007799
  • Eru Ehrlichia ruminantium str. Gardel — 1 1 499 920 NC_006831
  • Nri Neorickettsia risticii str. Illinois — 1 879 977 NC_013009
  • Nse Neorickettsia sennetsu str. Miyayama — 1 859 006 NC_007798
  • Ccr Caulobacter crescentus CB15 — 1 4 016 947 NC_002696

Outgroup_strains

PATRIC

PATRIC est une ressource importante pour les bactéries patogènes: " The Pathosystems Resource Integration Center (PATRIC): the bacterial Bioinformatics Resource Center (Wattam et al., 2017)".

Genome resources

The Pathosystems Resource Integration Center (PATRIC)is the bacterial Bioinformatics Resource Center (Wattam et al., 2017). 

All Data Types: wolbachia
Genomes: 46

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Genomes to add:

Outgroup strains

  • Ace Anaplasma centrale str. Israel — 1 1 206 806 NC_013532
  • Aph Anaplasma phagocytophilum HZ — 1 1 471 282 NC_007797
  • Ech Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas — 1 1 176 248 NC_007799
  • Eru Ehrlichia ruminantium str. Gardel — 1 1 499 920 NC_006831
  • Nri Neorickettsia risticii str. Illinois — 1 879 977 NC_013009
  • Nse Neorickettsia sennetsu str. Miyayama — 1 859 006 NC_007798
  • Ccr Caulobacter crescentus CB15 — 1 4 016 947 NC_002696

Joint Genome Institute

JGI is a DOE Office of Science User Facility managed by Lawrence Berkeley National Laboratory© 1997-2017 The Regents of the University of California.

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Ensembl Bacteria is a browser for bacterial and archaeal genomes. 

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