Atelier Phylogénomique OrthoFinder

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Liens

• How_to_use_SLURM_OrthoFinder
• OrthoFinder

Mise en œuvre

Nous allons utiliser le programme avec les paramètres par défaut. Nous utilisons le script donné en exemple comme modèle.

Créer un répertoire ~/work/OrthoFinder et copier le script test_OrthoFinder-2.2.1.sh dans ce répertoire.

 cp /usr/local/bioinfo/src/OrthoFinder/example_on_cluster/test_OrthoFinder-2.2.1.sh prochlo_OrthoFinder-2.2.1.sh

Créer un sous-répertoire Prochlorococcus et copier les fichiers peptides issues de Prokka dans ce repertoire.

cp ~/work/Prochlorococcus/peptide/*.faa Prochlorococcus/.